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整个情况让政府陷入两难之境：它既可以支持逐渐由骗子操纵的银行理事会，并且理事会明显参与盗窃信件；也可以支持一个有原则、有能力、但政治上不可靠的银行行长。政府犹豫了几个月后，选择了前者。诺塔巴托洛被迫辞职，银行董事会被解散，但是大多数老成员随后再度当选。诺塔巴托洛被迫辞职后，大量不正当债权扑向银行，策划了意大利航运总公司的股票骗局。之后的调查显示，帕里佐罗是匿名借款人之一。
莱奥波多向米兰法庭做总结证词时，强烈谴责了对其父亲被杀一案的调查方式。“我反复告诉当局所有这些事情，然而拉法莱·帕里佐罗从未受到审讯。他们大概是害怕吧。”
从米兰发回的关于莱奥波多·诺塔巴托洛证据的报道引起了罗马政界的恐慌。这次审判本来打算尽量低格调平息诺塔巴托洛案件中日益强烈的公平正义的呼声。现在唐·拉法莱·帕里佐罗突然使政府在政治上陷入窘境。他给新闻界写信，声明他一直与诺塔巴托洛保持着良好的工作关系。后来，由于察觉罗马的氛围对其极为不利，他匆忙逃回巴勒莫。
当总理路易吉·佩卢克斯将军在下议院安排快速投票时，帕里佐罗的议员豁免权被撤销。由于流传着这名备受争议的议员准备逃往国外的消息，西西里与大陆之间的电报通讯被中断，所以他没得到议会投票的消息。巴勒莫司法当局仍然摇摆不定，佩卢克斯将军直接授权警察局局长圣乔治于当晚采取行动逮捕帕里佐罗。警官们发现他正躺在那张每天早晨他都会被客户团团围住的床上休息。
几天后，巴勒莫3万人前往波黎得亚玛广场，为新落成于小科林斯圣坛上的艾曼纽·诺塔巴托洛的半身像敬献花圈。帕里佐罗似乎是完蛋了。“黑手党在作垂死挣扎”，一名评论者这样认为。
莱奥波多·诺塔巴托洛将米兰法庭当成了控诉的舞台，他要抓住这次机会把整桩事件的来龙去脉公之于众——他父亲如何被害、调查如何违规操作以及帕里佐罗又是如何参与的意大利航运总公司的股票丑闻。莱奥波多在作证时值得注意的一点是，他并非控方证人。在意大利，受害人可以在刑事审判中提出损害赔偿诉讼，甚至可以在案件辩护中发挥作用。这名年轻的海军军官就是这样一个“民事诉讼人”。他有充分理由想推动诉讼：他有足够的理由相信本该准备起诉凶手的案件调查官参与协助掩盖真相。他的怀疑集中在文森佐·科森察的身上——就是后来竭力破坏圣乔治对康卡德尔地区黑手党起诉的那名巴勒莫检察长。
父亲被害的六年中，莱奥波多做了大量的调查工作。在每个关口，他经常遭遇别人的阻力和冷漠对待。1896年，他父亲的一位政治朋友兼私人密友安东尼奥·迪·鲁迪尼当上了总理。莱奥波多去见他，透露了他对帕里佐罗的怀疑，请求帮助。鲁迪尼毫无同情心：“既然你相信是他干的，为什么不直接雇个厉害的黑手党分子替你杀了他呢？”
只有在鲁迪尼的下一任总理佩卢克斯将军当政之时，才积攒起足够的政治动力去开展审判，尽管这次审判只定罪了两名铁路工人。在佩卢克斯的影响下，这起谋杀案的审判由巴勒莫转移到了米兰，在那里证人受到恐吓的可能性小一些。
莱奥波多·诺塔巴托洛陈述证词之后，米兰审判继续进行，同时推迟该案开庭的原因开始被披露。不断有证人出来提供新的证据。由于这一连串颠覆性的揭露，米兰当地军队司令官命令他的官员不要参加审判。曾担任西西里皇家委员的军事部长声明：“诺塔巴托洛谋杀案诉讼证据的准备工作极为疏忽、极为草率；事实上，这项工作的方式是应该受到谴责的。”几天之后，这位部长被迫辞职，因为一家报社披露了他写的一封信，信里要求司法当局及时释放一名很有政治影响力的黑手党分子，以期在选举时帮助一名政府候选人。
从横跨库雷里山谷的火车轨道上发现的尸体被确认是艾曼纽·诺塔巴托洛那刻起，整个巴勒莫就充满了怀疑帕里佐罗是幕后主使的谣言。然而，在巴勒莫负责调查此案件的主要检察官被调走了，显然是因为他暗示那些传言或许有些道理。
一名警官在被要求接管此案后，藏匿证据，包括一双带有血块的短袜。他还引导调查一次次地走向歧途，每一次调查的线索都给被害的银行家的名誉投上了一层阴影。在米兰，该名警官在法庭上被捕，赢得旁听席上一阵热烈的掌声。后来他被查明是帕里佐罗的亲密盟友，曾经充当帕里佐罗的选举“代理人”。
莱奥波多·诺塔巴托洛认为最终实施刺杀行动的凶手之一的名字也在米兰陪审团面前公布出来。泰尔米尼一伊梅雷塞的副站长一一他曾在诺塔巴托洛的车厢里看见杀人凶手——被传到法庭。在重复了1893年2月当晚发生的事情之后，他说他没能在嫌疑人队列中辨认出那名凶手。
于是，代表塔巴托洛家的律师开始追问：是不是他认出了那个人，但是告诉警方由于害怕黑手党他不敢当众说出来？证人颤抖了，但还是坚持他的说法。然后他被带到埃曼诺·圣乔治前一任警察局局长面前——他正是主持嫌疑犯辨认程序的那个人。站长一下脸红了，显得局促不安。旁听席上的听众对他的困境表示出足够的理解，因为他显然是一个担心自己性命的老实人。最终，他还是崩溃了，低声说道：“我确认他所说的一切；这是真的，确实是那同一个人。”
他认出的那个人是朱塞佩·丰塔纳，47岁，来自维拉巴泰。前任警察局局长为法庭提供了疑犯的简要背景。他是黑手党维拉巴泰家族的成员。就在几年前，他被指控制造假币，后来动用关系才摆脱干系。“我觉得在这次审判中，丰塔纳也受到了一种神奇、强大、神秘力量的保护。”
这些情况刚在米兰揭露出来，就下达了逮捕丰塔纳的命令，此时他已经藏匿起来。传言说他受到一位王子兼议员的庇护，此人的庄园受丰塔纳的保护。王子受到警察局局长圣乔治的审讯，圣乔治暗示他有可能会被控诉包庇犯人。王子把情况转述给丰塔纳，丰塔纳说出了投降的条件。圣乔治疲惫地答应了。这个协议让驻守在意大利的《泰晤士报》记者震惊不已：
丰塔纳……由王子的律师陪同，乘坐王子的马车来到巴勒莫，他并没有被不光彩地带到警局，而是在［圣乔治的］私人住宅接受审问，他被准许和家人见最后一面，他并没有戴手铐，而是被体贴地引领到了监狱，他被关进一间舒服的牢房。然而这个人有四次杀人记录，有多次谋杀未遂及偷窃行为，而所有这些指控都被宣判“证据不足”，或者换句话说他被宣判无罪是由于法官和证人无法克服对黑手党恐怖主义的恐惧的缘故。
朱塞佩·丰塔纳以这种方式放弃了挣扎本身就说明了一件事情：他的世界是一个由各种关系网编织而成的世界。在这个世界里，像国家这样的机构是毫无意义的。他的被捕是他自己和一位可敬的对手——警察局局长埃曼诺·圣乔治之间的私人恩怨。
随着帕里佐罗和丰塔纳纷纷落网，米兰审判在1900年1月10日中止，以便展开进一步的调查。这场审判马拉松才刚刚开始。
即使在米兰大揭露之后，帕里佐罗在拘留期间也并非没有朋友。事实上，他差点成功地免受审讯。
1900年6月，帕里佐罗的人推荐他竞选连任巴勒莫中部选区议员。面对圣乔治的审讯，黑手党需要一切可以争取的政治援助。随着西西里势力在国家政治舞台日益衰落，意大利航运总公司也需要它的老朋友。如果帕里佐罗当时选举成功，那么他将再次被授予议员豁免权。福罗里欧家族资助这次选举运动，甚至连伊纳齐奥·福罗里欧的母亲男爵夫人乔瓦纳·德昂德斯也加入了一个由帕里佐罗的妹妹发起的妇女支持联盟。光有这些当地支持并不够；政府支持帕里佐罗的对手，最后，唐·拉法莱·帕里佐罗没能获得胜利。
帕里佐罗在当地的支持者也几乎成功地阻止案子出庭。检察长科森察起草了一份报告，提出证据不足，不可审判的建议。来自国王的压力迫使他改变了结论，但是他仍然称证据“微不足道”。
第二场审讯开始前，丰塔纳的诉讼还得益于贼眉鼠眼的检票员朱塞佩·卡罗洛的死亡——他死于肝硬化。
第二场审讯在可能是意大利最庄严的法院大楼进行，那是博洛尼亚的一座宫殿，它的庭院和正面是由帕拉第奥〔※安德烈亚·帕拉第奥（Andrea Palladlo），（1508…1580）意大利建筑师。〕设计建造的。它豪华的室内是巴洛克式的，审判室镶嵌有雕刻精良的深色木料。博洛尼亚是一个政治上很保守的城市，不会出于同情而听取任何企图利用这个案子颠覆性蕴涵的人的申诉。
唐·拉法莱·帕里佐罗是第一个被从关押被告的监狱里传唤出来的证人。拘禁的日子使他显得苍老，他看起来瘦弱苍白，脸上的肉松垂在突出的下巴周围。他依然衣着光鲜，透过雅致的夹鼻眼镜细看他的记录。靠在椅背上，他以一种悲怆的姿态作证长达两天，证词伴随有阵阵呜咽和夸张的手势，他的声音时而是哀怨的低语，时而是蔑视的轰鸣。
各位陪审团成员，我相信你们没在我身上发现任何天生残暴的迹象。相反，你们看到的……是我遭受的由于派别仇恨、家族世仇和愤怒而造成的残忍、野蛮的不公正待遇所留下的不可消除的深深伤疤，而且派别仇恨、�