国家建委、国防工业办公室联合提出了《关于小三线当前建设情况和后三年补充规划的报告》，指出当前的严重问题是：有些工厂的建设或生产处于停顿状态。
至9月份地方军工建设仅完成全年投资30％，生产任务也没有完成计划。到1967年底应完成的小三线前三年规划的700多个项目，只有70％基本建成，中央投资21亿元，到1967年底国家拨款19亿，预计只能完成14亿元。其中地方军工厂202个，投资94亿元，只基本建成120个。化工项目26个只有7个基本建成投产。战略公路公里只建成6200公里，占58％。报告认为：看来三年规划要延至明年才能完成。按照原来三五计划国防工业三线建设的部署，到1970年要新建29个生产墓地，400个工厂。实际到1968年下半年，正在建设的只有20个基地，其中已开工的只有116个工厂。原来预计在1968年可以通车的成昆铁路，从1967年下半年开始沿线工地发生武斗，各级指挥机构被夺权，施工人员大量外流，工程陷于基本停顿状态，建设工期被一拖再拖，损失资金73亿元。本应该在1970年全部完成（有的可以提前一至二年完成）的这些三五计划三线建设项目，因为文化大革命的前三年动乱，被迫推迟到四五计划期间，失去了宝贵的两年以上的时间。
严重的局势终于使毛泽东下决心改变原来的支持群众造反夺权方针，采取了一系列控制局势的强制性措施。他在南巡中呼吁各派群众组织要实现大联合，要抓革命、促生产、促工作、促战备，还下令逮捕了煽动动乱的中央文革成员王力、关锋、戚本禹等人。
根据他的指示，中共中央多次发出解散跨行业、跨系统的群众组织，严禁武斗、抢夺枪支、破坏国家财产的通令、布告，并出动军队强制执行。直到1968年8月工人、解放军宣传队进驻各基层单位，随后9月全国各省市都建立了革命委员会，全面动乱的局面才得到缓和。
在动乱最严重的三年中，国民经济计划的中央决策领导人刘少奇、邓小平、陈云、李富春，薄一波、谭震林等，大多数都被打倒或靠边站。国家计委被斗薄（一波）批余（秋里）批谷（牧）联络站等造反派组织轮番冲击。国家计委和各省市区计划部门一度陷于瘫痪，中央由周恩来、李先念、谷牧、余秋里、袁宝华少数领导干部组成国务院业务组起救火队的作用，地方上则由军区、大军区临时负责。由于一个大区有几个大军区辖区，领导关系不明，和国家计委、建委关系造成混乱，有的工程无人投资，有的却地方和中央重复投资，挤在一起没有发现。周恩来指出，国家计委的计划大权不能夺，群众代表只能业务监督。按照这一指示，国家计委成立了有领导干部参加的业务办公室，同时由从国务院各部委抽调十几个群众组织头头组成业务监督小组，到国家计委制定年度计划工作。另一方面，采取军管或派军代表的办法维持。1968年8月10日，中央决定对国家计委、国家统计局、国家物价委派驻军代表。当年，国家计委各级干部大多数被下放到五七干校。
1967年，国民经济计划已无法正常执行，国民经济全面下降，财政状况极为困难。
工农业总产值2104亿元，仅完成计划8。02％，比上年下降9。6％。其中农业总产值亿元，完成9。7％，比上年增长16％；工业总产值1453亿元，仅完成74。3％，比上年下降13。8％。煤炭和钢铁完成情猊很差。钢1029万吨，只完成60。5％，比上年下降32。8％；原煤206亿吨，只完成76。3％，比上年下降18。3％；棉纱产量745万件，只完成76。9％，比上年下降13。6％。粮食和棉花量大体上维持了上年水平。铁路货运量43亿吨，仅完成计划的69。4％，比上年下降216％；交通运输阻塞严重。国民收入完成1487亿元，比上年减少99亿元，下降了62％；财政收入只完成4194亿元，比上年减少24。9％仅完成68。8％，并且出现225亿元的财政赤字。
1968年1月8日，国家计委提出《关于1968年计划轮廓的汇报要点（草稿）》（简称1968汇报要点），拟定了1968年计划的5项任务：1。尽最大可能加快大小三线、新工业基地、国防工业和铁路干支线的建设，特别要大力发展国防科研事业。选择一批具有战略意义的骨干项目，使其早日建成投产。2。大力发展农业生产，争取粮食产量比上年增加700亿斤，棉花增产200万－300万担。3。切实安排好轻纺工业的生产和建设。4。力争在短期内把铁路运输和煤炭生产搞上去。5要集中力量攻克一批具有战略意义的科学研究课题。
1968汇报要点对1968年计剡安排提出高、低指标的两个初步方案：钢1300万吨－1500万吨，煤炭245亿吨－265亿吨，电800亿度－860亿度，化肥1200万吨一1350万吨，棉纱均为1000万件，铁路货运量52亿吨－55亿吨。国家计委希望能按高指标方案安排，在全年计划尚未确定以前，把第一季度的工交生产计划先行下达，基本建设第一步全年按180亿元投资考虑（包括1967年结转投资约110亿元）。但是由于文化大革命动乱的持续。这个计划没有正式形成和下达。直到8月，国家计委才编制出《1968年基本建设计划（草案）》，并说明这个计划只是一个大体的安排，初步安排大中型项目844个，基本建设投资155亿元。
1968年，成为我国建立计划经济以来唯一没有年度计划的一年，经济运行也在1967年下降基础上继续倒退，成为文化大革命中下降最多的一年。工农业总产值2015亿元，比上年下降42％。其中农业总产值635亿元，下降25％；工业总产值1380亿元，下降5％。除原油、煤炭和棉纱外，其他主要工农业产品产量大部分都比上年减产。粮食减产4％，棉布减产2％，钢减产12％，发电量减少75％，化肥减产32。4％，木材减产14。1％。全国货运量1032亿吨，比上年下降69％，其中铁路货运量为41亿吨，下降28％；公路货运量下降10。4％。全年完成基本建设投资1041亿元，比上年减少208％。其中国家预算内投资946亿元，比上年减少17。7％，仅相当《1968年基本建设计划（草案）》中155亿元投资计划的61。3％。固定资产交付使用率只有45。9％，是中华人民共和国成立以来最低的一年。国民收入完成1415亿元，比上年又下降了65％。与1966年相比，这一年杜会总产品减少141％。其中，粮食减少2％，棉布减少18％，原煤减少12％，发电减少13％。国民收入减少132％，财政收入减少以1953年至1965年13年间工农业总产值的平均实际增长速度79％计算，年和1968年两年的工农业总产值应达到5220亿元，而实际这两年的工农业总产值只有41198亿元。两年中损失的工农业总产值达1100亿元。1969年年度计划的制定仍然面临着流产的危机。周恩来原希望1968年12月初召开的全国计划会议能够制定1969年国民经济计划，但这次会议却成了大批判会，计划没有定出。12月26日，周恩来心情沉重地对余秋里说：今年只有五天了，明年计划还没有搞出来，一些重要的生产资料和人民生活必需品安排哪里生产，往哪里调运，没有个计划怎么行呢？他只好安排余秋里先搞一个1969年第一季度的计划。直到年2月16日，全国计划会议才由新成立的有军代表、老干部和造反派参加的计划起草小组筹备，以座谈会的形式召开。这种年度计划当年第一季度才能开会确定的不正常现象一直持续到1973年文化大革命对计划工作的破坏，还表现在砸烂和批判计划管理规章割度，使无政府主义、用革命压制生产等极左思潮严重泛滥。
以1967年夏季为高潮，掀起了针对经济管理制度包括计划制度的大批判。6月，《人民日报》发表题为《发展社会主义，还是复辟资本主义？评工业七十条》
的长篇文章，把1961年邓小平主持制定的《国营工业企业工作条例（草案）》说成是瓦解社会主义经济、复辟资本主义的黑纲领。并罗列了大批罪名：规定企业是经济组织，任务是生产，这是抹煞阶级斗争，鼓吹生产第一。规定党委领导下的厂长负责制和总工程师对技术工作的总负责，是取消党的领导，推行资产阶级专政。强调按劳分配，是钞票挂帅。强调经济核算、增加赢利，是利润挂帅。建立严格的规章制度，是大搞资产阶级管、卡、压。提倡学习外国先进经验，是崇洋媚外。8月25日，《文汇报》、《解放日报》联名发表文章《两条根本对立的经济建设路线》，比较全面地对建国以来的经济建设基本方针进行否定。文章给刘少奇开列了反对政治挂帅和反对群众运动两大罪状，说他提倡按经济办法管理经济就是让资本主义的价值规律支配一切。他1949年在天津讲话和1962年批评群众运动一哄而起，是一长制，专家路线的资产阶级专政。11月23日，《人民日报》、《红旗》杂志、《解放军报》发表《中国农村两条道路的斗争》长篇文章，不点名地攻击刘少奇以建国以来的许多经济主张，是富农经济的狂热鼓吹者、扼杀农业合作化的头号走资派，三自一包是复辟资本主义的黑风。这一时期，还发表了针对计划工作等的许多专门批判文章。其后果，是为砸烂合理规章制度、鼓吹停工停产的无政府主义动乱提供了理论依据。
1969年，毛泽东决定召开中共九大，制定今后国家政治和经济的方向。康生、张春桥等人又发动了一场批判唯生产力论的大批判，甚至引起了通过文化大革命形成的中央领导核心的争论。2月，毛泽东委托陈伯达、张春桥、姚文元起草即将召开的中共九大政治报告。陈伯达撇开张、姚，按照林彪意见自己起草，拟定的题目是《为把我国建设成为强大的社会主义国家而奋斗》，共拟了10个标题，中心思想是要掀起经济建设高潮，证明文化大革命的伟大胜利。张、姚则攻击陈鼓吹唯生产力论，认为稿子不能�