新英格兰各州增加税收，有些激进派甚至主张退出联邦。只是由于几周后战争突然胜利结束，北方五州退出联邦一事才不了了之。
1831年，由于被南方人称为“可恶税率”的《1828年关税法》严重伤害南方利益，来自南卡罗莱纳州的副总统卡尔霍恩（John C。Calhoun）宣称，宪法只是各州之间的契约，当联邦与州之间就涉及州的根本利益发生冲突时，各州有权宣布联邦法律无效。在卡尔霍恩看来，这正是《独立宣言》中关于政府的权力源于被统治者的同意、人民有权改变或废除侵犯人民利益的政府的思想。在此极端理论的鼓动下，1832年11月南卡州议会召开全州大会并通过《联邦法令废止权公告》，声称如果联邦政府强制施行关税法，南卡州将考虑退出联邦。当时的美国总统安德鲁·杰克逊（Andrew Jackson，任期1829─1837）是一位战争英雄出身、脾气火爆的彪悍军人，在1815年1月新奥尔良战役（1812年美英战争的最后一战），军衔为少将的杰克逊率部大破英军，威名远扬，由此踏上通向总统宝座之路。此公虽然来自南方田纳西州，但在维护联邦统一的大事上他立场坚定，态度强硬。面对南卡州的挑战，杰克逊一怒之下要求国会授予用兵执法权，并下令调动精锐的联邦陆、海军部队，威胁要绞死卡尔霍恩。后经多方调解，双方都做出了让步，联邦政府同意降低关税，南卡州不再硬抗，卡尔霍恩辞职后当选州参议员，成为美国历史上第一位辞职的副总统。
杰克逊总统退休后，南方州权派的分裂行动与日俱增、肆无忌惮。在他们眼中，林肯没有统军打仗的军旅经验，两年前连州参议员都没选上，只是个微不足道的三流小律师。在1860年总统大选中，普选票总数约为四百六十万张，林肯得票不到二百万张，显然将是一个毫无作为的弱势总统。另外，由于选举团制度的影响，1860年选举成为美国历史上最具地区性色彩的一次选举。（在自由州，林肯获得1；838；347张普选票，其他几位候选人一共获得1；572；637张普选票，林肯得票率约为53％。可是，根据“赢者通吃”规则，在自由州183张选举人票中，林肯赢得了除新泽西州之外的180张，超过了全国选举人票的半数。在蓄奴州，林肯只获得微不足道的26；388张普选票，其它几位候选人一共得到1；248；520张普选票，林肯得票率约为0。02％。这样，林肯没得到一张蓄奴州的选举人票。可是，其它几位候选人在蓄奴州和新泽西州赢得的选举人票，总共只有123张。南方由于人口少，缺乏足够的选举人票，所以在大选中处于不利境地。在1860年选举中，林肯实际上是一位由略多于半数的北方州选民选出的总统。）林肯在南方州只得到0。02％的普选票，这一投票结果几乎相当于南方居民全民公决的独立宣言。这样，当宪政民主妨碍自由分治时，南方政客公然抵制民主选举结果，林肯当选后，南部七个州宣布退出联邦，不久又有四个州相继加入南方邦联。
历史证明，南方州权派低估了林肯为维护联邦完整不惜一战的决心。1861年3月，林肯发表总统就职演说时表示：“我无意直接或间接地在蓄奴州干涉奴隶制，我相信我没有合法的权力，而且我也不想那样做。”但是，林肯坚决反对南部退出联邦的举动，他强调：“从宪法和法律角度看，联邦是不可分解的。”在演说中，林肯还间接地批评了最高法院对斯科特案的判决，他指出：“如果在事关全体美国人民的至关重要的问题上政府的政策受最高法院判决的永久束缚，那么，这些涉及个人争议的普通案件的司法判决一经作出，人民将停止成为自己的主人，实际上把自己政府的权力拱手交给这个显赫的法院。”
面对南北分裂的现实，林肯作出了用战争维护联邦的最后决定。实际上，由于联邦宪法对各州能否退出联邦这个问题语蔫不详，北方用兵的战争行为并没有坚实的宪法基础。可是，如果联邦政府坐视一州脱离联邦，今后便无法阻止另一州同样行动。要是南方十一州可以退出联邦，自愿组成邦联，那么剩下的北方各州仍然可能继续分裂，北美大陆最后可能会出现一群相互妒嫉、自相残杀的小国，有如拉美大陆。所以，林肯除了维护统一、反击分裂之外别无选择。
南北战争打响后，林肯总统当机立断，独断专行，不仅扩大了于法无据的总统战争权力，而且还下令在部份地区中止公民人身保护令特权，对来自坦尼大法官“违宪”的指控不屑一顾。但是，在解放黑奴问题上林肯一直彷徨动摇、犹豫不决，其中一个重要顾虑就是与宪法程序有关的私有产权问题。鉴于美国宪法严禁政府在没有正当法律程序的条件下剥夺公民财产，林肯无意也无权解放黑奴。北方大规模用兵的目的仅仅是维护国家统一，与解放黑奴、自由人权之类的道德高调毫不相干。1862年8月22日，在给《纽约论坛报》编辑格瑞莱（Horace Greeley）的信中林肯写道：“我的最高目标是拯救联邦，既不是保存奴隶制度，亦非摧毁奴隶制度。如果不解放一个奴隶就能保存联邦，我就一个不放；如果解放全部奴隶就能保存联邦，我就全部解放；如果解放一部份奴隶不解放其他奴隶就能保存联邦，我也照办。”
可是，战争形势的恶化迫使林肯改变了立场。内战初期，南军指挥有方，训练有素，斗志旺盛，以一当十，以弱胜强。联邦虽然在人口、军事力量以及经济实力和工业水平方面皆占绝对优势，但联邦军队指挥混乱，训练不佳，一败再败，溃不成军，首都华盛顿特区几乎不保。另外，尽管90％的南方白人青壮年赴前方打仗，但后方的400万黑奴并没有借机叛乱造反，奴隶制经济仍然照常运作。由于战争旷日持久，日趋残酷，北方对获胜开始感到绝望。英、法、西班牙等欧洲列强对美国内战幸灾乐祸，乐意看到出现“两个美国”的局面，甚至蠢蠢欲动，伺机干涉。
面对这种要么改变战略要么失去战争的困境，林肯从“军事上的必要性”（Military Necessity）考虑，终于下定决心，于1863年1月正式颁布《解放黑奴宣言》。联邦采取这一措施，既可以摧毁南方的战争意志和战争潜力，又可以打出为自由和正义而战的旗帜，使欧洲列强难以借机干涉。林肯总统宣布，在那些仍然与联邦军队对抗的南方地区，所有黑奴立即获得自由，自由黑人可以参加联邦军队，为维护联邦统一而战。但是，对于已处于联邦军队控制之下的南方地区和忠于联邦的四个边界蓄奴州中的黑奴的自由问题，宣言中只字未提。换句话说，当林肯公布解放宣言时，实际上连一个黑奴也没解放，这个宣言只是一张有待兑现的支票。南方奴隶制的彻底崩溃只是后来北方取得内战胜利的一个副产品。
值得注意的是，就是这样一个保守的文献，林肯总统仍然作了技术处理。为了避免联邦最高法院可能的干预，他非常技巧地以战时军事措施的形式发布解放奴隶宣言。精通法律的林肯总统实际上是钻了一个法律空子，其中的奥秘是，联邦最高法院即使拥有司法审查权这柄尚方宝剑，它也不大可能宣布总统兼美军总司令在战争期间发布的军事措施违宪。
林肯发布解放奴隶宣言后，南方邦联阵脚大乱。但南军仍然拼死抵抗，联邦军队每前进一步都要付出巨大代价，战争又打了两年多。为了赢得战争胜利，号称自由正义、为解放黑奴而战的联邦军队攻入南方后开始实行极为残酷的总体战。联邦军队指挥官谢尔曼（William T。Sherman）宣称：“我们不仅攻击敌对军队，也攻击敌对人民，我们要让南方的老人和青年、穷汉和富翁都体验到战争的严酷可怕”，“要让南方未来的几代人不敢诉诸于战争”。在他的指挥下，联邦军队不仅摧毁农田、桥梁、道路，而且焚烧城镇、农庄、民宅，破坏一切可以破坏的民用目标，在南方杀出了一条令人胆颤心惊的毁灭之路，南方邦联首都、弗吉尼亚州首府里士满（Richmond）以及亚特兰大（Atlanta）等南方大城市都成为一片焦土。一些历史学家认为，谢尔曼将军的做法开了20世纪战争中“焦土政策”的先河。
破坏最严重的是南方邦联总统戴维斯（Jefferson Davis）家乡所在的密西西比州。内战之前，该州在全美富裕榜上名列第五。内战期间，该州60％的白人青壮年战死疆场，90％的城镇和种植园化为灰烬，奴隶主丧失了价值数亿美元的43万7千名奴隶，私有财产损失殆尽。战后，密西西比州不仅在全美最贫困的州中名列第一，而且这种贫困状况一直持续了一个世纪。（〔美〕尼尔·R·彼尔斯著、中国社会科学院美国研究室编译室译、董乐山校：《美国志》，北京中国社会科学出版社，1987，下册，第635─636页。）
当南方重建（1865─1877）结束、联邦军队撤出之后，南方各州出现白人种族主义者针对黑人的大规模暴力活动，其中尤以密西西比州最为暴虐凶残，该州被三K党徒私刑杀害的黑人数量最多。在南方，大多数获得自由的黑人处于“除了自由便一无所有”（nothing but freedom）的困境，经济贫困、政治无权、文化落后的状况并无根本改善。南方白人继续用内战之前为奴隶制辩护的那些歪理为施行种族隔离制度辩护。1896年，在著名的普莱西诉弗格森案（Plessy v。 Ferguson； 1896）中，美国最高法院确立了“隔离但平等”原则，承认了南方种族隔离制度的合宪性。为了争取法律上的平等地位，南方黑人继续艰难地斗争了一百多年。
在其名著《未经同意或契约：美洲奴隶制的兴衰》中，福格尔教授谈到，美国通过南北战争解放奴隶的做法没有尊重奴隶主的私有产权，相比之下，英国议会1833年通过《废奴法案》，在西印度