炎患者。然后，他命令将重伤员留下，他命令在离开时将城墙炸掉。
拿破仑以胜利者的姿态回到开罗并发布了他最新的《陆军公告》，声称他“带回了许多战俘和军旗。我已将杰扎尔的宫殿和阿克城的堡垒彻底摧毁。我杀得敌人片甲不留，阿克城的市民全部从海上逃离。杰扎尔受重伤”。谎言！这一切从头至尾都是谎言。“我必须承认，记录拿破仑口授的这些军事报告是件痛苦的事。”布列纳说。但当他对此提出异议时，拿破仑只是一笑了之，说：“Moncher（我亲爱的），你真是个傻瓜。你实在是什么也不懂。”布列纳不得不同意，他的确不理解这个人。
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第十一章通往大马士革之路（3）
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在率领着残兵败将回到开罗前，拿破仑就已经计划着放弃远征军回到法国去。他将要使用的借口是法国又一次与奥地利和俄国开战——法军犹豫不前，需要他回去收拾残局、重整旗鼓。拿破仑在围攻阿克城时就从报纸上得知了法军在欧洲战场失利以及巴黎政治局势不稳的消息。拿破仑在叙利亚战役中使尽浑身解数，却惨遭失败，损兵折将，损失约3；000人，加上在埃及战役中损失的7；000人，共损失约10；000人。他的3名副官和数名将军阵亡，大量其他军官不止一次受重伤。他的许多军官公开违抗他的命令，对埃及战役强烈不满。甚至连他的亲弟弟路易也背弃了他。全军的总军需官竟是个可耻的大骗子，已被他革职查办。尽管沿路抢劫，军需仍然匮乏，军费比来时减少了1/3。被征服的国家不断发生反叛，开罗成了灾难的起点，大瘟疫每天都夺去埃及人和法国人的生命。他的舰队被击沉。他的貌似辉煌却构思拙劣的远征完全失败了。
希望幻灭的拿破仑·波拿巴于6月14日回到了开罗的艾兹拜基耶广场上的宫殿。在开罗拿破仑也没有得到任何他希望的、出乎预料的好消息。相反，奥斯曼帝国的小舰队在西德尼·史密斯率领的皇家海军分舰队的保驾下，现在已经来到了海上，据报告正在向亚历山大进发。拿破仑不得不再一次靠他的军队和大海来抵御敌人的进攻，然后，他将从海上回到法国。拿破仑早已事先秘密安排了三桅快帆船，6月21日，他命令新任命的海军司令冈托姆赶紧备妥船只和粮食。拿破仑将把一支所剩无几的残破军队留在埃及，同时，由于6月埃及科学院的第一次重开的结果，他还要将那支医疗队也留在埃及。
拿破仑要求组成一个委员会报告叙利亚战役中法国军队所遭到瘟疫的影响程度，以便通过这样的统计说明大量人员伤亡的原因。通过这个报告他将推卸自己的责任，而医疗队将承担军队减员的主要罪责。这对于德热内特医生来说是太过分了——他跳起来指责拿破仑亲自命令他毒死了成千的伤员和瘟疫患者，而不将他们带回埃及治疗——他只愿为医疗队本身的责任负责，他指责拿破仑是要将罪责“加到每个人的头上”。他当场提出辞职，要求退役返回法国。拿破仑则当场拒绝了他的要求。他将这个医生留在了埃及，虽然拿破仑以后最不愿意在埃及见到的就是他。
返回巴黎后首要的也是最头疼的事情是如何解释当前的形势，拿破仑在报告中说：“叙利亚战役的最大的成功是，我们完全控制了整个沙漠地区，其结果我们在这一年内挫败了敌人侵略我们的计划……我们在这里建立了牢固的基础。”事实上，拿破仑在阿尔拉什的前哨基地并未得到巩固，整个埃及，包括埃及南部占全国2/3的领土都还没有在法军的控制之下，因为驻守这些地方需要军需后勤的供给和足够的军队。拿破仑承认瘟疫流行已经波及亚历山大和雅法，但他报告督政府瘟疫并没有影响开罗和埃及的其余地区。事实上，几个月来开罗的医院里收容的瘟疫患者已经是人满为患。拿破仑承认法军损失了5；344人，为此，他提出急需补充至少6；000人的生力军。他说如果给他15；000人的话，“我们便可以打到任何地方，甚至打到君士坦丁堡”。他要求增加100名医生和外科医生。他指出目前的人数不足于对抗敌人发动的海陆联合进攻，“如果不能按照我的要求派来援兵，那么我们这里只能求和”。
一个月后的一个傍晚，一名阿拉伯使者带来了驻守亚历山大港的马尔蒙的一份紧急报告。这天，1799年7月11日，土耳其军在英国和俄国舰队的保护下，已经抵达阿布基尔湾，穆斯塔法·帕萨的15；000人马已经登陆上岸。阿布基尔要塞和阿布基尔后面的一处堡垒都已经落入敌军之手，驻守的法军全部被俘，亚历山大遭到猛烈的炮轰。易卜拉欣贝伊军在加沙重新集结，南面的穆拉德贝伊军正在威胁开罗。拿破仑必须刻不容缓地率领他的10；000多人开往前线。
拿破仑于7月15日指示德塞：“如果登陆行动果然十分重要，你应该放弃整个上埃及，只留下少数人据守那里的要塞”，“将我刚才从亚历山大得到的消息立即转告雷尼尔，命他立即集结队伍”。拿破仑命令贝尔蒂埃立即将同一消息填报克莱贝尔将军（现在在达米亚塔）和其他人，同时拿破仑带领军队向亚历山大进发。他命令迪盖将军将关押在开罗的数千战俘秘密处决，尽量不要引起公众的注意。同时，拿破仑命令马尔蒙将军在阿布基尔和罗塞塔一线构筑防线，在比凯特集结，以威逼敌军两翼。
7月16日凌晨4点，拿破仑率部出发，连对他高度不满的布列纳也不得不佩服他的临危不惧、刚毅果敢和快速反应。3天后，他赶到阿拉马尼亚。他命令马尔蒙据守亚历山大，克莱贝尔保卫罗塞塔，拿破仑自己则在中路据守比凯特，缪拉的骑兵则在阿布基尔和防线之间做后援。拿破仑告诉克莱贝尔，他并不认为敌人的兵力会比自己强多少。
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第十一章通往大马士革之路（4）
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7月20日和22日，消息传来，第二批敌军登陆。敌人来势凶猛。法军方面，拉纳的师团已经靠近阿拉马尼亚，迪盖抽调了大量的开罗守军，约12；000人已经上路。开罗医院里只要能够站起来的人都重新拿起了武器。贝尔蒂埃要“给土耳其人一个教训，最后确保法国在埃及的地位”。
“要保持高度的警惕，”拿破仑提醒马尔蒙，“军官，特别是高级军官，晚上睡觉不能脱下军装。夜间加强巡查，务必确保人人知道自己的岗位所在。”他命令带狗守夜以防偷袭。只有到了生死存亡的关头，拿破仑才会调集全埃及的兵力来对付土耳其的登陆。拿破仑令德塞进一步调集兵力对付易卜拉欣贝伊军，他告诉德塞，他将在阿布基尔“攻击敌人并将他们全部赶进大海”。拿破仑是在只有很少的炮兵以及他将面对的敌人的总兵力究竟有多少尚不清楚的情况下制订出这些军事计划的。
7月22日，拿破仑命令拉纳将军的师团和拉尼斯的师团在比凯特做好迎敌的准备，梅努将军和克莱贝尔将军攻占马地亚湖地区。7月24日晚上9点，拿破仑抵达比凯特附近的战地指挥部时，命令缪拉由4个步兵营配合作战的骑兵在4小时内进攻土耳其登陆部队，拉纳和拉尼斯从左右两翼策应，命令马尔蒙进攻西面阿布基尔和亚历山大之间的地区，命令克莱贝尔从罗塞塔向阿布基尔推进。
7月25日凌晨2点，法军仅有的几门大炮突然发起了猛烈的轰击，向势均力敌的穆斯塔法·帕撒军发起了全线进攻。缪拉首先冲破了敌人的由壕沟筑成的第一道防线，随即又向敌人的第二道防线攻击，该防线有30多艘炮舰做后盾。
“骑兵是我们决胜的因素，”事后拿破仑向督政府报告道，“骑兵突破了土耳其人的右翼，展开了一场可怕的屠杀……敌人纷纷跳海，向一英里开外的英国炮舰游去，但几乎全部溺水而死。这是我平生所见的最恐怖的一幕。”
拿破仑只花了11个小时就打败了土耳其军，取得了决定性的胜利。在该战役中2；000土耳其人被杀死，4；000多人溺水死亡或被俘。侥幸逃脱的土耳其军队躲在半岛顶上的阿布基尔要塞顽抗，一周后向梅努的军队投降。土耳其军队在转瞬之间几乎全军覆没。而法军牺牲了仅不到1；000人。这是拿破仑自到达埃及后的第一场真正的胜仗。
两天后，拿破仑将他的主要指挥官派回原来的位置，将德塞派回驻守上埃及，拉尼斯回到梅努夫，克莱贝尔回到达米亚塔。通过对土耳其战俘的审讯，拿破仑得知土耳其的一支生力军正在从大马士革赶往开罗途中。因此，拿破仑将雷尼尔派回到萨尔黑亚加强防御。1799年7月27日，拿破仑高度赞扬缪拉将军“在阿布基尔战役中取得的辉煌胜利”，这是拿破仑少有的一次对下属的高度赞扬。由于土耳其军队的不堪一击，英国和俄国海军支持下的土耳其军联合作战宣告失败。在这次战役中拿破仑失去了第四名高级副官吉博特，缪拉等将军受伤。拿破仑将亚历山大要塞以他牺牲的科西嘉朋友卡弗雷里的名字命名。
“在这次战役之前，阿布基尔的名字受到每一个法国人的憎恨；7月25日的战事赋予了它无上的光荣。”8月1日，拿破仑对准备开拔到开罗的军队演讲道，“就此一战，我们就迫使英国人不得不与我们的共和国达成体面的和平，尽管他们以前在海上取得了胜利。”
8月11日，拿破仑班师返回开罗。虽然他打了胜仗，但是情绪仍然很糟。从英国军舰那里得到的报纸上，拿破仑得知在他远征埃及期间，欧洲又组成了一个强大的反法同盟——儒尔当将军在莱茵河地区一败涂地；舍雷尔的意大利军在里沃利和其他地方都吃了败仗；英国海军成功地封锁了法国和西班牙；科浮岛已经丢失；马耳他遭到英国海军封锁，即将失守。远征军虽取得辉煌胜利，却远在异国，远水救不了近火，他也成了“自己征服的囚徒”�