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阶级压迫和宗教迫害双重利刃就此加在岛原百姓头上，他们无路可走，被迫铤而走险。十月二十日，岛原有马村纷起一揆，杀死了松仓氏的代官林兵右卫门，并且攻破藩武器库，团团包围住了松仓氏的本城——岛原城。
二十七日，天草群岛也爆发一揆，与岛原一揆南北呼应。天草群岛乃是肥前国唐津的谱代大名大久保氏的飞地，唐津藩的代官三宅重利领兵镇压暴乱，却于十一月十四日被一揆打败，身首异处。天草一揆进而包围了富冈城。
消息报至江户，德川家光将军大为恼火，立刻派遣重臣板仓重昌前往九州，纠合附近诸侯前往征伐。岛原、天草的一揆闻报，结合为一，后退到已经废弃的原城，笼城固守。根据近年来的考古发现，原城在“岛原、天草之乱”爆发前，很可能虽被废置不用，基本的土垒木墙还没有被扒平，这就给了一揆军一个很完美的根据地。
有趣的是，一揆军的首领却是一个年仅十六岁的少年，俗称为天草四郎时贞。据说这位英俊少年乃是上帝派遣来拯救生活在水深火热之中的日本天主教信徒的，具有莫大神通，教徒们无不尊奉他为“天人”、“天使”，一切都唯四郎时贞马首是瞻。
天草四郎，某些记载中也写作大矢野四郎或者江部四郎，据考证，他原本的苗字应该是益田，乃是小西行长的家臣益田好次之子。关原合战后小西行长被斩首，领地遭改易，家臣们纷纷四散成为浪人，据说四郎时贞从小就居住在长崎港，虔诚地信奉天主教，并向旅居日本的荷兰人学习过西洋医术——所谓神通广大，能活死人，肉白骨，大概不是完全的空｜穴来风吧。
且说板仓重昌来到岛原城中，集合了包括松仓胜家、锅岛胜茂、有马丰氏等周边诸侯，集合兵马，向原城发起了猛烈进攻。重昌一开始并没有把一揆放在眼里，认为那些作乱的农民无拳无勇，根本不懂打仗，如何会是幕府军的对手？然而一连发起两次总攻都未能得手，己方反而损失惨重，重昌不禁涔涔汗下，意识到原城中定有深通兵法之人存在。
北九州地区乃是天主教传播的中心区域，战国后期有大量平民甚至武士都皈依了天主教，这些人在“大殉教”后都被迫潜伏了下来，趁着这次动乱再度抬头。因此固守原城的并非仅仅数万农民，其中也掺杂了很多信奉天主教的浪人——四郎时贞首先是这些浪人们的领袖。
翌年是宽永十五年（1638年），元旦之日，板仓重昌硬着头皮发动了第三回总攻，却在原城下身中流弹而亡。一揆因此士气高昂，到处都传说着岛津、伊达等强藩将在呼应而起，一举消灭迫害天主教徒的德川幕府的谣言。而将军家光则又派来了第二名联军统帅，那就是一门众重臣松平伊豆守信纲。
松平信纲素有智谋，人称“智慧伊豆”，他在仔细观察了前线形势以后，认识到原城防御坚固，一揆作战英勇，绝对不能硬打硬攻。于是信纲就指挥着黑田、锅岛、立花、细川、水野、有马等十数家诸侯联军，从陆路将原城牢牢地封锁住，断绝补给，想要把一揆全部困死，饿死。
四郎时贞还期望长崎的荷兰人前来救援，然而在松平信纲的指使下，荷兰炮船却于一月十一日开到原城附近的海面，然后向城内连开数炮。这一方面是告诉城内一揆，海上也已经被幕府封锁，休想有一个人可以逃走，另方面也是希望从心理上瓦解一揆的斗志——天主教有何可信？上帝又有什么用？同样信奉所谓“上帝”的荷兰人，不也是你们的敌人吗？
松平信纲的策略取得了效果，原城中粮草越来越少，一揆被迫开城夜袭幕府军阵营，因为信纲早有防备而遭到惨败。不仅如此，松平信纲通过审讯俘虏，了解了城中的内情，遂于二月二十八日展开了第一次总攻击。
在一揆势的拼死抵抗下，幕府军付出了死亡三千人，受伤上万人的重大代价，然而原城终于还是被攻陷了，城内剩余的两万余人，不论男女老幼，全都遭到残酷的屠杀——四郎时贞等人也在其中，几乎没有一人能够逃得性命。
“岛原、天草之乱”乃是对幕府和诸藩横征暴敛，以及迫害宗教信仰的大反抗，但它的失败也促成了幕府锁国体制的最终完成。此外在战后，德川家光鉴于物价武家法度中规定诸藩不得幕府指令不得向外用兵，导致镇压暴乱的行动迟缓，遂将相关规定加以了修改。
●犬公方
庆安四年（1651年）四月，三代将军德川家光病殁，享年四十八岁。包括老中堀田正盛在内的很多家光亲信都切腹自杀以殉主，幕府统治机制因此暂时陷于停顿，导致了“庆安之乱”的发生。
且说秀忠、家光两代总共改易大名一百零五家，减封十六家，使得社会上产生了大量失去主家的流浪武士，被称为浪人或者“牢人”。这些浪人极端痛恨幕府，除了舞刀弄枪外又大多别无所长，成为社会一大不安定因素。他们在兵法家由比正雪、丸桥忠弥等人的煽动和组织下，打算趁着家光将军去世之机发动暴乱，拥护纪伊藩主、被称为贤侯和“南海之龙”的德川赖宣继承征夷大将军之位。
当年七月，暴动阴谋败露，丸桥忠利在江户被捕，处以极刑，不久后由比正雪也在骏府切腹自杀，德川赖宣亲往江户城中谢罪，澄清谣言，局面才算逐渐稳定了下来。帮助家光将军的继承人、次子家纲稳定局面的主要有三个人，即大老酒井忠胜、老中“智慧伊豆”，以及家光的庶弟、贤侯保科正之，八月，在江户城中举行了“将军宣下”的仪式，正式确认年仅十岁的德川家纲继任为幕府将军——这种册封仪式原本都是在京都举行的，但保科正之等人认为大乱初定，家纲不宜离开江户城，遂请下御旨，将仪式举办地点改在了江户，从此成为惯例。
总结“庆安之乱”的教训后，保科正之等人认为天下已定，应该以文治取代武功，以整顿充实法律、制度和学术来提高幕府的权威。在这种思想的指导下，将军的权柄被削弱，重臣合议的官僚体制得到完善，同时对于各藩的控制也有所松动。起初幕府并不承认“临终养子”一说，即当大名没有子嗣和幕府确认的养子的情况下，到临终才指定养子和继承人的做法，对于这种家族，一般都毫不留情地予以改易。四代将军家纲以后，幕府开始承认五十岁以上的大名的“临终养子”，使得遭到改易的诸侯数量大为减少。家纲时代一共改易大名二十二家，削封的也仅仅四家而已。
在德川光国、保科正之、池田光正、前田纲纪等所谓“贤侯”的推动下，幕府确定了以朱子学为整个日本社会的指导思想，大力宣扬忠孝节义。尤其是德川光国，此人乃是御三家之一的水户藩的藩主，官至权中纳言，因为大纳言或中纳言的汉称为“黄门”，故此俗称为“水户黄门”。这位水户黄门大人易装巡游各地，惩治不法官吏、藩主的故事，在日本家喻户晓，有如中国的包青天一般。
德川光国非常重视朱子学中的“名份论”，在江户城设立彰考馆（彰往考来之意），编纂了《大日本史》一书。书中认为天皇是日本理论上的最高统治者，德川幕府受天皇的委派治理庶务，其权威来自于天皇朝廷，对于南北朝乱世，《大日本史》宣扬南朝正统论，指斥反抗天皇的足利幕府乃是叛逆、贼臣。光国的学术后来被称为“水户学”，乃是幕末尊王论的滥觞——不过水户学最终被拿来作为推翻幕府的重要武器，这是德川光国所始料不及的吧。
在幕府的影响下，各藩的情况也逐渐改变，首先是家臣的封地被纷纷收回，很多藩都凝聚为以藩主为中心的完全整体，家臣只领俸禄，逐渐转化为封建官吏，其次，世代重臣的势力受到削弱，藩主往往提拔中下级官吏作为自己的辅佐者，无形中反而增长了各藩的实力。
如果把江户幕府划分阶段的话，那么前三代将军的统治时期乃是奠基和开创期，从四代家纲开始，进入了平稳发展的时代。家纲到了晚年日渐奢靡，幕府财政状况恶化，而他本人也因为体弱多病而经常不能理事，权力都落在大老酒井忠清的手中。延宝八年（1680年），四十岁的德川家纲生命垂危，因为没有后嗣，酒井忠清就打算沿用镰仓幕府的旧例，迎接有栖川宫亲王继任为幕府将军。此议遭到老中堀田正俊等人的坚决反对，他们主张让家纲的末弟德川纲吉来当继承人。五月八日，德川家纲让位给纲吉，旋即去世。
据说德川纲吉是个畸形儿，身高仅有一米三零。不过这个畸形儿却颇为聪明，上台伊始就铲除了酒井忠清的势力，改以忠直的堀田正俊担任大老。纲吉爱好学问，关心政治，多施善政，在他统治初期产生了著名的“元禄文化”。
然而到了统治后期，德川纲吉的生活却越来越奢侈，治政也不再清明，他疏远堀田正俊，重用奸佞牧野成贞、柳泽吉保等人，使幕府的统治开始走下坡路。可以说，德川纲吉时代是江户幕府的鼎盛期，也是由强变弱的转折期。
德川纲吉受其母桂昌院的影响，笃信佛教，特别颁发了《生类怜悯令》，禁止百姓杀伤动物，尤其是要保护狗。纲吉把全江户的野狗都集中起来饲养，数量据说达到十万头，发现有百姓伤害到这些野狗的，轻则坐牢，重则流放。因此百姓们都在背地里称纲吉为“犬公方”，也就是狗将军。水户黄门德川光国为了劝谏这种恶政，特意宰杀了十条狗，剥下狗皮来献给纲吉，诡称这是护身符。纲吉虽然不敢处罚光国，但他仍旧我行我素，行为并没有丝毫的收敛。
江户幕府的末日即将到来了。
禁书的轶事
公元1683年，台湾郑氏投降清朝，这一年在日本为天和三年，第五代将军德川纲吉在位。在此以前，台湾郑氏、清廷，乃至于平南王尚氏、靖南王耿氏