四出，呼役沓至，愚民竭脂膏以供输，未知结新旧之课，里骨指交纳以欺瞒，适足增豁壑之欲；甚至不才官吏，因而猎取侵渔者，亦往往有之。夫与其敲扑穷民，朘其膏血，以实奸贪之囊橐，孰若施旷荡之恩，蠲与小民，而使其皆戴上之仁哉？昨查户部，自隆庆元年起，至万历七年止，各直省未完带征钱粮一百余万，兵、工二部，马价、料价等项不与焉。而苏、松两府，拖欠至七十余万，盖以彼处税粮原重，故逋负独多，其间固有豪右奸猾，恃顽不纳者，然穷民小户，不能办者亦有之，而有司之令但能行于小民，不能行于豪右，故催科之苦，小民独当之。昨该应天巡抚孙光祜具奏请用，户部以干系国计，未敢擅便议复。臣等窃谓布德施惠，当出自朝廷，若令地方官请而得之，则恩归于下，怨归于上矣。臣等愚见，合无特谕户部，会同兵、工二部，查万历七年以前，节年逋负几何，除金花银两，系供上用，例不议免外，其余悉行蠲免：止将见年正供之数，责令尽数完纳，有仍前拖欠者，将管粮官员，比旧例倍加降罚。夫以当年之所入，完当年之所供，在百姓易于办纳，在有司易于催征，闾阎兔诛求之烦，贪吏省侵渔之弊，是官民两利也。况今考成法行，公私积贮，颇有盈余，即蠲此积逋，于国赋初无所损，而令膏泽洽乎黎庶，颂声溢于寰宇，民心固结，邦本辑宁，久安长治之道，计无便于此者，伏乞圣裁施行。（奏疏十一《请蠲积逋以安民生疏》）
居正《蠲除积逋疏》，使人悠悠地想起万历初年的情势。万历四五年间户科都给事中萧彦疏称“察吏之道，不宜视催科为殿最。昨隆庆五年，诏征赋不及八分者，停有司俸；至万历四年，则又以九分为及格，仍令带征宿负二分，是民岁输十分以上也。有司惮考成，必重以敲扑，民力不胜，则流亡随之。”（《明史》卷二二七《萧彦传》）主张岁输十分以上的是居正，疏请蠲除积逋的也是居正。是自相矛盾吗，还是心理变化？其实居正只是一贯的居正，在国家财政基础尚未稳定以前，当然严追旧欠；到了已经稳定以后，不妨蠲除积逋。量出为人，正是居正在财政方面的作风。这里还得看到支出的情形。在整顿国防，安定民生的项下，国家增加支出，人民增加负担，本来无可逃避。及至鞑靼的威胁已经解除，黄河、运河的工程已经完成，乃至驿递已经整顿，冗官已经废除，人民底负担便应当减轻，所以居正随即疏请减轻。这是万历十年的一件好事。不久以后，居正死了，国库逐渐空虚，商税、矿税，加征、加派，从此财政扰乱，成为明朝复亡底主因。
万历十年二月间，浙江发生兵变。事情是这样的：浙江巡抚吴善言奉诏裁减东、西二营兵士月饷，兵土闹起来了，马文英、刘廷用为首，捉住巡抚痛打一顿。居正看定只有张佳胤可以平定这次的变故，佳胤已经内调兵部右侍郎，随即奏请改调浙江巡抚。匆匆中佳胤到浙江去了，在路上又听到杭州“民变”底消灭。佳胤和来人说：
“变兵和变民已经联合吗？”
“还没有，”来人说。
“赶快走，”佳胤忻然说，“也许还来得及把他们分开。”
匆忙的当中，新任巡抚不动声色地到了杭州。“乱民”正在城中放火抢掠，入夜以后，火光照满全城。佳胤吩咐游击将军徐景星和东、西二营说：“要赎罪，便先把‘乱民’平下来。”兵士们痛打吴巡抚以后，心绪惶惶的，不晓得张巡抚来怎样处治。得到这个消息，他们高兴极了，营门一开，刀枪齐举，乌合的群众，哪里是他们底对手，一共捉了一百五十人，送到巡抚行门。佳胤下令杀去三分之一，一面召马文英、刘廷用等领赏。他们来了一共九个，都是上次“事变”的首领，这次“平乱”的功臣。文英们高兴地来了，不提防徐景星把他们捉住，一刀一个，顷刻之间，“民变”“兵变”完全解决，张佳胤不动声色地把浙江镇压下来。这是佳胤底辣手，也是统治者居正底要求。
辽东方面的关系更大了。三月间泰宁部长速把亥和兄弟炒花，儿子卜言免，率领部下进攻义州。二十年来，速把亥是辽东底祸魁，有时单独进攻，有时纠合土蛮进攻，在朝廷军队进讨的时候，他跑走了，但是朝廷军队回营以后，他又不断地犯边。这次辽东总兵李成梁率领军队在镇夷堡伺候他。速把亥领导部下杀上来了，参将李平胡伏兵半途，一枝箭射过去，恰巧射中速把亥。扑答一声，速把亥掉在地下，护着胁间的创伤。李平胡底家奴李有名抢步上前，举刀一砍，进犯辽东的首领割下。鞑靼武士退却了。朝廷一共杀去一百余人，连带一个速把亥。炒花恸哭一场，结束这一次的战局。
万历十年二月中，居正病了，最初只觉得委顿，但是断不定是什么病，后来才认定是痔，从割治方面着手。居正在书续和奏疏中都有记载：
贱恙实痔也，一向不以痔治之，蹉跎至今。近得贵府医官赵裕治之，果拔其根。但衰老之人，痔根虽去，元气大损，脾胃虚弱，不能饮食，几于不起。日来渐次平复，今秋定为乞骸计矣。门墙夙爱，敢告向往。（书牍十四《答上师相徐存斋三十四》）
臣自去秋，患下部热病，仰荷圣慈垂悯，赐假调理，虽标症少减，而病根未除，缠绵至今，医药罔效。近访得一医人，自家乡来，自言能疗此疾，屡经试验，其术颇精，但须静养半月、二十日，乃得除根。臣伏自念，年迫衰迟，久婴疾患，比者恭侍讲读，皇上见臣肌体羸瘦，询问左右，察臣所苦，是犬马贱躯，盖未尝不仰屋圣念也。今幸得此医人，专意疗治，窃冀痊复有日，足以仰慰君父眷念之怀，故敢不避烦渎，仰祈圣慈，俯赐宽假二旬、一月，暂免朝参、侍讲，至于阁中事务、票拟、题奏等项，容臣于私寓办理，免其出入趋走之劳，庶几医药静专，奏效可觊。痊可之日，即趋走阙庭供事，不敢久旷也。臣诚怙恃恩眷，仰渎宸严，不胜惶惊战栗之至。（奏疏十一《给假治疾疏》）
在家居养病的当中，居正想起徐阶来了。隆庆六年秋间徐阶七十岁，居正曾有一篇《少师存斋徐相公寿序》（文集七）作文的时候，高拱已经去位，居正当国，序中曾经说起：“后来者遵公约束，庶几画一之治，窃比于宋元祐耆硕者，公何啻君实，顾余于吕晦叔何如耳。” 元祐时代，司马光以国事交付吕公著；隆庆时代，徐阶以国事交付自己。居正在十年前，原有很大的抱负，现在他知道抱负不但已经一一实现，而且在许多方面，超过当日的预期。“这总算对得起老师了，”居正想。他知道老师的生日在九月二十日，时期还早，但是准备总得早一点。居正上疏请求优礼耆硕，派遣行人存问，量加赏赉，他称述徐阶底功劳道：
臣等看得原任少师大学士徐阶，当世宗时，承严氏乱政之后，能矫枉以正，澄浊为清，惩贪墨以安民生，定经制以核边费，扶植公论，奖引才贤，一时朝政修明，官常振肃，海宇称为治平，皆其力也。（奏疏十一《乞优礼耆硕以光圣治疏》）
神宗得疏以后，随即派行人存问，仍赐银五十两、大红纻丝蟒衣一袭、彩缎四表里，赉去敕谕一道，略言：
卿才优王佐，学擅儒宗，早驰誉于清华，历试功于盘错。简知皇祖，晋院台司，履忠顺以事一人，持廉靖而先百辟。当检壬之既黜，更治化以维新，惩贪墨而仕路肃清，奖忠直而真才汇进。申明典制，多安边裕国之筹，默运枢机，有尊主庇民之略。定邦本于危疑之际，宣上德于弥留之中。翼我先皇，嗣基图而抚方夏，保予冲子，升储贰以奉宗祧。方倚重于黄扉，遂乞闲于绿野。后先多绩，朝廷资其典刑，终始完名，寰宇想其风采。（见前疏）
定邦本两句，上联指徐阶拥立裕王，下联指世宗遗诏，说得非常得体。郭朴、高拱认为徐阶擅传遗诏，现在由神宗给他们一个具体的答复。这道敕谕，大致惟有居正，才能拟得如此真切。
徐阶底生日近了，居正吩咐懋修请吏部侍郎许国代拟寿序。序成以后，居正不满意，在病中挣扎着自己做一篇。他说：
居正尝谓士君子所为尊主庇民，定经制，安社稷，有自以其身致之者，有不必身亲为之，而其道自行于天下，其泽自被于苍生者。窃以为此两者，惟吾师兼焉。当嘉靖季年，墨臣柄国，吾师所为矫枉以正，激浊而清者，幸及耳目，其概载在国史，志在摚穑锵锫T长，尚能道焉，此以身致治者也。比成功而归老也，则挚其生平所为经纶蓄积者，尽以属之居正。居正读书中秘时，既熟吾师教指，兹受成画，眼行唯谨。万历以来，主圣时清，吏治廉勤，民生康阜，纪纲振肃，风俗朴淳，粒陈于度，贯朽于府，烟火万里，露积相望，岭海之间，氛廓波恬，漠北骄虏，来享来王，咸愿保塞，永为外臣，一时海内，号称熙洽。人咸谓居正能，而不知盖有所受之也。此不必身亲为之者也。故此两者，惟吾师兼焉。（文集七《少师存斋徐相公八十寿序》）
徐阶做寿的时候，读到这篇寿序，应当庆幸当日认识正确，付托得人吧，但是当他想起这个学生，他知道已经没有见面的可能了。短短的几个月，在人生的道途上，划下不可逾越的界限！
十年三月以后，居正请假在宅票拟。痔根割去了，但是精神还是委顿。长子敬修不在面前，随侍的只有嗣修、懋修、简修。允修已回江陵，准备乡试，静修还小。居正病势不算严重，但是用药敷治，不能行动。神宗屡次派太监慰问；一次是司礼太监张鲸，一次是文书官吴忠；赏赐也不断地颁下，白银、银八宝、蟒衣、甜食、干点心、烧割，一切都有。据说有一次神宗因为居正久病，甚至掉下眼泪，饭都不想吃。居正只有申述病况，再请给假。他说：
缘臣宿患虽徐，而血气大损，数日以来，脾胃虚弱，不思饮食，四肢无�