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保密局成立后的两三年中，在反共活动方面，毛人凤一直认为比过去军统局时期更有成绩。他最得意的是更加受到蒋介石的奖励，主要的有：（一）1946年在上海破坏过中共苏北地区的一个财经贸易组织，截获到一只小火轮和准备运往解放区的许多物资，逮捕了10多名地下工作人员，其中有在上海江海关工作的张渊、尹兰有等，均被杀害。
（二）1947年在北平破坏中共的地下电台，逮捕了地下电台的报务员李政宣和他从事译电工作的妻子张厚佩，报务员孟良玉和他的妻子译电员李毓萍；同时还清理出地下党的重要骨干北平市地政局代理局长（原系该局科长）董剑平，北平贝满女中教员田仲英，燕京大学学生李恭贻等多人。
（三）由于北平地下电台的破坏，同时又在保定绥靖公署内清查出参谋处处长谢士炎、副处长丁行（两人解赴南京后，在雨花台被杀害），军法处处长王某以及绥署设计委员余心清等多人。通过这些线索，又在西安、兰州发现中共地下组织和电台。蒋介石得到报告时高兴极了，马上叫空军总部准备飞机，毛人凤派第二处处长叶翔之率领大批特务，连夜飞往西安，又在盐店街奇园茶社逮捕到梅永和、赵耀斌等，还破获了一部电台，逮捕了十几个地下工作人员。当时连胡宗南的一个秘书和他所办的西北通讯社的一个负责人，都被牵涉进去，使得胡宗南大吃一惊。他真没有料到在他的身边也有共产党。当他听到叶翔之说兰州方面还有线索的时候，他马上叫叶翔之乘他的小飞机赶去，不料飞机在平凉上空发生故障，几乎把叶摔死。胡又请空军另派一架专机从平凉把叶送到兰州，又逮捕了尹家明等几个中共地下人员，一同由叶翔之带回南京。蒋介石除发给1万元奖金外，还特别发给叶翔之和北平行辕电检科科长赵容德四等宝鼎勋章。这一案件还牵涉到东北行辕新闻处专员李年，沈阳防守司令部新闻处代理处长王书鼎，以及巩天民等。最后还发现连长期在蒋介石身边负责机要工作的陈布雷的一个女儿，也是中共地下党员，使得蒋介石大为吃惊和震怒。他一再责令毛人凤，务必竭尽一切力量，彻底清查打入各军政部门工作的中共地下党员，宁可错抓惜杀，也不能放过一个。当时连毛人凤也感到棘手和惊异，有天中午，他在集合保密局处长级的特务们在一起午餐时，很感慨地说：“我们这样抓，这样杀，还是有这样多的人敢提着脑袋闯进来，真不知是为什么？”
（四）1948年，重庆绥靖公署二处处长徐远举与保密局重庆站长吕世琨密切合作，在重庆破坏了重庆地下党的《挺进报》之后，进而破坏了中共重庆市委组织。由于重庆市委书记刘××的叛变，使在重庆和四川其他地区的地下工作人员近百人被逮捕。毛人凤特别重视这一工作，又派叶翔之赶往重庆去主持，并把刘某带到南京，要他破坏中共长江局的组织。以后沈醉由昆明到重庆，见到这个叛徒，他还准备和沈醉一同到昆明破坏云南的工委组织。据他说，在云南工作的个别负责人，他还能认识，可以协助云南站进行这方面的活动。后来由于沈醉去上海，回来后又去西北、成都，这个叛徒才没有和沈醉一同去昆明。
毛人凤自从这件案子办完后，对徐远举加倍称赞，除给他请勋章、发奖金外，还决定成立保密局西南特区，派徐为区长，负责领导西南四省的工作，以便集中力量从事破坏中共地下党组织的活动。在这同时，毛人凤还把另一个中共叛徒王某派到西南特区当专员，协助徐远举。王某原为东北军区参谋处的科长，在四平街战役中被俘后叛变，曾在保密局特种政治问题研究组工作过一段时期。当时毛人凤希望王某对在四川方面捕获的中共人员进行说服，使之叛变，但无结果。早先刘某叛变后，受他领导过的许多人虽被他出卖，却不肯和他一样叛变组织出卖灵魂向敌人屈服。以后这些忠贞不屈的优秀党员全部于解放前被屠杀在渣滓洞看守所内。
刺杀杨杰解放前夕，民革在西南地区的武装革命活动，声势相当浩大。蒋介石对于民革的后方从事武装起义的活动，感到非常不安，也是防不胜防。他除了一面责成各地驻军随时“进剿”外，并命令保密局尽力设法破坏和防止。西南特区从四川华蓥山区先后查获的民革武装组织的文件内，发现从事这些活动的主要人员中，有前国民党陆军大学校长杨杰，便准备把材料搜集起来，在重庆将杨逮捕进行审讯。因为杨杰在国民党部队内的人事关系很多，不少国民党将领是他的学生，蒋介石认为如不除掉这人，对国民党十分不利。特务们除对杨严密监视外，还收买他的秘书，威胁一个准备嫁给杨的女hushi为他们工作。以后杨杰发觉了，便秘密逃往昆明，托庇于卢汉。但是蒋介石并不因杨杰离开重庆而放过他，便叫毛人凤再三命令沈醉（当时任保密局云南站长）在昆明将杨暗杀，以除心腹之患。由于种种关系，沈迟迟没有执行。1949年9月，杨杰由昆明逃香港。毛人凤发现杨在香港的关系后，便派叶翔之率领特务韩世昌等6人由台湾出发，将杨刺杀于香港。但是西南地区的民革武装并未因此而停止活动，相反，却越来越活跃。毛人风为此挨过蒋介石好几次臭骂。
徒劳无功的策反活动毛人凤在搞策反活动方面，也曾费过不少心思。保密局第二处专门设有策反科，幻想对解放军及起义的部队进行策反活动。除了在开封、郑州、青岛等处设立有策反站外，第二处还派副处长黄逸公随同保密局设计委员会主任张严佛到武汉“和平爱国团”去挑选人员，秘密进行训练后派往接近解放的地区去从事阴谋活动。“和平爱国团”的成员，都是被俘的解放军军官和文职人员，保密局从中挑选人事关系较多的人带回南京，施以训练再派出去活动。但是，这些人被派出去后，从来没有把解放军部队策反到国民党这边来。
在策反工作中，毛人凤极力在蒋介石面前争功的是策反郝鹏举的事件。
当时很多方面都在进行这一活动。薛岳说是他一手搞成的；毛人凤却硬说是由于他通过吴化文的关系起了决定性的作用。等到吴化文起义后，毛人凤满以为有把握再把吴策反过来，结果空夸了一顿口，给蒋介石骂了一顿。
保密局在进行策反工作中，还弄过许多次赔本生意。如对河南军区牛子龙的策反，便把派去的人和电台一起送掉了。牛子龙曾在军统中工作过，因发现他有同情中共的言行便把他扣押在军统西安西北看守所中。牛在看守所内联络了几个心腹人员，趁看守人员不防备时劫夺警卫枪支，击毙几个看守，逃出监狱，投入解放军。毛人凤以为凭过去的关系，只要不追究他越狱的罪行，应许给以官位金钱，便可把他策反过来。结果等到把人和电台派去后，便一去不复返了。这类的事虽然有过好几次，但毛人凤并不死心。他总认为只要成功一次，便能一本万利。直到1948年冬，他还在积极搞这些活动。到1949年后，他再也不愿在这方面花气力了，他知道大势已去，谁也不会再弃明而投暗。
特务武装的覆灭派特务武装进攻解放区，到保密局时期，有了新的发展。这时由于蒋介石发动了全面内战，郑介民和毛人凤便一批又一批地把所掌握的交通警察总队调在各个战场，直接参加反人民战争。最初毛人风担心这些部队不能作战，在阻止解放军解放大同和包头的两次战役中，他发现特务武装发挥了一点作用，便越来越胆大起来。可是等到张国梁、熊剑东等几个总队被解放军全部歼灭以后，毛人凤既感到非常心痛，又有些恐慌，但是蒋介石为了垂死挣扎，还是不断地把这些部队投入战场。在上海外围战斗中，第2、第5、第11、
第12、第15、第18以及水上总队都投了进去，结果除两三个不完整的总队由他的亲信周文新带往台湾以外，其余几乎全部被歼，最后剩下的残余部队，也在代指挥李铁夫率领下放下武器，投向人民。
在1949年初任交通警察总局长的周伟龙，个人野心一向很大，他用尽一切方法，特别是通过和毛人凤老婆向影心的勾结而抢到这个职务后，不愿再听毛人凤的指挥而独树一帜。他最反对把交警总队投入前线作战，而希望多保留一点实力。那时唐生明在湖南暗中策反国民党武装部队，和周取得联系之后，周便设法把交警总队慢慢抽调到湖南去集结，先后调去了王春辉等6个总队。当他还想抽调派驻在奉化担任蒋介石的警卫部队时，被毛人凤发觉，立刻向蒋介石报告，将周伟龙在上海国防饭店内逮捕。在搜查出的信件中，发现他与唐生明有往来。毛人凤原来准备马上逮捕唐生明，后来因为湖南正在酝酿和平运动，便改派特务孙坤、焦玉印等前去长沙暗杀唐。特务们曾在唐的寓所附近向他放过一枪而未击中。等到程潜率部在长沙起义后，原来在湖南工作的张严佛，刘人奎、刘人爵等都参加了起义。毛人凤怕其他特务效尤，便令焦玉印等把参加湖南起义后临时担任长沙警察局局长的刘人爵暗杀于长沙浏阳门正街22号家中。凶手逃出后，改派到云南工作，他们曾向沈醉谈到过这一经过。
侦探毛泽东下落落空在解放战争期间，为了镇压各地民主爱国运动，保密局特别举办了两次司法人员训练班，这个训练班之所以设立，主要是研究国民党的宪法颁布以后，保密局怎样表面上不违背宪法，又能随心所欲地贯彻军统的意图，逮捕革命人士，阻止人民的活动。因此这个班成立后，司法人员莫不背地里叫它“违法训练班”。到1948年初，蒋介石颁布了“特种刑事法庭组织办法”，一脚把宪法规定的保障人身自由等假东西踢得干干净净，这时候特务们额手称庆，才再不研究耍“宪法”幌子的手段，而