但是君主底威权，在他简直是一种痛苦的经验。朝会的时候，他照例是不发一言。如此一年一年地过去。起初还不妨说是什么“高宗谅阴，三年不言”，但是一直到第四年，他还没有感觉到说话的必要。这确有些骇人了。隆庆三年，尚宝丞郑履淳上疏：
陛下御极三祀矣，曾召问一大臣，面质一讲官，赏纳一谏士，以共画思患豫防之策乎？高亢睽孤，乾坤否隔，忠言重折槛之罚，儒臣虚纳牖之功，宫闱违脱珥之规，朝陛拂同舟之义。回奏蒙谴，补牍奚从？内批径出，封还何自？
隆庆四年刑部主事陆树德上言，‘上下交为泰，今暌隔若此，何以劘君德，训万几？”但是一切的规诤，对于穆宗，没有发生什么影响。
当然，穆宗不是白痴，他只是对于实际政治发生厌倦。在宫庭里面，他有他底爱和憎。他爱女人，爱喝酒，爱和内监们一起游玩，爱鳌山，爱宫苑，爱秋千，爱龙凤舰，爱金匮玉盆：一切消闲的娱乐他都爱，一切实际的政治他都憎。事实上，实际的政治，用不到他自己操心。他有徐阶、高拱、张居正，这些干练的政治家；他也有李春芳、陈以勤、郭朴，这些忠谠的大臣。政权交给他们好了，穆宗自己想。不幸他连驾驭大臣的威柄，也一齐放手，因此穆宗一朝，内阁里面只见到不断的混斗。
穆宗是一个宽厚的君主，这是他和世宗绝对不同的地方。他即位的初年，诏令户部购买珠宝，户部尚书马森执奏，不听；给事中、御史们进谏，不听。最后激怒了御史詹仰庇，他上疏说：“陛下玩好之端渐启，弼违之谏恶闻，群小乘隙，百方诱惑，害有不可胜言者。”这是直接攻击皇帝了，穆宗只给他一个不答复。穆宗对陈皇后日渐疏远，皇后迁居别宫，慢慢地郁出病来，仰庇又上疏道：
先帝慎择贤淑，作配陛下，为宗庙社稷内主，陛下宜遵先帝命，笃宫闱之好。近闻皇后移居别宫，已近一载，抑郁成疾，陛下略不省视。万一不讳，如圣德何！臣下莫不忧惶，徒以事涉宫禁，不敢颂言。臣谓人臣之义，知而不言，当死，言而触讳，亦当死。臣今日固不惜死，愿陛下采听臣言，立复皇后中宫，时加慰问，臣虽死，贤于生。
这样地切直，在世宗的时候，久已应当受到廷杖的处分了，穆宗只批着，“后无子多病，移居别宫，聊自适以冀却疾。尔何知内庭事，顾妄言！”在明代，这真是难得了，一切看出穆宗是一个平庸的，然而宽厚的君主。
穆宗即位的时候，内阁大学士是徐阶、李春芳、郭朴、高拱四人。徐阶是首辅，内阁中最不平静的分子是高拱。
短短的十二月过去了，第二年便是穆宗隆庆元年。开了新年，居正由翰林院侍读学士，进礼部右侍郎，兼翰林院学士。侍郎是正三品，这已是进官了，但是只是一个阶梯。二月居正晋吏部左传郎兼东阁大学士，入阁。同时人阁的还有他底房师陈以勤。二人入阁，当然都是因为曾为裕邸讲官的原故。
这一年居正四十三岁了，也许他还记得荆州张秀才那两句诗，“凤毛丛劲节，只上尽头竿”。努力，努力！在三十年以后的今日，他已经直上尽头竿了，但是他还得努力，他要一直赶上尽头竿的顶点。
奉诏入阁以后，他有《辞免恩命疏》，这是一篇可以纪念的文章，全录于次：
奏为辞免恩命事，隆庆元年二月初九日，准吏部咨，节奉敕谕：“原讲官、今礼部右侍郎、兼翰林院学士张居正，升吏部左侍郎兼东阁大学士，著入内阁，同徐阶等办事，如敕奉行。钦此。”非常之命，特出宸衷，不次之恩，滥及庸品，臣不胜感激，不胜惶悚。窃以内阁之职，几务是司，以代王言，以熙帝载，必有宏深奥衍之学，蕴经纶康济之才，然后足以协赞皇猷，弼成圣化。臣学不足以造古人之微，识不足以通当世之务，既无才望，又鲜旧劳，徒以东朝劝讲之微勤，幸逢圣主龙飞之景运，因缘机遇，骤被恩慈，擢贰铨衡，晋参密勿，力微于蚊蝝，任重于丘山，退自省循，若为堪受。昔唐李泌、陆贽，遇代、德二主于藩邸；先臣杨溥、刘健，事仁、孝两庙于青宫：咸以旧劳，遂跻台席。然当时不以为幸得，后世咸仰其休声者，盖以四臣闻望素隆，勋庸茂著故也。臣之谫劣，何足以远企前贤，近希先哲，而一旦以后进之士，厕迹于老成耆旧之间，以庸众之流，滥竽于俊乂英贤之列，将何以致物情之允协，昭天鉴之无私？即微人言，能不自愧？况圣明临御之始，正海内观听之时，倘举措不惬于公评，则激劝有亏于国典，隮颠之咎，宁独在臣！伏愿皇上察臣悃诚，非由矫饰，特停成命，改授时贤，俾臣仍以旧官，勉图自效。庶程才量力，在微臣免餗复之忧，为官择人，在国家有栋隆之吉。臣无任战栗郧越俟命之至。（奏疏十二）
当然地，这是一篇例行的文章。明代关于大臣的任命，到了中叶以后，演成会推的制度。《明会典》：“阁臣，吏、兵二部尚书，会大九卿、五品以上官及科、道，廷推上二人，或再上三、四人，皆请自上裁。”（万历重修本卷五）就是指的此事。廷推便有些议会选举制底意味了。不过名为会推，其实主持者自有其人，其余的只有承认，未必公开地取决于多数底赞同。所以后来颜继祖论为“会推但六科掌篆者为主，卿贰台臣罕至，且九卿台谏，止选郎传语，有唯诺，无翻异，何名会推！”（《明史》卷二四八颜继祖传）这是指的主持之权落在六科都给事中（明代六部皆有都给事中掌科印故日掌篆又称科长。〕以后的情形。但是万历以来，大权只在吏部尚书和文选司郎中之手，廷推只是一个形式。（《明史》卷二四《陈有年传》）其实即在西方议会制盛行的国家，选举也只是公开的形式，一切的决定，还是由一、二人主持。所以大体方面，本来有不少的类似。
但是会推的制度以外，还有特简。任用大臣的时候，会推和特简，是两种迭用的方式。有时大臣认为特简是一种偏私的恩典，甚至拒绝皇上底荣命。孝宗用中旨改徐恪为南京工部右侍郎，恪疏称“大臣进用，宜出廷推，未闻有传奉得者。臣生平不敢由他途进，请赐罢黜。”（《明史》卷一八五《徐恪传》）这是一个好例。可是特简底制度，永远和会推底制度并存。干练的君主，用人行政的时候，甚至大都出于特简。在宽厚平庸的君主手里，特简底大权依然存在，但是简用的大臣，不是出于首辅底推荐，便是出于近幸底引进。居正这次入阁，全是徐阶底力量。居正自言“圣主念甘盘之旧，不弃簪履；元翁垂接引之慈，无遗管蒯”，（书牍一《答中丞洪芳洲》）所谓“元翁”，即指徐阶。
入阁以后，便有入阁以后的措施。无疑地，居正是热恋政权的。自隆庆元年入阁以后，直到万历十年身死为止，在这长长的十六年之中，他没有一天不在积极地巩固他底政权，也没有一天曾经放弃他底政权。政权在手中了，他要有一番作为。隆庆元年，他还只是一个新进，阁中充满他底老师和前辈，只有李春芳是他底同年，但是在他入阁以前，春芳已经是二年大学士了。可是居正既经入阁，便有一番抱负。也许在做翰林学士的时候，他还预备做一个文人，现在事情不同了，一切都看在他底眼里。入阁之初，他有这样的几封信：
仆以浅薄，骤冒非分，日夕惶惶，罔知攸措。思所以酬主恩而慰知己者，惟虚平此心，不敢向人间作好恶耳。至于转旋之机，未免有迹非心是之判，士大夫责望素深，或不能尽如其意，然亦不暇顾矣。（书牍一《答南中提学御史耿楚侗》）
深惟谫薄，任过其才，夙夜念之，若为称塞。惟当坚平生硁硁之节，竭一念缕缕之忠，期不愧于名教，不负于知己耳。（同卷《答中丞洪芳洲》）
仆以谫薄，获依日月之末光，猥从末阶，骤跻三事，束栌作柱，用荷为梁，庸愚之人犹将嗤之，况高明耆硕如翁者乎？乃辱不鄙，远赐问贺，奖借过情，重增其愧。至勉仆以作者之事，尤不敢当。古人以行谊文章兼显于时者，世不多见。明兴二百余年，名世之辅，专门之彦，凡几作矣，而一代文章，犹未能追踪古昔，乃欲责之于椎鲁人，讵能耶？若使以其硁硁小人之守，倦倦纳诲之心，朝夕俟衮职有缺，时用一缕补之，以仰答隆遇而免于罪戾，或庶几耳。（同卷《答宗伯董浔阳》）
关于居正入阁之初，还有一段记载，应当辨正的。王世贞《张居正传》，称“当居正之进阁，阁臣凡六人，……居正最后拜，独谓辅相体当尊重，于朝堂倨见九卿，他亦无所延纳；而间出一语，辄中的，人以是愈畏惮之，重于他相矣”。其后《明史》居正本传亦称“时徐阶以宿老居首辅，与李春芳皆折节礼士，居正最后入，独引相体，倨见九卿，无所延纳，间出一语，辄中肯，人以是严惮之，重于他相。”《明史》本传底记载，完全根据王传，连字句方面，都可以指出雷同的地方。其实两传都是错误的。
这段记载的错误，是时间的错误。居正倨见九卿，为众严惮的时候，是有的，但是这是万历以后的事了。万历元年九月，吏部尚书杨博致仕，十二月礼部尚书陆树声致仕，三年六月左都御史葛守礼致仕，老成｜人退休了，九卿之中，不是居正所汲引，便是他底亲戚，居正身为首辅，连带阁中的吕调阳、张四维，都几乎成为他底僚属，何况九卿！“倨”是诚然有的，“惮”也理有固然。但是隆庆元年，居正入阁之初，杨博为吏部尚书，葛守礼为户部尚书，都是居正平时严惮的人物，在官阶方面，都在居正之上，本来谈不到“倨”。隆庆六年六月，神宗即位，居正当国，七月用陆树声为礼部尚书。树声是嘉靖二十年进士，比居正前两科，居正见树声，用后辈见先辈礼。有一次树声到内阁拜访居正，因为客坐稍偏，简直不肯入坐，直待居正亲自改正�