在私下的场合里，我的话语则更为坦率，清楚地表达了彻底改革的意图。我要使众人明白，我决定强化国家利益的概念，而要将那些各类军事机构和国防事务承包商的利益降至次位。我将向五角大楼内反对变革的势力发起挑战，并且打算，要使每一项重大的决定都产生于周密的研究和分析之上，而非简单地、一成不变地对各类机构进行例行拨款，由他们视自己的需要来任意使用经费。
为了实现这些目标，我们必须进行彻底的改革。这意味着，高级文职官员将要相当深入地参与国防项目的管理。作为改革过程的一个部分，我们将花费一至五年的时间来完成这种转移，目前，这一具有革命性质的变化，已波及了政府的各个部门。我们通过对那些与武器系统、兵力结构和长期战略相关的机构和设施的比较和分析，建立了计划、编制和预算的体系，以理清获取经费的程序，这一体系将确定其在经费方面的长期需要。甚至，五角大楼里高层会议中的风格也面临着变革，处理日常事务的会议大大减少了，研究政策和进行决策成为了会议内容的主流。
我们将要做的头等大事之一，就是要极大地改变那些被称之为“形势声明”的做法，即国防部长对国会所做的正式年度报告。在每个报告中，我们都首先陈述美国对外政策中所需实现的目标；然后，经过分析，指出在实现这些目标时将会面临的威胁，以及解除威胁的军事战略；最后，说明实现这一战略的兵力结构，以及维持这些兵力结构的财政预算。
对外政策和国防预算的这一结合是至关重要的，它是我们确定政策的唯一可行之路。然而，当时，对于我们的做法，反对之声不绝于耳。例如，国务院中的许多人就认为，在撰写美国对外政策的声明上，我们已经越俎代庖，侵越了他们的职能。然而，两者毕竟并非完全相同，并且，他们也不知道，在我以它为依据论说我们的军事战略和防务项目之前，我已要求迪安·腊斯克审阅了声明的全文。
这样的做法，无非是组织人员进行活动的一种途径，在哈佛之时，我就已逐步掌握了这种方法，以后，在战争中和战后，我先后将它运用于军队、福特公司和世界银行的管理工作中。简而言之，这种做法的要旨就是要确定一个明确的目标，再根据目标建立一个可行的计划，以及一整套监测计划实施进展情况的监视系统，我曾在每一个我所参与管理的组织中这样做了。然后，如果计划的进展出现了问题，你就可以调整计划，或者引进纠正的措施，使计划得到顺利的实施。从一开始，我就非常清楚地知道国防部所需实现的目标：以最小的风险，最小的支出，并且，在一旦卷入战争的情况下，以最小的人员伤亡，来换取我们的祖国的安全。
我们立即着手处理一项最为紧迫的事情——重新审查和确定我们的核战略。关于战略问题的争论已旷日持久，以致于我们无法漠视这一问题。在五十年代，与某些军界高层首领——例如，陆军司令兼参谋长联席会议成员马克斯威尔·泰勒上将——的观点相反，在国家的防务问题上，艾森豪威尔政府越来越依赖于核武器。国务卿约翰·福斯特 ·杜勒斯曾对这种大规模的报复下了定义，他宣称，美国阻止侵略的手段将主要依赖于 “按照我们所选择的手段和地点，立即进行大规模报复（使用核武器）的能力。”
肯尼迪政府对此忧心忡忡，他们担心，过分地依赖核武器将会堵住我们的退路，以致在大规模的非核武器进攻面前，如果我们不做出牺牲，将无法应付局面。约翰·F· 肯尼迪总统说道，我们已将自己置于一种两难选择之中，面临战争的危机，我们只能 “极不光彩地退却，或者进行永无休止的报复”。我们决定要拓宽选择的范围，这主要要加强和改进部队的能力，以使其适应非核战争的需要。大规模报复的定义和原则开始改变了，一个被认为可以灵活作出反应的战略出现了，其主旨在于，尽量避免核战争的风险。在摆脱核战争危险方面，我们只是取得了部分的成功。我们的建议在北约组织中引起了长达五年的争论，最终，在经过了大量的修改后被采纳了。
总之，在开始执政的最初日子里，我们花费了大量的时间，去完善那些加强我们军事力量的计划。直到三月底，约翰·F·肯尼迪才将我们的计划以特殊防务咨文的形式提交给国会。他要求给五角大楼增加六亿五千万美元的经费，这样，我们的计划和措施才开始逐步落实，增强了我们阻止和抵御非核战争侵略的能力。
约翰·F·肯尼迪就职仪式的三个月以后，我们似乎觉得，我们已经开始熟悉了部里的事务。但是，仅仅在总统向国会提交了那份防务蓝图的几天之后，我们就面临着一个决定，它显示出，我们的判断——和我们的运气——并非尽如人意。
一九六○年初期，艾森豪威尔政府就授权中央情报局组织军队，并在中美洲训练一支由一千四百名古巴流亡者组成的队伍，准备入侵古巴推翻菲德尔·卡斯特罗政权。一年以前，菲德尔·卡斯特罗掌握了岛上的权力，并且，正明显地将古巴带入苏维埃的阵营。肯尼迪政府继续执行了这个计划，准备部署对古巴的入侵。
现在，在他就职约九十天后，约翰·F·肯尼迪必须对是否执行这个计划作出决定了。他召集了其顾问人员——总计大约九十人——在国务院举行会议，听取他们的意见。他围着桌子走了一圈，听取了每一位到会者的意见。除了一个人例外——参议员J·威廉·富布赖特（阿肯色州的民主党人），他表示激烈地反对——到场的每一个人都对行动表示了支持。这是一项中央情报局主持的行动，但是，参谋长联席会议的所有成员也都赞成了这一行动。国务卿迪安·腊斯克和我，尽管并不感到十分的乐观，但也都投了赞成票。国家安全事务顾问麦乔治·邦迪和国家安全委员会的其他成员也都表示了一致的同意。
一九六一年四月十七日，在古巴西南部海岸的猪湾，入侵行动开始了。就像一位历史学家指出的那样，我们遭受了“完全的失败”。事实很快证明：菲德尔·卡斯特罗的间谍人员早已打入那支流亡者组成的军队中；与中央情报局的估计相反，古巴人民也并未举行游行示威来支持入侵行动；菲德尔·卡斯特罗神速地调集了他的部队，人数之多远远超过了我们预料；掩护地面登陆的空中行动也缺乏周密的计划，漏洞百出；撤向山区的“安全出口”位于一片长达八十英里、无法穿越的沼泽地上；华盛顿插手这次行动被揭露后，全球响起了一片谴责之声——致命的错误接连不断。
约翰·F·肯尼迪总统出现在国家的电视屏幕中，毫无保留地全部承担了这一巨大的过失。
他的做法唤起了我内心的愧疚和痛苦。我已经主管了五角大楼，但对军事事务仍所知甚少，更不必说那些秘密进行的行动。这方面信息的缺乏，加之我过于关注其它的问题，以及对中央情报局策划其行动的过于信任，导致了我轻易地接受了他们的计划。我听到过那些主张入侵的介绍，甚至，转交给总统过一份由参谋长联席会议成员所作的评价报告。他们认为，入侵将或许会导致菲德尔·卡斯特罗政权的崩溃，即使这一成功或许并不会马上出现。对于这样一个模棱两可的估价，我却没有做出丝毫的评论。事实上，我的确对情况所知甚少，无论是那个计划还是那些事实。我使自己变成了一个无关大局的旁观者。
第二天，我来到了椭圆形办公室，说：“总统先生，我知道，在您做出入侵决定时我在哪里。我就在那间屋子里，除了一个人以外，你的全部顾问——包括我——都建议你做出这样的决定。我已做好了充分的准备，去电视上说明这个事实。”
约翰·F·肯尼迪听完了我的话语，“鲍勃，”他说，“我非常感激你愿为此事承担责任。但是，我是总统，我完全可以不接受你们的建议，然而，我却这样做了。责任完全在于我，并且，我也无意向你，或艾森豪威尔，或其他任何人追究责任。”
我从心底里欣赏他的大度，这次事件使我们之间的关系变得更为密切。我下定决心再不会让他失望了。
（一九六一年一月十九日至一九六三年八月二十三日）
洞察秋毫，于伊始之际即至关重要，认不清萌芽时期的隐患，就无法应付成熟之后的灾祸。
—— 蒙田：《品文集》。
事物最初的出现总是那么微不足道，我与越南所结的不解之缘最初也是这样。约翰 ·F·肯尼迪接任总统之际，一场日渐蔓延、异常复杂的东南亚危机正摆在我们的面前，而我们却对其所知甚少，缺乏应付事态的基本经验和起码的设想。随着时间的推移，我们终于意识到，这些问题已成为南越吴庭艳摇摇欲坠政权的心腹之患，其错综复杂之程度远远超过了我们最初的预想。我们只能进一步理清这些问题，以寻求应付之良策。
贯穿整个约翰·F·肯尼迪执政的时期里，我们遵循着两个基本前提来进行工作，而事实最终也证明，这两点是完全矛盾的。前提之一是，南越的垮台和共产主义者的胜利将给美国和西方世界带来威胁。另外一个前提则是，只有南越人才能保卫他们的国家，而美国则应该将其所起的作用限制在提供训练和后勤供应上。依据后者，在一九六三年，我们实际上已开始部署分阶段地撤离美军。这一行动遭到了某些人的强烈反对，他们认为，此举将极有可能导致南越甚至整个亚洲的丧失。
一九六一年，我对东南亚的看法与同时代的许多美国人的主张略有不同，他们也亲身参加了二次世界大战的战斗洗礼，也从报纸上获得了外交事务的信息，但�