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在夏言和严嵩底斗争里，一个新科进士是没有地位的，等到居正对于当时的时局有了些微的认识，夏言已经失败了。居正和严嵩底关系怎样，我们没有切实的把握；但是内阁大学士，是翰林院的长官，在翰林院设内阁公座，而且一切公务行移，皆用翰林院印；所以内阁、翰林称为同官，事实上居正和严嵩是不会不发生关系的。文集中《圣寿无疆颂》，《得道长生颂》，以及奏疏中《代谢赐御制答辅臣贺雪吟疏》，这一类的文章，固然是代严嵩做的，没有疑问；就是在严嵩失败以后，分宜县知县替他经营葬事，居正给他说：“闻故相严公已葬，公阴德及于枯骨矣；使死而知也，当何如其为报哉？”（书牍一《与分宜尹》）可见居正和严嵩，是有相当的感情。不断的政治斗争里，居正在那里揣摹着：他知道在怎样的环境里，应当怎样维护自己。他也知道，在学习的期间，应当怎样地从容缓进。他和蜗牛一样，正在或左或右地，伸出触角，寻觅政治上的支援。
在吉囊盘据河套、随时领导鞑靼骑士向陕西出击的时候，他底兄弟俺答也正在北部和东北部不断地进攻。嘉靖二十七年八月，俺答进犯大同，九月进犯宣府，深入永宁、怀来。这时夏言、曾铣久已罢职了，严嵩在世宗面前，指出俺答底进攻，完全是夏言、曾铣计划收复河套的结果，再给与世宗以一种新的刺激。其后二人底被杀，便在九月间决定了。二十八年二月，俺答大举入侵，进略大同，直抵怀来。总兵周尚文率兵万人，和俺答大战；宣大总督翁万达也向敌人进攻，居然杀了五十五个鞑靼骑士：算是数十年未有之大捷！
嘉靖二十六年，居正授庶吉士。名义上，庶吉士只是一种学习的官员，在翰林院中称为馆选，三年期满，称为散馆，凡是二甲进士及第的，例赐编修。所以二十八年居正是翰林院编修了，还是一个清衔，没有实际的政务。这一年，他有《论时政疏》，（奏疏十二）首指臃肿痿痹之病五，继陈血气壅閼之病一。他说：
其大者曰宗室骄恣，曰庶官疾旷，曰吏治因循，曰边备未修，曰财用大亏，其他为圣明之累者，不可以悉举，而五者乃其尤大较著者也。臣闻今之宗室，古之侯王，其所好尚，皆百姓之观瞻，风俗之移易所系。臣伏睹祖训，观国朝之所以待宗室者，亲礼甚隆，而防范亦密。乃今一、二宗藩，不思师法祖训，制节谨度，以承天休，而舍侯王之尊，竞求真人之号，招集方术通逃之人，惑民耳目。斯皆外求亲媚于主上，以张其势，而内实奸贪淫虐，陵轹有司，朘刻小民，以纵其欲。今河南抚臣又见告矣。不早少创之，使屡得志，臣恐四方守臣无复能行其志．而尾大之势成，臣愚以为非细故也。所谓宗室骄恣者此也。臣闻才者材也，养之贵素，使之贵器。养之素则不乏，使之器则得宜。古者一官必有数人堪此任者，是以代匮承乏，不旷天工。今国家于人材，素未尝留意以蓄养之，而使之又不当其器，一言议及，辄见逐去，及至缺乏，又不得已，轮资逐格而叙进之，所进或颇不逮所去。今朝廷济济，虽不可谓无人，然亦岂无抱异才而隐伏者乎，亦岂无罹玷用而永废者乎？臣愚以为诸非贪婪至无行者，尽可随才任使，效一节之用。况又有卓卓可录者，而皆使之槁项黄馘，以终其身，甚可惜也，吏安得不乏！所谓庶官瘝旷者此也。守令者亲民之吏也，守令之贤否，监司廉之，监司之取舍，铨衡参之，国朝之制，不可谓不周悉矣。迩来考课不严，名实不核，守令之于监司，奔走承顺而已，簿书期会为急务，承望风旨为精敏，监司以是课其贤否，上之铨衡，铨衡又不深察，惟监司之为据，至或举劾参差，毁誉不定，贿多者阶崇，巧宦者秩进。语曰：“何以礼义为？才多而光荣；何以谨慎为？勇猛而临官。”以此成风，正直之道塞，势利之俗成，民之利病，俗之污隆，孰有留意于此者乎？所谓吏治因循者此也。夷狄之患，虽自古有之，然守备素具，外侮不能侵也。今“虏”骄日久，还来尤甚，或当宣大，或入内地，小入则小利，大入则大利。边圉之臣皆务一切，幸而不为大害，则欣然而喜，无复有为万世之利，建难胜之策者。顷者陛下赫然发奋，激厉将士，云中之战，遂大克捷，此振作之效也。然法日：“无恃其不来，恃吾有以待之。”乘战胜之气，为豫防之图，在此时矣，而迄于无闻。所谓边备未修者此也。天地生财，自有定数，取之有制，用之有节，则裕；取之无制，用之不节，则乏。今国赋所出，仰给东南，然民力有限，应办无穷，而王朝之费，又数十倍于国初之时，大官之供，岁累巨万，中贵征索，溪壑难盈，司农屡屡告乏。夫以天下奉一人之身，虽至过费，何遂空乏乎？则所以耗之者，非一端故也。语日：“三寸之管而无当，不可满也。”今天下非特三寸而已。所谓财用大匮者此也。五者之弊非一日矣，然臣以为此特臃肿痿痹之病耳，非大患也，如使一身之中，血气升降而流通，则此数者可以一治而愈。夫惟有所壅闭而不通，则虽有针石药物无所用。伏愿陛下览否泰之原，通上下之志，广开献纳之门，亲近辅弼之臣，使群臣百寮皆得一望清光而通其思虑，君臣之际晓然无所关格，然后以此五者分职而责成之，则人人思效其所长，而积弊除矣，何五者之足患乎？
在居正奏疏中，这是初次，也许在世宗一朝，除了例行章疏以外，居正上疏，也只有这一次。这里充分地表现居正底政治才能。他看定当时政治的症结，应当说的已经说了，然而没有得罪世宗，也没有得罪严嵩。这便和杨继盛、海瑞不同。杨继盛攻击仇鸾，攻击严嵩；海瑞攻击世宗：从直言极谏底立场看来，当然没有丝毫的遗憾，但是在事实方面，继盛所得的是弃市，海瑞所得的是下狱，这是居正所不愿为的事。蜗牛底触角伸出了，但是觉得空气不利，终于还是收回，居正只是再埋头于朝章国故的探索，对于时政，便不更置一辞。
嘉靖二十八年居正上疏的时候，才二十五岁，我们因此遥想到汉文帝时一个二十余岁的洛阳少年。然而居正究竟不如贾谊。贾谊《治安策》论众建诸侯以遏乱萌，这是汉代政局的对策，但是在明世宗的时候，要说宗室骄恣，真是太可怜了。武宗的时候，亲藩造反确有两次，但是即以宁王宸濠那样的声势，也是不久即灭，亲藩底威力，已经过去了，其实没有什么尾大不掉之势。在这个时期里，世宗正在崇奉道教，于是徽王厚爝也奉道，世宗封他太清辅元宣化真人；辽王宪【火节】也奉道，世宗封他清微忠教真人。这只是讨皇帝欢喜的一种可怜相，还有什么远大的志趣呢？也许居正念念不忘宪【火节】，在这个机会里，给他放一枝冷箭，但是他却忘去关于宗藩的一个大问题。明代宗藩的问题是宗禄。太祖二十六子，除懿文太子外，其余皆封王，王底长子当然也是王，其余便封郡王，如是一代一代地递降，除长子袭封以外，便有镇国将军、辅国将军、奉国将军、镇国中尉、辅国中尉、奉国中尉。王和郡王底女儿是公主、郡主，递降还有县主、郡君、县君、乡君。公主底丈夫是驸马，郡主以至乡君底丈夫是仪宾。这一切人都有岁禄，从王底一万石到乡君及仪宾底二百石，单单一个王府底岁禄，已经是非常骇人。而自成祖以后，每经过一个皇帝，当然又要添若干王府。在宗室媵妾没有限制的时侯，他们底子女，也没有限制。太祖二十六子、十六女，已经是很大的数目，但是晋府庆成王奇浈便有子七十人，虽然没有打破田常七十余男的多子记录，比太祖已经多出三倍。一切王、郡王、将军、中尉，真把整个的国家吃穷了。直到嘉靖四十一年，御史林润才指出“天下之事极弊而大可虑者，莫甚于宗藩禄廪。天下岁供京师粮四百万石，而诸府禄米凡八百五十三万石。以山西言，存留百五十二万石，而宗禄二百十二万。以河南言，存留八十四万三千石，而宗禄百九十二万。是二省之粮，借令全输，不足供禄米之半，况吏禄、军饷皆出其中乎？故自郡王以上，犹得厚享，将军以上，（字应作下，《明史·食货志》引作上）多不能自存。饥寒困辱，势所必至，常号呼道路，聚诟有司，守土之臣，每惧生变。夫赋不可增，而宗室日益蕃衍，可不为寒心？宜令大臣科道集议于朝，且谕诸王以势穷弊极，不得不通变之意，令户部会计赋额，以十年为率，通计兵荒蠲免存留及王府增封之数，共陈善后良策，断自宸衷，以垂万世不易之规。”林润底见地，便比居正中肯了。以后神宗万历六年，居正奏定宗藩事例，在这方面，才建立了一些规模。
嘉靖二十八年三月庄敬太子死了，居正集中有《庄敬太子挽歌》。（诗三）但是这一件事留给居正的不是一首五律而是毕生的事业。世宗八子，五子早夭，成立的只有次子载壑、三于载垕、四子载圳。嘉靖十八年立载壑为太子，（《明史·庄敬太子传》误作嘉靖八年。）载垕为裕王，载圳为景王。十年以后，太子死了，谥为庄敬。这时当然是裕王晋封太子了，偏偏世宗认为册立太子是一件不吉利的事，所以无形地耽搁下来。当时得宠的道士陶仲文又提出二龙不能见面之说，皇帝是龙，太子当然是小龙，所以世宗索性不立太子，裕王、景王也看不到他们底父亲，从此裕王们便真真莫睹龙颜了。在太子的地位没有确定以前，裕王、景王成为急切的竞争者，幸亏他们都只是平庸到无可奈何的人物，所以宫庭以内，不曾演出流血的惨剧�