一般人都以为府院政潮已因黎之软化而告解决，但是段的看法不一样，他认为孙洪伊免职仅仅是内阁内部的问题，不能视为府方的让步，院秘书长徐树铮既然去职，府秘书长丁世峄也该去职。黎本想拒绝段的这个无理要求，可是忽然张勋来一个痛斥丁世峄的电报，因此黎只好同意段的要求，2月25日派夏寿康继任府秘书长。
丁世峄辞秘书长后，发表辞职书有云：
“国务会议以前无议事日程，会议以后无报告，发一令总统不知其用意，任一官总统不知其来历，国务总理恒匝旬不一晤总统，惟见秘书长传达于其间，有所询则以事经阁议，内阁负责为对抗。大总统无见无闻，日以坐待用印为尽职。……曹汝霖使日事，一月以前日外务省早经奏明日皇，而我大总统至时尚未尽知其事。内阁与章公使往来十余电报未一呈阅。
……”
一○四、浙江的变动
浙江是在段祺瑞主政时期纳入北洋势力范围的。
由于浙江督军吕公望不能控制全局，5年12月段派曲同丰到浙江帮助吕公望处理收束军队事务，吕曾在北洋陆军速成学堂肄业，曲是他的老师，有这样的渊源，所以吕对曲有信心。曲、吕会谈时，吕曾提到浙江军官有的不听调度，有的不服编遣，尤其是杭州警察厅长夏超极跋扈，浙江人叫他警察王，吕对夏极为不满。曲说：这次由北京出来，段曾告他，要他告诉吕说可以放手去干，段会做吕的后盾，对于目无督军的浙省军警首长，都可以罢免和调动。曲回北京后，段果然调升夏超为浙江全省警务处长，改派吕公望的心腹傅其永为省会警察厅长，于是浙江的警政变成了不伦不类，有警务处，又有警察厅，警务处长虽然位在厅长之上，但是没有实权，夏超认为这是明升暗降，当然不满，他和浙江军界关系很深，由于他的策动，浙江督署参谋长周凤岐，浙江第二师师长张载阳、第一旅旅长朱伟良、第二旅旅长李炜章、混成旅旅长俞炜都向北京政府辞职，这种辞职是集体罢工。北京回电一律不准。
突然间浙江局势就像一座火山，有随时爆发的可能。5年12月26日，新任浙江省会警察厅长傅其永到厅接事，在该厅举行欢宴时，突有彪形大汉多人涌入警察厅，一言不发就把傅其永抓出大门外，就在警察厅门前把傅不问青红皂白，打得遍体鳞伤，死去活来。
也就是这一天，杭州全城警察一律罢岗，电信机关都由武装人员把守监视。杭州官方发表吕公望的辞职电，并说已将浙江督军和省长两职分别移交给张载阳和周凤岐。可是张、周两人又表示不愿接任。浙江各界人士公推前浙江都督蒋尊簋继任督军，蒋也不肯出山。
吕公望当然不是自愿辞职，他看到杭州城内情势的严重，知道自己无力可以整顿、乃于除夕之日逃出杭州，潜往嘉兴，他抵达嘉兴后，立即发出一则通电，电云：
“……夏超胆敢主使驻厅巡逻队长林文忠率众凶殴傅其永，傅身受重伤，生死莫测。全城警察同时罢岗，并煽动省城一部分军队，乘警察扰攘之时，监守银行电局，捏造公望辞职电报，私举师长张载阳为督军，军署参谋长周凤岐为省长。……数日以来，公望正督率省中正当部队竭力弹压，浙局不难底定……。”
然而吕公望在浙江已无能为力，段祺瑞也深深知道这一事实，所以当他接到浙江内部发生变化消息后，他便电请江苏督军冯国璋就近查办。
夏超是浙江青田人，未曾受过高等教育，民国元年任杭州警察局第一分局第一派出所所长，不久升分局长，再不久升警察局长，为人阴沉，且有野心。
吕公望是浙江永康人，曾参与辛亥独立，为人旷达豪爽，有责任心和正义感。护国起义后，浙人驱逐朱瑞和屈映光，吕当时任嘉湖镇守使，由浙人公推吕为督军兼省长。吕就职后，所遴选的办事人员都很优秀，可惜浙省内部不稳，吕不幸被迫离开杭州。
除了吕公望是浙军中有声望的人而外，张载阳师长和周凤岐参谋长都是浙军中有实力的人物。张载阳字暄初，浙江新昌人；周凤岐字恭先，浙江长兴人。张为人敦厚，人缘较好；周为人机巧，颇有手段。吕公望以下，张、周在浙军中都具有影响力。
在处理浙江问题上，段祺瑞和冯国璋又重行合作了，这当然是表面的、暂时的合作。段除了请冯就近查办而外，还想派淞沪护军使、第四师师长杨善德带兵占领浙江。段的主意冯完全赞成，因为冯希望把中央直辖的淞沪军区收回到江苏省区内，所以他也极力保荐杨善德继任浙江督军。于是北京政府明明知道吕公望的辞职电报是假的，可是仍当做真的处理，民国6年元旦，段内阁明令准吕公望辞职，派杨善德为浙江督军，齐耀珊为浙江省长。
段祺瑞改组浙江的人事命令，并没有通过国务会议，因为如果提付国务会议，就不会通过，最初只是先进行查办，所以段假口新年阁议停开，而浙江问题又未便拖延不决，所以从权先发布这道人事命令。
夏超发觉问题严重，赶走了吕公望却给北洋军一个借口和机会，局势更槽糕了。6年1月1日，杭州电报局又发出吕公望的通电说：“前因脑病骤发，电请辞职，未蒙中央允准，并承各界坚留，势难推诿。自元旦起，力疾供职”，这个电报当然也不是吕公望自己所发的，这个电报是故意装作不知道北京的人事命令。
浙江省议会也通电反对更换督军和省长。浙籍名流章炳麟公开发表谈话说：“杨善德比吕公望更坏，这样的人事更换，非浙江之福。”浙军师旅长也联名电请维持吕公望的地位，以陈肇英团长为首的浙军全体中级军官也通电表示拥护吕公望。
浙江人士举行公民大会，坚持“浙人治浙”，公推各界领袖章炳麟、沈定一、王锡荣、经亨颐入京请愿，请求段内阁收回更换督军、省长命令。浙江的公民大会在火车站前第一舞台召集多次会议，有人建议除了派请愿团而外，还要组织“哭求团”到北京请愿，如果北京政府置之不理，各机关团体的浙江人士即全体辞职以示抗议。
段祺瑞听到浙江方面一致拒绝北洋军，乃发表谈话说：杨善德之赴浙，是因为浙江军警派系不能调和所致，杨入浙决不带一兵一卒。同时段又一再电催吕公望北上，另有借重。
杨善德也表示不带兵入浙，可是浙省公民代表请愿团还未启程北上，而上海的北洋军第四师已整军待发，夏超这时也暗中通款曲于杨善德，愿为内应。
吕公望知道拒绝杨善德入浙已经是不可能的事，乃于1月7日亲到龙华和杨会晤，表示自己愿意交卸，但为了不使浙江全省惊扰，要求杨实践诺言，不带兵入浙，杨表面上和吕敷衍，暗中却命令部下对吕威胁，勒迫吕与杨发出联名通电，保证杨只酌带少数军队入浙，希望浙人不要猜疑。接着杨即配带一旅军队，全副战备开到杭州附近的临平，然后走马上任，这时杨因为有夏超的投附，所以毫无畏惧，从容入杭，就职时出有布告，约束北军对待浙江人民要“以谦和为先，以礼让相接”。同时劝告浙江人民必须与“纪律良好的北军”合作，不得互相惊扰。
北军入浙后，杨善德便撕毁了诺言，源源不绝地派军入浙，从此浙江便纳入北洋系手中了。
吕公望交卸了浙江督军。并没有接受段的邀请北上，后来反而到广东投效孙中山。
夏超既然迎杨善德入浙，而杨因为人地不熟，所以事事倚赖夏，夏一心希望能当省长，可是省长已为齐耀珊占去，他只好仍任警务处长。
冯国璋把杨善德送去浙江后，自以为淞沪护军使一职可以撤除，于是电请北京政府废除淞沪护军使，改设上海镇守使，归江苏军区管辖，并保荐前淮扬镇守使刘询为上海镇守使。
冯始终认为淞沪护军使一职的设置，是割裂江苏军区，是袁世凯用以牵制江苏的不正常措施。原来冯督苏后，江苏一直不是完整的，在上海有淞沪护军使，在徐州又有张勋，冯想借更换浙督送走杨善德，然后把上海纳入江苏范围。可是段却早有安排，不待冯的电报，即于1月6日发表淞沪护军副使、第十师师长卢永祥升任淞沪护军使。冯退一步保荐刘询为淞沪护军副使，段也不肯同意。
一○五、奉天的内讧
袁称帝时，湖北和奉天都闹出将帅不和的纠纷，现在追叙一下。原来湖北将军是袁的干殿下段芝贵，可是会办军务的王占元不把小段放在眼中，要想迫小段离鄂；奉天将军是张锡銮，袁世凯的把兄，曾招安张作霖和冯德麟，袁把老把兄从直隶都督调为奉天都督，是因为张锡銮对张作霖、冯德麟二人有恩，现在张是廿七师师长，冯是廿八师师长，都是奉天的实力派，派别人督奉，怕这两位师长反对，派张锡銮督奉，一方面张在关外时久，有威名，又与张、冯二将有旧，应该是人地相宜。怎知时移势易，天下没有一成不变的，当张、冯两人发觉这位老长官之来奉天，是因为靠他们二人为政治资本，他们对待老长官的态度就颇为冷淡。
张锡銮和段芝贵都受到部下悍将的白眼相加，他们都向袁哭诉，尤其是小段（当时人称段芝贵为小段，以别于段祺瑞），一而再、再而三地向袁面泣，段芝贵的父亲段有恒，在当年张作霖受抚时，是张的保人，所以袁认为让张、段二人对调，或许可以缓和一下，民国4年8月18日，袁发表命令，鄂、奉两督对调，张锡銮奉到督鄂令时，曾题诗云：“二十年前一少尉，而今开府鄂王城。”又有留别属僚的诗：“一身去就等鸿毛，回首辽天夜月高，独架风轮先马卒，恐教别泪染征袍。”
段芝贵来奉接事时，先赴张作霖司令部下榻，以示和张的交谊深厚。这时小段是袁的红人，是北洋军中拥护洪宪帝制的第一号人物，又是段祺瑞的本家和同乡，加上小段的父亲又于张作霖有恩，因此张作霖遂不便拒绝小段上任，心里虽十二万分不愿意，姑且把一股子怨气按捺下去。