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1963年1月9日，最高人民法院对潘汉年案正式开庭审理，并当场宣布终审判决：判处潘汉年有期徒刑15年，剥夺政治权利终身。不久，根据宽大处理的精神，认为潘汉年在押期间认罪服法，确有悔改，而且服刑期已超过刑期一半以上，宣布将潘汉年假释后交公安机关管制。
2月13日潘汉年出狱，以“刑释管制分子”的身份和夫人董慧一起被安置在北京南郊团河农场。他的生活境遇虽然有所改善，每月发生活费200元。能够探亲访友、看书写作；但是，他依然是戴着“反革命”帽子的刑释犯，他的“罪名”已经法律认定，能不委屈吗？据他的知友唐瑜回忆，他和唐瑜在这时重逢时，潘自责对人轻信，几乎陷入敌人的圈套，但没有承认自己犯罪和对革命事业有什么损害。潘还说过，几年中他一直在写材料。有一次，潘汉年夫妇去逛颐和园时，巧遇正在陪同外宾的陈毅。陈毅亲切地问了他们的近况，并说要设法催促上面一下。可见，在团河农场时期，有人在关心解决潘汉年的问题，潘汉年自己也在耐心地企盼着柳暗花明的那一天会到来。
“文革”劫难
祸害全国的“文化大革命”发生以后，一切都出乎人们的意料。在这场政治风暴中，潘汉年当然也难逃厄运。“中央文革”为了彻底砸烂所谓旧的公、检、法，给中央公安部领导人和办“潘扬案件”的人员强加了“包庇反革命分子潘汉年”的罪名，将他们都送进了监狱。1967年3月，中央文革小组一纸命令：“请谢富治同志再把扬帆、饶漱石、潘汉年抓起来。”于是，潘汉年和董慧又被收监受审。1981年审理林彪、江青反革命集团案件时，陈伯达亲笔供认；这个没头没尾的纸条“是我开会时受命写的”，“笔迹是我的”。
潘汉年在这一次坐牢期间受到的“审讯”和生活待遇，和上一次有天壤之别。在无休止的折磨下，年已61岁的潘汉年的健康状况迅速恶化。1967年10月，监狱当局给上级主管部门提出了潘汉年已初步诊断为肝癌的病情报告。有关负责人当即请示谢富治，建议专案组抓紧审讯，并给潘增加一点营养，使他多活一些时间，“以利搞清潘犯的问题和挖出更多潘所知道的材料”。这个报告经过谢富治、戚本禹等人审阅同意，最后经江青批准。从这之后的三个月内，潘汉年竟遭到了47次突击审讯。一个多月以后，为了审讯他解放后的“罪行”，又在38天内对“连续作战”41次。身患重病，倍受虐待的潘汉年的身体进一步垮了下来。
经过近三年的突击审讯，大规模的内查外调，在没有发现任何新材料的情况下，1970年7月3日，专案组向“中央文革”提出了关于潘汉年的“罪行审查”和“判刑意见”的报告，提出了对潘汉年“永远开除党籍，判处无期徒刑，剥夺政治权利终身”的处理意见。这一报告经江青送“主席、林副主席、永胜、富治、叶群、作鹏”等圈阅同意。
真正执行这一处理意见却是1975年3月后的事。1975年，在恢复整顿、加强落实政策的形势下，当时的中央加快了各专案工作结案处理的步伐，统一部署将重要犯人分散安置到各地去。潘汉年专案组报经批准，决定对他“维持原判”（即维持1970年7月的判刑处理意见），将他和董慧放到湖南劳改单位，每月各发生活费100元。但是，1970年决定的判处无期徒刑，是在没有办过任何改判的法律手续下否定了1963年的15年有期徒刑；而且是在没有发现任何“新罪行”下的“从严”处理，怎么能说是“落实政策”呢？所以，当专案组向潘汉年宣布安置他到湖南去时，对审查结论和具体处理意见，避而不提。
1975年5月29日，潘汉年在度过了“四人帮”时期的8年冤狱生活之后，被押送到湖南省公安局（“文革”时厅都改为局）所属第三劳改农场——茶陵县洣江茶场安置。他没有公民权，没有通讯自由，不准接近其他犯人，离开场部要经省劳改局批准。尽管是个特殊犯人，但他毕竟可以和同时进秦城监狱而又8年未见的董慧重逢了。夫妇俩相依为命的农场生活，是潘汉年苦难生涯的最后的安慰。
1976年10月，祸国殃民的“四人帮”被一举粉碎后，潘汉年夫妇重新鼓起昭雪沉冤的期望，相信党会重新考虑自己的问题。董慧曾经出面向当时的中共中央负责人写过简略的申诉信，陈述她和潘汉年“并无两心”。但是，在同年冬天，潘汉年的健康状况却严重恶化，多病并发。为了要从茶场医院转到省城医院作进一步检查，经过层层审批，1977年3月24日，潘汉年才得以用“肖叔安”的化名住进长沙湖南省医学院第二附属医院的病房。尽管医院采取了治疗抢救措施，但毕竟无法挽救潘汉年垂危的生命。4月14日19时54分，71岁的潘汉年终于含冤逝世。一个大革命时期入党，在党内历任重要职务，对党和人民事业作出许多重要贡献的共产党员，经过22年冤狱的灾难，不明不白的死去，能不死而无憾、死而无怨吗？党的十一届三中全会之后，恢复了党的实事求是、有错必纠的优良传统，潘汉年的沉冤才得以平反昭雪，恢复了他作为真正的共产党员在中国革命历史上应有的地位。
历史真相
历史是公正的，27年后历史终于还了潘汉年以清白。1982年8月23日，中共中央下达了为潘汉年平反昭雪、恢复名誉的正式文件。历史事实证明：潘汉年是一贯忠于革命的好同志，那些所谓“投降国民党”、“投靠日、汪”、“上海解放后掩护包庇反革命，供给敌人情报”以及“内好”、“特务”的罪名都不能成立。
1963年1月9日，最高人民法院对潘汉年的《刑事判决书》中认定：潘汉年1936年在国共谈判中投降国民党的。1940年前后，投靠日本特务机关和秘密会见汪精卫；上海解放以后，掩护大批反革命分子并供给台湾情报，引起“二六”轰炸（即1950年2月6日台湾国民党飞机对上海的轰炸）。根据这三条“罪名”，潘汉年被定性为“内好”、“特务”、“反革命”。
历史的真相是怎样的呢？
第一，在1936年的国共谈判中，潘汉年并没有“投降国民党”，相反地，他是促成国共第二次合作，共同抗日的有功之臣。
1935年8月，中共驻共产国际代表团以中华苏维埃中央政府和中共中央的名义发表《为抗日救国告全国同胞书》（即《八一宣言》）后，国民党政府曾派其驻苏大使馆武官邓文仪与中共驻共产国际代表团多次会谈，时在莫斯科的潘汉年奉命参加了会谈。后来，中共驻共产国际代表团决定派潘回国与国民党代表陈果夫、陈立夫正式洽谈国共抗日合作事宜。潘汉年于1936年4月离开莫斯科回国，同国民党代表联系后，秘密到达保安向中共中央报告了共产国际代表团关于争取国共合作抗日的意见，以及与国民党当局取得联系的情况。不久，中共中央就决定派他为国共谈判的正式代表，带着中共中央致国民党的信，去南京进行谈判，直到1937年抗战全面爆发。在此期间，潘汉年与陈立夫、张冲等国民党方面的代表经常联系国共谈判事宜。他根据《八一宣言》、陕北瓦窑堡中共中央政治局扩大会议以及中共中央关于建立抗日民族统一战线的文电的精神，向国民党有关人士提出了中共对时局发展的见解和国共谈判的方针和条件，并介绍了自己的一般经历。这些都是属于执行中央指示的正常的工作往来。他和中共中央关于谈判情况来往的文电档案都可证明，在整个谈判过程中，他是坚定地按照中央的谈判方针行事的。第二次国共合作的实现，中国抗日民族统一战线的形成，潘汉年作出了不可磨灭的贡献。在此后的几十年中，也没有任何事实表明潘汉年有勾结国民党、危害共产党的行为。因此，所谓潘汉年“秘密投降国民党，充当国民党特务”的罪名，是根本不能成立的。
第二，抗日战争时期，潘汉年与日、汪特务机关及其头目有过来往，见过汪精卫，决不是“投靠日、汪”，而正是为了了解敌方意图和动向，不计个人安危所表现的深入虎｜穴的过人胆识。他发扬了党的情报工作的优良传统和作风，出色地完成了党的特殊
1941年12月太平洋战争爆发前后，中共中央和中央有关主管部门曾一再指示敌占区的对敌隐蔽斗争的系统，需要派人打入敌伪组织，相机开展工作，了解日、汪、蒋之间的政治动向。争取重要的情报来源。潘汉年坚决执行党中央指示，千方百计利用各种社会关系进行这方面的工作。当时，潘汉年同日、汪特务机关和头面人物之间的活动是工作的需要，其情况均及时向中央作过正式报告。中央主管部门还为此从延安等地选调了一些干部给潘。为了执行这些任务，他决定采取的一些特殊手段，也都是组织上允许的。潘汉年系统在抗战时期的敌占区上海、南京等地开展隐蔽斗争，功绩显著。经过他们机智勇敢的工作，成功地派人打入了敌伪重要的特务机关，取得了不少重要的战略情报供延安决策时作参考，曾经多次得到中央的表扬。他们利用各种关系掩护了一批打入敌人内部工作的同志和上海地下党组织及其领导人，保证了地下党组织的安全。他们在敌占区建立了秘密交通线，不仅保证了淮南根据地与上海之间秘密联系的畅通而且在环境恶化时还通过合法掩护，把在上海难以立足的地下党干部和领导人，�