次表示回台看看的意愿，很快引起台湾方面的反应。政治上失势、几乎被台湾遗弃的孙科再度成为各界议论的新闻人物。
台湾当局暗送秋波1962年10月，台湾“立法院”召开的会议上，一位广东籍立委刘崇龄说：上月中旬孙哲生先生在华盛顿答复记者的谈话中，充分的表示孙先生是极端的推崇我们的总统的。而且于言词之间也十分的怀念台湾的老朋友，同时表露出常有思乡之感，因此进一步的表示如有机会愿意回台湾看看。。。我们知道孙哲生先生是功在国家，过去担任过国民政府的副主席，及行宪以后的立法院长和行政院长。孙先生表示最近如有机会愿意回台湾来看看，当然不是要回来做官，。。最近二十多年来孙先生在国外埋头读书，对世界局势有深刻的认识，孙先生之愿意回来，不但是基于思乡怀友之念，相信他一定能够将他二十多年埋头研究的所得，以及复国建国的高见提供总统和副总统参考，这是对反攻大业一定有很大帮助的。因此希望政府当局能够正式的邀请孙先生回来看看，不知政府有无这个准备？
“行政院”副院长王云五代表陈诚答复询问，王云五郑重声明，“政府”对于孙哲生回国表示欢迎。王云五补充说，在将来举行的第三次阳明山政治性会谈中，已将孙氏列为主要邀请的名单。
这一官方明朗的表示没过多久，外电又盛传陈立夫、张君励、孔祥熙、宋子文等均将于近期内返国观光。
孙科的政治行情一时看涨。香港一家报纸猜测说，台湾当局鉴于陈诚病重，又在有意拉拢、利用孙科，想让他回来任国民党副总裁一职。
孙科归心似箭，台湾方面又对他暗送秋波，一般人都认为，孙科这次去美返台已成定局。1962年10月19日，香港《时报》登出驻台记者采写的文章，冠以标题就是《孙科返国期近》。
外界舆论仍对孙科去美返台意愿作种种猜测。事实上，就在孙科对记者发表谈话，表示愿回台湾看看之前，他的公子孙治平，就已在8月间携眷返台，悄悄地走了一圈了。
孙治平夫妇在台期间，百忙之中抽空前往石门水库参观，他对这一工程称赞不已，认为它正符合国父民生主义建设乡村的理想。他对陪同他参观的人说，71岁高龄的孙科很怀念祖国及祖国的朋友，对台湾建设的飞跃进步及繁荣，感到万分高兴。除此而外，孙治平在台北均受到各方面的热烈欢迎。在他们返美时，还带上了台湾他的老伯的许多礼品，这些礼品都是为孙科准备的。1962年10月16日是孙科71岁生日，同时孙科的夫人陈淑英也正逢70大寿，而且，这年又是他们夫妇的金婚纪念日。各方面的礼品寿轴、寿颂及寿屏寿画等约三四十件，可谓不少，但更引人注目的是，送礼的人包括蒋介石、陈诚、于右任等。孙治平在台湾行色匆匆，只停留了7天，就乘机回到了美国。
孙治平夫妇神秘之行后第三个星期，香港、台湾的报界才披露出这一重大新闻。一时间孙治平竟成为各界瞩目的新闻人物。不过孙治平成为新闻人物，这已是14年来的第二次了。
第一次是在1948年。那年的圣诞节前夕，孙科出任行政院长，以“人才内阁”和“求和内阁”的姿态出现。当阁员名单公布之际，合众社即发表专电，说孙科已内定他的大公子孙治平为行政院美援运用委员会副秘书长，代行秘书长职务，而二公子孙治强也已内定为行政参事，从此父子共事一堂，定能和衷共济。人们看了这一则专电，都不禁起了会心的微笑，因为孙哲生真要这样内举不避亲，那无疑对所谓“人才内阁”给以尖刻的讽刺。
合众社的报道被各家报纸纷纷转用，孙治平的大名见诸报端，轰动遐迩。在这种尴尬的气氛中。行政院新闻局连忙奉命更正。孙治平也对中央社记者发表谈话，否认此事，并指出合众社专电纯属造谣中伤。
合众社这次与孙科过不去，让他曝光丢丑，正是合众社特派员张国基所为，张国基此举只不过是为了报上次被孙科在立法院记者招待会上当众训斥之仇罢了。他是有意开孙科的玩笑。但是，经这么一闹腾，孙科本来要起用大公子孙治平的意愿也就告吹了。
孙治平夫妇台湾之行究竟为何？新闻界有人认为，孙治平返台正是孙科返台的前兆，他是替父亲投石问路来的。也有人认为，孙治平返台纯为个人私事，受到的款待纯属礼节性的，孙科并未与台湾方面达成返台默契。
众说纷坛。但大家对孙科的动向都备加关切，拭目以待。
出任“考试院长”
蒋介石统治集团内部派系繁多，相互倾轧，蒋介石对此政治现实唯有认可，他的统治术就是利用派系势力，以派系力量牵制派系力量，为自己的独裁统治服务。
蒋介石偏安台湾一隅，主要依靠蒋经国、陈诚的势力。在这一时期，原控制党权的陈立夫、陈果夫的“CC”系，在“国民党改造方案”实施后，基本瓦解。蒋介石指定16名改造委员成立改造委员会，使蒋经国接收了“CC”系对党的控制权。改造委员名单公布后，陈立夫怅然离台，经香港、欧洲流亡到美国。陈立夫离台前曾往草山去看蒋介石，蒋介石对他说，“祖燕，”我也没有办法，你还是到外国去走一趟吧，如果情形好转，你再回来，好在我已把你几个干部安置了进去。否则你也替我准备一条退路吧。”
此外，蒋经国、陈诚还千方百计压制多少年来一直占据国民党政权要津的政学系，政学系的张群、吴国桢、孙立人等都被削弱实权。这样，盘踞台湾的蒋介石、蒋经国大权在握。孙科能否返台自然也就要看蒋介石的态度怎样了。
历史上，孙科和蒋介石几度反目成仇，又几度携手言欢。
1927年3月，在国民党二届三中全会上，孙科当选为国民党中央执行委员会常务委员、政治委员会主席团委员、军事委员会委员和国民政府委员。当时，他拥护武汉国民政府，拥护孙中山的三大政策，反对蒋介石搞军事独裁。但没隔几月，1927年7月，孙科又支持汪精卫在武汉“清党”反共，9月，国民党宁、汉、沪（即南京的蒋介石集团、武汉的汪精卫集团和上海的西山会议派）三方合流，孙科混迹其中，成为中央特别委员会委员。
1931年3月，胡汉民被蒋介石囚禁。孙科和陈友仁等离开南京，经香港到广州，和汪精卫、唐绍仪等联名发表通电，要求蒋介石下野。他们组织“国民党中央执监委员会非常会议”和广州国民政府，同蒋介石的南京国民政府相对抗。孙科担任广州国民政府委员。
不久，“九一八”事变爆发，“团结御侮”的口号成为全国人民的共同心声。在蔡元培、孙继等奔走调停之下，宁粤双方终于在上海召开和平会议。会议决定双方各自召开“四全大会”，选举中委，然后集中南京开会，产生统一性的中央政府。
广州方面“四全大会”举行以后，由胡汉民领衔发出通电，表示必须蒋介石宣告下野，解除兵权，然后才能和广州合作。蒋介石在此压力下，乃于1932年12月15日通电离职，遄返奉化原籍。临行前发表林森代理国民政府主席，陈铭枢代理行政院长，而这两职过去均由蒋介石一人担任。
于是，宁粤双方中委于12月22日在南京举行“四届一中全会”，修改国民政府组织法，规定国府主席以年高德劭者充当，不负实际军政责任，此目的在于预防蒋介石东山再起，运用国家元首的地位来进行独裁。设计不可说不周全，但后来蒋介石改任军事委员会委员长，也一样手握党政大权。12月28日，“一中全会”
第四次会议，选出林森为国民政府主席，孙科为行政院长。次日“中央政治”会议通过孙科内阁名单，计内政部长李文范、外交部长陈友仁、军政部长何应钦、海军部长陈绍宽、行政院副院长兼交通部长陈铭枢、教育部长朱家骅、司法行政部长罗文干、实业部长陈公博、铁道部长叶公绰、财政部长黄汉梁。
这次孙科内阁特点，为蒋家两个财神——孔祥熙、宋子文均不入阁，宋子文且将原任中央银行总裁一职辞去，以示抵制。孙宋甥舅之亲，未必存心刁难，意者后面有人发表指示，宋于文不能自主，特示以此种不合作的态度。时人以孔宋一去，政府势难取得江浙财团的支持，孙阁前途，大抵凶多吉少。孙科上台之前，曾闻财部库存有四五百万元，以为可以挹注一时，渡过难关，因敢跳下火坑，不料财长黄汉梁接手之后，打开报告表册一看，不禁吓了一跳，原来部里不仅没有半文库存，而且前任财政部长朱子文还签过二千余万元的支票，发给部队，因而各部队主官已派人来部坐索，声势汹汹，这更使黄财长难上加难，一筹莫展。
1932年1月18日，蒋介石、汪精卫集议杭州，准备携手合作，卷土重来，而孙科独不知底蕴，于21日冒然亲赴杭州面见蒋介石，请其转告孔宋，在财经方面予以支援，蒋态度冷淡，不置可否。孙23日由杭返京，与陈友仁低斟密酌，决定辞职，让位汪上台。24日，孙科和陈友仁联袂赴沪。次日蒋汪携手双双入京，由汪任行政院长，蒋任军委会委员长。虽非往日声势，而政权本质依旧。推算孙科由就职到下台，为时仅24日，为国民政府在历史上最短命的内阁。
1932年1月28日，上海抗战爆发。上海爱国军民面对日寇毫不畏惧，拼死固守。但蒋介石仍对抗战信心不足，仍对日本抱有幻想。3月份，孙科、陈友仁等在上海致电蒋介石、汪精卫，谴责他们不接济英勇抗战的十九路军。12月，孙科又联合李烈钩等中央执行委员，向国民党四届三中全会提议主张速行宪政，联共抗日。
1945年5月，国民党第六次全国代表大会召开，孙科被选为中央执行委员会委员和常务委员。在这次会上，他提出反对“总裁终身制”的提案，主张民主，反对蒋介石搞独