，任兵部尚书的时候，他说：“议者以守墙为怯，言可听，实无实效。墙外邀击，害七利三，墙内格斗，利一害九。夫因墙守，所谓‘先处战地而待敌’，名守实战也。臣为总督，尝拒打来孙十万众，以为当守墙无疑。”他和刘应节底议论，都是隆庆五年的议论。那时蓟州已经有一番布置，中国和鞑靼，也暂时维持和平的局势。
隆庆元年九月，俺答寇大同，陷石州，掠交城、文水、烽火照遍山西底中部。同时土蛮进犯蓟镇，掠昌黎、卢龙，直至滦河。整个的北京又陷入战争的恐慌中，直到十月，才能解严。穆宗下诏群臣议战守事宜。居正《陈六事疏》所称“众言盈庭，群策毕举”者指此。这时吴时来已自横州回朝，进工科给事中了；时来上疏荐谭纶、俞大猷、戚继光：他主张用这三位讨破倭寇的大将，练兵蓟州，抵抗北方的敌人。一则时来是徐阶的门生，二则谭纶等也是当日第一等的人材，这个主张终于实现了。谭纶本来总督两广军务，立即召回为兵部左侍郎兼右佥都御史，总督蓟辽、保定军务。大猷老了，仍旧驻扎广西，为广西总兵官，没有动。继光召为神机营副将，隆庆二年五月，奉令总理蓟州、昌平、保定三镇练兵事，总兵官以下，悉受节制。从此谭纶、戚继光都到北边练兵，居正也和他们结下深切的关系。隆庆六年，居正当国，谭纶人为兵部尚书，直到万历五年四月病殁为止；继光镇守蓟州十六年，也直待居正病殁以后，方才调往广东。
谭纶就任蓟辽总督以后，第一着便是练兵，疏称：
蓟昌卒不满十万而老弱居半，分属诸将，散二千里间，敌聚攻，我分守，众寡强弱不侔，故言者亟请练兵，然四难不去，兵终不可练。夫敌之长技在骑，非召募三万人勤习车战，不足以制敌，计三万人月饷五十四万，此一难也。燕赵之士锐气尽于防边，非募吴越习战卒万二千人杂教之，事必无成。臣与继光召之可立至，议者以为不可信，任之不专，此二难也。军事尚严，而燕赵士素骄，骤见军法，必大震骇，且去京师近，流言易生，徒令忠智之士掣肘废功，更酿他患，此三难也。我兵素未当敌，战而胜之，彼不心服，能再破乃终身创，而忌嫉易生，欲再举祸已先至，此四难也。以今之计，请调蓟镇、真定、大名、井陉，及督、抚标兵三万，分为三营，令总兵、参、游分将之，而授继光以总理练兵之职。春秋两防，三营兵各移近边，至则遏之边外，入则决死边内，二者不效，臣无所逃罪。又练兵非旦夕可期，今秋防已近，请速调浙兵三千，以济缓急，三年后边军既练，遣还。
一切的计划都照准，一切的困难都解决，在内阁中主持的全是居正。继光到镇以后上疏备言练兵之害七，土卒不练之失六，虽练无益之弊四。继光又言“臣官为创设，诸将视臣为缀疣，臣安从展布？”“缀疣”委实是“缀疣”，有了蓟州、昌平、保定三个总兵，又有成继光底总理。总理只能练兵三万，名为总兵官受其节制，其实三镇额兵十余万，总理无从节制。所以继光底地位，正是非常困难。在困难当中，兵部尚书霍冀想到解决的方法。
假如我们认识明代的政治，我们不妨认为当时的政治中心组织，完全是二元制。中叶以后，内阁底地位，渐渐地形成为政治中心，但是名义上只是皇帝底秘书处，大学士底责任，在名义上，至多只能“票拟”，他们对于六部，在名义上，也谈不到统制。用人的大权，在吏部尚书手里，国防的大权，在兵部尚书手里，因此吏、兵二部，在六部中的地位特高。吏、兵两部尚书底实权，有时在大学士之上：景帝的时候，国家大政，完全在兵部尚书于谦手里，这是一个实例。吏、兵尚书底实权，有时完全在大学士之下，居正大权独揽的时候，也是一个实例。但是事实上内阁和吏、兵二部，永远在牵制和摩擦的当中。有时还能妥协，有时竟会冲突。在困难底当中，只有赋有政治才能的人，方能安稳地度过。
戚继光底问题来了，恰巧蓟辽总督谭纶对于蓟州镇总兵郭琥有不满意的消息，这是兵部底职权。兵部尚书霍冀看到了，事情再简单没有，他奏明了，郭琥解职，调戚继光补蓟州镇总兵。但是事情偏不这样简单。郭琥是一位得力的将官，谭纶对他没有什么不满意，戚继光由节制三镇的总理，改为一镇的总兵，实权尽管增加，名义上只是降黜。三个人都受到委屈。兵部尚书不管，内阁中的李春芳、陈以勤也不管，调处的责任只得由居正负起。我们看到他给谭纶的几封信，怎能不钦服他底苦心孤诣呢？
前闻道体小违和，无任悬念，今想勿药矣。近日处分戚帅，诚出下策，然非得已也。顷会霍司马云，“公本欲论郭琥”，则属者之举，似亦与高见悬符。且事权归一，法令易行，兵不远索，浮议自省，假之以便宜，需之以岁月，蓟镇之事。亦未必不可振也。但以总理体面，比之镇守为优，今既易衔，则上、下承接，自有常分，用之虽重，而礼则少损矣。昨本兵题复，虑不及此，不知公议疏中，亦可为一处否？如不可处，则于常礼之外，少加优借以鼓舞之。（书牍一《与蓟辽总督谭二华》）
戚帅以总理改总兵，诚为贬损！缘渠当仆以书相问之时，不急以此意告我，而本兵又仓卒题复，故处之未尽其宜，然及今尚可为也，望公于议疏中，委曲为言。不但体面降抑，为下所轻，且督、抚标兵皆欲付之训练，若不兼总理，何以行便？乞特致一书于阁中二公及虞坡、思斋，仆得从中赞之，更易为力也。倘得如意，当于敕书中增之，其关防当改铸矣。（同卷《又与蓟辽总督谭二华》）
戚帅复总理，不载疏中，谅公有难言者，已据部疏，拟特旨行之，即有言者，无足虑矣。（同卷《与蓟辽总督》）
向有人告仆云，“戚帅求望太过，志意太奢，虽公亦甚苦之。”故仆以为问。今奉来教，知昔之所以怏怏者，徒以削其总理旧衔耳。今既力为光复，更将何求？近屡得渠禀帖，极为感奋，颇务收拾人心，渐图实事，仍望公时时教督之！虽然，仆何私于戚哉？独以此辈国之爪牙，不少优假，无以得其死力。今西北诸将如赵、马辈，仆亦曲意厚抚之，凡皆以为国家耳。缕缕之忠，惟天可鉴，若此辈不为国家尽力，是负天矣！郭琥之贤，诚如来教，即召至，面谕以公相知之意。嗟乎，人诚难知，知人亦未易也。（同卷《与蓟辽督抚》）
“阁中二老”指李春芳、陈以勤，虞坡是吏部尚书杨博，思斋是兵部尚书霍冀。蓟镇底事情和吏部无涉，但是因为杨博是中枢的军事专家，当然要听取他底意见。从一切的布置里，看出居正对于继光，是怎样地维护。谭纶不便申请，终于由居正用特旨改蓟州镇总兵官为总理练兵事务，兼镇守。（见万历《明会典》卷一二六，《明史·戚继光传》不载。）这是隆庆二年的事。居正与谭纶书，称“但乞谕意戚帅，努力功名以答群望，仆亦与有光焉。”（书牍一《与蓟辽总督》）又说“戚帅不知近日举动何如？折节以下士夫，省文以期实效，坦怀以合暌贰，正己以振威稜，乃渠今日最切务也。相见幸一勉之。”（同卷）其后一般的议论，对于继光，还是认为人地不宜，居正尽力调护，《与凌参政书》又称“戚之声名，虽著于南土，然观其才智，似亦非泥于一局，而不知变者。且既已被镇守之命，有封疆之责，岂宜别有注画乎？今人方以此窥戚之衅，恐不知者又将以为口实也。公如爱戚，惟调适众情，消弭浮议，使之得少展布，即有裨于国家矣。”（书牍一《答凌参政》）凌参政是凌云翼，居正底同年进士。继光镇守蓟州十六年的当中，虽然没有赫赫的战绩，但是整个的北边，从此安静，这是继光底大功，当然也是居正底大功。
居正对于北边的关心，真是无微不至。谭纶提议增筑敌台，居正立即答复：
昨议增筑敌台，实设险守要之长策，本兵即拟复行。但据大疏谓一台须五十人守之，则千台当五万人矣。不知此五万人者，即以摆守者聚而守之乎？抑别有增益乎？聚则乘垣者无人，增则见兵止有此数，不知又当何处也？又四面周广，才一丈二尺，虽是收顶之式，度其根脚，当亦不过倍此数耳。以五十人周旋于内，一切守御之具，与士卒衣粮薪水之类，充牣其中，无乃太狭乎？便中仍望见教。（书牍一《又与蓟辽总管谭二华》）
关于蓟镇军粮之事，他又说过：
仆近访得蓟镇军粮，有关支于一二百里之外者，士卒甚以为苦。夫以数口之家，仰给于一石之粟，支放不时，斗斛不足，而又使之候支于数百里之外，往返道路，雇倩负戴，费将谁出？是名虽一石，其实不过八九斗止矣！况近日又有“抚赏”、“采柴”等项名色，颇出其中，如是欲士皆饱食，折冲御侮，能乎？闻旧制，各区随在皆有仓口，该官守支。今各仓廒或颇圯坏，而其制犹有，其官犹在，独不可并廒修理，就近坐派乎？此事不必疏请，但与管粮郎中一计处可也。（书牍一《与蓟辽督抚》）
大致因为居正和谭纶关系较深，所以对于蓟辽方面的书牍特多；但是对于宣大方面，他并没有忽略，所以又说：
近来边臣，人思奋励，而宣、大二镇，督抚将领，尤为得人。仆以浅薄，谬膺重寄，其于该镇之事，苦心积虑，虽寝食未尝忘也。奈何人心不同，议论不一，如马、赵二帅去岁出塞之功，实数年仅见，即破格优赉，岂足为过？而人犹有议其功微赏厚者！本兵遂慉缩疑畏，而不敢为之主，其掩春防之功，抑王公之请，咸以是耳！一、二年来，言者率云“责实，责实”矣，而又不明赏罚以励之，则人孰肯冒死犯难，为国家用哉？辱教，容与本兵议之。督、抚宽洪持重，王公明达敏练，马之沈勇，赵之才气，皆仆素所敬信者。文武辑睦，事乃克济，