地方告诉了毛人凤，并把照片、收据等交给了他。解放后，沈醉向有关方面交代出上述情况后，不久他们告诉沈，只有存放在仓库中的那些枪弹取出来了，停放大棺材的地方已改成工厂厂房，没有人认领的棺材都埋掉了；埋小棺材的坟地已改成菜园，找不到“毛玲之墓”了。
布置大屠杀南京、上海解放前后，保密局秉承蒋介石的命令，对革命人士和无辜人民的杀戮，发展到更加骇人听闻的程度。这时蒋介石对毛人凤的指示是：“过去由于我们杀人太少，对一些反对我们的人没有杀掉，所以使得越来越多的人不再怕我们。今后只有多杀掉一些，才可以挽回这种不利于我们的局面。”毛人凤忠实地执行蒋介石的这一指示，向保密局的大特务们再三说明这种办法是最英明的，要求特务们都要重视，所以越到后来便越杀得多越杀得残酷。上海警察局长毛森执行毛人凤的屠杀政策，先后杀害的革命人士，据起义人员沈醉日后回忆计有：解放军京沪特派员刘钧成，参谋黄培中，联络员陈玉山，情报组组长张伟，谍报员杨剑民，另外还有第九分区参谋汤新民等5人。毛森杀害的爱国民主人士有：民革南京分会主任委员盂士衡，宣传委员吴士文；此外，一个原来是国民党的宪兵，担任了民革交通联络员的肖俭魁也一起被杀害了。还有一些其他民主党派的人士，如陈惕卢、张达生、方志农、朱大同、王文宗等几十人。中共地下党员被捕杀的有近百人。后来在宋公园等处还公开杀害了很多人。
1948年冬，蒋介石叫毛人凤派人去北平暗杀奔走和平的何思源。毛人凤找了主持这项业务的第二处处长叶翔之，还有技术研究组主任刘绍复和沈醉，4人前后研究过两次。原来准备等何出门时，在他住宅附近用手枪暗杀他，但是考虑到那样做，凶手逃走不容易，以后才决定用定时炸弹放在他住宅内，炸弹爆炸后凶手可以从容逃走。毛人风为了慎重起见，特别叫叶翔之亲自率领4名特务乘飞机赶往北平，事先并通知当时还留在北平的特务协助进行这一工作。后来没有炸死何思源先生而误毙其女儿后，蒋介石非常生气，指责了毛人凤一顿。毛人凤便埋怨叶翔之没有照他的意思在路上狙击，因考虑凶手的安全而误了大事。毛人凤说，牺牲个把人换一个何思源总是值得的。1949年，张治中、邵力子、刘斐、屈武等到北平不愿再回去时，蒋介石更是恨到了极点，叫毛人凤一定要设法杀掉一两个。可是在这时候，毛人凤也感到无能为力了，但是他又不便拒绝接受蒋的命令。直到1949年9月间，他去昆明时还和沈醉研究怎样有把握地去进行这一工作。当时还有两个在保密局专干暗杀工作的人，由沈醉从南京带去昆明。毛人凤还问过他们，在北平有什么社会关系。他们也认为去北平无把握，才没有叫他们去。毛人凤在谈到这个问题时还一再说：“老头子对于没有杀掉这几个人很不高兴，每次问到我时，我总是说还在准备，现在越看越没有办法了。”说到这里时，他叹口气说：“现在我们的工作也越来越不行了！”尽管如此，这年秋天，蒋介石还是命令毛人凤制造了惨绝人寰的大屠杀。
蒋介石首先叫毛人凤在重庆杀掉囚禁多年的杨虎城将军，全家一个不留。1949年10月底，军统在重庆市大坪杀害了中共四川省委蒲华辅，重庆市委王朴，以及徐孝义、刘国志、成善谋、邓兴邦等10人。接着又秘密在原中美所范围内岚垭电台旧址杀害了30多人，其中有江竹筠（江姐）。在11月27日大屠杀中被害的烈士有：许晓轩、陈然、何雪松、李青林、何敬平、沈迪群、张现华、杨翱、黄显声、李承林、韩子重、黎又霖、周均时、王白与、周从化、阎继民、张醒民等，加上原因禁在新世界饭店的王亚细、艾仲煌、单本善、钟奇等，共达300多人。此外，他们还在成都十二桥杀害了许寿贞、杨伯凯、于渊、姜乾良、彭代梯、刘仲宣等30多人，造成了惨绝人寰震惊世界的大屠杀。
在重庆临解放前，毛人凤叫保密局把囚禁在中美所内白公馆和渣滓洞两个看守所以及重庆卫戍总部保防处小梁子新世界饭店看守所的3批人士一起杀掉，总共约有300多人，即“一一·二七”（11月27日）重庆大屠杀案。在执行这次大屠杀之前，蒋介石指示毛人凤：抓到的中共党员、民主人士和嫌疑犯都要杀掉，连原来保释出去的共产党员都要一样杀掉。当时重庆市长兼卫戍总司令杨森的侄女共产党员杨汉秀，本来已由杨森保出去，也由警察局刑警处长张明选，亲自带领特务将她杀死在歌乐山一个碉堡内。囚禁在白公馆内的30多人，系由军统局息烽监狱移送去的，大都关了七八或十来年。如张学良将军旧部副军长黄显声，便关了十多年；还有4个中学生，是抗战期间误入中美所范围，被指为中共嫌疑犯，关了十多年，也全部被杀掉。不仅如此，毛人凤叫保密局法官徐钟奇清理白公馆人犯时，连临时囚禁在里面的军统老特务、警察局刑警处督导长陈为城（因违犯军统纪律，平日关几个月就可无事），这次也一样签请枪决，蒋介石照样予以批准。
大屠杀是从11月25日开始的，先杀白公馆的人犯。为了避免引起附近渣滓洞看守所内人犯的警觉，决定使用刀和手枪。
当天上午第一个把黄显声将军叫出来，骗在离白公馆半里路左右的步云桥附近的山拗中，趁黄在走着的时候，由凶手从后脑射入一弹毙命。其余的人也是一个个骗出来，到步云桥附近山沟内用刀砍死。女共产党员黎剑霜在狱中生有一个小孩，当时还不满周岁。她被骗出时，进入刑场看到那么多尸体躺在血泊中，自知难免，便请求保留孩子，结果被凶手将孩子夺去摔在地上。黎扑向凶手拼命，被旁边另一凶手拦腰一刀，砍倒在地，但她还挣扎着爬到小孩身边抚摸摔得半死的孩子。当天，30多人被这样一个个骗出去杀掉后，连看守所所长陆景清也感到害怕起来，马上找毛人凤吵着要立刻飞往台湾，他说：“我们这样杀人，将来被共产党抓到后，还能活着出来？”
囚禁在新世界饭店看守所的近百人，都是在1949年间被捕的，其中大多是嫌疑犯，据说被判处死刑的30余人中，只有少数如王亚细（女）为共产党员。这时根本不管谁是不是共产党，由毛人凤通知杨森全部杀掉。这批人于26日解到中美所内执行了。当时特务骗他们是换一个地方囚禁，这些人都带着行李，但一到缫丝厂刑场，看到新掘好的大坑，也都明白自己已无生路，不少人便在临刑前高呼共产党万岁！在一阵乱枪中，他们结束了生命。有的还没有击中要害，也被抛人坑内活埋。
27日，在屠杀渣滓洞看守所内100多人时，是把所有监房房门加锁后，由门窗洞口用汤姆生手提机枪向内扫射。经过一次两次扫射之后，再洒上汽油连房子一起焚毁。少数没有被枪打死的，也都烧死在里面。这个看守所内囚禁的人，大都是1948年至1949年间由保密局西南特区和西南长官公署第二处所逮捕到的共产党员及民革、民盟人员，其中大多数是经过种种威逼利诱而不肯变节投敌的好同志。
渣滓洞看守所所长李磊于重庆解放前逃逸。另一些特务在中美所内屠杀完毕后，在保密局总务处长成希超指挥下把几座盛满武器和器材的大仓库纵火烧毁后才逃出。
在成都，毛人凤通知四川省主席王陵基，把四川逮捕到的中共党员和民主人士10多人，一起枪杀在成都十二桥。毛人凤原来还准备把昆明逮捕的400多人，也要杀一大批，由于卢汉坚决不同意才没有杀成。这使他认为是最大的遗憾。
蒋经国跨入情报单位尽管毛人凤对蒋介石忠心耿耿，但去台后并不得志。由他领导的情治单位对大陆工作连遭失败，蒋介石颇有不满之意。蒋经国在父亲的教导下，步步为营，把手伸向了本来由他控制的盘地。
从江西时代起，蒋经国即已着手建立自己的KGB，但都成不了气候。那时候，“中央调查统计局”简称“中统”，是陈立夫的天下，“军事委员会调查统计局”，简称“军统”，是戴笠的禁宵，都直接向蒋介石负责，蒋经国是插不了手的。退到台湾，局面小了，机构紧缩，正好给予小蒋登堂人室的机会。何况，陈立夫远走美国，毛人凤当家的军统，不复昔日雄风。
蒋经国跨进情报单位的第一步，是从“政治行动委员会”开始。“政行会”是于1949年8月20日在台北的圆山正式成立的，即今“安全局”的大本营。成立之初，仅书记室和石牌训练班两个部门。
“政行会”因对外行文不便，旋改为“总统府机要室资料组”，披着“总统府”那张老虎皮，自成为君临一切的权威机构，超越任何党政机构，就像其中一位工作过的同僚所说：“‘政治行动委员会’到了太子先生手中，马上便不同了，由无名单位改为‘总统府机要室资料组’，这个名衔，真是微不足道，然而大家不要以为它仅仅是机要室下面的一个小小单位，而便小看了它，实际上它是一颗包在败絮里面的钻石，虽然没有关防大印，只有个木条刻戳，但是就凭这个木戳，有时再加上一颗太子先生的名章，便已所向披靡，没有哪个机关敢不另眼相看！”
“内调局”（全名为内政部调查局）自陈立夫1949年8月赴美“重整道德”后，经过一番大整肃，局长数易其人，到沈之岳接长，季源溥（前局长）升“内政部”次长时，已经被蒋经国彻底掌握了。
“保密局”局长毛人凤，这位江山三毛之一，自恃得宠于蒋介石，是“领袖的耳目”，把“领袖”的儿子就不怎么放在眼里了。蒋经国很不喜欢他这位浙江同乡，可也莫奈他何！毛不仅有蒋介石撑腰，还有来美龄做靠山。蒋经国虽以“总政治部”名义，抢去“保密局”的业务，但在毛人�