为设置长老团这个举措意义不大，只会帮倒忙，所以这一次只选派了七个资历和影响力都偏弱的七个人，在名义上予以协助，决策权下放给了军团。
不得不说，秀吉虽然为人狂悖，治人的手段还是有的。这一处组织机构的变动，对此后的战事起到了相当大的影响。
在战略上日军不再是三路齐进，而是两路并发——哪两路呢？
一左一右。
右路军的总指挥是秀吉的侄子小早川秀秋，他的麾下配置了第一、第三一部（只含黑田本队）、第四、第六以及第八军团的半数，总兵力高达六万五千人。
左路军的总指挥仍旧是宇喜多秀家、麾下配置了第二、第三一部（含毛利吉成、高桥元种队）、第五、第七以及第八军团半数，总兵力为五万人。
根据日军的战略，在第一阶段，右路军将从右路发起佯攻，迫使明、朝联军把注意力放在庆尚道方向，然后左路迅猛出击，全力攻克南原，把全罗道一分为二，然后左、右两路军会师于全州，彻底控制全罗道。
如果能占领整个全罗道，不仅可以彻底解除朝鲜水军的威胁，而且还能让日军水军进入黄海提供补给作业，效率大增。如此一来，日军便可以以全州为基地，无后顾之忧地进攻忠清道与汉城。
不得不说，李舜臣给日本人带来的阴影实在太大了。壬辰战争的败因之一，正是因为日本人没有占领全罗道，导致李舜臣的水军对补给造成威胁，进而丧失了战略主动权。所以，这一次不由得他们不重视。
而此时明、朝联军的状况是如何呢？
在和谈期间，大部分明军陆续撤走回国。截止到丁酉开战之前，留在朝鲜境内的明军不超过一万人。
而远在国内的明军主力，仍旧在慢吞吞地集结中。这倒不怪邢玠，而是要怪他的前任孙矿。孙矿担任经略本来就是一个临时性任命，加上自身能力也不怎么样，到四月份离职之前，他才动员了一万九千名明军，还不及宋应昌在同样时间内筹集兵力的三分之一。
邢玠接过这个烂摊子之后，劳心劳力，截止到六月底，使动员明军总数达到三万八千人。而在同一时期，宋应昌达到的数字是七万。两下一对比，便可知道宋应昌花费了多少心血。而且明军这三万多人是陆陆续续抵达朝鲜，比如解生所部已跟随麻贵到了开城，李如梅的骑兵才在辽东刚刚挪窝。
当然，邢玠也并非什么都没做。他除了调派陆军之外，还做了一个非常关键的决策：水师入朝。当时明军在朝鲜只有浙江水师三千人，而且担负的是从山东向朝鲜运输粮草任务。邢玠从福建、南直隶、吴淞等处又抽调了两千多水师，开着战船北上赴援。这说明邢玠已经意识到制海权的重要性，在后期的海上大战打下了物质基础。
邢玠之所以这么热心调拨水军，与他的反击计划密不可分。
对于即将爆发的战争，明军也制订了针锋相对的计划。总兵麻贵建议先发制人，偷袭釜山擒拿小西行长，逼走加藤清正。可很快他们发现这个计划行不通，无论是打釜山还是蔚山，都必须要把日本水军调开，才能放手一打。因此邢玠建议，杨元和吴惟忠分别驻守南原和忠州，镇守全罗、庆尚二道，麻贵留在汉城居中调度，朝鲜军驻留二道中间的宜宁。等到明军水师一到位，便和朝鲜水师一东一西同时袭扰日本水师，陆军则向釜山、机张两路进发，把日本赶下海。
按照这个构想，杨元的三千辽东军驻守南原，游击陈愚衷的两千人驻守全州，还有吴惟忠的一部分南军驻在忠州。另外还有朝鲜军的主力权僳、郭再佑、金应瑞、李元翼等部驻守在云峰、黄石、昌宁和星州等地。呈现出东明西朝的态势。而麻贵带领的主力明军，将沿着朝鲜西部南下，兵锋直指庆尚北道。
结果邢玠千算万算，没算到元均这个废物。漆川梁海战一夜之间，朝鲜水师全军覆没，邢玠的水路并进之计遂无疾而终。
元均的无能不光拖累了自己，还拖累了明军。因为明军这个计划的主攻方向是庆尚道，而日军的主攻却是在兵力相对空虚的全罗道。朝鲜水师的溃灭，让联军在全罗道登时陷入孤立的窘境。
还没等联军调整防御策略，大规模战斗便爆发了。
丁酉年八月中旬，日本左、右两路大军同时展开了攻击。
右路军一开始摆出的架势，是把主攻方向放在了密阳，大邱。他们一马当先，兵分两路。一路虚兵进攻宜宁、三嘉，沿着洛东江而上，摆出剑指星州的架势，还试探着进攻了附近的重镇高灵。在这里日军遭遇了守军的殊死抵抗。守将郑起龙让全军都穿上红衣，冒充是明军南兵部队，设伏于高灵附近的山中，等日军一接近，立刻大起伏杀。日军对南兵有心理障碍，一看周围伏兵都是红衣，吓得转身就跑。不过这一路本来也是佯攻，既然攻不下高灵，也没有继续纠缠，转头从陕川奔向安义而去。
而另外一路先锋加藤清正，先逼至昌宁。郭再佑知道寡不敌众，遂闭门死守。郭再佑还给部下壮胆，说这里形势险峻，日本人也懂兵法，不会轻易进攻的。过了一夜平安无事，第二天郭再佑派人去打探，发现日本人都撤了；再继续打探，才发现日军非但没撤，反而掉头朝着咸阳、长水而去，很快攻克了位于咸阳北侧的枢纽要道黄石城。
无论是从陕川走安义、居昌，还是从晋州走咸阳，最终都要通过黄石城，才能踏上前往全罗首府全州的大道。所以从一开始，右路军所瞄准的目标就只有黄石城。他们先虚晃两枪，让朝鲜军对日军战略意图造成误判，龟缩到星州和昌宁两处，然后两路主力这才赶到黄石城会师，从天川、镇安一线杀气腾腾地奔全州而去。
攻取黄石城还有一个重要意义，即从侧翼威胁全州，使全州的陈愚衷所部明军不敢赴援南原。这也是日军根据沈惟敬透露的情报而制定的计划——可见沈惟敬在临被捕前的拼死一搏给明军造成了多大的被动。
就在右路军成功甩开朝鲜主力的同时，左路日军与联军在南原爆发了激烈的战斗。
南原位于全罗南道中部，地理位置极其重要。只要控制了南原，北可上全州，南可扼顺天，西可占光州，进退自如，相当于全罗道的十字路口。日军如果想占领整个全罗道，南原必须要捏在手里。
早在五月份的时候，杨元便派了部下李新芳率领两千辽东军进驻了南原。到了六月十三日邢玠的战略布局成熟以后，杨元亲自带了一千人前往，使总兵力达到了三千人。
八月初七，作为左路军先锋的岛津义弘军抵达了求礼，踏入南原境内。杨元一方面命令朝鲜兵使李福男、助防将金敬老等人集结附近驻留朝军，一方面派遣斥候去元川附近刺探敌情。
次日斥候回报，敌势极其浩大，而且更糟糕的是，居昌、三嘉附近也相继传来右路军大举进袭的情报，这让杨元异常紧张。他手里只有三千辽东军马加上一百多家丁，算上朝鲜军也不过六千左右，再算上全州两千明军，也不过八千人。而这次大举进攻的日军，少说也有五万多人。
面对这种压力，杨元没得选择，只能死守。他以辽东军为主力，在城头四面布置了八百人，墙下一千两百人，还有一千人的预备队。朝鲜军也是按照这个比例分配，杨元还让麾下的亲信家丁混编入朝军队伍中，希望能够藉此提升他们的战斗力。
他早在六月驻留南原的时候，就派人增筑了城墙，还在羊马墙增设了不少射击孔，城门安了三门大炮，四周挖深壕沟，摆出坚守的架势。明军之前在这里有过驻军，做过修缮，虽荒弃日久，但总比没有强。
但杨元知道，这些只能延缓沦陷，无法退敌。唯一的指望，就是大将军麻贵能够及时识破日军的主攻方向，尽快来援。当初麻贵在规划战略的时候，有过明确指示：“脱有缓急。南原告全州，全州告公州，公州告京城，次第驰援。”按照这个规定，杨元已经派遣了急使前往全州通知陈愚衷。
他万万没想到，陈愚衷不知哪根弦搭错了，压根没继续上报。
从八月九日到八月十三日，这大概是杨元最难熬的五天。在这五天里，每天斥候都马不停蹄地传来坏消息：“敌人已至屯山岭！”（九日）、“敌人已过宿星岭！”（十一日）、“敌人前锋已抵达蓼川边！”（十二日）。
蓼川边就在南原城东南四十里，日军出现在这里，说明战斗已经一触即发。从南原的城头，杨元可以看到远处村落滚滚黑烟，那是日军一路烧杀抢掠的标记。南原城里已经挤满了军民，都是这几天从附近逃难进来的。这个时候的杨元，应该在心中掠过一丝念头：“干脆撤退吧。”
六千人对五万人，根本不成比例，很难守得住。可是南原和晋州不一样，晋州丢不丢无关大局，南原一丢，整个全罗道就没了。这个责任太大，杨元不敢承担。
唯一能让他稍微放心一点的，是朝鲜兵使李福男的到来。
李福男是一路从求礼溃退而来的，到了南原时身边只有五十多人。当时南原附近已经有许多日军小部队聚集，李福男毫无畏惧，大摇大摆地从敌人之间穿过去。日本人被这种大胆举动惊呆了，居然没前去阻拦，就这么让他进了南原城。
杨元对此十分佩服，拍着李福男肩膀说：“拥兵自保者，滔滔皆是。而公独以孤军赴之，南朝一李侍郎矣。”
八月十三日，日军主力抵达了蓼川边。仿佛为了炫耀兵威似的，他们摆列出了无比煊赫的阵势，拉开了两道阵线。第一道阵线由小西行长的第二军团组成，从防川由禅院一直穿过长城桥，围到南原西门；第二道阵线由岛津义弘、来岛通总、加藤嘉明的水师组成，从漆场截断河流，沿越川、栗场到大毋泉，与西门阵线连接到一处。日军把本阵设在了乡校山和麒麟山上，在城外四处建营，竖起大旗，号角连营，光是支起来的阵幕就连绵不断，层层叠