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亨利三世在位期间始终保持了任免教皇的权限，并且适宜地运用这个权限使之有利于革新。
废黜格雷高里六世之后，他任命了一个日耳曼籍主教，班伯格的苏得格尔；罗马人放弃了他们一向要求但却几乎从来也不善于行使的选举权。新
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教皇于翌年逝世。皇帝指名推荐的另一名，据说由于毒害也旋即死去。于是亨利三世选立了他的一名亲戚，土鲁人布鲁诺，号称列奥九世（１０４９—１０５４）。列奥是个热诚的革新家，他经常到处旅行并主持了许多次宗教会议；他企图击退盘据在意大利南部的诺曼人，但结果并未成功。希尔得布兰得是他的朋友，并几乎也可以称为是他的学生。他死后皇帝于公元１０５５年委派了另一位教皇，爱赫史塔人革布哈尔德，号称维克多二世。然而皇帝于翌年死去，又过了一年这位教皇也死去了。从这时起皇帝和教皇关系已变得不似以前那样和睦了。通过亨利三世的支援教皇于获得了道德威信之后，首先要求独立于皇帝，继而便要求优越于皇帝。于是开始了历时达二百余年，最后以皇帝的败北为结局的大纷争。所以从长远的见地来看，亨利三世革新教皇制的政策可能还是缺乏了预见性。
下一代皇帝亨利四世统治了五十年（１０５６—１１０６年）。
起初他还未成年，由母后阿格尼斯摄政。司提反九世作了一年教皇，他死后红衣主教们选出了一位教皇；当时罗马人重申他们早已放弃的选举权，选出了另一位教皇。太后支援了红衣主教们，他们选立了一位教皇号称尼古拉二世。虽然他的统治只有三年，但这一时期却极其重要。
他和诺曼人媾和，从而减轻了教廷对皇帝的依赖，在他掌教期间，教皇的选出是由一项教令来决定的，按照这项教令选举首先由罗马市郊六个红衣主教管区的红衣主教们进行，然后再经由其他主教，并最后通过罗马城中的僧侣及市民。据人推测，僧侣及市民的参与，只是形式而已。实际上教皇的选举者只是罗马市郊的
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六个红衣主教。如果可能，选举必须在罗马举行；但如遇有困难或不适宜在罗马举行的情况时，也可以在其他地方举行。
在整个选举过程中皇帝是没有份的。这项教令经历了一场斗争之后才获得人们的承认，它是使教皇制脱离俗界控制的一个必要的步骤。
尼古拉二世严格执行了一项教令，确定今后凡经由圣职买卖而获得的圣职一概无效。但该项教令并不追及既往，因为这样作就势必牵扯到大多数在职祭司的任职问题。
尼古拉二世任期内，米兰开始了一场有趣的斗争。该地的大主教追随安布洛斯的传统对教皇要求了一定程度的独立自主。他和他的僧侣联合了贵族阶级，坚决反对革新。商人和下层社会，与此相反，希冀着僧侣的虔诚；这时发生了支持僧侣独身运动的一些暴动和一次名叫帕塔林，反对大主教及其支持者的强大革新运动。
为了支援革新教皇于公元１０５９年把赫赫有名的圣彼得。达米安作为自己的代表派往米兰。
达米安是《论神的全能》一书的作者，该书主张说上帝能作。。。。。
出与矛盾律相反的事物，并能撤消过去（这种见解曾受到圣托马斯驳斥，并自此不再属于正统教义）。他反对辩证法，并把哲学说成神学的侍婢。有如我们所知，他是罗穆阿勒德隐士的信徒，素来厌烦处理事务性的工作，然而他的圣洁，却是教廷可贵的财宝，致使教廷不遗余力地争取他协助革新运动，而他也终于听从了教皇的劝说。
公元１０５９年他在米兰的僧侣集会上作了一次反对圣职买卖的演讲。起初听众们激怒得几将危害他的生命，但他的雄辩终于感动了他们，使他们一个个恸哭流涕地认了罪。而且还约定自此效忠于罗马。在
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下一位教皇的任期内，皇帝与教皇关于米兰教座发生了一次争端，在这次争端中，教皇由于获得了帕塔林派的支援，取得了最后的胜利。
公元１０６１年尼古拉二世死去时，亨利已经成年了。
他和红衣主教间发生了一场有关教皇继承问题的争执。皇帝从未承认有关教皇选举的教令，同时也不准备放弃他在选举教皇事宜中的权利。这场争执持续了三年之久，但最后还是以红衣主教们的选择成为定局。皇帝与教廷之间并未进行决定性的实力较量。形势之所以一变，主要是由于红衣主教们选出的这位教皇的卓越的品德。
他是一位既有德行又有经验的人，除此之外还曾受业于朗弗兰，亦即以后的坎特伯雷的大主教）。公元１０７３年这位教皇，亚历山大二世死去了，继他选出的是希尔得布兰得（格雷高里七世）。
格雷高里七世（１０７３—８５年）是历代教皇中最杰出的人物之一。他早已显露头角，并对教廷政策给予很大影响，正是由于他，教皇亚历山大二世才为征服者维廉征服英格兰的企图祝了福。他还偏袒过在意大利和在北方的诺曼人。他曾是为了制止买卖圣职首先买到教皇职位的教皇，格雷高里六世门下的被保护者；教皇格雷高里六世被废后，希尔得布兰得过了两年流亡生活。他余生的大部分时间住在罗马。他不是一个有学问的人，他却从他素所崇拜的英雄，大格雷高里间接学到了圣奥古斯丁的教义，并为此受到极大鼓舞。当他作了教皇以后他相信自己是圣彼得的代言人。这曾给予他某种程度上的自信，但这种自信若以世俗尺度去衡量则是无从首肯的。他认为皇帝的权威也是出于神授：起初，他把皇帝
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和教皇比作两只眼睛；当他和皇帝发生了争执以后，他便把二者比作太阳和月亮，——教皇当然是太阳。教皇在道德方面必须是至上的，因此，假若皇帝无道，教皇就有权废除皇帝。世上没有什么比反抗教皇再不道德的了。所有这些他都深信不疑。
为了强制僧侣独身，格雷高里七世比以前任何教皇尽力都多。
在德意志教士们起而反抗，由于这一原因以及其它，他们倾倒于皇帝的一方。然而，俗众却到处渴望他们的祭司过独身生活。格雷高里煽起俗众暴乱用以抵制结婚的祭司和他们的妻子，这时僧侣夫妻经常遭到令人发指的虐待。他号召俗众不去参加那些拒不听命的祭司为人举行的弥撒。他申令既婚僧侣举行的圣礼概为无效，并且禁止这样的僧侣进入教会。所有这些都曾激起僧侣们的反抗，和俗众的拥护；即便在教皇们过去经常遭遇生命危险的罗马，他却受到群众的欢迎。
在格雷高里任期中开始了有关“授职礼”的大纷争。当一个主教被授予圣职的时候，即被授予一个指环和一支手杖作为其职权的标帜。这些东西向来是由皇帝或国王（按其地区而定）
，以该主教的封建统治者的身分，而授予主教的。格雷高里坚持这些东西应由教皇授予。这场争执是使教阶制度脱离封建体系的工作之一。这场争执持续了很久，但最后却由教廷获得了全面的胜利。
导致卡诺萨事件的纷争起因于米兰的大主教教区问题，公元１０７５年皇帝因有副主教们的协助任命了一个大主教；教皇认为这是侵犯他的特权，遂以破门和废黜来威胁皇帝。皇
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帝在沃尔姆斯召集了一个主教们的宗教会议来进行报复，会上主教们声明不再效忠于教皇。
他们写信控诉他犯有奸淫罪，伪证罪，和（比这些更严重的）虐待主教罪。皇帝也写给他一封信主张皇帝应超越一切地上的裁判。皇帝和他的主教们宣布格雷高里已被废黜；格雷高里则给予皇帝和主教们破门处分，并宣布他们已被废黜。于是一场闹剧便这样开始了。
在第一幕里，胜利归属于教皇。撒克逊人以前曾背叛过亨利四世，随后又和他言归于好，但以后又叛变了；德意志的主教们也同格雷高里讲了和。皇帝对待教皇的态度使得举世为之震骇。因此，翌年（公元１０７７年）亨利乃决心去寻求教皇的宽恕。在严冬季节他带着妻子幼儿和少数扈从越过塞尼山口，来到教皇居住的卡诺萨城堡前苦苦哀求。教皇让他穿着悔罪服，赤着脚在堡外等候了三天。
他终于被引见了。
在他表示过忏悔并宣誓将来一定按照教皇指示对待教皇在德意志的敌对者之后，才承蒙赦罪并恢复了教籍。
然而教皇的胜利却落了空。他受到了自己神学戒律的束缚，在这些戒律中有一条要求对悔罪者给以赦罪。
说也奇怪，他竟然受到亨利的欺骗，误认亨利的忏悔出于真诚。不久他便察觉了自己的错误。他已不能再去支援亨利的德意志敌对者，因为他们觉得教皇已经出卖了他们。从这时起事情开始转变得对他不利起来。
亨利的德意志敌对者为了对抗，选出了另外一位皇帝，名叫卢多勒夫。开始时，教皇一面主张帝位归属问题应由他来决定，但一面却又拒绝作出任何决定。
公元１０８０年当他体会到亨利的悔过并无诚意，才终于宣布卢多勒夫为皇帝。然而
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约在这时，亨利在德意志已制伏了他的大部分敌对者。同时并借重他的僧侣拥护者选出一位敌对教皇。他带着这位敌对教皇于公元１０８４年进入罗马。
他这位敌对教皇正式给他行了加冕礼，但他们二人却不得不在营救格雷高里的诺�