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朱亮祖的行径引起了朱元璋的震怒，这个杀人只凭一时性起而不是按司法程序办理的皇帝在大怒下立即命人将朱亮祖父子锁拿进京。
洪武十三年（公元1380）九月初三，朱亮祖与长子朱暹一起被朱元璋当廷鞭死。
可惜的是，道同之死并没有警醒朱元璋，此后仍然有数不清的人在这位皇帝的一时火性下无辜丧命，更糟的是他处死朱亮祖父子的方法：从此开了明王朝“廷杖”的先例。终明一朝，数不清的士大夫和清臣直士，都被这种极端的刑罚打掉了性命，打掉了人格尊严。
随着时间的推移，大开杀戒的朱元璋渐渐觉得法规碍事，终于在洪武十五年决定改革禁卫军为十二个亲军卫，其中最出名也最为其重用的，则是“锦衣卫”。这个锦衣卫有“掌直驾侍卫、巡查缉捕”的职能，处理皇帝钦定的案子，相当于皇帝的私人警察部队，下设南北两个镇抚司，五个卫所，拥有自己的监狱（诏狱），在其中任职的校尉力士少则一千多则六万，被称为“缇骑”。他们有权自行逮捕刑讯乃至处决，锦衣卫将正常的司法机构视若无物。只要他们（或者皇帝）看不顺眼的，无论是宰相大臣还是平民百姓，都不需要任何真赃实罪，都可以在片刻间家破人亡。（朱元璋的这一做法，在后来被他的儿孙们广泛采用，终明一世，锦衣卫、东厂、西厂，搅得人世间血雨腥风，恐怖无比。）
八、皇后，天下之母
对于丈夫的这些作为，马皇后深为忧虑。
马皇后是一位极有正义感又极善良的皇后，有时她的善良得甚至显得天真。朱元璋定天下的时候，她虽然对丈夫千依百顺，只要丈夫需要，她就做一切力所能及之事，如亲制军衣军鞋，又如统率部属妻儿，或者将所有财物尽数犒军。不过这些事情对于她来说，只是恪守夫唱夫随而已，对于丈夫的雄心壮志，她也表示赞襄，只是她同时热切地希望并向丈夫进言：“男儿建功立业，你要定天下当然是好事，可最好是多行仁义以正道取胜，尽量不杀人少杀人才好。”
对于妻子的说法，朱元璋“善之”，不过可以想见他也只是“善”妻子的温柔敦厚，对于自己娶了个好女人高兴，而不是“善”妻子的意见。此后无论行军还是施政，他仍然往往在一片草菅人命的血雨腥风中进行。在权势富贵的斗争中，君子行径和偶尔的善念，只会让自己陷入万劫不复的境地。而朱元璋不但将这一点奉行不渝，而且发挥到了极端。朱元璋一定不明白，妻子读了那许多书史，怎么在这方面偏跟自己差这么远。
为了劝谏丈夫宽待臣民，凡事三思，马皇后以“宋多贤后”的名义，在后宫中讲训宋朝家法。对于皇后的用意，曾有识窍的宫妃试图阻止，说宋朝治国理家过于仁厚，不足以效法。马皇后立即反驳：“过于仁厚有何不好？总要比刻薄好吧！”她又有意反问妃嫔：“黄老之术是什么？为何汉初窦太后好此？”妃嫔答道：“清净无为为本。若绝仁弃义，民复教慈，是其教矣。”马皇后据此叹道：“孝慈即仁义也，讵有绝仁义而为孝慈者哉？”
朱元璋时常因为宫人的细微过错发怒，每逢这时马皇后也故意发怒，抢在朱元璋处罚之前下令将犯错的宫女送往宫正司议罪。朱元璋对妻子的做法非常不解，问皇后为什么？马皇后回答：“帝王不应以自己的一时喜恶决定刑罚封赏。陛下你在大怒之时判罪，只怕宫女所受处罚会过于畸重。交给宫正议罪就会合适些。也希望陛下你在朝堂之上不要凭一时情绪就决定臣民罪罚，将论罪之人交给司法机构会更好些。”
可惜，朱元璋虽知妻子谏言的用意，但是他仍然不愿改变自己的处事方法。马皇后不得己，只能趁着他退朝还宫时，抓住少得可怜的机会劝说。亏了马皇后的力量，总算还是有好些人的性命得到了缓救。
曾经有人向朱元璋报告，说参军郭景祥的儿子企图谋杀父亲，朱元璋立即暴怒，下令处死这个儿子。此事幸亏被马皇后听见，她立刻拦住，说：“郭景祥只有这么一个儿子，万一人言有误，你这不是把郭家的后代都给绝了吗？！”朱元璋这才反应过来，连忙召回杀手，派人去调查，果然是有人企图借皇帝的凶暴性子坑害郭家。
李文忠是朱元璋早死的大姐的儿子，自幼跟随在朱元璋身边，做了他的养子，十九岁便成为一员骁将，为明王朝第三大功臣，于洪武二年封曹国公。他后来奉命镇守严州，有人告他行止不法，朱元璋也立即听信，打算将他召回来处治。马皇后劝说道：“临阵换将不宜，何况文忠多年紧随，一向贤能，难道别人一句话就可以这么相信？”这才救了李文忠的性命。而事实不久大白，果是诬告。
宋濂是明初大儒，被公认为是世间第一才子，不但是太子老师，还主持编撰了《元史》。他本人也一向小心谨慎，总算平安退休。偏偏他的孙子宋慎被牵连进了“胡惟庸案”，倒霉的宋濂明明毫无过错竟也不能幸免，朱元璋非要把一大把年纪的他捉来处死不可。
面对老师的悲惨结局，太子朱标伤心欲绝，苦苦向父亲哀求，马皇后也去求情：“老百姓对子弟们的师父，尚且要礼敬终身，何况天子之家？再说宋濂早已无官无职隐居乡里，也不可能被人网罗谋逆。”朱元璋却不肯听从。丈夫对无罪的老臣如此无情，马皇后感到非常悲愤，于是当朱元璋吃饭的时候，她摆了满桌素菜，一点酒肉都没有。朱元璋问妻子为什么？马皇后回答：“妾要为宋先生做福事。”朱元璋见妻儿如此场面，没了办法，饭也不吃，丢下筷子就走了。
第二天，朱元璋终于下令免掉宋濂的死刑，改为谪配茂州。只可惜老迈的宋濂难以面对家破人亡子孙丧命的惨境，到茂州后不久还是忧愤而死了。
沈秀是中国富豪史中的一个奇迹，此人出身贫寒却白手起家，在明初时已经成为富可敌国的人物，以致于人们传说他拣到了一只“聚宝盆”，又说他挖到了逃亡的元将元帝藏财，称之为“沈万三”。在修筑南京城墙时，初建的明王朝财力有限，沈万三主动提出要出三分之一的费用，又愿意出钱犒军。
沈秀的表现若是遇到了汉唐宋各朝皇帝，多半能得到嘉奖，现如今遇上节庆，百姓们也一样能来个“军民联欢”，送些慰劳品。可惜沈财主偏偏遇上了朱元璋。这位出身赤贫的皇帝对于“富人”有一种近乎畸形的痛恨，听了汇报后立即借题发挥：“一介平民竟敢来犒劳军队，莫明其妙！得要立即杀掉。”马皇后虽然明知丈夫是在胡扯，也只得顺情劝说道：“我听说法令只用于诛杀不法之徒，而不能用于诛杀不祥百姓。沈秀做为不祥之民，自有上天降灾于他，您何必动用刑罚？”朱元璋这才悻悻然地改判沈秀流放云南。
朱元璋又下令犯罪的囚徒筑城，马皇后说：“赎罪罚役，国家至恩。但疲囚加役，恐仍不免死亡。”认为犯人已经疲惫不堪，若再服苦役只怕不免丧命。朱元璋听从了劝告，赦免了众犯人。
凡此种种，都说明了一个事实：当朱元璋以极端的方式大火力猛治家国的时候，人们只有在马皇后这里，才能找到一丝安慰，看到一些指望。
可惜的是，马皇后不是神仙，她也是一个生死病死的普通人。
洪武十八年（公元1385），马皇后卧病。八月，皇后的病情逐渐变重，群臣都请求广觅良医。而朱元璋的情绪也随着妻子的病情起伏不定，他对着各处召来的名医大发雷霆：“如果救不了皇后，我就要你们的命！”
病榻上的马皇后听说了这个消息后劝说朱元璋：“人生在世，生死有命，祷祀又有何用？至于医生，也救不了命数当死之人！何必为我而罪连诸医？”朱元璋虽然应允了妻子，但是对丈夫的冲暴性子非常了解的马皇后却仍然从此拒绝服药，坚决不给丈夫在自己死后杀戮群医的理由。
妻子不肯服药，朱元璋虽然贵为皇帝也没有办法。很快，马皇后的病情急转直下，终于到了弥留的时刻。马皇后临终时，朱元璋守在妻子的身边，问她还有什么话要说吗？马皇后说：“愿陛下求贤纳谏，慎终如始，子孙皆贤，臣民得所而已。”就在八月丙戌这一天，五十一岁的马皇后离开了人世。九月入葬孝陵，谥“孝慈皇后”。
对于患难与共的妻子如此撒手，朱元璋十分悲痛，他不止一次当众恸哭。虽然他正在盛年，后宫又有许多嫔妃，但他从此再没有继立皇后。在他心目中，世上再没有其它女人配得上享有马秀英的地位。
对于后宫的女人孩子们来说，失去这样一位慈爱善良的皇后就更是无可挽回的损失，从此再没有人能够在易怒好杀的老皇帝面前保护他们，也再没有人能够那样真正发自内心地关爱他们了。宫人们做歌以寄托难抑的思念，歌曰：“我后圣慈，化行家邦。抚我育我，怀德难忘。怀德难忘，于万斯年。毖彼下泉，悠悠苍天。”
也许是始终难忘夫妻之情，当十年后皇太孙朱允炆长大成人的时候，朱元璋为继承人选定的嫡妃是光禄少卿马全的女儿。在老皇帝的心目里，孙儿象自己一样娶姓马的女子为妻，应该是一件很值得安慰的事情。
永乐元年（公元1403），明成祖朱棣追尊母亲为“孝慈昭宪至仁文德承天顺圣高皇后”，嘉靖十七年（公元1538），明世宗朱厚骢再次追尊马秀英为“孝慈贞化哲顺仁徽成天育圣至德高皇后”。
史书多称马皇后为“千古贤后”，这样的称谓固然恰当，可是同时也多少让人觉得不是滋味。对于马氏来说，用这样的称谓恐怕既不合她的本意，而且扯上了权力意味，反而对她的品德是一种污渎。如果一定要说，那么马氏就是一个再典型不过的中国女人。看起来似乎柔弱，实际却无比坚韧，平时柔顺无争，面对人世的一切风云变幻时却有无比的勇气充分的智慧明智的判断，能够承担许多大男人都畏葸不前的艰难�