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段奉命于危难之际，其处境和辛亥革命后袁出而组阁时一样，他要求变更政事堂而成为真正的责任内阁。袁是个老狐狸，他在表面上完全接受了段的意见，发表申令说：“依照《约法》第二十一条，制定政府组织法，树责任内阁之先声。”可是这只是一张空头支票而已，段这时候态度很坚决，他宣称如果没有实权他就不干，袁这才被迫于5月8日下令，废除政事堂，恢复国务院。
段的第一步目的达到，就要求第二步，他请求撤销大元帅统帅办事处，袁在这个呈文上批了一句：“君能每日到部办公乎？”段又请求让陆军部接收模范团和拱卫军，袁来个相应不理。袁这时看出段所走的路完全和自己当年对付清朝一样。
段组阁后不久，他接到梁启超一封信，略云：
“今日之有公，犹辛亥之有项城。清室不让，虽项城不能解辛亥之危；项城不退，虽公不能挽今日之局。”
然而段是袁一手提拔起来的人，他虽然不满意袁，可是正如他自己所说的，对袁是“受恩深重”。他是个十足的旧中国军人，因此认为自己出面倒袁是万万不可以，他需要护国军来打倒袁，然后自己以北洋军系领袖的身份来对付护国军。他知道在此以前是袁一个人和护国军作战，所以护国军能居上风，如果护国军和整个北洋系作战，护国军不一定会居上风的！
袁、段之间在这最后关头仍旧不能谐和，不愉快出在国务院秘书长身上，段一天也离不开他的得意门生徐树铮，他想用徐为国务院秘书长，但因为徐是袁最不欢喜的人，所以段怕当面和袁谈此事时弄僵了，乃转托王士珍。王是个阅历很深的黄老派，他当然也知道袁讨厌徐，又不便对段推辞，乃来一个“拖”字，拖了几天没有下文，段忍耐不住，乃请张国淦代他向袁提出。张碍于段的拜托，乃去见袁，轻声地对袁说：“总理想自己物色一个院秘书长。”他的话才说完，袁的脸色就沉了下来问：“他想用谁？用谁？”张一看情形不妙，可是总统如此追问，只好勉强地说：“想用徐又铮（徐的别号）以资熟手。”袁的脸色更难看了，恨声地说：“真是笑话，军人总理，军人秘书长，这里是东洋刀，那里也是东洋刀。”然而袁气尽管气，当前情况不是闹气的时候，所以又自己转弯，平下脸色对张国淦说：“你去告诉芝泉（段的别号），徐树铮是军事人材，就叫他再任陆军次长吧！”张国淦是知道段曾托过王士珍的，这时王士珍也在坐，他偷眼望了望王；只见王脸上毫无表情，就好像完全什么也不知道，他心里想王真有道行，不愧是“北洋三杰之龙”。
张从袁处出来，立刻就去见段，他当然不把袁那些难听的言语和难看的脸色告诉段，只把袁要徐树铮做陆军次长的话讲了出来。他的话还没有讲完，就见段猛地把桌子一拍，随手把衔在嘴中的烟斗使劲地扔在地板上，脸色的难看超过了袁，大声地说：“怎么，到了今天，还是一点都不肯放手吗！”段这时虽然走袁辛亥年的老路，然而形势上却不如袁，所以他虽然取得责任内阁的虚名，结果连国务院秘书长都不能派，仍是袁指定的王式通担任秘书长，不过折衷办法由徐树铮为帮办秘书，就是副秘书长。
这一幕历史重演来得太快了，辛亥武昌起义后，清政府四面楚歌，草木皆兵，面临垂亡之顷，明明知道用袁世凯是等于吃毒药，然而却不得不饮鸩止渴。不到五年，袁在全国人民一致反对他，旧部纷纷叛离他的危急关头，也不得不起用段以求渡过难关。袁何尝不知道他的这个老干部已经学会了他的本事，以子之矛攻子之盾，他当然是有戒心的：我只是请你来解我的围，不是请你来篡我的位。辛亥年我接收清政府的兵权，现在你想接收我的拱卫军和模范团，辛亥年我向清政府提出责任内阁的条件，而现在你也向我提同样条件，你真是“孔夫子门前卖文章”。
在袁危急存亡关头，段颇想另有作为，大干一番，想不到上台所办的第一件事，却是加速送终袁的天下，就是下令中国、交通两行停止兑付现金。出这个主意的人是梁士诒，梁是民国初年财政巨头，交通系领袖。段、梁两人本极相投，段上台后，认为收拾袁的残局必先整顿财政，所以找梁请教。梁把当时财政内幕全盘托出，并将中国、交通两行实际情形亦告诉了段。梁说：中、交两行流行市面的钞票有7000余万元，而库存只有2000余万元，放出的商款约2000万元，历年贷给政府的有4000万元，目前如果要维持应发的军政各费，又借不到内债或外债，则只有增发钞票一途，增发钞票通货膨胀，可能发生挤兑，局面将不堪收拾。段认为巧妇难为无米炊，只有冒险一途，通令停兑，腾出时日，整理兑现。段遂于5月12日由国务院下令：
“五月十二日国务院令：溯自欧战发生，金融停滞，商业凋敝。近因国内多故，民生日蹙，言念及此，实切隐忧。查各国当金融紧迫之时，国家银行纸币，有暂行停止兑现及禁止提取银行现款之法，以资维持，俾现款可以保存，各业咸资周转。法良利溥，自宜仿照办理。应由财政、交通两部，转饬中国、交通两银行，自奉令之日起，所有该两行已发行之纸币，及应付款项，暂时一律不准兑现付现。一俟大局定后，即行颁布院令，定期兑付。所存之准备现款，应责成该两行一律封存。至各省地方应由各将军、都统、巡按使，凡有该两行分设机关，地方官务即酌派军警，监视该两行，不准私自违今兑现付现。并严行弹压禁止滋扰。如有官商军民人等，不收该两行纸币，或授受者自行低减折扣等情，应随时严行究办。依照《国币条例施行细则》第九条办理，一面与商会及该两行接洽，务期同心努力，一致进行。并饬该两行将所有已发行兑换券种类额数，克日详晰列表，呈报财政部，以防滥发。仰各切实遵行。此令！”
这个命令到上海后，上海中国银行经理宋汉章精明练达顾全大局，立即邀约股东开会商讨应付办法，决定五点：
（一）上海中国银行，由股东联合会举定监察员二人，到行监察，合行事务，悉归股东联合会主持。以后政府不得提用款项，一切悉照普通银行营业办事。（二）本行所有财产负债，已移交外国律师代表股东管理一切，并随时有查帐之权。（三）上海分行钞票，将准备金备足，移交外国律师保管。随时兑现，不得停付，即中央有令他处停止兑现，惟上海仍照向章办理。（四）所有存款，均到期立兑。（五）将来如商家有损失，悉归股东联合会负责向南北政府交涉，归正式政府承认。
由于上海中国银行的这一举措，使得上海商场稳定，毫无惊扰，各省中国银行多有效法。
中、交两行停兑后，外人多归罪于梁士诒，认为是梁恐怕交通银行周转不灵，乃出此策。又有谓袁想逃走，先将中、交两行现款偷运到国外。总之，这是下策，因为这样一来，民心更散，袁个人和袁的政府信用完全破产。
5月29日袁发表《宣布帝制案始末》。这是一篇“大”文章，把变更国体责任诿诸各省公民，把自己说成是一个维持共和的人物，是一个容易受骗的老实人。最后袁且威胁说要把各省区军民长官要求改变国体和先后推戴、请早登大位的文电公布。这是袁死前最后一个、也是最重要的一个文告，特全文登录如下：
大总统告令：据海军总长刘冠雄巡洋回京面称，帝制议案撤销后，群言淆乱，谣诼繁兴，好事者借端煽惑，庞杂支离，请将关于帝制议案始末，明白宣布，以释群疑等语。本大总统前于本年三月二十一日特发明令，将上年十二月十一日承认帝位之案，即行撤销，并以菲躬薄德诚不足以感人，明不足以烛物，引咎自责，不欲多言。乃近来反对之徒，往往造言离奇，全昧事实，在污蔑一人名誉颠倒是非之害小，而鼓动全国风潮，妨害安宁之害大，不得不将事实始末，明白叙述，宣布全国，以息谣煽，而维治安：
查上年各省区公民及满、蒙、回、蒙公民王公等，先后赶参政院代行立法院请愿改革国体，以本大总统之权限，虽不当向国民及立法院有所主张表示，然于维持共和国体，实是当尽之职分；是以特派政事堂右丞杨士琦代莅立法院宣言，以为改革国体，不合事宜，至国民请愿，不外巩固国基，振兴国势，民国宪法，正在起草，衡量国情，详晰讨论，当有适用之良规，是本大总统于国民之请愿，实欲纳诸宪法范围以内。
制定宪法程序，既根于民国《约法》，则国体自在维持之中。旋经立法院据各省区公民及满、蒙、回、藏公民王公等请愿书，建议政府，或提前召集国民会议，或另筹征求民意妥善办法，以为根本解决。
本大总统咨复，以决定宪法为国民会议职权，俟复选告竣，召集开会，以征正确民意；盖犹是以民国宪法为范围之本意也。立法院复据全国请愿联合会、全国公民代表团等再行请愿，开会议决，按《约法》第一章第八条中华民国主权本之国民全体，定以国民代表大会决定国体，并议定《组织法》，咨请公布施行。
查立法院原咨称本大总统咨复，办法已定，不敢轻易变更，特以尊重民意，重付院议，佥谓民心之向背，为国体取舍之根本，该院议决投票，标明赞成或反对，各代表本有自由之权，是立法院为尊重民意而建立此项法案，本大总统自当如议公布。其时满、蒙各王公及各省区文武官吏等，仍请速定君主立宪，情词挚切，迫不及待。本大总统又以改革国体，事端重大，轻率更张，殊非事宜，但《约法》所载，中华民国主权本之国民全体，解决国体，自应听之国民，惟令以督饬所属，维持秩序�