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段系对于徐世昌这种做法大为不满，因此对徐大施压力。于是第二天，15日北京政府批准了出席上海和会的北方代表辞职，并罢免傅增湘的教育总长，而由教育次长袁希涛代理部务。同时对于上海和谈破裂，发表一道命令：
“国步多艰，民生为重，和平统一，实今日救国之要图。本大总统就任以来，屡经殚心商洽，始有上海会议之举。其间群言哓杂，而政府持以毅力，喻以肫诚，所期早日观成，稍慰海内喁喁之望。近据总代表朱启钤等电称：‘唐绍仪等于十日提出条件八项，经正式会议，据理否认。唐绍仪等即声明辞职，启钤力陈国家危迫情形，敦劝其从容协商，未能容纳，会议已成停顿，无从应付进行，实负委任，谨引咎辞职’等语。所提条件，外则牵涉邦交，内则动摇国本，法理既多抵触，事实徒益纠纷，显失国人想望统一之同情，殊非彼此促进和平之本旨。除由政府剀切电商，撤回条议，续开会议外，因思沪议成立之初，几经挫折，哓音喑口，前事未忘，既由艰难擘画而来，各有黾勉维持之责。在彼务为一偏之论，罔恤世棼，而政府毅力肫诚，始终如一，断不欲和平曙光，由兹中绝，尤不使兵争惨黩，再见国中。用以至诚恻怛之意，昭示于我国人，须知均属中华，本无畛域，艰危夙共，休戚与同。苟一日未底和平，则政治无法推行，人民益滋耗斁。甚至横流不息，坐召沦胥，责有攸归，悔将奚及？所望周行群彦，戮力同心，振导和平，促成统一。若一方所持成见，终戾事情，则舆论自有至公，非当局不能容纳。若彼此同以国家为重，凡筹虑所及，务期于法理有合，事实可行，则政府自必一秉夙诚，力图斡济，来轸方遒，泯棼何极！凡我国人，其共喻斯旨，勉策厥成焉！此令。”
由于同情学生运动的教育总长傅增湘被罢免，改由次长袁希涛代理部务，北京学生遂再启学潮，5月19日，北京学联宣布中等以上学校全体罢课以示抗议。同时发表罢课宣言，列举三个失望和六项愿望。三个失望是：（一）上海和谈破裂后，北京政府准备签字巴黎和约；（二）北京政府竟罢免傅增湘而挽留曹、章、陆；（三）采用武力镇压学生运动，而对留日学生被殴被捕置之不理。六项愿望是：（一）拒签和约；（二）惩办卖国贼；（三）恢复上海和谈；（四）挽留傅增湘、蔡元培；（五）撤除对学生的警戒；（六）对日本政府提出抗议，要求释放中国留学生，惩办行凶的日警。
罢课之外，同时决定利用罢课期间采取积极行动：（一）组织学生救鲁义勇队，采取自愿原则报名参加，然后集中施行军事训练，以备援救山东；（二）推行各校平民教育演讲团；（三）各校分组十人团维持秩序；（四）各校学生抽出一定时间研究经济问题。
罢课的浪潮蔓延到上海，5月26日，上海中等以上学校响应罢课。随后杭州、太原等地学生也都卷入罢课高潮。于是上海码头工人首先拒绝装卸日货，上海各报拒登日商广告，先施、永安等大百货公司拒售日货。
北京政府感到事态严重，于是国务院就巴黎和会问题分电各省：
“（前略）……嗣因日人一再抗议，协商方面，极力调停，先决议由五国暂收，又改为由日本以完全主权，归还中国，但得继续一部分之经济权，及特别居留地。政府以本旨未达，正在踌躇审议，近得陆使来电谓：‘美国以日人抗争，英深瞻顾，恐和会因之破裂，劝我审察，交还中国一语，亦未能加入条文’但和约正文，陆使亦未阅及，尚俟续电，此事国人甚为注重，既未达最初目的，乃并无交还中国之规定，吾国断难承认。但若竟不签字，则于协商及国际联盟，种种关系，亦不无影响，故签字与否，颇难决定。本日召集两院议员，开谈话会，佥以权衡利害，断难签字为辞。……讨论结果，众论一致，现拟以此问题，正式提交国会，一面电嘱陆使暂缓签字。……国人亦当共体斯意，勿再借口外交，有所激动。……”
日本政府也感到中国反日民气的激昂，乃由外务省通知中国驻日代理公使庄景珂，就日本对山东问题的立场加以说明，希图用这番伪装的和善来缓和反日空气，这个文件略云：
“观日本与中国之关系，中国官民中，往往对于日本之真意，深怀疑虑，且有误信日本此次于交还胶州湾德国租借地于中国之既定方针，将有变更之图。余闻之甚出意外，且深为遗憾。近如牧野男爵，为关于山东问题，说明日本之地位，曾发表其声明于新闻纸上。余于此确认此项之声明，即日本于所口约者，严正确守山东青岛连同中国主权，均须交还中国。而中日两国，为增进相互利益所缔结之一切协定，亦当然诚实遵行。其中国因参战结果，由联合国商得之团匪赔偿金之停付，关税切实值百抽五之加增，……日本对于此等事项，无不欣然维持中国正当之希望……。”
学潮和政潮，激怒了北京真正的主人段祺瑞。他发动潜力，压迫北京政府撤换了镇压学生运动态度缓和的步军统领李长泰，而代之以号称“屠夫”的王怀庆。段党本拟改组京畿警备总司令部为京师卫戍总督署，扩大其职权，节制北京军警，施行长期戒严，但因外交团方面颇不谓然而作罢。
其实，北京早就一直是在军事控制下，报纸和邮电都受到严格检查，学生行动受到严密的监视，北京学联的电报发不出去，只得派人送到天津拍发。
5月24日北京《益世报》被查封，《晨报》、《国民公报》被监视，《国民公报》新闻版面开了两个“天窗”。上海各报驻北京的记者发给上海有关时局的专电也被检查员删改和扣压，因此上海各报所登北京消息就支离破碎，语意不全。北京学生所办的《五月七日》刊被封禁，编者被逮捕，承印的文益印刷局被勒令停止。25日北大举行商学恳亲会，突然跑进军警200余人，强迫他们解散，并捕去学生六人。所以这时的北京，虽没有实行戒严，但实际情况和戒严没有什么分别。
由于军警和马队经常在北京街上巡逻，学生演讲队遂时时遭到阻止，所携旗帜和传单也被夺去，因此演讲队的学生们遂化装成国货贩卖员，三三两两地秘密出发，在军警不注意的地方进行反日宣传。
5月25日北京政府下令禁止人民集会游行和散发传单：
“近日京师及外省各处，辄有集众游行演说，散布传单情事。始因青岛问题，发为激切言论，继则群言泛滥，多轶范围，而不逞之徒，复借端构煽，淆惑人心，于地方治安，关系至钜。值此时局艰屯，国家为重，政府责任所在，对内则应悉心保卫，以期维持公共安宁；对外尤宜先事预防，不使发生纷扰。着责成京外该管文武长官，剀切晓谕，严密稽察。如再有前项情事，务当悉力制止。其不服制止者，应即依法逮办，以遏乱萌。京师为首善之区，尤应注意，前已令饬该管长官等认真防弭，着即恪遵办理。倘奉行不力，或有疏虞，职责攸归，不能曲为宽假也。此令！”
学潮继续扩大，遍及全国，各省当局都为学生这样闹法而深感不安，浙江当局异想天开地叫各校于5月28日提前放假，至于开学日期则由各校校长斟酌情势自行规定。北京政府也仿效浙江办法，可是被学生们拒绝。
由于全国性的抵制日货运动，使日本深受打击，日本驻华公使遂于5月22日提出严重抗议，日本政府且派军舰多艘，集中秦皇岛和福州海面示威。北京政府倍感左右受逼，为了敷衍日本，遂再度下令各省取缔排斥日货运动，内称：“中日邦交素敦睦谊，各地方对日商不得歧视，倘有甘为扰乱者，自应严惩以笃邦交。”然而北京政府的命令，只收到相反的结果。
为了避免引起日本有所借口，25日北京学联发出通告，学生进行演讲，不应仇视日本人，对日本人的生命财产，必须加意保护，即使有日本人前来挑衅，也只好退让，尤其防备日本人伪装故意纵火，阴谋嫁祸，作为侵略中国的借口。
5月下旬，段祺瑞公然通电主张签字巴黎和约。6月1日北京政府正式下令宣示青岛问题，并为曹章陆三个亲日派辩护。令云：
“国步艰难，外交至重，一切国际待遇，当悉准于公法。京外各处，散布传单，集众演说，前经明令申禁，此等举动，悉由青岛问题而起，而群情激切，乃有嫉视日人，抵制日货之宣言，外损邦交，内隳威信，殊堪慨喟。抑知青岛问题，固肇始于前清光绪年间，德国借口曹州教案，始而强力占据，继乃订约租借。欧战开始，英日军队，攻占青岛，其时我国，尚未加入战团，犹赖多方磋议，得以缩小战区，声明还付。迨民国四年，发生中日交涉，我政府悉力坚持，至最后通谍，始与订立新约，于是有交还胶澳之换文。至济顺高徐借款合同，与青岛交涉，截然两事，该合同规定线路，得以协议变更，又有撤退日军，撤废民政署之互换条件，其非认许继续德国权利，显然可见。曹汝霖迭任外交财政，陆宗舆、章宗祥等，先后任驻日公使，各能尽维持补救之力，案牍具在，无难复按。在国人不明真相，致滋误会，无足深责。惟值人心浮动，不逞之徒，易于煽惑，自应剀切宣示，俾释群疑。凡我国人，须知外交繁重，责在当局，政府于此中利害，熟思审处，视国人为尤切，在国人惟当持以镇静�