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蒋纬国就任新职以后，据说除了去过“荣民”总医院以外，任何公私场合已见不到他的踪迹，应该说跟蒋经国的训示有关！
女佣猝死被告藏枪进入90年代，台湾政坛愈加动荡不安。国民党内部斗争激烈，岛内政潮迭起，社会治安恶化，资金外移。新确立的执政当局调整了大陆政策的策略，但仍顽固坚持“不接触、不谈判、不妥协”的立场。台湾的政治革新与前途出路仍陷在重重困境之中。
90伊始，国民党高层围绕“第八任正、副总统”选举、“行政院”改组，激化了自蒋经国死后就开始了的权力之争，公开进行了一场“迁台四十年来最严重的内斗”。从2月份国民党临时中全会始至5月底，国民党内部的所谓“主流派”、“非主流派”，推出两组代表不同势力的“正、副总统”候选人，针锋相对，公开唇枪舌剑，私下合纵连横，甚至动用特务监控对手。危机引起了社会的混乱，学生大规模抗议，反对党派在“国民大会”大打出于，民意惊恐不安。李登辉不得不请国民党元老出面“整合”，劝退对手。李登辉、李元簇当选“正、副总统”，前“国防部长”郝柏村出任“行政院长”，“内阁”重要部门官员“局部调整”，从而结束了蒋经国死后的权力过渡期，确立了新的权力集团。但危机虽暂化解，党内派系仍存，各派政治势力加速分化组合，互相猜忌依深，明争暗斗不止。
1991年7月，在内争中失势的蒋纬国，再次成为新闻焦点。7月6日，台中市调查站公开声称，“蒋纬国将军遭人检举持有60支靶枪，已于6月30日托人自动向我站报缴，由于前后说词不一，且对全案来龙去脉无法作合理圆满的解释，致引起社会大众的猜疑。”
11日下午，台中市调查站悄悄将该案资料送至台中地检署，不过函送卷宗资料上未列有罪名及犯罪嫌疑人姓名，地检署将它列为他案，由原承办的刘家芳检察官负责侦办。
主任检察官王添盛于12日召开一个简单的记者会，称各界关心的蒋纬国持有枪支案，已由调查站函送该署侦办，全案已进入司法程序。调查站所函送的证物，包括枪支及相关人士的笔录。王在回答记者提问时，以侦查不公开为由，对很多问题都加以回避。当被问到私藏60支枪是否涉及叛乱时，他表示，这是个不能回答的问题。
面对舆论界的喧腾，蒋纬国并没有沉默。7月7日下午，他在“中华战略学会”接受了台湾“中央社”记者的访问，他表示，在台中宜宁中学宿舍的一批枪械，在他记忆中，是0．22英寸，次口径、室内休闲、练习用的长型靶枪，有效距离是25米。目前台湾并没有生产制造这种枪的子弹。
他指出，这批枪械，20多年前，是他委托美军购买，后来美军搜集了军中用过的60把旧靶枪给他。本来他想用这些枪，在“三军大学”或“联勤总部”，附设休闲靶场，提供军官娱乐之用。由于当时没有地方存放，也就暂放在台中宿舍里，而且这些枪是旧枪，他还特别请“联勤”单位查验、鉴定，并上了凡士林，贴有“联勤总部”检验的封条。在职务的忙碌下，事隔多年后，他也就真的忘了此事。
蒋纬国强调，外传他拥有“轻、重武器、大批军火”，这完全是捕风捉影，扰乱社会视听，是不应该的。何况，他本来就是军火的收藏家，过去他收集的各类枪支，早已捐献给“联勤总部”，并且设置了特别陈列室，作为样品参考。
第二天，台湾《中国时报》刊登记者尹乃青的文章，题为《蒋纬国怀疑：女佣死因与被告发藏枪有关》，摘要如下：“国安会”秘书长蒋纬国昨日表示，他怀疑他的女佣李洪美死因和向调查局告发他拥有枪支的这位“告发者”有关。他说他猜想：“李嫂”是在受到此人威胁后自杀的。他说，这个人的手段太卑鄙、太狠，“当局应该知道这个人是谁”。
蒋纬国说，60支0．22英寸口径的枪放在他位于台中宜宁中学宿舍的小阁楼里20多年，他早就忘记了，而是“有人”去告发。蒋纬国说，有人向有关单位告发他有60支枪这件事他并不知道，而是他的女佣李嫂知道了，在6月29日向宜宁中学董事长蒋信丞报告，蒋信丞就找了魏校长和总务主任处理。蒋纬国说，蒋信丞打电话给他，问他到底是什么枪，他这时才想起有60支枪放在阁楼里，他对蒋信丞说：“糟糕，我根本忘记这件事了。”于是向蒋信丞解释这批枪的由来，并要蒋信丞尽速去报缴，一切依正规程序处理。蒋纬国强调，这批枪不是李嫂在清理时发现，但是“告发者”自称是李嫂告诉他的。
蒋纬国提高声调，语气激动地说，他到台中去那么久，李嫂从没有和他提过枪支的事，“告发者”却说是李嫂告诉他的，这合乎情理吗？蒋纬国说：“绝对不会有这种事，女佣去告诉外人，让外人去向调查站告发，但事前却没有先跟我讲！”
至于这位“告发者”怎么会知道蒋纬国有这批枪支，蒋纬国说：“这个事件的谜就在这个地方，这个人一定要把他找出来！”
蒋纬国说，他怀疑有人知道他有这批枪支，就去威胁李嫂，李嫂受了威胁没办法，最后才向蒋信丞报告。蒋纬国说，李嫂是一个非常老实、没什么知识、对他很忠心的人，自从她的先生在5年前过世后，李嫂就神经衰弱、感情也很脆弱，但是一直很护着他。
蒋纬国扬起眉毛，又提高声调说，他猜想这个“告发者”就是利用李嫂身体心理的弱点，威胁她，把她套进去，吓她，李嫂没办法了，最后才自杀！蒋纬国说：“使用这种卑鄙手段的人太狠了，但是我并不知道这个人是谁，如果知道就好办了，但是当局应该知道。”他认为，“告发者”一定是个“阴谋分子”。
蒋纬国表示，他在6月30日晚上知道李嫂死亡的消息后，不到10分钟，就立刻告知调查局这件事，当时他就怀疑李嫂的死因和他被告发拥有枪支这件事有关联。
蒋纬国说，李嫂究竟是怎么死的，他一定要追究。
身为“国安会”秘书长，权当统管台湾的情治机构，但蒋纬国一不知“私藏军火”案的告发者；二不明女佣之死因。可见此时他的势力已江河日下，只能做更深的隐退了。
政坛要人仓皇下台1993年2月，曾被喻为“后蒋经国时代”三脚凳之一的蒋纬国在台湾高层人士变动中被免去“国家安全会议”秘书长职务，出任“总统府”资政，其遗缺由原“行政院”副院长施启扬补替。台湾传媒认为，李登辉这一安排，暗示着蒋家的正统已正式自政坛退下。
在1988年蒋经国死后的一段时期，由于身份特殊和身居要职，蒋纬国对台湾政局产生了举足轻重的影响。蒋家及官邸旧臣有赖他保存既得利益，李登辉也仰仗他安抚蒋朝遗老及军方势力。
据一位接近蒋家的人士指出，宋美龄早有离台赴美的打算，曾计划在4月初成行，但后来改变了这项计划，准备在国民党十三全大会后再成行，其主要原因在于协助蒋纬国成为台湾一个新权力重心。宋美龄自认对元老派尚有相当程度的影响力，希望以其残余的威望，为蒋家希望之所寄的蒋纬国，尽一点心力。据了解内情的人士表示宋美龄如此厚爱蒋纬国，除基于将希望寄托于蒋纬国的身上外，她多年来特别疼爱蒋纬国，也是主要的原因。
1988年1月13日下午，蒋纬国被通知赶往大直官邸，其后几天，蒋纬国甚少公开露面。据报道，“在那两个星期关键性的权力互动过程中，蒋纬国的政治态度始终超然而坚定，支持李登辉总统出任‘党政一元化’的主导角色。他在与关系亲近的人士谈话中，极为强调团结的重要性，对于权力重新分配过程中所浮现的若干‘逆流’感到忧心忡忡，并尝试采取防杜措施。”蒋纬国的政治意向虽然坚定，但由于身份特殊，也备感尴尬。1月17日，国民党中常会全体中常委一致起立推举李登辉为代理主席，显然与士林官邸的态度有所抵触。会后，李焕、俞国华、沈昌焕3人会商，决意商请蒋纬国前往士林官邸面报“常会”结果并致意。由宋美龄事后对“常会”决议指为“不合法”的态度观察，蒋纬国此行必不好受。同一天，蒋纬国在接受电视采访时指出：“目前民众最需要的就是团结安定，谁要破坏团结，就是我们的敌人。”翌日上午，他与蒋孝勇陪同李登辉前往慈湖、头寮等地巡视奉厝工程进度。在维护党内团结和谐的形象上，他又因身为蒋总统家族的一员，扮演特定的角色。
接着蒋纬国又接下一个“烫手山芋”——协调“中央民意代表”退职及如何进行增额选举的问题。这原本应为国民党中央委员会或“行政院”进行作业的事情，竟然公开由“国安会”出面为之，可以说是“国安会”成立20多年来破天荒的创举，很多人都想不透其缘由何在，因而议论纷纷。其实，蒋纬国之所以乐意为之，也有其政治目的。
据一位权威人士分析如下：（一）蒋纬国明知这是一个“烫手山芋”，但他却认为接下之后“利多于弊”。即使未�