亲军总司令、章炳麟为秘书长、许崇智为参军长、李耀汉为筹饷总办。
护法政府并未得到西南军人的支持，云南唐继尧不理不睬，而桂系陆荣廷更为冷淡。
非常国会选出唐继尧为元帅后，9月8日唐来电不受元帅，非常国会和孙大元帅都去电劝勉，同时派章炳麟为劳军使，携带元帅印前往昆明，请唐接受。
不久孙中山又发表唐继尧为川、滇、黔三省靖国军总司令，唐态度仍不合作，甚至滇军师长张开儒被护法政府派为陆军总长，也不就职。
在非常国会选出陆荣廷为元帅的当天，陆致电非常国会表示自己的政见，反对另组政府，主张黎元洪总统复职，同时通电全国声明“以后广东发生任何问题，概不负责”。非常国会对陆这个态度未敢谴责，且于9月3日补作一项决定，迎接黎元洪南来继续执行职权，孙中山也通电表示迎黎的态度。
桂系的广东督军陈炳焜则表示另一种态度，他于9月8日招待广州报界，解释自己的立场，他说：“冯代总统的地位是合法的，段内阁的地位是非法的，所以我们反段不反冯。”至于在广州组织军政府问题，他说，“我不能表示赞成的态度，也不愿采取干涉的态度，但是广东人民不能担负军政府和非常国会的经费开支。”
护法的军政府是设在广州的黄埔公园。当时南来的国会议员可分为三大系，即（一）政学系，（二）益友系，（三）民友系。政学系自称为旧国民党系的稳健派，其领袖李根源是拥护岑春煊的，岑和陆荣廷有部属关系，而岑、陆又和李根源有护国时期在肇庆军务院的关系，云南唐继尧亦因这种关系而有瓜葛，因此政学系在云南和广西占有人和之利。政学系内分为两派，一派是南关五十号，由杨永泰出资组织，为民主政学系之一部分，约有30余议员，拥岑春煊为领袖，重要人物有章士钊、冷遹、张耀曾、谷钟秀、杨永泰、徐傅霖、李肇甫、文群、孙光庭等。一派是石行会馆，系由李根源竭力组成，约占70余议席，利用漠不相关之莫荣新为傀儡。两派主张完全一致，在南方称为主和派，与民友社的主战派对立。
益友系就是益友社，为旧国民党系嫡派中的温和派，其机关原为“褚寓”，主张采进步的唯民的倾向，态度温和，是政学系和民友社中间的调和人，也是非常国会中的多数党，议席近300人。以吴景濂、褚辅成、王正廷等为领袖，这三人中吴为众院议长，褚为副议长，王为参院副议长。
民友系就是民友社，是旧国民党中的急进派，在国会中为最硬派，故有主战派之称。其机关部原为照霞楼，在旧国会中为唯一激烈派。其包含的分子有（一）同盟会嫡派，以林森、谢持、马君武、丁象谦、居正、田桐等为中坚，（二）
韬园俱乐部以孙洪伊为首，（三）为共和派。
在非常国会中，政学系人数虽不多，可是最能翻云覆雨，其他还有新新俱乐部系，系新补两院议员的集团，在非常国会中议席近200人，其政治见地虽随个人之历史与地位而不同，但大多数和益友社系较接近，其党纲采全体合议制，著名人物有张知本、何陶、尹成福、刘云昭、赵中鹄、孔昭成。
内中倾向褚寓的有60名，倾向照霞楼的约50名，倾向政学会的约60名。此外还有蒙古议员俱乐部、文社、广东议员俱乐部、广西议员俱乐部、云南议员俱乐部等五小政团。
原来国会议员南来参加护法的只有100余人，召集正式国会不足法定人数，乃借用民国2年议院法第七条“议员于开会后满一个月尚未到院者，应解其职”之规定，把没有南来的参、众两院议员解职，然后由候补议员递补，凑足法定人数。
护法军政府成立后，段祺瑞要下命令通缉孙中山和非常国会议长吴景濂，冯国璋不肯发表命令，因此由北京检察厅以“背叛民国”罪提起公诉，由司法机关行文全国，通缉孙中山。段不满意，至9月29日，冯终被迫下了通缉令。
护法军政府也下令通缉段祺瑞、梁启超、汤化龙、倪嗣冲四人以资报复。
一二四、段祺瑞在湖南碰壁
段祺瑞第二次组阁后，一心要完成他武力统一中国的美梦，这是他想超越袁世凯的一个野心，这个野心，尤其在借款有着落后更为积极。他的敌人是西南军人，西南包括云南、贵州、四川、广东和广西五省。段的用兵计划准备由四川进攻云南和贵州，由湖南进攻两广。湖南距离北洋派的占领区最近，本身实力又不强硬，是一个假道的理想地带。段打算由湖北、江西两路夹攻湖南，他原打算派吴光新为湖南督军，可是吴表示愿意向四川方面发展，于是段乃决定调淞沪护军使、第十师师长卢永祥为湖南督军。其后因为段拟议中要段芝贵继任江苏督军一案行不通，乃不调走卢永祥。这时候湖南人唱出“湘人治湘”的口号。在北京的湖南著名人士，如熊希龄、范源濂等也主张湘人治湘，维持现状，反对北军入湘，加以谭延辏б院鲜〕ざ娑骄牡煤先嗣堑挠荡鳌�
段祺瑞针对这个情势，采取了一个将计就计的办法，就是派一个自己的亲信而又是湖南人去做湖南督军，既可堵塞一般人的嘴，又可以执行自己的计划，于是发表他最宠信的傅良佐为湖南督军，仍命谭延辏鲜〕ぃ北硎靖盗甲羲涠较妫淮北胂妗８翟诮邮苄氯蚊保卜⒈砹恕叭笾蜗娣秸搿保�
（一）湘人治湘；（二）军民分治；（三）不带北兵入湘。
傅良佐是湖南乾城人，不过和湖南关系太浅，他一直追随段祺瑞，生长和做事都是在北方，所以他在湘人看起来 ，根本不算湘人。至于段祺瑞所保证的不带北兵入境，也很难令人置信，过去杨善德到浙江也有过相同的保证，但既成事实后，北兵即源源入浙。当段和傅良佐都指天誓日地说不带北兵入湘时，驻守保定第二十师（师长范国璋）已奉命调防入湘。
在此以前，陆荣廷曾打电报给冯国璋，要求三年之内勿更动西南各省的军民长官，冯回电表示同意，所以在傅良佐督湘命令发布后，谭延辏讼蚵饺偻⒎傻绺婕保郊吹缜敕肼募笛裕栈爻擅⒅髡呕衔媳绷骄浠撼宓卮趾舷肿矗员：推健？墒欠胍涯延谧鞔稹Ｒ蛭丫押虾退拇ㄓ攵谓换涣私蘸徒鳎虼酥坏冒崖秸飧龅绫ń桓硕巫鞔穑�8月14日段以国务院名义答复陆说：
“谭省长清亮淑慎，勤政爱民，惟军旅非所素娴，故以民事专畀。今日文人不能将兵，已为各国通例。为军事计，为湘省计，为组安（谭号）计，皆以专民事为宜。湘俗强悍，诚如尊论，善用之则为劲旅，以卫国家；否则逾越恒轨，以资扰害，尤非知方通变之才，不能控制统驭。湘省易帅，良非得已，以傅易谭，盖亦几经审慎。傅本湘人，感情素通，断不至因更调而生携贰。明令早颁，势难反汉。远承注念，感何可言。希以此意转告西南群帅为荷。”
段在电报中把更动湘督一事说成是“为事择人”，而把自己私心隐矇，把傅良佐督湘说成是“良非得已”，实在是不由衷之言。
陆荣廷接到段祺瑞以国务院名义所复的“官腔”电报后，知道无法情商，乃示意湖南采取武力抵抗，并表示愿以实力支援。谭廷辏苏偌孛芫禄嵋樽急傅挚贡本钡缜敫魇⊙杆倥杀霸妗薄Ｔ颇隙骄萍桃⒘⒓锤吹纾ㄒ榕汕沧ぴ恋峋娉炭稀Ｂ饺偻⒈硎就猓⒂�8月16日致西南各省电报中说：
“湘督易人，北方疑忌西南之心已昭然若揭，唇亡齿寒，急应力图应付，驻粤滇军开往援助，鄙意极表赞成。”
驻粤滇军是由李烈钧率领，在护国讨袁时期开来两广准备经湖南北伐的。护国时期因云南为发动的基地，所以尽量组成军队，一部由蔡锷率领出四川，一部由李烈钧率领出广东。袁死后，局势大变，在粤和在川的滇军成为大问题，撤回云南，他们不愿意，云南也无力承担，不撤回去他们自然要有所作为，而所驻地也不欢迎他们长期留驻，在川在粤，滇军都遭遇到这个问题。
李烈钧所率领的滇军是驻防在广东北江的，当时广东是在桂系的势力内，当然不愿意滇军留驻，不过他们只希望滇军离粤，援湘抗北正合理想，可是当谭延辏蚍制惹械匾蠊愣骄卤䶮j（桂系）催促滇军迅速出发时，桂系却又不肯发给滇军作战所必需的军费和军火，而滇军也不愿意去打头阵，因此除去虚张声势而外，并无实际行动。
西南的援军还在纸上谈论，而北军入湘则朝发夕至，湘军自然无力单独抵抗，因此湘军本身便起了分化。湘军第二师长陈复初，第二师第四旅旅长朱泽黄，第一师第一旅旅长李右文在军事会议上对于抵抗北军表示了冷淡的态度。陈复初早已受到段的拉拢，因此，谭所能控制的湘军就不到半数，当然更无力抵抗。
谭在这种情况下，只好对于调动督军的命令不表示反抗，并派零陵镇守使望云亭到北京欢迎新督军早日到任，以便早日交卸。有人问他是否愿意留任省长，他说：“当惯了婆婆，如何能做媳妇？”望云亭是北洋派留在湖南的一个内线，谭派他赴北京迎接督军一方面是表示对北京政府的服从，同时也是调虎离山，望启程后，谭立刻派刘建藩代理零陵镇守使。刘建藩是湖南醴陵人，字昆涛，日本士官学校毕业。湘军驱逐汤芗铭时，黄兴介绍他回湖南任军职，由于没有适当位置，谭延辏炫伤謇泶ΥΤぁＵ獯翁放穆舸笈岢渚眩葱腥挝窦险妫虼伺伤砹懔暾蚴厥梗⒔油承还狻⒙尴汝＇和刘雪轩各营。谭同时调第一师第二旅旅长林修梅部接防衡山，以表示不设防长沙，而其中的含意则是集中力量，退守湘南以待两广的援军。
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