袁世凯这时候已实实在在地把北方军政大权总揽于一身了。清开国时，多尔衮致书史可法说：“我大清之天下，乃得于闯贼而非取之于明朝。”袁世凯现在也是用的这个手法，他对革命军方面说：“我的天下是得之于清朝，而非取之于革命军。”又对清说：“我今日势力乃取之于革命党，而非取之于清朝。”
袁世凯在洹上村以养足疾为名，已经达到了挟清廷以压革命军，养革命势力坐大以要胁清廷的目的。辛亥年九月十一日他到孝感誓师时，对于当前的局势有了四个决定：
（一）谦辞组阁大命。
（二）谏阻清廷迁都。
（三）稳定南方爆炸情势。
（四）清除北方肘腋之患。
根据这四个步骤，他一方面派代表继续向武昌革命政府进行和谈；一方面却令北洋军继续向武昌革命军施压力。至于在北方，则必须消灭吴禄贞，因为吴的纵横才略，以及在北洋军中的基础，如果让他继续留下，则北方的天下便不是袁世凯的了。袁的政治资本是北中国的实力派，如果革命力量在北方长大和发展，则威胁了袁的存在。因此他把消灭北方的革命力量看得比对抗南方革命军工作更为重要。所以他在洹上村时就和亲信秘密商量，采取釜底抽薪的办法，谋杀了吴禄贞。袁很明白，张绍曾是个有妥协性的人，不像吴那么英迈，所以只要解决了吴，北方的革命情绪便会受到极大的打击。果然，滦州兵谏和吴禄贞被刺，使北中国的革命活动缓和了，使得袁世凯有充分时间来达到他个人取天下的阴谋。
吴禄贞字绶卿，湖北云梦人，是同盟会会员，北方革命运动中的中流砥柱，他和清室亲贵良弼最友好。清陆军大臣荫昌奉诏督师南下时，吴时任第六镇统制，曾自告奋勇愿意随行。清廷早知他有大志，但投鼠忌器，不敢把他逼上梁山，乃用假言假语来嘉奖他，暗中令荫昌提防他。吴知自己被疑，乃称疾不行。
北洋军攻下汉口纵火焚烧，吴禄贞乃电劾冯国璋等，同时在石家庄截留清廷南下的辎重。滦州兵谏事起，清廷因为吴和张绍曾、蓝天蔚都是士官同学，第六镇又和廿镇有历史关系。廿镇原驻奉天，前任统制是陈芑，因秋操才调赴滦州，吴禄贞在东北办边务营务多年，廿镇官兵很多是吴的部下。当时吴禄贞、陈芑、蓝天蔚在东北带兵，同是湖北老乡，有关外的湖北三杰雅号。因为有这些历史关系，乃派吴至滦州宣慰，表面上是倚重吴，骨子里是调虎离山，把吴调离第六镇统制，使他不能掀风作浪。
吴禄贞到滦州，张绍曾正好借重他的威望来加强廿镇官兵内部的团结，请他向全体将士讲话，他于是发表了一篇动人的演说。他分析革命大势，讲述古往今来成大功立大业的故事，然后宣布他的计划，他说：“荫昌已经领清兵南征武昌，北京城内空虚，各位如果愿意听从我的话，我们这时高举义旗，掩袭北京，必可兵不血刃，然后绥靖士兵，变易帝制，传檄东南，释甲寝兵，开天辟地的大事业由此而定，何必谈什么君主立宪。”
他的言论鼓励了整个廿镇，于是先电奏清廷，说是他的宣抚工作已收了效，使北京对滦州兵变松弛了戒备，同时滦州方面则积极部署，以滦州张绍曾的廿镇为第一军，奉天蓝天蔚的第二混成协为第二军，新屯卢永祥的第三镇为第三军；三军同时发动，会师丰台，以逼北京。这个计划本有成功的希望，不料廿镇中有人对革命无信心，驰往北京告变，清廷乃密调滦州火车来北京，以阻止廿镇运兵。同时因山西独立，于是派吴禄贞为山西巡抚，调第六镇的一部分军队由石家庄进攻娘子关。吴在滦州闻命，匆匆赶至石家庄，阻止他部下进攻娘子关，自己单骑进入娘子关和山西都督阎锡山会晤，共同商定革命行动。阎乃举吴为燕晋联军大都督，吴阎所商的计划是：（一）晋军、第六镇、第廿镇三路进攻北京；（二）第廿镇截断京奉、津浦铁路；（三）第六镇截断京汉铁路。吴商妥后仍折返石家庄，以山西巡抚名义回奏清廷，诡说晋军已受招抚。
吴做梦也想不到他的部下，第六镇第十二协协统周符麟已被袁世凯收买，于九月十七日包围正太车站。周率部下谒吴禄贞于办公室，当吴送周出门时，一名叛将马惠田突以手枪轰击，吴遂死难，死时年仅卅有二。周把吴的首级割下，拟向袁讨赏，不料袁翻脸不认人，原答允周的第六镇统制不仅变了卦，还把周的十二协协统职位也取消。后来山西人感念吴，重金购回吴的头颅瘗于石家庄，至今墓地犹在。
辛亥年九月十二日清廷发表袁世凯为内阁总理大臣，袁这天离开彰德前往孝感视师，到孝感后致电清廷，极力劝阻“北狩热河”的拟议。
袁的打算都顺利实现，而清廷也接受了他的六项条件，辛亥年九月十九日资政院通过了清摄政王提名袁世凯为内阁总理大臣。九月二十三日袁浩浩荡荡地率领大批卫队，威武而显赫地到了北京。九月二十六日组成了责任内阁。内阁名单是：
内阁总理大臣袁世凯。
外务部大臣梁敦彦，副大臣胡惟德。
民政部大臣赵秉钧，副大臣乌珍。
度支部大臣严修，副大臣陈锦涛（辞不就）。
陆军部大臣王士珍，副大臣田文烈。
海军部大臣萨镇冰，副大臣谭学衡。
学务部大臣唐景崇，副大臣杨度（辞不就）。
司法部大臣沈家本，副大臣梁启超。
邮传部大臣杨士琦，副大臣梁如浩（梁士诒署理）。
农工商部大臣张謇，副大臣熙彦。
理藩部大臣达寿，副大臣荣勋。
上面这个名单中，有许多君主立宪派的人物，如梁启超、张謇都名列榜上，其实很多人都没有到北京来就职。袁世凯的用意是想吸收他们作为君主立宪和责任内阁的点缀品，借以表示他的内阁已不同于旧的清政府。
袁阁成立后，宣统的父亲载沣就解除摄政王地位，而恢复了他的醇亲王封号退归藩邸。
袁世凯责任内阁组成后，最重要的事情是要把清廷的军事大权掌握在自己手中，这是最切实的基本问题。袁最懂得权术，如果不能控制着军队，主持责任内阁也没有用，所以他在组阁的同时，就要把北方和北京的军事大权完全掌握在自己的手上，他已经取得了近畿北洋各镇和毅军姜桂题等的节制调遣全权，可是北京城内还有军咨府大臣载涛（宣统的叔父，载沣的兄弟）统率的禁卫军，这个禁卫军在北京就足以使袁不敢恣意作为。这支禁卫军是载沣做摄政王放黜袁世凯以后组成的，可以说组织这支军队的目的完全为了保护满族亲贵。禁卫军全是满人，他们待遇好，训练好，装备也好。袁世凯组阁后便向清廷建议，革命军大敌当前，为了振奋军心，为了鼓励士气，禁卫军应该起一种倡导和示范，皇族大臣也该为臣民表率，所以应由皇族大臣率领一部分禁卫军出征南方。他的这个题目很光明正大，可是这样一个提议，就足够把载涛吓得魂飞天外。载涛是出了名的胆小如鼠，他一听袁世凯要点他为帅，立刻找到庆亲王奕劻，求他向老袁说情，这一遭免了他的“军役”。在满洲皇族亲贵中，奕劻是最和袁世凯有交情。奕劻贪财，袁能投其所好，虽然隐居洹上，可是仍不时对奕劻有所报效，因此奕劻任内阁总理大臣时便曾对载沣兄弟宣称，这个总理大臣职务非交给老袁不可，以此奕劻和袁世凯是很亲近的。载涛的请求正合了袁的希望，他同意不调载涛上前线，同时也接受了载涛辞去军咨府大臣的职务，并立即推荐自己的老朋友徐世昌继任军咨府大臣，于是禁卫军的统率权也由皇族手中移转到袁系手中了。
除了安置徐世昌为军咨府大臣外，并且从汉口调回来冯国璋。当时冯国璋是荫昌下面的第一军总统，这个第一军是一个战斗编制，为了对南方革命军作战编组的，下辖第六镇（统制李纯）、第二镇的第三协（协统王占元）、第四镇的第八协（协统陈光远）。袁调冯国璋回北京，派冯为禁卫军军统，以切实掌握禁卫军军权。同时调第二军总统段祺瑞署理湖广总督兼统冯国璋的第一军，驻节孝感，全权主持前线和革命军作战任务。此外袁并把自己带进北京的卫队编为拱卫军，派段芝贵为拱卫军统领，负责北京城内的护卫责任，而把原来的禁卫军调到北京城外驻扎。
袁组成责任内阁，曾公开发表他的政见于《时报》，他说：“中国数百年来号称专制，其实即专制亦不完全，致民人不知尊敬政府，民人亦不明白政府应担责任。现在所以鼓动人民，而民人乐从者，无非曰不纳税、无政府耳。此亦由国无责任政府，数百年于兹之故。
中国进步党中有两种人，一种主张民主共和，一种主张君主立宪。余不知中国人民欲为共和国民，是否真能成熟？抑现在所标榜之共和主义，真为民人所主持者也？中国情形纷扰，不过起于一二党魁之议论，外人有不能知其详者。故欲设立坚固政府，必当询问其意见于多数国民，不当取决于少数。
上所陈外又各有利益，各有意见，学界、军界、绅界、商界各发议论，若任其处处各为一小团体，则意见不能融洽，或且发生瓜分之祸矣。
清政府现在虽无收服人心之策，而已颁明宪法信条十九条，大权将在人民之手。故以限制君权之君主立宪政体与国民欲取以尝试而不论是否合宜之他种政体比较，则君主立宪实为经常之计。
余爱中国之民，较之共和党人主持急进者，有过之无不及。故我所兢兢者在改革之实行。明知所担责任宏大，顾余非为名誉权利起见，似欲为中国恢复秩序，意在有益于中国，使无波折耳。
故余仍望和议有成，凡民人意在保全中国者，务使其各党满意，恢复和平，建设一坚固之政府。余知国民意见明通，当不愿目睹其本国之破坏，故欲进共和党人与之筹议方略，使终战局，破除各种情意睽隔，而将从前种种不便于民者一概除去。
至各省纷纷