阵营，还有阿力麻里的新王苏格纳黑特勤和回鹘亦都护巴而术也都率领各自的军队加入之。据巴托尔德估计，蒙军人数约在10至15万之间，尽管花剌子模军在人数上远远超过了蒙军，但蒙军纪律严明，是一个相当紧密的集体。
花剌子模苏丹摩诃末把他的军队分散在锡尔河一线与河中各设防地区之间。结果，尽管花剌子模军在总人数上占优势，但是，他们在每一单独点上的人数比蒙军少。成吉思汗从锡尔河中游的讹答剌附近进入花剌子模境。由他的两个儿子、察合台和窝阔台率领的一支分队围攻讹答剌城，然而，只是在经过了长时期的攻打之后才占领该城。这位征服者的长子术赤率领着另一支分队沿锡尔河而下，占领塞格纳克（在今突厥斯坦城对面）和真德（今波罗威斯克附近）。派往锡尔河上游的五千蒙军占领了别纳客忒（在塔什干以西），围攻忽毡［今苏联列宁纳巴德］，忽毡守将、能干的帖木儿灭里在进行了顽强的抵抗之后乘小船顺锡尔河而下逃走。巴托尔德在此指出，在这次战争中，穆斯林中涌现出来的个人英雄行为和勇士比蒙古人多，但是，唯有蒙军是有组织的、指挥一致的和有纪律的，他们靠这些取得了胜利。
成吉思汗和幼子拖雷率主军直入不花剌城［今布哈拉］，于1220年2月抵达该城。不花剌城的突厥守军企图突破围城者的防线逃跑，但是，结果只是大批被杀死。被守军们遗弃了的居民们投降（1220年2月10日或16日）。城堡被攻占（城堡内曾有400人在此避难），守城卫兵全部被杀。接着，不花剌城经历了一次有条理的彻底的洗劫。居民们遭到抢劫以及种种虐待、威逼和蹂躏，但是，总的来说，被处死的只是那些企图起来抵制胜利者渎圣暴行的人，尤其是在伊斯兰教“教士”们中。志费尼对成吉思汗进入大清真寺时对群众所作的长篇训话和宣布他是“上帝之鞭”的叙述，巴托尔德认为不过是一种传说而已〔185〕。巴托尔德还认为那次彻底摧毁不花剌的大火很可能是偶然引起的。
成吉思汗从不花剌进军撒麻耳干，在撒麻耳干城前与刚攻下讹答剌城的察合台和窝阔台会合。撒麻耳干居民——有一部分仍是伊朗人——勇敢地企图出击，但被压住。据志费尼记述，5天以后该城投降（1220年3月）。该城遭到彻底洗劫，为了宜于行动，首先把全城居民驱逐出城，其中许多人被处死。那些被认为有用的人——如技术工匠——被带往蒙古。突厥守军虽然自发地向蒙古人靠拢，但是，也遭到屠杀，无一人幸免。撒麻耳干的宗教首领们与不花剌的同行们不同，他们没有抵抗，所以大部分人被赦免了〔186〕。受到优待的那些人终于获许回到撒麻耳干，但是，屠杀的规模相当大，以致留下来的居民几乎还不能住满城市的一角。
花剌子模原都城玉龙杰赤——今希瓦附近的乌尔根奇——经长期包围之后，于1221年4月才被攻占。长时期的包围使成吉思汗的两个儿子术赤和察合台不能调动，并且在接近最后阶段时，甚至还要第三个儿子窝阔台参予。〔187〕蒙古人引该城下的阿姆河水灌城，由此完成了他们的破坏行为。
在蒙古征服河中期间，花剌子模苏丹摩诃末被盲目的狂妄自大而招致的灾难所吓倒，从自负走向极端沮丧，最后完全迟钝了。以后他逃到巴里黑［巴尔克赫］，又从巴里黑继续逃到呼罗珊西部，在那里他避难于尼沙普尔［今伊朗霍腊散省内沙布尔］，其后他在与日俱增的恐慌中又跑到与他的统治地区遥遥相对的另一端；伊拉克·阿只迷西北的可疾云［今伊朗德黑兰省加兹温］。但是，成吉思汗已经派出一支由他的两位优秀将领者别和速不台率领的骑兵分队追随他。这是一次疯狂的追逐。巴里黑城在者别和速不台逼近时纳款获赦免，并接受了一位蒙古总督的统治。尼沙普尔接受了一个最糟糕的控制委员会，也免遭厄运，因为者别非常匆忙而未能停留。另一方面，图斯［今伊朗霍腊散省马什哈德北］、达蔑干［今伊朗马赞德兰省达姆甘］、西模娘［今伊朗德黑兰省塞姆南］都遭到速不台的洗劫。这两员蒙古大将继续追赶摩诃末，后来进入了伊拉克·阿只迷，对剌夷［今德黑兰之南］发起突然进攻，他们在剌夷城屠杀男性居民和奴役妇女儿童。他们火速穿过哈马丹［今伊朗西部哈马丹］，抵达哈仑，摩诃末在此几乎落入他们手中，后来又溜掉了。他们摧毁赞詹和可疾云以泄愤。其间，倒霉的摩诃末在里海上一个与阿贝什昆相对的孤岛上避难，在那里他约于1220年12月因精力衰竭而死。以后我们将会看到，者别和速不台继续进攻，从阿哲儿拜占［阿塞拜疆］进入高加索和俄罗斯南部地区〔188〕。
在对付了花剌子模苏丹之后，成吉思汗于1221年春渡过阿姆河，开始从花剌子模残军手中夺取阿富汗的呼罗珊〔189〕。他占领巴里黑，巴里黑的投降者未能保住该城，城市受到全面的摧毁（居民被杀，城市被烧）。在呼罗珊，他派幼子拖雷去夺取莫夫［马里］，莫夫城投降，城中居民也几乎是全部遭到屠杀（1221年2月底）。拖雷坐在安放于莫夫平原上的一把金椅上，目睹了这次集体屠杀。男人、女人、小孩被分开，按类别分配到各个军营中，然后把他们砍头。“只有400名工匠幸免于死”。桑伽苏丹的陵墓被烧，坟被盗空（据传说，正是这时候，游牧地在莫夫草原上的一个乌古思部落迁徙到小亚细亚，该地的塞尔柱克人给该部土地，它在此奠定了奥斯曼帝国的基础）。接着，拖雷又去惩罚尼沙普尔，因为该城于不久前（1220年11月）倒霉地击退并杀了蒙古将军、成吉思汗的女婿脱合察。〔190〕这一次尼沙普尔城被攻占并遭到彻底摧毁（1221年4月10日），脱合察的遗孀主持了这次屠杀。为防止受骗，尸体都被砍头，并将首级按男、女、小孩分别堆成金字塔形。“甚至猫、狗也被宰杀。”蒙古人拆毁了位于图斯附近的哈伦拉施特的陵墓。哈伦拉施特和桑伽的坟，以及所有给阿拉伯…波斯灿烂文明增添光彩的建筑都被一个一个地毁掉。接着，拖雷继续攻占也里［赫拉特］。该城的花剌子模军进行抵抗，但城内的居民们打开了城门，拖雷屠杀了士兵们，仅这一次，他赦免了居民。
后来，拖雷在塔里寒城［今阿富汗木尔加布河上游以北］附近与成吉思汗汇合，刚刚攻占了玉龙杰赤的察合台和窝阔台也前来汇合。
成吉思汗在毁掉塔里寒城之后，越过兴都库什山，去围攻范延［巴米安］。在这次行动中，察合台之子、成吉思汗宠爱的孙子、年轻的木阿秃干被杀。在一次宴会上，征服者亲自把这噩耗告诉察合台，并以札撒的名义禁止他悼念其子，但给死者以流血葬礼的荣誉。范延城陷后，不赦一人，不取一物，概夷灭之。“一切生物都遭屠杀”，范延城址被称为“可诅咒的城市”。〔191〕
与此同时，花剌子模末代苏丹摩诃末的儿子札兰丁·曼古伯惕〔192〕突破蒙军在内萨［土库曼阿什哈巴德东］的防线，逃脱了河中和呼罗珊发生的灾难。他逃到阿富汗山区腹地的加兹尼城避难，他组织了一支新军，后来在喀布尔以北的八鲁湾［今阿富汗查里卡东北］打败了由失吉忽秃忽率领的一支蒙古军团〔193〕。成吉思汗急于为其副帅的失败报仇，前往加兹尼，札兰丁不敢呆在加兹尼等待他的来到。加兹尼城没有作任何抵抗，成吉思汗因急于追赶札兰丁，推迟了毁城的程序。最后，他在印度河岸追上了这位花剌子模王子，并在此击溃了札兰丁的军队（据奈撒微记述，此事发生在1221年11月24日）。札兰丁本人全副武装地策马入河中，顶着雨一般的箭逃跑了。他非常幸运地平安到达了彼岸，由此前往德里苏丹宫廷避难（1221年12月）〔194〕。蒙古人没有立即继续追入印度境内（直到第二年，一支蒙军分队在札剌儿部那颜八剌的命令下进行了远至木尔坦的一次清剿，因天气酷热，短时间之后只得撤退）。但是，在札兰丁逃走之后，他的家庭成员落入蒙古人手中，所有的男孩都被杀。
不过，蒙古人在八鲁湾的失败重新激起了东伊朗尚存的最后一些城市的勇气。成吉思汗首先向加兹尼城民清算，除了被他送往蒙古的工匠以外，城民全部被杀。在八鲁湾战役之后，也里［赫拉特］也起来反叛（1221年11月）。〔195〕蒙古将军宴只吉带在进行了6个月的围攻之后，于1222年6月14日再次攻占该城。全城居民被杀，这场屠杀整整占用了一周的时间。那些返回莫夫的人们曾经愚蠢地杀死了拖雷留在该城的波斯族长官，而拥戴札兰丁。他们遭到失吉忽秃忽的残害，无一人幸免。当大屠杀结束时，蒙古人谨慎地佯装离去。他们走了一程后，凡是躲在城郊或地下室的可怜虫们认为敌人已经走了，又一个一个地出来，这时蒙古后卫部队又折回来进攻他们，将他们消灭。
显然，总的来说，蒙古人在夺取河中和东伊朗的设防城市时，比他们在中国的战争要觉得困难少些。部分原因是他们作为“异教徒”（或者像我们今天应该说的“野蛮人”）在穆斯林中比在中国境内所产生的恐惧更加强烈。在中国，居民们在许多世纪中已经习惯了与他们为邻。其次，在河中和东伊朗，他们似乎更多地利用了当地居民。为了占领一座城市，蒙古人将周围地区——农村和不设防城市——的男性居民集合起来，在战争的时刻，把他们赶到护城渠或城墙边，只要他们的尸体能填满河渠和他们的反复攻击能消耗守城军，即使这些可怜虫被他们自己的同胞刈除，那又有什么关系呢？有时候他们被伪装成蒙古人，每十人举一面蒙古旗，以致守城军看到遍布于草原上的这一大批人马后，相信他们自己已经受到成吉思汗大军�