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七月，家康授意幕府颁布了《武家诸法度十三条》和《禁中并公家诸法度十七条》。前者更进一步加强了对各地大名的控制，使其从战国时代的割据势力彻底转化为幕藩体制下的“藩”；后者则加强对天皇朝廷的限制，使天皇和公家除保留祭祀权外，彻底被剥夺了所有的世俗权力。织田信长和丰臣秀吉时代，为了利用天皇朝廷以对抗足利幕府或者为自己涂抹大义名分，对朝廷的钳制还不算很紧，到了江户幕府开创后，形势则猝然改变。幕府对朝廷的高压政策，直接导致了其后的明治维新，维新志士们抬出朝廷这尊泥菩萨来充当倒幕旗帜，这恐怕是家康所始料不及的吧。
把这一切花样全都搞完以后，德川家康安然地在第二年（1616年）的四月与世长辞，享年七十五岁。家康一开始被安葬在久能山上，一年后移到关东平原最北部的日光山上，德川幕府在那里兴建了一座金碧辉煌的庙宇，称为“日光东照宫”，以供奉家康的灵位。家康也被加上“东照大权现”的神号，高踞山顶，由北往南俯瞰广袤的关东平原。
且说大坂夏之阵结束的当年七月十三日，朝廷在幕府的授意下宣布改元“元和”，以象征一个全新时代的开始。庆长二十年就此改称元和元年，史称“元和偃武”，也即延续了将近两个世纪的战乱终于终结，基本和平的江户幕府时代降临了。
●二代将军秀忠
江户幕府的第二代将军是德川秀忠，因为他曾在上田城下被真田昌幸父子玩得团团转，其后又一直窝在老爹羽翼之下，当了好几年的傀儡将军，所以传统对其评价不高，认为他只是个老实木讷的二世祖而已。然而家康去世后，秀忠大权独揽，又当了整整七年的征夷大将军，让位给儿子家光后在幕后还指挥了整整九年，江户幕府却一直维持着蒸蒸日上的局面，因此若说秀忠无能，恐怕是太过偏颇了。
或许秀忠是没有领军之才，但其治国之能未必比其父逊色。江户幕府的整体统治架构是在家康、秀忠、家光三代完成的，跨度为四十九年，其中秀忠直接执政或参与执政的时代超过一半。
与其说德川家康创立了江户幕府的统治架构，不如说家康只是一个理论指导者和规划者，大部分实际工作都是由二代将军秀忠完成的。家康画成了图纸，秀忠盖起大厦，三代将军家光最后装修完成，这才有了完整的江户幕府，有了两百余年的一统江山。德川秀忠的主要功绩有以下几条——
首先，秀忠改变了家康时代独断专行的做法，改之以将军与幕府重臣的合议制政治。家康时代就曾设置“老中”一职作为将军的最高辅佐官，“德川四天王”之本多忠胜、榊原康政，以及军师本多正信、主要奉行大久保长安等人全都担任过这一要职。到了秀忠时代，开始提升部分老中的权柄，至家光时代首次出现“大老”的称呼。大老就是首席老中，并不常设，权力仅次于幕府将军，无人可以并肩。首席大老是土井大炊头利胜，乃是秀忠的宠臣。
但这并不意味着幕府将军放松了权柄，也并不意味着权臣政治的出现。秀忠设立合议政治的目的是为了加快行政效率，使得当幕府将军年幼或暂时无力视事的时候，整个幕府体制仍能照常运作。秀忠本人虽然看似软弱，其实并不能容忍权臣的出现，本多正纯的“失脚”就是一个很好的例证。
本多正纯乃是德川家康的军师本多正信之子，家康就任幕府将军以后，麾下势力最大的家臣就是本多正信和首任老中大久保忠邻（忠邻担任此职是在1593年，幕府开设的十年之前）。本多父子被称为“骏府派”，大久保忠邻被称为“江户派”，两派的矛盾逐渐激化，到了庆长十八年（1613年），骏府派揭发江户派的大久保长安有贪污之嫌，忠邻受到牵连，次年（1614年）遭到放逐，从此本多父子独掌幕府权柄。
秀忠亲政后，重用亲信土井利胜、酒井忠世等人，刻意打压本多正纯的势力（正信已先过世）。元和七年（1622年），秀忠前往东照宫参拜家康的灵位，回来时原计划留宿正纯的封地宇都宫，但是其姐龟姬揭发说正纯在所安排的将军卧室天井上布置了刺客（其实或许是保护将军安全的忍者），于是秀忠临时改变计划，并立刻派人诘问正纯，不久后更将其流放。一般认为龟姬是愤恨本多正纯夺取了自己的领地（宇都宫原为龟姬的丈夫奥平家昌的封地，家昌死后遭到改易，正纯入居），所以造谣诬告。但此诬告漏洞百出，如果将军秀忠秉公而断的话，正纯是根本不可能获罪的。
秀忠的第二大功绩，乃是继承老爹的政策，继续打压外样大名。那个在关原合战中起过重要作用的福岛正则，因为私自修城被秀忠抓到把柄，于元和五年（1619年）遭到改易，此外，最上义俊、蒲生忠乡、田中吉政等人也都先后失去了领土。秀忠把三个最年幼的兄弟——德川义直、赖宣和赖房——分别分封到常陆水户、尾张和纪伊和歌山，称为御三家，作为幕府的屏障。他定下规矩，只有幕府本家和御三家才准许使用德川的苗字，其余近亲全部恢复松平旧氏，而一旦幕府将军绝嗣，则由御三家的后裔入继为一门总领。
秀忠的又一功绩，乃是进一步控制朝廷。元和五年（1619年），他以家康遗愿为名上洛，请后水尾天皇娶其女和子为妃，虽然此举遭到公卿们的一致反对，但秀忠用威吓、流放等手段把所有反对声音都压了下去。和子入宫后，生下一个女儿兴子，宽永元年（1624年）更在幕府的支持下进位中宫。宽永六年（1629年），因不满幕府的高压政策，后水尾天皇宣布退位，秀忠拥立外孙女兴子内亲王坐上天皇宝座，就是明正女帝——称德女帝后经过了八百五十九年，终于又一位女帝诞生了。
在打压和控制天皇朝廷的同时，秀忠还加大对寺社势力的管理。宽永六年（1629年），后水尾天皇任命数十名僧侣为僧正，颁发“紫衣敕许”（高位僧侣可着紫衣），秀忠藉口其中某些僧侣资格不够，立身不正，宣布朝廷旨意无效，并在严格审查后将部分僧侣流放边远地区。从此以后，朝廷连对寺社的名义上的控制权也丧失了——此事也是导致后水尾天皇退位的一个重要原因。
虽然秀忠做出了如此伟大的功绩，但他终究是守成之主，被迫要一直活在老爹家康的阴影之下。家康还在世的时候，秀忠就曾经口出怨言：“大御所的谎话，就算人人知其为假，都会被迫相信；而我的谎话，就算再如何努力地说，都不会有人相信！”
忍者时代的终结
战国时代产生了很多忍者集团，受雇于封建大名，帮他们完成侦查、刺杀、搜集情报等秘密工作。不过当时这种集团的名称还并没有统一，比如武田信玄的御用忍者就被称为“乱波”。可是这种集团到了和平时期，就会变成社会动乱的根源，所以织田信长父子才会在忍者的大本营伊贺展开大屠杀，想要将此毒瘤彻底铲除掉。那么，和平的德川幕府时期，是否还有忍者存在呢？
首先咱们要说说伊贺三上忍之一的服部氏。服部氏历代当主都沿用“半藏”的通称（再如风魔众的首领历代都称“小太郎”），从某一代半藏起，离开伊贺的崇山峻岭，前往三河，出仕于德川家，其子就是著名的服部半藏正成。正成可谓是从阴影里走到阳光下的人物，成为家康麾下赫赫有名的武将，人称“鬼半藏”。
传说本能寺之变发生以后，德川家康穿越伊贺的群山回归三河，全靠了服部正成联络伊贺残党，一路护送，才没出什么危险。事后家康不但重赏这些忍者，还把他们收为家臣，安排在正成麾下，建立起名为“伊贺同心众”的组织，为德川氏搜集各方面情报、擒杀异己分子，作出了巨大的贡献。但“伊贺同心众”已经和真正意义上的忍者集团不同了，尤其在德川氏统治整个日本以后，他们的主要工作逐渐变为搜集自己领内的情报、追捕反叛分子和犯罪者，换句话说，主管治安，部分职权和后世的警察，尤其是秘密警察非常相似。
正成五十四岁去世，把半藏的名号和“伊贺同心组”首脑的职位传给了长子正就——也就是新一代的服部半藏。可惜正就这家伙不成器，更把“伊贺同心组”当成自己的私产，在江户城受灾，城门倒塌的时候，只管领着部下修理自己家大门，部下提出反对意见，反遭他的囚禁。最终，部下们忍无可忍了，据守长善寺发动武装政变，要求幕府剥夺正就的首领职位。面对近千名忍者及其家属的强烈呼声，德川幕府只得把正就贬为平民。
元和元年（1615年），正就参加了大阪夏之阵，希望能够将功赎罪，可惜武运不佳，战死沙场。他还有个弟弟名叫服部正重，因为牵涉到老婆娘家（大久保长安）的犯罪事件而遭到流放，最后客死异乡。
服部家虽然等同于灭亡了，但“伊贺同心众”依旧存在，服部半藏之名也一直流传到今天。江户城中留下了“半藏门”的古迹，据说乃是服部正成亲自设计并督造的，以便发生变乱时，德川将军可以经此逃离，沿甲州街道逃往甲府城。“半藏门”外还挖有“半藏壕”，明治维新以后，天皇移居东京（即江户），新的宫殿就设在半藏门和半藏濠附近。
此外，富有传奇色彩的还有柳生一族，他们本是大和奈良柳生庄的小豪族，战国后期出了一位武艺超群的总领柳生石舟斋宗严，被称为“剑圣”。宗严的儿子为但马守宗矩，乃是德川幕府二代将军秀忠的亲信，历任秀忠、家光两朝，最后领有大目付�