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为什么段不维持汤芗铭的湖南督军而改派他为广东查办使呢？原来就在段发表各省督军名单的前两天，湖南出了事，汤芗铭逃之夭夭。湖南独立时，北洋军第六师在湘西，安武军倪毓棻部在岳州，汤直接指挥的，是北洋军一个混成旅，由旅长车震率领，驻扎在长沙附近。这时候，广西军已有一部分到达衡阳和宝庆。陆荣廷以护国军湘、粤、桂联军总司令身份，于6月初由广东开到湖南，进驻衡州。在湖南内部，赵恒惕等已组成了湘军两师，湘西一部分民军也开到长沙附近成立了一个师。这是个剑拔弩张的局面，袁军与护国军无法和平相处，随时可能发生冲突。汤芗铭的处境，和陈宦在成都有点相同，既不能指挥驻扎在湘西、湘北的袁军，又不能指挥湖南的民军和桂、粤的客军。最糟的是湖南人恨透了这个杀人如麻的汤屠户，因此各路民军围攻长沙，以及国民党人要用手枪和炸弹对付汤的风声传遍了长沙城。7月4日深夜汤芗铭在四面楚歌中离开了长沙。
汤芗铭走后，湘军已成立了三个师，师长是陈复初、赵恒惕、陈忠洵。曾继梧以湘军第一军长暂代湖南都督，龙璋暂代湖南民政长。随后程潜以湖南护国军总司令名义由云南到了湖南，他的部队也改为湘军第四师。汤芗铭的离去，并未减轻湖南的火药味，而7月6日北京政府又发表陈宦为湖南督军兼署省长，陈宦未到任前，派陆荣廷署理督军和省长。这个命令使湖南更加复杂了。
段祺瑞对陈宦印象恶劣极了，那么段又为什么派陈为湖南督军兼署省长呢？这是由于黎元洪坚决主张必须给陈一个督军职务。当汤芗铭逃离湖南后，段打算迅速派遣一支北洋军进驻湖南，又苦于无兵可调，恰好这时陈宦由四川撤出时 ，手上还有两旅兵力，派他就近入湘，既可敷衍黎，又给陈一个戴罪图功的机会。
这道命令立刻引起了湖南人民的激烈反对，湖南人赶走了一个北洋军阀，断不容又来一个北洋军阀，因此湖南各界推举年已七旬的刘人熙为湖南都督。为什么推刘呢？因为刘人熙以前做过广西藩台，与桂军陆荣廷颇有渊源，想通过刘的关系取得桂军协助以拒北洋军。
陆荣廷支持湖南人民这个行动，因为桂军也不希望北洋军大举进驻湖南。北军人湘问题引起了湖南人民和滇军、桂军的反对，其他党派人士如熊希龄、范源濂等则希望调蔡锷回到湖南，国民党人士则希望以甫由美返国的黄兴担任。可是蔡、黄两人均无意于湘督。黄兴推荐谭延辏б宰源Ｌ吩诟鞣蕉加泻芎玫娜嗽担还捅毖笙档墓叵挡还簧睢�
这时，穷途末路的陈宦知道自己不适宜于督湘，因此自动表示辞去湘督，而段祺瑞也了解，如果硬性派北军人湘 ，必会引起战争，段觉得这个用兵时间尚未成熟。因此他于7月16日改派刘人熙为湖南督军，并下令把第六师由湘西调回江西，第七师由四川调往洛阳，第三师也由四川调回岳州。
段祺瑞本来预定的计划是派第三师师长曹锟继陈宦以后的湖南督军，可是，段自己觉得他在北京的基础尚未稳定，必须靠一个可靠的北洋大将在自己身边，以加强自己的地位，因此选中了曹锟。曹一直给人印象是“老实人”，所以段调曹为直系督军。同时把7月间开回岳州的第三师分批调回北方。
这并不等于段完全放弃湖南，因为他又安了一个棋子在湖南，他派他的内亲吴光新率领北军第三旅接防岳州。这当然是埋伏吴做为将来湘督的打算。天下事如要人莫知，除非已莫为。段内定吴为湘督的消息，立刻传遍了湖南，当然又引起湖南全省激烈的反对，甚至公开宣称为了抗阻北军。不惜一战。
段这才了解湖南的强硬，于是在8月3日下令改派谭延辏鲜〕ぜ媸鸲骄Ｋ降摹笆稹笔窃荽囊馑迹握饷钪校商肺〕ぴ荽骄幢硎窘椿挂梢桓龆骄。远握馄诩涓返牡绫ǘ际浅铺肺〕ぁ�
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湖南人对于湘督一职很敏感，这是因为汤芗铭杀戮太甚所招致，而湖南人甚至西南护国军方面，反对北洋军再入湖南的态度，则尤其坚决，不过北洋军留在岳州已是既成事实，所以当时等于有一个默契，只要北军不越过洞庭湖，似乎双方就能和平共存下去。
谭延辏�8月20日就任湘督。
北京政府任命各省督军命令颁布后，首先发生了冯国璋和张勋互争地盘的纠纷。冯、张两人都是袁时代的“上将军”，不过冯在北洋派中的资望远在张勋之上。张勋的地盘在安徽，他的总部则在徐州，并将陇海线徐州以东的广大地区据为己有，这些地区是属于江苏的，冯国璋对此久已不能忍受。袁世凯末期，袁正想利用冯、张两人的利害矛盾以便从中操纵，冯鉴于袁的态度，所以只得隐忍，袁死后，督军命令又发表，冯认为再也不能容忍下去了，因此电请张勋移驻安庆以符定制。那知张勋却告诉冯，他除了安徽督军一职外，还兼长江巡阅使，江苏是在长江流域内，长江巡阅使驻防徐州怎能说不符定制。冯接了这个电报，气得一佛出世，二佛升天，竟气得向北京政府辞职。
冯辞职当然是一种姿态，是敦促北京下令张勋让徐州，然而北京政府这时又哪儿有力量贯彻这种行动，只能委婉地劝张自动让防，张勋根本不理。8月29日，冯再电北京政府，历数辫子军在徐海一带横行不法种种，使人民痛苦不堪，冯身为江苏督军，不能坐视不理，加以张对政府命令置之不理，政府应该处理。于是北京政府再度劝告张勋移驻安庆，那知张勋也来一个辞职手段要胁，他电告北京政府宁可辞去安徽督军，也不会让徐州。冯、张的纠纷只好不了了之了。
这是很妙的现象，安徽省督军的驻地，不在安徽而在江苏，省长的驻地也不在省会安庆而在蚌埠，安庆只设有督军和省长的驻省办事处。安徽的民政、财政、教育等庶政当然是在省会安庆，于是省政诸事每天要用函电向蚌埠请示处理。安徽省长倪嗣冲，也是一个骄横不法的军阀，他怎么说也不肯离开蚌埠。北京政府虽然一再敦促他把省长公署迁至安庆，他也来个相应不理。
6月6日袁去世，6月7日陕西陈树藩宣布取消独立，6月8日四川陈宦宣布取消独立，6月9日广东龙济光也宣布取消独立。段祺瑞对这三个取消独立的地方首长采取各别不同的办法，他的目的只是达到北洋派专政和分化护国军力量。
本来龙济光的独立就很勉强，他是在广西护国军和广东各地民军四面包围下被迫宣布独立的。在宣布独立时，他取得了袁世凯的秘密指示和谅解。所以他虽然独立了，却仍然和袁有密电往来，请袁飞调北洋军由海道开至广东以解救他的危机，袁死后，他又与继承袁的段祺瑞取得了密切联系。
当军务院在肇庆成立时，代理抚军长岑春煊和广西都督陆荣廷都曾电请云南护国军第二军总司令李烈钧取道广西和广东向江西进兵。于是李烈钧便率领张开儒、方声涛两个梯团，于5月12日开到肇庆。这时袁世凯还未死，龙济光当然内心里极不愿意出兵北伐，又拒绝滇军通过广州，他所持的理由是害怕引起误会，主客两军自相冲突。陆荣廷也害怕在广东境内引起这种冲突，因而主张对龙妥协，和龙商定滇军假道广东的路线，由肇庆经三水到琶江口，转乘火车到韶关，避免经过广州。但是6月7日张开儒梯团到达韶关时，袁已去世，龙借此理由，电令韶关镇守使朱福全闭门不纳，迫使滇军露宿城外，龙军又在城上架炮轰击，因此爆发了北江战争。
6月9日龙不和军务院联络便擅自宣告取消独立，龙这一着是想摆脱军务院的干涉，因为他内心一直认为自己是北洋系，所以心甘情愿倒向北京政府，他认为北洋军系是全国最强大的军事力量，依赖北洋系作靠山，他就不怕滇军和桂军，他认为必须要把滇军和桂军驱逐出广东，他才能在广东安枕，所以他在取消独立的同时，秘密电请段内阁要求段三路出兵“援粤”，除由海道运输北洋军来粤外，并令江西、福建两省的北洋军由陆路开进广东，帮他夹击滇军，先击败滇军再驱逐桂军。龙济光的愿望是不让滇、桂军假道广东北伐，这和段祺瑞的内心打算相同，段当然不愿见西南护国军扩大力量，所以在龙济光取消独立后，北京政府发表命令对龙的行动大加赞扬，认为他“具有世界之眼光”。6月21日，北京政府又派龙济光兼任广东巡按使。段内阁的三路援粤计划也在加紧部署中。
当军务院还未撤销前，龙济光就故态复萌了，他指使驻在龙州的嫡系部队济军以敌对态度对付护国军，用坚壁清野的方法对待李烈钧所率假道北伐的滇军，且在城楼上开炮轰击，同时密电请求段祺瑞迅速调派北军三路入粤援助。不料这个电报却被军务院截获，由代理抚军长岑春煊通电揭晓，龙无法抵赖，只好伪造军务院不肯撤销和岑春煊、李烈钧两人密谋攻占广东的往还电以资抵消。
段祺瑞当然不欢喜护国军继续北进，所以接受了龙的乞援电，并电令江西督军李纯就近调遣北洋军第六师全部开往赣南；福建督军李厚基率军开往闽南；并派萨镇冰率海军以保护外侨为名开往广州，伺机消灭滇军，以保全广东为北洋势力范围。�