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在这个电报中，他故意漏去直军最重要的一个人吴佩孚，可以见到段对吴咬牙切齿之恨。
段在皖军战败后，由团河回到府学胡同，既不逃天津，也不奔租界。
皖系之败，不只在东西两战场上，其他各处也是败讯频传。山东德州本被皖军马良攻入，守将商德全退走，嗣由奉军往援，夺回德州。信阳方面皖军赵德龙与河南旅长李奎元激战，赵亦败北。察哈尔都统王廷祯响应曹吴，率军入驻康庄，在居庸关方面与皖军一战，皖军大败。
一七一、惩办祸首处理善后
直皖两系从冯国璋入京接任总统后即开始冷战，前后历时三年，这也是北洋军阀统治期间一个特色——冷战期长，热战期短。直皖冷战了三年，可是打仗不过三四天。尤其怪异的，是两系的阵容并不鲜明，真正敌对的，在皖系方面是段祺瑞和徐树铮可指挥的边防军，在直系方面则是曹锟和吴佩孚所统率的直军。其他各省的两系军人都按兵不动，坐观成败。
边防军战败，第一个倒台的是段祺瑞。段的失败给徐世昌带来一个美丽的幻想，段未倒前，徐有如芒刺在背，现在太上政府既垮，他是北洋的元老，自然可以做北洋派的真正领袖了。徐世昌是大家公认的老狐狸，他有他的打算，他想在直奉两系之间保持一个均衡，同时希望其他各省的军阀也保持原有地盘和地位，以与直奉两系造成鼎足而三之势，互相牵制，这样他就可以成为一个有职有权的总统了。所以他希望直奉军都不要开进北京城来，至于战争完了的后事如——惩办祸首、撤销边防军、改组内阁等等，最好由战胜一方提出具体意见，由他——大总统统一办理，他主张对段宽大，不为己甚，只要解除了兵权，就可自由安居，且应予以相当的优遇，至于皖系和安福分子，除了少数首要外，也尽量少予株连。
徐的宽大主张颇得张作霖的赞同，奉张和皖系并没有血海深仇，不必赶尽杀绝，更微妙的是他乘此机会如能收集皖系的残余，岂不是壮大了自己，所以他的态度非常缓和。曹锟主张惩办一切与事实有关的皖系政客和安福系分子，不过他为了保持和奉系的友好，因此尽可能将就张作霖。可是吴佩孚则主张彻底要肃清安福分子，查抄祸首的财产充作善后经费，解散安福国会，幽禁段祺瑞于汤山。
直皖战争虽然18日已经结束，可是直到23日直奉两军的先头部队才开到北京，24日大队人马开到，分别接管了南北苑兵房。
7月23日北京政府特派王怀庆督办近畿军队收束事宜。24日准免财政总长李思浩、司法总长朱深、交通总长曾毓隽职。派田文烈兼署交通总长，财政、司法两部则由次长代理部务。又准免京畿卫戍司令段芝贵职。26日令撤销曹锟、吴佩孚等处分。批准京师警察总监吴炳湘辞职，派殷鸿寿继任。28日准督办边防事务兼管理将军府事务段祺瑞辞职。令裁撤督办边防事务处。令撤销西北军名义。29日派昭武上将军、热河都统姜桂题兼管将军府事务。
皖系战败后的主戏是直系要求惩办祸首，直系的祸首名单始终未曾公布，据闻名单内有曹汝霖、陆宗舆二人，因为这两位是经手向日本借款的人，陆宗舆在直皖开战前还垫付了定国军（段军）一笔军费。可是曹、陆两人的名字在徐世昌笔下删除了。
江苏督军李纯也电请加入王揖唐祸首之一，湖北督军王占元也请求把吴光新加入，徐世昌认为这两个人都不在北京，没有直接参加战争，应当另案办理。
7月29日北京政府下令通缉祸首，令文如下：
“国家大法，所以范围庶类，缅规干纪，邦有常刑。此次徐树铮等称兵畿辅，贻害闾阎。推原祸始，特因所属西北边防军队，有令交陆军部接收办理，始而蓄意把持，抗不交出。继而煽动军队，遽启兵端，甚至胁迫建威上将军段祺瑞，别立定国军名义，擅调队伍，占用军地军械，逾越法轨，咨逞私图。曾毓隽、段芝贵等，互结党援，同恶相济，或参预密谋，躬亲兵事；或多方勾结，图扰公安，并有滥用职权，侵挪国帑情事，自非从严惩办，何以伸国法而昭炯戒？徐树铮、曾毓隽、段芝贵、丁士源、朱深、王郅隆、梁鸿志、姚震、李思浩、姚国桢等，着分别褫夺官职勋位勋章，由步军统领京师警察厅一体严缉，务获依法讯办。其政治交通等部款项，应责成该部切实彻查，呈候核夺。国家虽存宽大，而似此情罪显著，法律具在，断不能为之曲宥也，此令。”
奉军入京后曾到安福俱乐部去进行搜查，8月4日徐世昌下令解散安福俱乐部，不承认安福系为政党而认为是一个构乱机关。但又声明：
“除已有明令拿办诸人外，其余该部党员，苟非确有附乱证据者，概予免究。其各省区设有该部支部者，一律解散。”
这道命令引起曹锟、吴佩孚和长江三督的严重不满，于是徐世昌乃于8月7日补发命令：
一、“据江苏督军李纯电呈：王揖唐遣派党徒，携带金钱，勾煽江苏军警及缉私各营。并收买会匪，携带危险物，散布扬州镇江省城一带，以图扰乱，均有确凿证据，请拿交法庭惩办等语。王揖唐经派充总代表职务，至为重要，乃竟勾煽军警，多方图乱，实属大干法纪，除已由国务院撤销总代表外，着即褫夺军官，暨所得勋位勋章，由京外各军民长官饬属一体严缉务获，依法惩办，此令。”
二、“前以安福俱乐部为构乱机关，业有令实行解散，所有籍隶该俱乐部之方枢、光云锦、康士铎、郑万瞻、臧荫松、张宣或多方勾煽，赞助奸谋，或淆乱是非，潜图不逞，均属附乱有据，着分别褫夺官职勋章，一律严缉，务获惩办。其余该部党员，均查照前令，免予深究，务各濯磨砥砺，咸与维新。此令。”
“祸首”呢？中国俗话说：成则为王，败则为寇。皖系失败了，气焰煊天的徐树铮也落得如丧家之犬，逃到东交民巷。通缉的十大祸首中，除了财政总长李思浩单独逃往苏俄道胜银行外，全都是躲到东交民巷日本军营内。直奉两系都要求北京政府交涉引渡，当时外交团中英美法三国公使是帮助直系的，主张驱逐罪魁，可是日本和意大利公使则持异议，所以东交民巷中只有英、美、法三国公使馆通饬所属侨民不准容留中国男子，如有容留限即迁出。北京外交部向各国公使馆行文索交祸首，日本公使馆竟坦白承认收容了十祸首中的九位，其复文云：
“徐树铮、曾毓隽、段芝贵、丁士源、朱深、王郅隆、梁鸿志、姚震、姚国桢等九人，咸来本使馆恳求保护，本公使鉴于国际上之通义，及中国几多往例，以为事情不得已而予以承认，决定对于此等诸氏，加以保护。刻将此等诸氏，悉收容公使护卫队营内，并严重戒告，在收容所内，万不得再干预一切政治，且断绝与外部之交通。兹本使特通告于贵代理总长之前（此时外交总长陆徵祥称病请假，由颜惠庆署理。）本使此次之措置，超越政治上之趣旨，即此等诸氏所受之保护，决非基于附属政派之如何，而予以特别待遇，恰以该氏等不属于政派之故，是以本使馆不得拒绝收容。本使并信贵部对于此等衷意，必有所谅解也。八月九日。”
外交部接到日使复文，又致书日使云：
“敝国政府不能承认贵使本月九日通告之件，至为抑歉。刻敝国政府，正从事调查各罪犯之罪状，一俟竣事，即将其犯罪证据，通知贵使，请求引渡，并希望贵使勿令诸犯逃逸，或迁移他处藏匿为荷。”
日使得书，复词拒绝：
“贵总长答复敝使本月九日关于收容徐树铮等于帝国使署兵营之通告回文，业已领悉，……惟贵国大总统颁发捕拿该犯等之命令，系以政治为根据，故敝使署即视为政治犯而容纳保护之。敝使并声明无论彼等将受何等刑事罪名之控诉，敝使不能承认贵总长所请，将彼等引渡也。”
徐树铮在日本兵营里共住了三个月，后来由日本在天津的驻屯军司令小野寺帮他逃走。据说小徐化装成一个日本女人，装进一只柳条箱内，由一个日本军官带进火车里一间头等车厢赴天津。同时京津一路各站都有便装的日本兵严密戒备。小野寺帮助徐脱逃据说完全是个人的行动，不久他便因此事被调回国。后来作了国会议员。
小徐在柳条箱内被运走时，他在箱内低哼京戏“单刀赴会”。
直到11月16日，日本公使小幡正式照会北京外交部，说徐树铮已从日本兵营逃走。这时小徐已安抵上海，住英租界麦根路一所洋房内，这所房子是卢永祥部下师长陈乐山的。
直系胜利后，吴佩孚成为当时最出风头的一个人物，他从衡阳撤军起，就是一时人望。
8月1日他又露了一手，他表示时局纠纷，旷日持久，特欲公诸国民，拟召开国民大会，解决时局，草定大纲八条：
（一）定名。为国民大会。
（二）性质。由国民自行招集，不得用官署监督，以免官僚政客操纵把持。
（三）宗旨。取国民自决主义，凡统一善后，及制定宪法与修正选举方法及一切重大问题，均由国民解决，地方不得借口破坏。
（四）会员。由全国各县农工商会各会各举一人为初选，所举之人不必以各本会为限。如无农工商会，宁缺勿滥。再由全省合选五分之一为复选。俟各省复选完竣，齐集天津或上海，成立开会。
（五）监督。由省县农工商学各会长，互相监督，官府不得干涉。
（六）事务所。先由各省农工商学总会公同组织，为该省总事务所，再由总事务所电知各县农工商学各会，克日成立各县事务所。办事细则，由该所自订。
（七）经费。由各省县自治经费项下开支。
（八）期限。以三个月�