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当时黄巢的同州防御史朱温与唐朝河中留后使王重荣多次交锋，均遭败绩。唐军有一批运粮的三十艘船通过夏阳（今陕西合阳东），朱温派兵中途抢劫下来。王重荣派三万精兵抢夺，朱温不敌，只好把船只凿沉，王重荣便围住了同州城。朱温突围不出去，只好向黄巢求援。可是求援的奏章都被当时主政的宰相孟楷扣住，也不派兵增援。朱温坐困孤城，又看出形势对黄巢很不利，就决定投降唐朝。他杀掉了黄巢派来的监军严实和反对投降的大将马恭，向自己的对手王重荣投降了。王重荣任命朱温为同州、华州节度使，并且写了奏表，派谢瞳到成都送给唐僖宗。僖宗看了奏表，十分高兴，大呼：“这是上天送给我的厚礼！”封朱温为左金吾卫大将军，充河中行营副招讨使，并赐名为朱全忠。
在农民起义军与唐军相对峙的时期，朱温的降唐不但削弱了起义军的力量，而且使长安东面的屏蔽全失，对起义军是一个重大的打击。朱温降唐并且受到重用，也动摇了起义军的军心，一些起义军将领在朱温的引诱下，叛变时有发生。
中和三年（883）四月，黄巢因长安城中无粮，只得率军撤离长安，转向河南一带。黄巢撤兵后，僖宗利用川中的富庶和各地的进献，组织对黄巢的反扑。出身沙陀族的河东节度使李克用率兵入援以助朝廷。起义军最后力尽兵败，黄巢在山东泰安的虎狼谷自杀身亡。
由于朱全忠镇压农民起义有功，唐朝封他为检校司徒、同中书门下平章事、沛郡侯，后来又封为吴兴郡王，还赐给他铁券和德政碑。
风雨飘摇之际，僖宗暴卒
经过黄巢起义军的打击，唐朝数百年的基业已不复旧貌。藩镇各擅兵赋，迭相吞噬，朝廷根本不能控制，成为实际上的地方割据势力。朝廷实际控制的地区，不过河西、山南、剑南、岭南西道数十州而已。＇奇。ｃom书＇
光启元年（885）正月，僖宗自川中启程，三月重返长安。数年惊魂还没有来得及稳定，便又遭遇了新的动荡。僖宗宠信的宦官田令孜，因企图从河中节度使王重荣手中夺得池盐之利而与之交恶，田便联合邠宁节度使朱玫和凤翔节度使李昌符向王重荣开战。王重荣则求救于太原李克用，二人联手大败朱玫和李昌符，进逼长安。十二月，神策军溃散，田令孜无奈再次带领僖宗逃亡到凤翔（今陕西宝鸡）。
此时，各地节度使对宦官田令孜的专权十分不满，朱玫将因病没有跑掉的襄王李煴挟持到长安立为傀儡皇帝，改元“建贞”，僖宗被尊为“太上元皇圣帝”。僖宗以正统为号召，把王重荣和李克用争取过来反攻朱玫，同时密诏朱玫的爱将王行瑜，令他率众还长安对付朱玫。光启二年（886）十二月，王行瑜将朱玫及其党羽数百人斩杀，又纵兵大掠，僵冻而死的百姓横尸蔽地，惨不忍睹。一些官员拥着李煴逃奔河中，王重荣假意迎奉，将李煴抓住杀死，并把他的首级函送给僖宗。
事变平息后，不少官员遭到杀戮，田令孜被贬斥，僖宗也打算重回京师。光启三年（887）三月，返京的队伍刚刚到达凤翔，节度使李昌符以等待长安宫室修缮完工为名，强行滞留僖宗。到了六月，天威军与李昌符发生火拼，李昌符进攻僖宗行宫，兵败出逃陇州（今甘肃），僖宗命扈驾都将李茂贞追击。七月，李昌符被斩。
经过这样几番折腾，僖宗的身体也垮了。光启四年（888）二月，病中的僖宗终于又一次回到长安，在拜谒太庙以后，举行大赦，改元“文德”。三月三日，僖宗得暴疾，六日，27岁的僖宗终于在颠沛流离之后离开了人世。
命运多舛的昭宗
昭宗李晔是懿宗第七子，僖宗的同母弟弟，6岁封寿王。在僖宗弥留之际，朝廷群臣并没有看好他，而是看中了吉王李保，理由是吉王在诸王当中最有贤名，年龄又长于寿王。当时支持李晔的只有掌握军权的宦官杨复恭等人。拥立的理由是：李晔和僖宗是同母所生，关系最为密切；李晔在僖宗多年避难逃亡过程中都随侍左右，而且还能够表现一些军事才能，与杨复恭关系相处也算和谐，比较能为杨复恭等人接受。即位这年，李晔22岁。
昭宗听政以后，颇有重整河山、号令天下、恢复祖宗基业的雄心壮志。他认真读书，注重儒术，尊礼大臣，企图寻找治国平天下的道术。大顺元年（890），昭宗在准备尚欠充分的情况下，迫不及待地下诏削夺太原李克用的官爵和赐予他的皇室宗族身份。结果，李克用不服，拒绝交出兵权，各地藩镇为求自保，对此消极观望，昭宗派往河东（今山西）地区镇压李克用的官军几乎全军覆没。杨复恭乘机将支持昭宗的宰相罢免，并联合一些节度使要挟朝廷，这给待机而动的凤翔节度使李茂贞提供了口实，他以讨逆为名联合关中其他几个藩镇打败了杨复恭。李茂贞随即兵逼朝廷，昭宗无可奈何，只好杀死了杨复恭和宰相杜让能推卸责任，李茂贞才算罢休。从此，李茂贞占据关中十五州，成为京畿地区最强大的藩镇，他以朝廷元勋自居，干预朝政，还有问鼎帝位的野心。
乾宁三年（896）九月，占据汴州（今河南开封）的朱全忠、张全义与关东诸侯纷纷上表，说关中地区有灾，请皇帝迁都洛阳，并说已经着手缮治洛阳宫室。这个时候，昭宗为了保障皇室安全，一度想任用宗室典掌军队，因阻力重重没有实现，却给宗室诸王带来了灭顶之灾。乾宁四年（897），华州节度使韩建要挟来华州行宫的昭宗，将宗室睦王、济王、韶王、通王、彭王、韩王、仪王、陈王等八人囚禁，他们所统领的殿后侍卫亲军两万余人也被迫解散，昭宗还不得不在韩建的要求下，将德王李裕册为皇太子，并进封韩建为昌黎郡王。这年八月，韩建又因私怨，勾结知枢密使刘季述假传皇帝旨意，通王、覃王已下十一王及其侍卫，无论老少统统杀死，而韩建仅以诸王“谋逆”告诉昭宗了事。当韩建发兵围住诸王的住所以后，宗室诸王惊惧万分，披发逃命，沿着城垣大呼：“官家（宫中对皇帝的称呼）救儿命。”有的还登屋上树，以图侥幸。景况之惨痛，使人叹息，而昭宗只有暗自垂泪。事后，他仍以韩建为太傅、中书令、兴德尹，封颍川郡王，赐铁券，并赏赐他御笔书写的“忠贞”二字。
光化元年（898）十一月，又发生了昭宗遭宦官废黜、皇太子李裕监国的宫廷政变。
原来，昭宗经过这番折腾，往日的锐气消失殆尽，终日饮酒麻痹自己，脾气也变得喜怒无常，引起了宦官的恐惧。十一月的一天，昭宗在禁苑中打猎，大醉而归。当天夜间，手杀宦官、侍女数人。左右神策军中尉刘季述、王仲先借机要挟宰相召百官署状同意“废昏立明”，随即带兵突入宫中。刚刚酒醒的昭宗惊坠床下，还挣扎起来想逃跑，被刘季述、王仲先左右挟持着摁在座位上。昭宗皇后何氏就在昭宗面前取出传国宝玺交付刘季述，然后和皇帝共乘一辇，带着平日的侍从十余人赴东宫。昭宗一入宫中即被囚禁，刘季述亲自给院门上锁，每日通过窗口给他送饭食。宦官迎立皇太子监国，假传昭宗之命，令皇太子李裕登皇帝位。
后来，宰相崔胤联合禁军将领孙德昭发兵打败了刘季述，天复元年（901）正月昭宗“反正”，接受了群臣的朝贺。刘季述被乱棍打死，暴尸街头。皇太子李裕降为德王，改名祐。可不久之后，凤翔节度使李茂贞以勤王为名，将昭宗挟持到凤翔幽禁起来。宰相崔胤告难于正在定州（今河北正定）行营的汴梁节度使朱全忠，请他发兵问罪。这正中朱全忠下怀，他立即前往长安，崔胤率文武百僚迎接。朱全忠随后与李茂贞围绕争夺昭宗展开激战。朱全忠大军围困凤翔一年多，凤翔孤立无援，城中百姓多饿死，昭宗也不得不在行宫自磨粮食以求生存。最终，凤翔城破，昭宗成为朱全忠的战利品。天复三年（903），昭宗在朱全忠的押解下还京。他赐朱全忠为“回天再造竭忠守正功臣”，并亲解玉带相赐。
昭宗返回长安后，朱全忠很快发兵将朝中宦官全部杀死，同时下令各地藩镇将担任监军的宦官一律杀死，多年来宦官专权的局面结束了，但唐朝也到了癌症晚期。朱全忠为了更好地控制昭宗，天祐元年（904）正月，他提出要皇帝迁都洛阳。为了杜绝唐朝故旧对长安的念想，朱全忠下令将长安居民按户籍迁居，宫室和民居全部毁掉，房屋被拆后的木材扔在渭河当中，顺河而下，月余不息。千年古都成为废墟，长安城哭声一片，关中百姓在迁徙途中大骂崔胤是“国贼”，斥责他引来朱全忠倾覆社稷，连累众生。
四月，昭宗到达陕州（今河南三门峡），哀求朱全忠说，中宫刚刚生育，月子里出行不方便，请求到十月再入洛阳宫。朱全忠认为他是有意拖延待变，很是恼怒，恶狠狠地对手下牙将寇彦卿说：“你马上到陕州，立即督促官家动身。”
昭宗无奈，只好从陕州出发。此刻昭宗身边已没有了禁卫亲军，随从他东迁者只有诸王、小宦官十几人和打马球的内园小儿共二百余人。朱全忠仍然不放心，担心这些人也会惹是生非，为防止节外生枝，下令将他们全部坑杀，将皇帝身边的侍卫全部换成了自己的部下。
就这样，迁都到洛阳的昭宗完全成为朱全忠的傀儡和招牌。朱全忠成为控制关东和关中大部分地区的最大的军阀，他觊觎皇位已久，篡国之谋已是司马昭之心，路人皆知。太原李克用、凤翔李茂贞、西川王建等连盟举义，打出了“兴复”的旗号来和朱全忠对抗。
昭宗自离长安，终日与皇后宫女喝酒自蔚，但还是担忧发生不测。朱全忠也担心昭宗再次成为对手的招牌，�