又退守京城。十一月十六日，袁崇焕的大军到达京师广渠门外。这样，袁崇焕无异于纵敌深入，而京城内外的官民都受到骚扰。一时间，谣言四起，说袁崇焕与后金有密约在先，是故意引后金军队入关的。皇太极及其谋臣范文程策动了除去袁崇焕的反间计，也许正是受当时谣言的启发。
袁崇焕在崇祯元年（1628）七月接受皇帝召对时，夸下“五年平辽”的海口。在当时明朝与后金的对抗中，明军能在辽东抑制住后金军队的进攻已属不易，“五年平辽”无异梦呓。袁崇焕这么说，据他自己讲，不过是为了暂时宽慰宽慰皇帝而已，却引起了朱由检无端的猜忌。另外，他曾擅杀大将毛文龙，也让朱由检不安。而后金皇帝皇太极效仿《三国演义》中周瑜利用蒋干盗书的模式，让被俘的太监杨某偷听到“袁经略有密约”的对谈，再放杨某逃跑。杨某一回京城向皇帝汇报，朱由检对于袁崇焕的容忍与信任也荡然无存了。
十一月二十日，满桂在德胜门，袁崇焕在广渠门，同时与后金军队开战。满桂退守德胜门之瓮城，而袁崇焕身先士卒，将皇太极逼退。二十三日，袁崇焕入城晋见皇帝，请求像满桂一样，让士兵入城休整。遭到朱由检的断然拒绝。二十七日，袁崇焕击退了皇太极的军队，京师外围局势趋于平静。
十二月初一日，朱由检在平台召见了袁崇焕、祖大寿、满桂三人，着锦衣卫拿下袁崇焕监禁起来。祖大寿是袁崇焕部将，奉命节制辽兵，率部东返。袁崇焕别囚禁后，他唇亡齿寒，不太听朝廷号令。后来还是靠着狱中袁崇焕的亲笔书信，才将祖大寿及守辽军队召还，并收复永平、遵化一带。但是，一些别有用心的人想利用袁崇焕来整倒内阁辅臣钱龙锡，说钱龙锡与袁崇焕两人早就密议与后金议和。此论一出，袁崇焕算是死定了。崇祯三年（1630）三月十六日，崇祯帝命将袁崇焕凌迟处死，妻妾兄弟流放到福建。
袁崇焕千里迢迢率领将士冒着极度严寒前来保卫京城，经过浴血厮杀才击退强敌，最后却落得这样的下场，明朝将士怎能不与崇祯帝离心离德？袁崇焕一死，辽东的战局更无人可以收拾。因此，当崇祯三年（1630）农民起义声势明显壮大后，明王朝便陷入内忧外患的双重困境之中。但是，在此之后，朱由检还曾密令孙传庭在崇祯十五年（1642）杀了李自成的同乡贺人龙，等于杀了一名在镇压农民起义中颇为悍勇的将领。贺人龙被杀后，农民起义军酌酒相庆：“贺疯子死，取关中如拾芥矣！”崇祯帝的多疑、擅杀，无异于自毁长城。
多疑与擅杀
袁崇焕只是个开头，频繁地更换和滥杀大臣，是崇祯朝的特点之一。崇祯一朝17年，设内阁大学士如弈棋一般，轮换了50人，变换之快，让人目瞪口呆。其中任期较长的两人，分别是温体仁和周延儒。
温体仁是一个城府极深之人。崇祯元年（1628），他通过攻击钱谦益在主持会试中有舞弊嫌疑而得到崇祯帝的赏识。次年（1629），御史任赞化攻击温体仁娶娼受贿，反而被崇祯帝以为是钱谦益党羽而罢免。崇祯帝有鉴于万历、天启朝的党争，对于大臣结党最为反感。他对于温体仁的欣赏，是因为温体仁孤立无党。崇祯三年（1630）六月，温体仁入阁为大学士，此后一直当了8年。周延儒比温体仁早一年入阁，两人在内阁中并不相让，相互倾轧。崇祯六年（1633）六月，周延儒被温体仁逐出京城，温体仁把持了内阁，于是民间遂有民谣说“内阁翻成妓馆，乌归王巴篾片，总是遭瘟”。这是指当时内阁中的三位大臣：温体仁、王应熊和吴宗达。温，乌程籍，归安人；王，巴县人；吴，因无所作为，人称“篾片”。一时间，这首民谣在京城街头成为笑谈。堂堂内阁大学士被人如此讥笑，可见其人品之劣。就是这么一个温体仁，却一直执政8年，直到崇祯十年（1637）才被罢免。之后，周延儒复入阁。但是，崇祯十六年（1643），周延儒被勒令自尽。
在周延儒之前，内阁大学士薛国观也被崇祯帝处死。总共17年间，被杀的大学士有两人，被谴戍的大学士也有两人，即钱龙锡、刘鸿训。作为皇帝最亲信的大臣，内阁大学士轻易落到这样的下场，实在令大臣们寒心。在六部尚书中，刑部尚书换了17人，这17人中，薛贞被处死，韩继思、郑三俊、刘之凤、李觉斯、徐石麒等先后下狱，狱中瘐死2人，大部分不得善终。兵部尚书中，王洽因崇祯二年（1629）清兵入关而下狱瘐死，陈新甲因泄漏议和之事而被处死。在地方督抚中，总督中被诛者7人：郑崇俭、袁崇焕、刘策、杨一鹏、熊文灿、范志完、赵光忭；巡抚被戮者11人：蓟镇王应豸、山西耿如杞、宣府李养冲、登莱孙元化、大同张翼明、顺天陈祖苞、保定张其平、山东颜继祖、四川邵捷春、永平马成名、顺天潘永图，另外还有河南巡抚李仙凤被逮自杀。这些大臣，都是应对辽东战事和平息农民起义的将领，他们动辄遭罪被杀，也就很容易说明崇祯朝军事上的大溃败了。
到了崇祯朝后期，随着局势的日益严峻，朱由检的滥杀也日趋严重。一个城市沦陷，就把守城的将领杀掉，一个地方沦陷，就把守地的首长杀掉。陕西省华亭县（今甘肃华亭）县令徐兆麟，到任只七天，照样依法处斩。朱由检对饥饿的武装群众恨入骨髓，坚决地指控只是一撮奸邪份子煽动起来的，有人向他提及饥懂和官员乡绅贪暴，他就发怒，发怒的原因是他无法解决，所以他不愿听到。他不断地宣布“避殿”、“减膳”、“撤乐”，不断地声言流寇也是他最亲爱的赤子，不断地下令政府官员自我检讨。有一次还把宰相们请到金銮宝殿上，向他们作揖行礼，说：“谢谢各位先生，帮助我治理国家。”然而不久就大发雷霆，把被他谢谢的“各位先生”杀掉。朱由检的急躁性格，使他迫不及待地追求奇迹，并且认为重刑是促使他部下创造奇迹的动力。但有才干的部下又使他如芒刺在背，他其实只能用恭谨无能之辈，在这种人面前，他才心情愉快。朱由检经常叹息他无缘得到岳飞那样的将领，其实，恰恰相反，他已得到了一位岳飞，那就是袁崇焕，结果却用冤狱酷刑对待他。就像一个勤快的笨蛋总是要比一般的笨蛋干出更多的不可收拾的蠢事一样，一个自以为是而又事必躬亲的专制君主给这个千疮百孔的帝国造成的伤害，远远要大过一个平庸、惰怠、无所事事的皇帝。
明末农民大暴动
为了支持对后金的战争，崇祯帝不得不大幅增加赋税，名曰“三饷”——辽饷、剿饷和练饷。三饷是赋役征收之外的掠夺性的财政措施，依军需决定征收额，其加派额直线上升，结果造成“旧征未完，新饷已催，额内难缓，额外复急，村无吠犬，尚敲催追之门；树有啼鹃，尽洒鞭扑之血。黄埃赤地，乡乡几断人烟，白骨青燐，夜夜常闻鬼哭”，从而引起广泛的社会不满，起义不断。
也就是在错杀袁崇焕的崇祯三年（1630），农民起义军的声势壮大起来。当时陕西连年发生可怕的旱灾和蝗灾。老百姓先是争着采食山中的蓬草，蓬草吃完，就剥树皮吃，树皮吃完，就挖掘山中的石块来吃，最后腹胀而死。幼年人或独行人，一出城外，便告失踪。以后见城外的贫民用人的骨头当木柴烧，烹煮人肉，才知道失踪的人都被饥民吃掉了。一些不甘愿饿死的人就集结起来当强盗。另一些稍有积蓄的家庭，被抢劫一空，也变成饥饿的群众。武装群众的领袖中，以安塞的张献忠和米脂的高迎样最为著名，高迎祥称“闯王”后被明军生擒送到北京，用酷刑磔死，他的外甥李自成被推举继任闯王。
李自成攻城掠地，每遇顽抗，都要大肆杀戮，对方坚守一两天，城破以后要杀十之三四；坚守五六天，城破以后差不多要斩尽杀绝，还要毁平城墙。每破一城他就弃之不顾，继续向前进攻。他曾三度围攻开封城不下，最后挖开黄河大堤，淹死沿岸兵民数十万人。后来他的队伍中加进了河南杞县举人李岩、举人牛金星、算命先生宋献策等人作谋士，建议他停止报复性的屠杀，发出“迎闯王，不纳粮”的政治号召，才逐渐得到民众的拥护。
崇祯帝用两种传统的老方法对付起义军，一是讨伐，一是招降。讨伐是军事行动，但腐败的明政府军队所到之处，大肆奸淫烧杀。山西总兵张应昌兵团所杀的，一半以上是逃难的乡民，用他们的人头冒功领赏。民间有一首歌谣：“盗贼（饥民）好像梳子，军官好橡蓖子，士兵好像剃刀。”
勤政无功，反贪可笑
面对危机四伏的政局，崇祯帝求治心切，很想有所作为。每逢经筵，恭听阐释经典，毫无倦意，经常召对廷臣，探求治国方策。勤于政务，事必躬亲。他对朝务的勤勉和生活上的简朴在中国几千年皇帝史上都是罕见的。他总是鸡鸣就起床，深夜都不睡觉，往往焦劳成疾。他节俭自律，不近女色，宫里从来没有宴乐之事。”崇祯十五年（1642）七月初九，他因为“偶感微恙”而临时传免早朝，遭到了内阁辅臣的批评。崇祯帝既感激又羞愧，特亲笔写了手敕，对辅臣进行褒奖，对自己进行批抨。
崇祯帝曾把宫中万历时所储藏的上等辽参在集市上卖掉，换回数万两银子聊补国用。某日听讲官给他讲书时，所穿内衣袖子已破损，留在外面很不雅观，不时把它塞进去遮掩。崇祯帝的这种节俭，有时发展到吝啬的地步了。他小时候用仿影的方式练字，如果纸张较大而范本的字较小的话，他一定会先将纸的一边对齐范本，写完后再把剩下的地方都写满，以免浪费。尽管身为帝王，他无法随意出入于民间，但为了节约起见，常派人到宫外去从民间采买物品，