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初，运粮京师，未有定额。成化八年始定四百万石，自后以为常。北粮七十五万五千六百石，南粮三百二十四万四千四百石，其内兑运者三百三十万石，由支运改兑者七十万石。兑运之中，湖广、山东、河南折色十七万七千七百石。通计兑运、改兑加以耗米入京、通两仓者，凡五百十八万九千七百石。而南直隶正粮独百八十万，蓟州一府七十万，加耗在外。浙赋视苏减数万。江西、湖广又杀焉。天津、苏州、密云、昌平，共给米六十四万馀石，悉支兑运米。而临、德二仓，贮预备米十九万馀石，取山东、河南改兑米充之。遇灾伤，则拨二仓米以补运，务足四百万之额，不令缺也。
至成化七年，乃有改兑之议。时应天巡抚滕昭令运军赴江南水次交兑，加耗外，复石增米一斗为渡江费。后数年，帝乃命淮、徐、临、德四仓支运七十万石之米，悉改水次交兑。由是悉变为改兑，而官军长运遂为定制。然是时，司仓者多苛取，甚至有额外罚，运军展转称贷不支。弘治元年，都御史马文升疏论运军之苦，言：“各直省运船，皆工部给价，令有司监造。近者，漕运总兵以价不时给，请领价自造。而部臣虑军士不加爱护，议令本部出料四分，军卫任三分，旧船抵三分。军卫无从措办，皆军士卖资产、鬻男女以供之，以造船之苦也。正军逃亡数多，而额数不减，俱以馀丁充之，一户有三、四人应役者。春兑秋归，艰辛万状。船至张家湾，又雇车盘拨，多称贷以济用，此往来之苦也。其所称贷，运官因以侵渔，责偿倍息。而军士或自载土产以易薪米，又格於禁例，多被掠夺。今宜加造船费每艘银二十两，而禁约运官及有司科害搜检之弊，庶军困少苏。”诏从其议。五年，户部尚书叶淇言：“苏、松诸府，连岁荒歉，民买漕米，每石银二两。而北直隶、山东、河南岁供宣、大二边粮料，每石亦银一两。去岁，苏州兑运已折五十万石，每石银一两。今请推行於诸府，而稍差其直。灾重者，石七钱，稍轻者，石仍一两。俱解部转发各边，抵北直隶三处岁供之数，而收三处本色以输京仓，则费省而事易集。”从之。自后岁灾，辄权宜折银，以水次仓支运之粮充其数，而折价以六七钱为率，无复至一两者。
先是，成化间行长运之法。江南州县运粮至南京，令官军就水次兑支，计省加耗输輓之费，得馀米十万石有奇，贮预备仓以资缓急之用。至是，巡抚都御史以兑支有弊，请令如旧上仓而后放支。户部言：“兑支法善，不可易。”诏从部议，以所馀就贮各卫仓，作正支销。又从户部言，山东改兑粮九万石，仍听民自运临、德二仓，令官军支运。正德二年，漕运官请疏通水次仓储，言：“往时民运至淮、徐、临、德四仓，以待卫军支运，后改附近州县水次交兑。已而并支运七十万石亦令改兑。但七十万石之外，犹有交兑不尽者，民仍运赴四仓，久无支销，以致陈腐。请将浙江、江西、湖广正兑粮米三十五万石，折银解京，而令三省卫军赴临、德等仓，支运如所折之数。则诸仓米不腐，三省漕卒便於支运。岁漕额外，又得三十五万折银，一举而数善具矣。”帝命部臣议，如其请。六年，户部侍郎邵宝以漕运迟滞，请复支运法。户部议，支运法废久，不可卒复，事遂寝。
临、德二仓之贮米也，凡十九万，计十年得百九十万。自世宗初，灾伤拨补日多，而山东、河南以岁歉，数请轻减，且二仓囤积多朽腐。於是改折之议屡兴，而仓储渐耗矣。嘉靖元年，漕运总兵杨宏，请以轻赍银听运官道支，为顾僦舟车之费，不必装鞘印封，计算羡馀，以苦漕卒。给事、御史交驳之。户部言：“科道官之论，主于防奸，是也。但轻赍本资转般费，今虑官军侵耗，尽取其赢馀以归太仓，则以脚价为正粮，非立法初意也。”乃议运船至通州，巡仓御史核验，酌量支用实数，著为定规。有羡馀，不输太仓，即用以修船，官旗渔蠹者重罪。轻赍银者，宪宗以诸仓改兑，给路费，始各有耗米；兑运米，俱一平一锐，故有锐米；自随船给运四斗外，馀折银，谓之轻赍。凡四十四万五千馀两。后颇入太仓矣。隆庆中，运道艰阻，议者欲开胶莱河，复海运。由淮安清江浦口，历新坝、马家壕至海仓口，径抵直沽，止循海套，不泛大洋。疏上，遣官勘报，以水多沙碛而止。
神宗时，漕运总督舒应龙言：“国家两都并建，淮、徐、临、德，实南北咽喉。自兑运久行，临、德尚有岁积，而淮、徐二仓无粒米。请自今山东、河南全熟时，尽徵本色上仓。计临、德已足五十馀万，则令纳於二仓，亦积五十万石而止。”从之。当是时，折银渐多。万历三十年，漕运抵京，仅百三十八万馀石。而抚臣议载留漕米以济河工，仓场侍郎赵世卿争之，言：“太仓入不当出，计二年后，六军万姓将待新漕举炊，倘输纳愆期，不复有京师矣。”盖灾伤折银，本折漕粮以抵京军月俸。其时混支以给边饷，遂致银米两空，故世卿争之。自后仓储渐匮，漕政亦益驰。迨於启、祯，天下萧然烦费，岁供愈不足支矣。
运船之数，永乐至景泰，大小无定，为数至多。天顺以后，定船万一千七百七十，官军十二万人。许令附载土宜，免徵税钞。孝宗时限十石，神宗时至六十石。
宪宗立运船至京期限，北直隶、河南、山东五月初一日，南直隶七月初一日，其过江支兑者，展一月，浙江、江西、湖广九月初一日。通计三年考成，违限者，运官降罚。武宗列水程图格，按日次填行止站地，违限之米，顿德州诸仓，曰寄囤。世宗定过淮程限，江北十二月者，江南正月，湖广、浙江、江西三月，神宗时改为二月。又改至京限五月者，缩一月，七八九月者，递缩两月。后又通缩一月。神宗初，定十月开仓，十一月兑竣，大县限船到十日，小县五日。十二月开帮，二月过淮，三月过洪入闸。皆先期以样米呈户部，运粮到日，比验相同乃收。
凡灾伤奏请改折者，毋过七月。题议后期及临时改题者，立案免覆。漂流者，抵换食米。大江漂流为大患，河道为小患；二百石外为大患，二百石内为小患。小患把总勘报，大患具奏，其后不计多寡，概行奏勘矣。
初，船用楠杉，下者乃用松。三年小修，六年大修，十年更造。每船受正耗米四百七十二石。其后船数缺少，一船受米七八百石。附载夹带日多，所在稽留违限。一遇河决，即有漂流，官军因之为奸。水次折乾，沿途侵盗，妄称水火，至有凿船自沉者。
明初，命武臣督海运，尝建漕运使，寻罢。成祖以后用御史，又用侍郎、都御史催督，郎中、员外分理，主事督兑，其制不一。景泰二年始设漕运总督于淮安，与总兵、参将同理漕事。漕司领十二总，十二万军，与京操十二营军相准。初，宣宗令运粮总兵官、巡抚、侍郎岁八月赴京，会议明年漕运事宜，及设漕运总督，则并令总督赴京。至万历十八年后始免。凡岁正月，总漕巡扬州，经理瓜、淮过闸。总兵驻徐、邳，督过洪入闸，同理漕参政管押赴京。攒运则有御史、郎中，押运则有参政，监兑、理刑、管洪、管厂、管闸、管泉、监仓则有主事，清江、卫河有提举。兑毕过淮过洪，巡抚、漕司、河道各以职掌奏报。有司米不备，军卫船不备，过淮误期者，责在巡抚。米具船备，不即验放，非河梗而压帮停泊，过洪误期因而漂冻者，责在漕司。船粮依限，河渠淤浅，疏浚无法，闸坐启闭失时，不得过洪抵湾者，责在河道。
明初，於漕政每加优恤，仁、宣禁役漕舟，宥迟运者。英宗时始扣口粮均摊，而运军不守法度为民害。自后漕政日驰，军以耗米易私物，道售稽程。比至，反买仓米补纳，多不足数。而粮长率搀沙水於米中，河南、山东尤甚，往往蒸湿浥烂不可食。权要贷运军银以罔取利，至请拨关税给船料以取偿。漕运把总率由贿得。仓场额外科取，岁至十四万。世宗初政，诸弊多厘革，然漂流、违限二弊，日以滋甚。中叶以后，益不可究诘矣。
漕粮之外，苏、松、常、嘉、湖五府，输运内府白熟粳糯米十七万四十馀石，内折色八千馀石，各府部糙粳米四万四千馀石，内折色八千八百馀石，令民运。谓之白粮船。自长运法行，粮皆军运，而白粮民运如故。穆宗时，陆树德言：“军运以充军储，民运以充官禄。人知军运之苦，不知民运尤苦也。船户之求索，运军之欺陵，洪闸之守候，入京入仓，厥弊百出。嘉靖初，民运尚有保全之家，十年后无不破矣。以白粮令军带运甚便。”疏入，下部议。不从。
凡诸仓应输者有定数，其或改拨他镇者，水次应兑漕粮，即令坐派镇军领兑者给价，州县官督车户运至远仓，或给军价就令关支者，通谓之穵运。九边之地，输粮大率以车，宣德时，饷开平亦然，而兰、甘、松潘，往往使民背负。永乐中，又尝令广东海运二十万石给交址云。
明初，京卫有军储仓。洪武三年增置至二十所，且建临濠、临清二仓以供转运。各行省有仓，官吏俸取给焉。边境有仓，收屯田所入以给军。州县则设预备仓，东南西北四所，以振凶荒。自钞法行，颇有省革。二十四年储粮十六万石於临清，以给训练骑兵。二十八年置皇城四门仓，储粮给守御军。增京师诸卫仓凡四十一。又�