满城风雨的丑闻使她的丈夫成了东方军中许多下流玩笑的目标。他也知道将军之所以要炫耀他和波利娜·富雷丝的关系是为了报复（和他后来将情妇秘而不宣大相径庭）。法国舰队在阿布基尔海战失败后，拿破仑于9月1日通知了冈托姆，要他将三四艘逃进亚历山大港的战船重新武装起来，随时准备出海。接着，他给亚历山大拨款，将这件事视为头等大事，因为不管怎么说，拿破仑毕竟还是希望回到法国去对付约瑟芬和督政府；但问题在于法国舰队失败的影响越深，他越是认识到需要建立新的功勋以便确保在他推翻法国政府时获得必要的支持。
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第十章蒂沃利花园和其他（4）
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法国舰队被击溃后，拿破仑也对封锁亚历山大海岸的英国舰队进行过谨慎的通信联系，企图达成某种停战协定或和平协议，但遭到负责封锁开罗的高级海军军官塞尔·霍德的拒绝。蒙日还鼓励拿破仑与土耳其政府维持和谈，同时，拿破仑还从水路和陆路向奥斯曼苏丹派出信使，旨在表明法国人在埃及有助于土耳其反对奥地利、俄国和英国。这当然是无稽之谈，双方心里都很明白；再说，在埃及也找不到一个英国或俄国的士兵。
8月22日，拿破仑命令他的少校军官卡尔梅·博瓦辛取道阿麦特帕斯卡到叙利亚和外号“屠夫”的土耳其首领德加查会谈。但是，到达雅法时，德加查的儿子对待少校傲慢而粗暴，甚至不准许他上岸。9月11日，博瓦辛回到开罗告诉拿破仑这个坏消息后，他又派出上校马伊·德夏托布里昂只身一人去同土耳其军队联络。可悲的是，这个年轻的军官在阿克被土耳其人用铁链锁上后投入了阴暗的地牢，不久就被德加查斩首。
12月，拿破仑第三次派出一个名叫博尚的使者，旨在与君士坦丁堡建立直接的外交关系。这次，拿破仑的态度比较强硬，他在信中要求君士坦丁堡与“我们的公使一道……释放一切被关押在叙利亚的法国人”。同时，“你们要通知土耳其政府，我们愿和他们成为朋友，我们埃及远征的目的是惩罚马穆鲁克和英国人，是为了阻止奥斯曼帝国”被奥地利和俄国“瓜分”。他限令苏丹释放关押在君士坦丁堡的法国公民，“如果不这样，便将视为对法国的宣战”。但拿破仑真正需要的还是妥协。此时，土耳其政府已经对法宣战，法国公使也已被捕。这些博尚完全不知。
不幸的是，博尚直到1799年2月13日才得以成行，而且他的帆船在富德（Phodes）被拦截，博尚被关进监狱。拿破仑的信直到4月14日才被送到君士坦丁堡。
事实上，当奥斯曼苏丹在1798年9月得知法军入侵埃及的消息之后，他就将法国公使和君士坦丁堡的大部分法国侨民逮捕。拿破仑是在10月9日从一艘开往达米亚塔的希腊船上得知土耳其政府的这一举动和他们已经对法宣战的。连塔列朗也认为是法国入侵埃及使得与土耳其的谈判陷入了僵局。
拿破仑7月在埃及成功登陆的消息直到9月10日才传到巴黎，人群为此欢呼，巴黎军校鸣礼炮以示庆贺。当天晚些时候，当礼炮还在法国首都回响，信使飞马来到海军部长布律克斯的房间，通报布吕埃斯的舰队在阿布基尔湾遭到纳尔逊重创。
法国海军在阿布基尔的惨败很快就波及地中海：同一个月，驻科孚岛守军遭到英国皇家海军的袭击（该岛1799年3月3日向英国投降），沃比翁将军亲自下令马耳他向英国投降，且待1800年9月4日再在马耳他向英国人报仇雪耻不迟。如此一来，法国先后失去了两个具有重要战略意义的岛屿。此时，拿破仑对此还一无所知，他也不知道从阿布基尔海战死里逃生的维尔纳夫和德克里斯在企图逃离马耳他时也被英国人俘获。随着阿布基尔海战的失败，法国人在地中海地区无论是外交还是军事上都满盘皆输。因此，拿破仑企图与叙利亚的土耳其人或是君士坦丁堡和谈的努力纯属徒劳。
曾经向拿破仑表示要全力支持埃及远征的塔列朗给督政府的特雷亚尔（Treilhard）写信，后者将该信于1798年11月4日转寄给了拿破仑并批写道：“你可以想像督政府是多么后悔，以及他们是多么难以理解你远征的详情。”他继续写道，“由于海战的失败，法国在地中海处于腹背受敌的窘境。一切国际问题皆应归咎于这个可怕的事件。”这次“舰队的灾难”削弱了法国各种外交政策的基础。马耳他遭到封锁、意大利出现麻烦、英国和奥地利联合俄国和普鲁士正在形成新的反法同盟。此外，督政府不得不紧急征募20万新兵，由儒贝尔将军前去担任意大利军司令，儒尔当将军整编莱茵军。特雷亚尔强调，如果战争爆发，肯定是爆发在意大利无疑。尽管如此，“外部之敌终将被征服……通过政府所有成员团结一致，坚强无比的、不朽的共和国将战胜一切敌人……因此，你必须准备完全依靠你自己的力量，至少在一段时间内是如此。”最后特雷亚尔督政指出拿破仑有3种选择：他可以留在埃及等待时机；他可以进军印度；或者，他可以进军君士坦丁堡。最后，他对几个月前曾在他面前出言不逊的拿破仑挖苦道：“无论你做何决策，我们期待靠你的天才和运气；你最后能力挽千钧，取得辉煌胜利。”特雷亚尔（以及明显参与起草此信的塔列朗）终于（也许不是最后）看到了拿破仑的笑话。收信人拿破仑直到1799年3月25日在阿克再次遭到军事挫折时才收到这封信。
从军事观点看，拿破仑攻占开罗有几个目的，这些目的他希望同时达到：他要巩固亚历山大沿海一线的安全；占领和巩固尼罗河支流上的两座城市罗塞塔和达米亚塔在开罗沿线的安全；平定从开罗到阿斯旺和瓦迪哈勒法的尼罗河上游地区。此外他还要追歼穆拉德贝伊军和易卜拉欣贝伊军。
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第十章蒂沃利花园和其他（5）
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尽管拿破仑的战线很长，而且军队减员严重，他仍然决定进军叙利亚。这要求不仅巩固尼罗河三角洲地带，而且要巩固开罗东部连接开罗和叙利亚的贸易通道的大片沙漠。令拿破仑吃惊的是，他发现在达米亚塔东部沙漠上的人充满野性和敌意，需要大力加强兵力和驻守设施才行。只有巩固了这片大后方，他才能发动入侵叙利亚的战争并长驱直入攻占阿克、大马士革和博斯普鲁斯。
8月25日，德塞将军带着4个营，约3；000多人从吉萨溯尼罗河而上，找寻穆拉德贝伊军的残余人马并平定尼罗河上游地区。10月7日，德塞首先在萨迪曼遇到了穆拉德贝伊军的9；000马穆鲁克，将其击溃并驱逐到大漠之中。但马穆鲁克仅损失了420人，而德塞则损失了110人。10月底，德塞的部队由于眼炎②和疟疾，人员大量减少。身材高大而不屈不挠的德塞仍然继续在荒漠追击马穆鲁克，直到4月份，共歼敌2；000多人。神出鬼没的马穆鲁克从此销声匿迹。
同时，埃及北部的战役仍在继续。11月28日，梅努将军接替了亚历山大的芒斯库特，将亚历山大地区和罗塞塔地区全部纳入他的责任范围。10月中旬，迪盖将军率4，000多人马到达米亚塔，执行拿破仑“追击阿拉伯人，严厉惩罚他们”的命令。安德列奥西被派往曼扎拉湖执行打通进军叙利亚通道的特殊使命，而迪马将军、缪拉和声名狼藉的拉尼斯则征服了埃及的东北部。
早在9月份，拿破仑就在认真考虑入侵叙利亚的问题了，当时他要求雷尼尔将军探明进攻的路径并命令毫不留情的骑兵军官缪拉对那个地区的阿拉伯人进行“一切可能的打击”。“我的意图是，”他说，“毁灭他们。”拿破仑命令迪盖将他的整个师团向前推进，通过“杀头、抓人……焚烧村庄，给他们一个下马威”的手段，树立法军的威名。
12月3日，拿破仑命令邦将军向苏伊士进军，攻占海港，控制红海的海上商业通道，同时与红海对岸杨布和吉大的阿拉伯人建立友好的联系，防止他们暗中帮助马穆鲁克。12月7日，到达苏伊士后，邦将军迅速完成了使命。
同时，在埃及最远的东北部，拿破仑得到了雷尼尔的报告，称约有2；300人的易卜拉欣贝伊军挡住了他们向大马士革进军的道路。与此同时，邦和卡弗雷里的部队继续在佩鲁斯和开牙修筑要塞，以巩固向北推进的道路。拿破仑命令冈托姆准备海上运输船只、火炮和军需，以备远征叙利亚之用。
一切准备就绪，埃及被牢牢控制之后，开罗又一次平静下来，拿破仑向开罗市民发布了告别书，告诉他们自己已经宽恕了他们的血腥起义和骚乱。“真主要我以宽大仁慈为怀。有朝一日，人人都会证明我现在所遵循的是更高的使命，为此，无人能够阻挡我！”然后，他对穆斯林发表了一通模棱两可的言论，这是他以后希望从历史上抹掉的言论。他宣称在伊斯兰的敌人被击溃之后，“当伊斯兰击败十字架后，我将从遥远的西方前来完成真主交给我的使命”，即他将成为伊斯兰教的领袖。
宣言结束后，拿破仑在贝尔蒂埃、多马丁、卡弗雷里、冈托姆、蒙日、贝托莱及其他人的陪同下，带着300多人的队伍离开了开罗，越过东部的沙漠，于12月27日到达苏伊士。经过3天的匆匆考察，他又出发了，顺路到苏伊士古运河做了一次旅行，他希望有朝一日能够修复古运河。然后，在1799年1月6日回到了开罗。现在，他已经下定决心，要尽快地进军叙利亚。
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第十一章通往大马士革之路（1）
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征战叙利亚将是拿破仑在中东的最后一次大规模远征，而且从一开始就注定要失败。最后得到拿破仑的许可，可以回到欧洲投入意大利情妇怀抱的贝尔蒂埃，现在却改变了主意，要留在拿破仑的身边再次试一下运气。此外，就没有什么值得高