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领导人的能力体现在做出高人一筹的决断，并且有力地实施这个决断。因此，这场战争最重要的不是战斗本身，而是如何推动大清帝国这架机器走上战争轨道。
乾隆皇帝后来回忆说：“斯时，力排众议，竭尽心力。”（《御制诗五集》）做官僚集团的思想工作，动员、组织文武官员投入这场战争，让他几乎精疲力竭。他连篇累牍地发布谕旨，分析清准力量对比，再三论证出兵讨伐的必要性，并表示自己决心已下，不可动摇。他说：“此正可乘之机。若失此不图，再阅数年，伊事势稍空，必将故智复萌，然后仓猝备御，其劳费必且更倍于今。”“此际达瓦齐力穷失据，且内难相寻，众心不服，失此不图，数年之后，伊事务稍定，仍来与我为难，必致愈费周章。”
乾隆十九年（1754年）十月十三日，他在太和殿召见诸王和满族大臣，对他们说：“朕总理天下诸务，惟据理独断，应办之事，断不为众所阻挠。如其不可，众人强为奏请，朕亦断不允行。〖TXT小说下载：。。〗是皆尔等所共知者。此用兵要务，朕筹之已审，岂以众人怯懦，即失机宜，半途而废。”（《清高宗实录》）
经过反复思想动员，终于，人们表面上不再反对了。大清帝国勉强开上了战争轨道。
然而乾隆却物色不到一位堪当大任的主帅。在所有的大臣中，只有傅恒真心诚意支持出兵，可是此人素不知兵，难以承担如此大任。平安无事数十年的满族将领们也“惟守妻孥以求安逸，闻战阵而甘退缩”。成兖札布、策楞、舒赫德等老将素称勇敢干练，可是对这场战争却都心怀退缩，“萎靡懦怯”，无奋勇争先之态。左右权衡，乾隆勉强选定了班第和永常，分任北路和西路主帅。
接下来是粮草问题。如果按照“兵出粮随”的用兵常理，这场战争根本没法打。因为平定准噶尔的时机是突然到来的，清王朝毫无准备。前线并无粮草，准备也已来不及。一是从内地运粮到西部，每石米价值不过3两银子，可是运费要高达20两。二是即使清廷财力充裕，负担得起运费，征购和运送时间上也万万来不及。
乾隆悍然决定，抛弃行军常规，“因粮于敌”。也就是说，每名士兵自背可吃两个月的口粮，其余口粮，沿途取之于蒙古牧民。乾隆的上谕说得冠冕堂皇：“官兵前进，沿途可以打牲，宰杀疲乏牲畜。现在投诚的厄鲁特蒙古人所有的牲畜，虽然不应夺取，但是暂时取用，将来再给补偿，也无不可。”
这实际上允许官员沿路抢掠。所谓将来补偿，只是无法兑现的空话而已。这一大胆的举动后来被证明埋下了严重后患，在当时却被乾隆认为是唯一的办法。
此谕一出，不少大臣都目瞪口呆，纷纷反对。陕甘总督刘统勋上奏说此举太过冒险，仍当先筹粮运饷，然后再进兵。乾隆批评他说：“刘统勋此奏……全不合此次机宜。”
定西将军永常也反对因粮于敌。乾隆皇帝说得口干舌燥，禁不住骂起人来：“永常全不知事理之轻重，颠倒舛谬，至于此极！”
一顿痛骂，终于压住了所有反对者的声音。乾隆二十年（1755年）二月，清军北路和西路两路出师，共计五万人，加上负责运输的夫子共近八万人。每位士兵配备战马三匹，共计十五万匹。配备骆驼一万峰。乾隆以从准噶尔叛逃的重要将领阿睦尔撒纳为前锋，以收招降之效。果如乾隆所料，准部连年内战，人心厌乱，清军一到，纷纷归降，“各部落闻风崩涌……所至台吉、宰桑，或数百户，或千余户，携酮酪，献羊马，络绎道左，师行数千里无一人抗颜行者。”大军刚刚出动，就有札哈泌部一千三百户来降，称“我等为达瓦齐残虐，愿率属效力”。紧接着准噶尔颇有权势的大台吉也率部属投降。五月，两路大军会师于新疆博乐县（今新疆博禾市），向伊犁进军。伊犁民众也纷纷迎降。“大兵至伊犁，部众持羊酒迎犒者络绎载道，妇孺欢呼，如出水火，自出师以来，无血刃遗镞之劳，敉边扫｜穴，实古所未有”。充分证明了这次出师时机选择的重要性。
在这种情况下，准部新首领达瓦齐无心抵抗，率一万人逃亡至伊犁西南的格登山。清军穷追不舍，将其擒获，送往京师。平准战争初获胜利。
过于迅速的成功往往包含着问题。清军攻克伊犁后，原以为可以缴获一部分牲畜、粮食。不料准部屡经战祸，伊犁并无积存物资。因为军粮不继，平定了准部之后，清朝大军只能迅速撤离，只留下五百名士兵做清朝将军的护卫，准部由率先降清的阿睦尔撒纳与清朝将军共同管理。阿睦尔撒纳本不是一个安分之人，虽然平定伊犁之后，乾隆以其战功最多，封他为双亲王，食亲王双俸，他仍然不满足。他见清朝兵力已退，萌生了做准部新汗、独据准噶尔汗国原来版图的野心。平定准部之后，乾隆秉“分而治之”之策，准备把准部一分为四，使其互不统属，阿睦尔撒纳却要求成为四部的统一首领，凌驾众人之上。乾隆当然不同意他的请求，于是他于乾隆二十年（1755年）杀死清军将领，起兵叛乱，自立为汗。乾隆二十一年（1756年）二月，乾隆不得不又再次派兵，擒拿阿睦尔撒纳。
平叛战争进展得很不顺利。由于事发仓促，清军仍然没有携带充足粮草就出发了，一路上对喀尔喀蒙古大肆榨取。到了新疆之后，¨wén rén shū wū¨又大肆抢夺准部故地的牲畜粮食。准部本来就已经陷入饥荒之中，清军一来，雪上加霜，大批民众饿死，剩下的都纷纷起来反抗清军。而前线将领又很不得力，屡屡错失战机，使阿睦尔撒纳一再逃脱。乾隆皇帝一筹莫展。恰在此时，一直全力支持乾隆平准的喀尔喀部蒙古居然也起兵反叛了。
反叛的原因是清王朝对喀尔喀蒙古的榨取超过了极限。“因粮于敌”的策略在战争中实际上演变成了因粮于友。在开往新疆的途中，缺乏物资准备的清军一再掠夺喀尔喀蒙古人，“毡子、毛皮和其他畜产品都被清朝当局以动员和征用的方式夺走了。除了这些，喀尔喀劳动者越来越频繁地被招去服兵役，而且他们必须自备武器弹药……大部分男人脱离生产，被打发去打仗”。（兹拉特金《准噶尔汗国史》）因此，在部落领袖青衮杂卜的带领下，一万多喀尔喀蒙古人起兵反清。二十三个札萨克王公聚集在克鲁伦河畔，酝酿要举行全蒙古的反清战争。
乾隆醒悟到了自己的失误，迅速转了弯子。“北京理解到了这一危局。博格德汗（乾隆）知道了蒙古人的不满，于1756年9月写信给库伦呼图克图和土谢图汗，说他不知道蒙古人的贫困，对蒙古人他将因功赏赐。”（瓦西里耶夫《外贝加尔的哥萨克》）
乾隆知道仅仅一封信是远远不够的。他又通过小时候一起读书的密友章嘉三世活佛做哲布尊丹巴的工作，许诺将对喀尔喀蒙古人大大施恩，终于安抚住了喀尔喀蒙古，镇压了青衮杂卜起义，扫除了后顾之忧。
吸取了这次教训，乾隆终于不再“因粮于敌”了。他痛定思痛，改变了作战方式，首先调集大批粮食，运至前线，巴里坤、哈密贮粮十一万石，足够大军三四年之用，然后于乾隆二十二年（1757年）三月，第三次进兵。这一次，他终于顺利摘取了胜利果实。经过连年战争和饥荒，准部蒙古人已经穷困交加，疾病流行，死亡甚多，毫无战斗力，清军所到之处，都能迅速取胜。阿睦尔撒纳日暮途穷，逃入俄罗斯境内，后来病死异国。
这场战争意义非同一般。自大清开国以来，准噶尔汗国这个敌对势力就如同一片黑色的魅影徘徊在西部，窥视着内地，让连续几代清朝最高统治者席不安寝。如今，大清最强大的敌对势力被彻底消灭，乾隆终于可以长长地出一口气了。
但乾隆仍然放不下心来。这场战争形势几起几落，让他从大喜到大悲，经历了数度煎熬。本来，在他的计划中，这场战争只需要数月时间，数百万两军费。没想到，战争最终拖了三年，一次战争变成了三次，中间出现了平定喀尔喀蒙古叛乱这个插曲。向臣民许诺的迅速成功演变成一场惨胜，军费最终高达数千万两，多名大将折损，乾隆有些恼羞成怒。
而战争过程中准噶尔部蒙古人表现出的强悍倔强，也令乾隆心生后怕。在准噶尔四部中，只有杜尔伯特部第一次投降之后，一直忠心耿耿地服从大清，其他三部，都是屡降屡叛，让乾隆吃尽苦头。这支历史上一再演出惊人之作的蒙古部落确实有着一般民族没有的硬骨头。如何对付这个民族，乾隆费尽心思。仅仅分而治之似乎难以彻底削弱这支蒙古人的力量。他十分担心数十年后，准噶尔部蒙古人春风吹又生，重新成为大清的敌人。
经过深思熟虑之后，他做出了一个惊人的决定：对准噶尔部蒙古人，除了杜尔伯特部外，“总以严行剿杀为要”。
这实际上是一道种族灭绝令。
其实，在整个平准战争中，“残酷”一直是主旋律。头两次平准战争虽然没有出现有计划的大屠杀，但是“因粮于敌”的策略本身就是一场屠杀。在进军过程中，清军一直是以抢劫作