源不断地由昭通运到叙府来。
北京方面仍想派吴光新带兵入川平乱，借以达到北洋派控制四川的目的。进步党（研究系）则千方百计想维持戴戡，同时解决成都的兵乱。
四川和贵州两省省议会和两省国会议员也都根据地方观念，发出相对控诉和呼吁。
川、黔军的战争从7月5日到17日，前后共打了12天。7月6日起黔军被围在皇城内，由英、法领事从中调停，戴戡愿意率部退出成都。13日川军开放南门让黔军退走，黔军疑有伏兵，在掠夺南门粮食后，仍然退回皇城，固守待援。17日戴戡把督军和省长的印信咨交省议会保管，然后向南门突围。
滇军罗佩金同意参加周道刚和熊克武所吁请在资中召开的调停会议，宣称干7月13日带兵西上。周道刚则于7月15日由重庆赴资中主持调停会议。
唐继尧于7月16日发出铣电痛斥刘存厚犯上作乱，并称如刘不移师北伐，本人即将亲率三军，吊民伐罪。接着即组织靖国军，自为总司令，以顾品珍、赵又新、庾恩旸、黄毓成、张开儒、方声涛为第一至第六军司令，以罗佩金为第一第二两军总司令，自兼第三至第四军总司令，以叶荃为第五第六两军总司令。靖国军于7月20日发表号电，宣称要先平川乱，然后北伐。
贵州督军刘显世的态度与唐继尧相同，他派王文华率领一支黔军入川援助戴戡，但是戴戡已于7月17日放弃成都，突围而出，下落不明。
戴戡下落不明，黔军失败，这一连串消息传到北京，研究系的首领梁启超十分激动地在国务会议上发言，他说：“我们一定要救援戴循荐（戴戡号），一定要制止刘积之（刘存厚号）的叛变行为。”但是段祺瑞采取了不置可否的态度。
7月24日段祺瑞任命“中立者”周道刚代理督军。27日梁又在国务会议上主张惩办刘存厚，段不好答复，曹汝霖起立发言，假口四川问题真相不明，难作决定，而把梁的建议搁了下来。
周道刚由重庆到了内江，但滇军在嘉定、青神、仁寿、资阳一带已被川军二三两师击退，资中会议无法进行，周道刚乃折返重庆。
由于川战扩大，段祺瑞遂于8月6日派吴光新为四川查办使，率领北军入川查办，并责成湖北督军王占元派兵接防岳州。八月八日又下令催促罗佩金、刘存厚遵照前令迅速入京，所部军队均交周道刚接收统率。这时候，川、滇、黔军才明白段的打算是一心一意要贯彻让北洋系来统治四川。这一来大家又感到有合力抗拒北军的必要，8月6日周道刚、熊克武建议继续进行调停，罗佩金首先表示接受。8月10日周道刚就任代理四川督军，熊克武在夔府和万县沿江地带，布置炮兵阵地，准备迎击北军。
8月10日，从四川回到北京的蒋方震，向内阁及国会报告戴戡已经战死的消息。研究系大受刺激。这时段祺瑞才发表刘存厚部下团长廖谦的报告：“7月21日，戴戡在成都百里外秦皇寺自杀身死。”同时发表周道刚的报告：“戴前督行抵华阳县属秦皇寺附近，突遇前方败退回来之川军，双方因误会开枪互击，戴督中弹身故，其灵榇已由川军运回省城。”
事实上，戴戡是被川军击毙的，同时死难的还有黔军混成旅旅长熊其勋，督署参谋长张承礼，财政厅长黄大暹等在逃往简阳途中，也被追兵击死，黔军5000人全军覆没。
8月10日举行国务会议时，段祺瑞提议追赠戴戡为陆军上将，给银1万两治丧。梁启超却满腔悲愤地坚持要严惩刘存厚，为死者雪冤。段表示要查办后，才能确定责任。梁启超大为生气，不待会议终场即拂袖而去。
这是研究系加入段内阁以来首次受到的难堪待遇。本来自讨平张勋政变以后，研究系在段内阁内如日当中，可是段和研究系的蜜月还不到一个月，研究系一向标榜温和主义，可是矛盾的是他们并不反对段的武力统一政策，还出主意召集临时参议院，公然参加卖国借款条约的签订。到了四川问题发生，直接地侵犯了研究系的利益，才与段有了冲突，到这时才发现段一点也不留情面。
研究系在政治舞台上最红的时期，也是它政治上开始堕落的时期，他们本是改良主义者，在依附北洋军阀后，受到这次打击，从此在政治上的影响越来越少，终于沦为一个无足轻重的政客集团。
川、滇、黔军的第二次调停也无效果。10月下旬，川军第二师在荣县，第三师在资州、内江一带又和滇军大打起来。10月14日周道刚卸下了“中立”伪装，通电斥责滇军顾品珍在内江首先进攻川军第三师。而刘存厚则一再催促北京政府下令讨伐唐继尧。
四川这场战争，川军占有地利，利用川人反对滇军，所以颇占上风。
段祺瑞的内弟吴光新是一个胆小如鼠的将军，他奉命入川，却在宜昌逗留了一个多月不敢前进。段把属于国民党的熊克武调为川边镇守使，把川军第三师长钟体道调为重庆镇守使，钟体道和刘存厚很接近。同时电令陕西督军陈树藩派陕南镇守使管金聚统率一个混成旅开进川北，以策应由湖北开入四川的北军。
10月中旬，川、滇两军在北江、威远、荣县展开了拉锯战，唐继尧把后援部队庚恩旸、黄毓成两军都开到永宁和叙州。
段打算下令讨伐唐继尧，责成刘存厚驱逐滇军出川。冯国璋持相反的意见，认为大事应该化小。段又建议调唐继尧到北京担任参谋总长，如唐不肯北来，即下令讨伐。冯也不以为然。冯最后作这样的让步，就是只讨伐滇军，不提唐继尧。因此10月17日北京政府下令谴责在川的滇军将领黄毓成等，令其迅速退出四川，责成唐继尧查复。
10月24日吴光新率领李炳之混成旅开入重庆，熊克武将所部川军第五师移驻重庆城外50里。但本人仍留在重庆。这期间川军第二三两师夺回内江、威远、荣县、自流井、富顺。滇军向泸叙退却。10月30日，北京政府下令斥责滇军将领顾品珍、赵又新、黄毓成筹集结兵力于泸县、富顺、自流井向川军攻击，均予褫职通缉处分。11月12日授周道刚为四川督军，刘存厚为四川军务会办。
段把吴光新督川任命廷搁，是因为刘存厚有电到北京说：“川事川人可了。”段要利用川军打滇军，所以只好将就川军。
11月6日，唐继尧由昆明移驻毕节，想亲自出马挽救滇军一蹶不振的局势。可是自11月16日到28日，川军第二三两师继续占领泸县、纳溪、南溪、叙州。黄毓成作战受伤，被迫下令停战。11月20日，北京政府加授周道刚陆军上将衔，升任川北道道尹张澜为四川省长。
就在这个时候，湖南局势突然转趋对段不利，段内阁摇摇欲坠，而四川战事也并非一面倒，因为滇军究竟还是一支作战能力很强的部队。12月1日，滇军忽出奇兵绕道偷袭重庆，在重庆西门外15里的浮图关上出现，同时驻綦江的黔军也开到重庆对岸。熊克武的川军也开回重庆。于是吴光新和周道刚都逃之夭夭。
12月8日，北京政府任命刘存厚为四川督军。
一二三、孙中山在粤护法
张勋复辟，黎元洪逃到日本公使馆避难时，海军总长（国民党员）程璧光在上海，他曾派军舰两艘到秦皇岛迎黎南下，同时以海军总长名义发布海军讨伐叛逆的电报。这时冯国璋还在南京，对于程璧光的行动颇为不满。而北洋军阀认为李经羲在6年6月24日组阁时已发表萨镇冰为海军总长，调程璧光为海军总司令，程不应以海军总长名义自由行动。可是国民党认为从6月14日张勋到北京起，黎元洪就失去自由，李经羲内阁根本是张勋的傀儡工具，6月14日以后的总统命令应当视为无效，所以程仍以海军总长名义在上海宣称奉大总统命讨逆。
孙中山在上海曾有一通忠告段祺瑞的严正电文，这是7月19日发出的，电云：
“民国不幸，伪清僭据，足下以为马厂偏师，恢复共和，重奠京邑，此盖强虏自亡之会，而亦足下迷复之机。伏念共和、帝制迭相乘除，已历三次。所以起灭无常者，实由是非不定，刑赏无章耳。夫洪宪佐命之徒，宣统复辟之辅，其为帝制罪犯一也。去年洪宪祸首，隐忍未诛；佐命者既得从宽，则复辟者当然无忌。徐州、彰德二次会议，（张勋发起徐州会议会，与会各省曾在彰德会议一次。）正在足下初任首揆之时，拱手处中，不能锄治，而复奖以勋权，启其骄悍，是以伏戎遍国以有今日。而民间清议，亦谓复辟之祸叛督实为先驱。要求宣战之不已，以至殴击议员；殴击议员之不已，以至解散国会；解散国会之不已，以至复建伪清。本为一人保固权位，以召滔天之灾；足下奖成此患，岂得不为追咎。文于数月前，曾献忠言，不蒙采纳。至黄陂不得已而下免职令，犹不悛改，悻悻以引起祸乱，不负责任为词。今日因败为胜，功过相偿，天日鉴临，人心共谅。乃总理一职，既无同意，亦无副署，实为非法任命；果出黄陂手谕与否，亦未可知。足下当以义师首领自居，岂得以国务总理为号，以免职兴戒，而以复职自贵，狐埋狐搰，皆在一人，岂所谓为国忘身者乎。张勋以愎戾之资，悍然复辟，所统辫兵，素无训练，其势本易与耳；张绍曾等倡谋讨逆，近畿将领，不少靖献之人；器械完利，士马精强，扑灭殷顽，易如反掌；徐州余寇，复何足云；而足下必任段芝贵为东路总司令，倪嗣冲为三省总司令，段本洪宪元凶，倪则叛督首领，一蒙驱使，得冒天功以为己力，沮忠正倡义之气，开叛人狡诈之端，岂自比明之熊文灿耶。乃又抑止诸军，不容兴师致讨，欲以易成之绩，交与倡乱之人，偏私狭隘，毋乃过甚。丙辰近鉴，贻祸相同，此又足下所宜自省者也。文愿足下，上畏民岩，下思补过，任良将以伸正气，讨群叛以塞乱源，诛洪宪佐命以示至公，戮伪主溥仪以惩负约，保国赎愆，敦善于此。若以小腆易败，据为大功，因势乘便，援引帝党，擅据鼎钟，分布爪牙，则西晋八王之相驱除，唐�