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上午9：03，当第二架飞机撞到世贸中心的双塔上时，克里正在参加领导人会议。40分钟后，参议员们听见一声巨响从远处传来。在两英里外的波拖马可河岸边，第三架喷气式客机撞到了五角大楼上。
美国遭到攻击。17分钟后，撞击带来更严重的后果，世贸双子塔的南塔开始崩塌。
在国会大厦里，参议员所在会场的电话铃急剧响起：白宫正在进行人员疏散，还有一架飞机在空中。这些立法者被告知，白宫是潜在的打击目标。克里穿过了拉塞尔办公大楼前的街道，回到自己的办公室，然后告知所有成员立即离开，并让他们同家人取得联系。
克里由吃惊转为愤怒，他坐在助手大卫·韦德的身边，继续关注着这则新闻的后续报道。大约在世贸中心遭到攻击一个小时后，第四架大型喷气式客机在匹兹堡东南八英里处的市郊坠毁。从海外恐怖主义分子惯用的疯狂劫持客机的手法可见，坠毁的这架飞机也是被恐怖分子劫持了。上午10：28，克里和韦德看了世贸中心北塔崩塌的镜头。17分钟后，华盛顿所有的建筑物都作了人员疏散。那天晚上，布什总统向处于慌乱迷茫的国家发表了讲话。“这些大规模屠杀行为意在把我们的国家带入混乱的状态，意在让我们妥协，但是他们不会成功。”他说道。“恐怖分子的行动击垮了我们最高的建筑，但是他们不能撼动我们的国家。”他还补充道，“我已经动用了所有的力量去调查这次袭击的幕后人，并使之接受正义的审判。我们将对策划这次行动的恐怖分子和那些包庇他们的人同等对待。”
随后，在当晚CNN的《拉里·金直播》（Larry King Live）节目中，克里把恐怖分子的秘密行动称为“战争行为”。克里声称，总统打击恐怖分子和其包庇者的决心使他深受鼓舞。他接着说，美国必须表现出“勇敢和大胆——不是莽撞，而是大胆”。
“如果需要，我们必须无条件地准备进行单方面行动去捍卫我们所代表的荣誉和美国民众的安全。”克里说道，“我认为，这个国家的每一个人都应该支持基于合理信息的合理响应。”
对于克里来说，这天所发生的不仅仅是一个国家的悲剧，还是他个人的悲剧。作为一名慈善家和民主党积极分子，当时他的好友索尼亚·默西迪丝·莫拉利斯正搭乘一架去往国外的联合航班上，恰恰是第二架撞在世贸中心的飞机。
在那周，克里和肯尼迪乘坐特里萨·海因茨的私人飞机飞往波士顿，那里正是两架被劫持的飞机的启航地。两位参议员会见了代理州长简·斯威夫特，要求联邦政府尽到对乘客和行李进行检查的职责。“我们必须要求联邦政府承担起机场安全的职责。”克里说道。
在恐怖袭击的三天后，克里参加了一次参议员投票——结果为98∶0，这次投票意在赋予布什更广泛的权力来调用美军，从而打击参与三天前发动袭击和包庇恐怖分子的国家、组织或个人。“人们非常关注，这会不会成为发起任何攻击、任何行动和事件的借口。”克里说。
在那时，克里就已经想到了伊拉克。在9月14日国家公共广播的采访中，克里说，这个决议将阻止总统利用“一个借口去入侵一个与‘9·11’恐怖事件没有任何联系的国家。用一个明显的例子来说，如果伊拉克与这次恐怖活动没有任何关联，即使你不喜欢萨达姆·侯赛因，你也不能以此作为借口对伊拉克发动战争”。就在恐怖袭击发生之时，与全国人民一样，克里正在关注国内一件寻求和平的大事。那年，在参议院中，佛蒙特州参议员詹姆斯·M。杰弗兹决定脱离共和党，他将以自由人士在参议院任职，这样民主党就会占据参议院半数以上的席位，这令民主党大为欢欣。克里也打算好好利用民主党新得到的权力。那年秋天，克里一直计划举行一次有关提高燃料效率标准的听证会，他还策划阻止布什在联邦境内的北极国家野生动物保护区进行石油开采。
在竞选之路上，克里一直在为2002年的改选连任做准备，他当时没有强大的对手。他的眼光放在更远处：准备2004年竞选总统的预选提名。他提前结束了楠塔基特岛的航海度假和帆板运动，转而出席对新罕布什尔州地方政府的募捐活动（在那里，毫不夸张地说，他——而不是曼彻斯特市长或州立法者——是吸引CNN来到这里的原因）。两天后，克里敞开了位于路易斯堡广场自己豪宅的大门，热情招待了一个支持爱达荷州州长托马斯·J。威尔萨克的募捐者，这意味着2004年的提名之战已经开始。
硝烟四起硝烟四起（2）
在问及有关他2001年夏季出现的竞选总统的征兆时，他总是说，他并不完全确定他会参加大选。“我更倾向于说我可能会处在这个位置想想我参加竞选是否有意义。”他说道。克里想认真涉足总统大选的想法可以追溯到1998年，当时他发表了一场有关学校改革的演说，这次演说被他的助手称做一项可能为2000年大选做的基础宣传。在这次演讲中，克里把自己定位成一个不与教师联盟一致的中间派议员，而教师联盟是民主党传统上坚定的支持者。克里提议取消终身职位系统和教师认证程序，前者保护了不称职的教师，而后者则阻碍了其他领域的专业人士进入教育领域。
“事实上，在整个国家，对这种责任和创新的抵制都是如此明显。”在波士顿东北大学，克里对一位听众这样说道。随后，克里与俄勒冈州共和党人戈登·J。史密斯共同提出一项议案，意在赋予州和地方教育家在学校之外更多的权力（尽管这要求联邦要配给250亿美元的资金去帮助启动并支持一系列新计划）。
1999年9月，克里对教育的批评涉及了当时得克萨斯州的共和党州长乔治·W。布什（小布什）。这名得克萨斯州州长已经被认为是共和党提名的总统候选人，这位候选人一直宣扬抽回用于贫困的公立学校的资金，转而投入到私立学校和为家长聘请家庭教师方面。
但是，克里的学校改革活动与他的2000年总统竞选有着相同的期限。一方面，在1999年早些时候，他和他的朋友约翰·麦凯恩（预备参加2000年的大选）谨慎地考虑过，对克林顿总统的弹劾事件将会使筹备总统选举变得更加困难。在那段敏感时期，每个候选人都试图避免和“政治”有所沾染，他们募集的竞选所需资金也远远没有达到目标。“解放参议院！”在参议院宣布克林顿无罪时，克里一语双关地欢呼道，“我准备引用马丁·路德·金的话：‘感谢上帝的万能，我最终自由了！’”在参议员投票的两周后，克里决定不参加2000年大选。那年年末，他也停止了媒体普遍关注的有关学校改革的演说。2001年，所有的迹象都表明克里想要参加总统竞选，而他对反恐战争的态度将决定他在竞选之路上的位置。在“9·11”事件之后的那段日子里，据预测在这次恐怖事件中丧生的人数接近1万人时（最终的数据表示约为3000人），恐惧的市民都纷纷躲进自己的家中。这时国会的成员空前团结，都坚定地站在总统布什这一边。
同布什一样，克里在强烈谴责制造“9·11”事件的恐怖分子同时，也谴责随后发生的对美国伊斯兰教徒和阿拉伯裔公民的暴力事件。在波士顿郊外Tuft大学的一次演讲中，克里面对大约100位穆斯林学生和社团领导者，声称伊斯兰教是“一个和平的宗教”，因而“我们将不会以恐怖分子的方式去阻止恐怖主义和打击恐怖分子。如果有人违反了这个国家立国的准则，那么他们就不能称自己为爱国者，他甚至没有资格称自己是一个合格的美国公民”。
同样还是在这次演说中，也就是“9·11”事件的一个星期后，克里警告那些即将发起下一轮攻击的恐怖分子很可能利用生化武器袭击其他薄弱领域。“水的供应怎样？食品的供应怎样？”克里问道。
作为一名参议院外交关系委员会和参议院情报委员会的领导成员，克里很了解有关恐怖主义威胁的一些事情。1997年，他写了一本名为《新战争》（The New War）的书，此书不仅聚焦在不断增长的国际犯罪网络，而且还警告要警惕“恐怖袭击的全球化”。“未来的恐怖分子将拥有更具破坏力的武器和更完美的组织，”克里写道，“他们可能在仅仅一天内，在任何一个全球性大都市发动足以改变整个世界的恐怖事件”克里警告，恐怖分子可能利用生物或化学武器攻击美国。但是，他尤为担心的是前苏联地区不安全的核储备。“多边渗透的国境线、便利的通讯条件和大规模杀伤性武器的易购都为那些疯狂、大胆的恐怖分子提供了空前的时机。”他写道。当时克里的书中没有提到奥萨马·本·拉登，可是一年后，这个沙特阿拉伯的大富豪——“9·11”背后的主使者——几乎成了对美国安全最大的威胁。1998年8月，他的基地组织成员策划并实施了对美国在坦桑尼亚和肯尼亚大使馆的炸弹袭击，致使257人在这两次爆炸事件中丧生，其中包括12名美国人。对美国官方更多的袭击即将到来。当总统克林顿决定对恐怖袭击进行还击时，多数共和党成员指控，克林顿渴望发动一场战争的目的就是想把国家的注意力从他与白宫实习生莫尼卡·莱温斯基有染的事件上转移开。当时克里极力支持克林顿总统在8月份的决定，即针对与本·拉登有关的阿富汗和苏丹恐怖分子的营地同时发起远程巡航导弹攻击。“那些曾对我们进行恐怖袭击的人必须知道，我们将还击，为了保护美国公民的生命和利益，我们也将采取一切措施。”克�