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数毕其罪状，毛文龙丧魂落魄，哑口无言，只得叩头乞免。
袁崇焕厉声询其部将：“毛文龙罪状当斩否？”
这些人皆被震住，皆惶恐唯唯。
于是，袁崇焕命人把毛文龙推出帐外，以御赐尚方宝剑立斩其首，宣示其罪。
当时，毛文龙麾下健校悍卒数万，深惮袁崇焕大帅之威，无一人敢动。
转日，袁崇焕命人取棺厚葬毛文龙，具牲醴拜奠，哭言道：“昨日斩尔，朝廷大法；今日祭尔，僚友私情。”
然后，他分毛文龙手下二万八千兵为四协，分由毛文龙之子毛承祚、副将陈继盛、参将徐敷奏、游击刘兴祚分别掌管。接着，袁崇焕犒劳军士，尽除毛文龙虐政。
崇祯帝闻毛文龙被杀，登时大骇。如此方面镇将被杀，确实出乎意料。但由于当时正倚重袁崇焕，崇祯帝只得优旨褒答，认定他杀得好，并下诏宣谕毛文龙罪状。后来，这反而成为袁崇焕被杀的一条罪名：擅杀大将。
当时与后世，均有好事者认为，袁崇焕杀毛文龙，是中了后金的反间计，自剪羽翼，亲痛仇快。这些人往往以东江镇日后耿仲明、孔有德、尚可喜等人叛明降清为口实，认为皆是由于毛文龙之死引致。
其实，袁崇焕杀毛文龙仅仅几个月，皇太极就从长城逾入内地。袁崇焕急忙携军救援。崇祯帝偏中皇太极“反间计”，自毁长城，杀掉了袁崇焕。
如果袁崇焕不死，依他的指挥控制能力，东江镇兵将肯定会被打造成为一支恢复辽东的劲旅。而假如毛文龙不死，这个跋扈明将百分百可能会叛明降清，日后也不会附于袁崇焕传后，肯定会被乾隆帝编入《贰臣传》。
毛文龙被杀的三个月后，皇太极率兵，绕过山海关，由蓟镇长城的长安、龙井关、洪山口毁边墙入寇，并攻占遵化、迁安、永平、滦州四城。
后金军忽然出现在北京城外，对北京展开围攻，即明人所称的“己巳虏变。”
人们可能奇怪，山海关是后金（清军）入寇的必经之路，他们又怎能绕到蒙古人的地界到达内地的呢。这，还要简述一下蒙古诸部的情况。
瓦剌的也先被杀后，鞑靼部复起。孛来拥立脱脱不花之子的不麻儿可儿为“可汗”，由于此人当时年少，称之为“小王子”。此后，相沿成习，明人把蒙古部可汗均称为“小王子”。明成化年间（1474年），作为元世祖七世孙的达延汗（《明史》中仍称之为“小王子”）一跃成为蒙古诸部共主，重新统一了蒙古。他死后，蒙古复分裂为漠北喀尔喀蒙古、漠南蒙古以及漠西的瓦剌蒙古三大部分。漠北喀尔喀蒙古由达延汗幼子承继，其有子七人，多受分封，称为外喀尔喀七部。漠南蒙古分为东西两部，由于东部的察哈尔汗是达延汗长孙博迪之后，所以名义上他是全蒙古的大汗。西部是达延汗第三子的后裔，据有鄂尔多斯。期间，又有土默特的俺答黑马冒出。这些人相互攻杀，最终，俺答汗脱颖而出。他西取青海，东并朵颜卫，势盛一时。由于想从经济上得到好处，俺答在隆庆年间（1570年）对明朝称臣，受封为“顺义王”。这样一来，除了每年得到明朝巨额赏赐外，他又可以从互市中得利。俺答还建筑了归化城（今呼和浩特），以吸引汉人定居者。察哈尔汗受俺答势力压迫，被逼东迁至辽东西拉木伦河以北，不时骚扰明朝边境。传至林丹汗（明人称为“虎墩兔憨”）时，部众强盛一时，相继征服喀剌沁等诸部，东起辽东，西至洮河，林丹汗自号“四十万蒙古”的主人。
明末时，蒙古沿边强部有三：察哈尔、喀尔喀（内喀尔喀）以及科尔沁，他们名义上的共主自然是有“黄金家族”血统的察哈尔汗。本来科尔沁诸部一直与女真叶赫部联合攻击努尔哈赤，皆大败不果。努尔哈赤称汗建国后，科尔沁蒙古首先来附。萨尔浒战役后，后金击败喀尔喀最强的宰塞，迫使喀尔喀五部听命于己。但这些人“时好时坏”，由于贪图明朝赏金，喀尔喀常常掉头攻袭后金。他们对后金无信，对明朝也无信。王世贞广宁大败重要原因之一，就是蒙古诸部违约不至，没有夹攻后金所致。
西征蒙古诸部的林丹汗日益强大，但对诸部无恩，最终使科尔沁部完全投入后金怀抱，并连兵一处，在龙安塔（今吉林农安）大败林丹汗。林丹汗乃“黄金家族”嫡派子孙，不搀假的元室帝胄。他有勇有智，经历数年经营，雄踞漠南蒙古。可惜的是，既生瑜，何生亮，林丹汗活的不是时候，他准备统一漠南漠北蒙古的时候，后金方兴未艾，努尔哈赤、皇太极龙父虎子，使得林丹汗在东北遭遇到极大阻力。
林丹汗此人智商高，情商低下，血液中流淌的满是铁木真的残暴和自以为是，向蒙古诸部巧取豪夺，咄咄逼人，使得其主领的察哈尔一部不仅没有向诸部催生“大蒙古”的凝聚力，反而形成离心力，科尔沁、阿禄等部蒙古纷纷投向后金。
1619年（后金天命四年），林丹汗致书努尔哈赤，以“四十万众英主青吉思汗（成吉思汗）”自居，称努尔哈赤为“水滨三万人英主”，威胁对方不要攻取广宁，否则将兴兵斗抗。其实，“四十万众蒙古”是个传统的概念性数字，泛指漠南漠北大蒙古，如同中国皇帝自称“华夏之主”、“九州之主”一样。
努尔哈赤较真，回信中狠狠嘲笑林丹汗一顿，历数他们元朝当初从北京逃窜时的惨状，“揭发”蒙古的“四十万众”早已丧失无几，并讥笑林丹汗不过是个贪图明朝钱财赏银的“无赖”。发信后，努尔哈赤果断出击，一举攻克广宁，林丹汗也未敢报复，远避后金兵锋。皇太极继汗位后，三征林丹汗，万里追击，终于在天聪六年（1632年）秋天把林丹汗的察哈尔部完全击溃，倒霉的汗王本人则远遁至藏地，失去了大本营老窝。一年多后，穷途末路，众叛亲离的林丹汗因发痘死于青海大草滩，其妻囊囊太后与其子额哲穷蹙来降，并携传国玉玺来献（此玉玺号称是传自汉代，不一定是真），漠南蒙古全部臣服于皇太极。
后金努尔哈赤、皇太极在宁远锦州等地两次遭受挫败，本来蒙古诸部均有机会翻盘击走女真人，均因为内部分裂，丧失大好机会。喀喇沁三十六部蒙古人受察哈尔蒙古人挤逼，向明朝求助未果，便全体投附了后金。
如此，察哈尔部不仅被孤立，明朝蓟镇边外千余里也顿失屏障。正是在蒙古人引导下，皇太极才能深入明朝腹地，他边收降残余的蒙古部落，边扑至北京城下。
乍闻后金军逼近京师，明廷骇震，立刻调诸路兵入京来援。袁崇焕闻讯，在先派出赵率教入援的同时，即刻率祖大寿等人急赴国难，步步为营，途经抚平、永平、迁安、丰润等诸城，皆留兵营守。
不久，明将赵率教战死消息传至，后金兵蜂拥而至。袁崇焕大惊，急引兵趋至北京城下，在广渠门外立营。
虽然袁崇焕手中仅有不到两万人，他们斗志高昂，数次与后金军交战，皆得胜而还（清人自己讲是“互有杀伤”）。
见袁崇焕营盘坚固，无隙可乘，一直熟读《三国演义》的皇太极施用“反间计”。恰好营中有两个被俘的明朝太监杨春、王德成在押，他命令汉人降将高鸿中与鲍承先两个人趁黑坐在这两个先前在城郊牧马厂抓获的两个明朝太监被困的营帐外，假装酒醉，放言说城内袁巡抚（袁崇焕）与大金有密议，准备里应外合。夜间，哨兵故意纵两个太监逃脱。
这两人一回城，兔子一样跳到崇祯帝面前，把这件“天大的秘密”讲与皇帝听。刚愎自用的崇祯帝竟然上了皇太极这种最简单的当，很快就派人逮捕了袁崇焕，打入诏狱严刑拷打审问。
袁崇焕部将祖大寿为此惊惶至极，出城后即拥兵向辽西奔逃。幸亏袁崇焕在狱中写信召唤祖大寿，他当时才没有叛变。由于山海关、宁锦一线仍在明朝掌握中，加之后来的孙承宗御敌有方，皇太极只得率兵退走。
北京有惊无险。
后金退兵后，明廷开始审查袁崇焕一案。当时，大学士钱龙锡持正，得罪不少暗藏的阉党成员。阉党王永光时为吏部尚书，引其同党御史高捷等人猛烈攻击袁崇焕，诬称他暗中与后金议和，奇。сom书擅杀毛文龙，引清兵入京。
这些阉党本意是想以袁崇焕兴起一件新的大“逆案”，顺便攀引钱龙锡，大造舆论，讲袁崇焕杀毛文龙是由钱龙锡主使。
在狱中，袁崇焕作《狱中对月》一诗：
天上月分明，看来感旧情。当年驰万马，半夜出长城。
锋镝曾求死，囹圄敢望生。心中无限事，宵柝击来惊。
最后，崇祯三年（1630年）八月十六日，刚过中秋，袁崇焕本人被判凌迟，剐于北京闹市，其兄弟妻子长流三千里，抄其家产归公。大学士钱龙锡减死戍边，劳改十多年。（同为大学士的温体仁受过毛文龙不少好处，他也落井下石非要置袁崇焕死地）。
袁崇焕一案，天下冤之。但无知的北京市民信以为真，恨极了这位引狼入室的袁巡抚，纷纷上前高声责骂，甚至出钱买肉生食这位耿耿精忠的烈士身上之肉。千刀万剐，明朝就是这样对待袁崇焕这样一个大忠臣。
被杀前，袁崇焕作《临刑口占》，依旧对大明朝忠心