周恩来代表中共在致词中指出：政治协商会议是中国人民和民主人士多年以来所期待的，经过政府及中共代表在抗战胜利后的会谈中加以确定了。这次会议主要的是各抗日党派的协商会议，为使会议的范围扩大和比较完备起见，更邀请无党无派的社会贤达参加。这样的政治协商会议，在中国的政治历史上还是创举。尤其当举国一致要求迅速结束训政，积极筹备宪政的过渡期中，这个会议更负有严重的历史任务。他认为，政治协商会议，就是要请各党代表及社会贤达，一起来订出如何实现政治民主化、军队国家化及党派平等合法的方案，就是要在共同纲领的基础上，实现各党派、无党无派代表人士合作的举国一致的政府。他表示，中共代表团“愿以极大的诚意和容忍，与各党代表及社会贤达，共商国是，努力合作”。在致词中，周恩来还对蒋介石代表政府所作的四项保证表示欢迎。他说：“人民权利和党派合作，更是目前急迫待决的问题，方才听到蒋主席关于保证人民权利四项的公布，我们表示欢迎这个公布，并愿为实现这四条权利而奋斗。”
中共对政协会议是十分重视的。周恩来在12日大会报告和谈经过时，总结了四条经验教训。他指出：“第一点是要互相承认，不应互相敌视。既然商谈了，就是要政治解决，也就应该互相承认，不应敌视，尤其是商谈的双方代表，更要常常保持这种态度。第二点是要互相商量，不要独断。既然是政治解决，就是要互相协议，而不是一方面决定了，通知到别方面去做，这样是无法求得解决的。第三点是互相让步，不要独霸。既然政治解决，总是要于国家人民事业有利，既然于国家人民事业有利，那么两党之间、各方面之间，有什么不可以让步的？不错，立国的原则，像今天中国所需要的三民主义，民主国家制度，这些是不能让的，没有这种准绳与方针，就不能谈到合作，不过，在这种大前提下，许多具体问题应该力求互让。如同过去之所争执的军队问题、地方自治问题、人民权利问题，都应该在立国方针和制度之下，求得互让解决，不应要求独霸。第四点是要互相竞赛，不要互相抵消。我们觉得既是政治解决、求合作，那么两党也好，各方面也好，总有些意见不同，应该在工作上竟赛，在地方上努力，而不是说，你做好了，我不高兴，或者这一方面做好了，那一方面不高兴。因为好的事情，都应该欢迎，不管行之何方，出之何党。只有这样，中国的人民力量、民族精华，才能不互相抵消，才能有益于建国。”最后，周恩来强调：“以上四点，是从九年来，双方商谈中得来的痛苦经验与教训，虽似泛论，但很希望各位先生和全国人民了解，这是一种由衷之言，我们诚恳希望在这次政治协商会议上，能够认识到这方面。这是我要报告的主要部分。”
国共两党谈判的历史已经很长了。自1936年以来，已九个寒暑。漫漫九年的国共谈判，周恩来除去苏联疗伤的一个极短时期外，几乎全部参加。由于长期处在国共谈判的第一线，他总结出来的这四点经验教训，人木三分，切中要害，且充分体现了中共希望谈判成功的愿望和诚意，从而紧紧地抓住了与会者的心。虽说会议由国民党主持，但周恩来那合情人理的话语，为会议的走向定下了一个务实的基调。对此，蒋介石的高级幕僚唐纵是感慨万千。在当天的日记中，他曾不无叹服地写道：“懂得宣传的人，必须懂得人民的心理，离开人民的心理而言宣传，必扦格而不能人。共产党是懂得宣传的，因为他们时常注意人们的心理，人民的要求。”
唐纵的话，没有讲错。中国共产党及其杰出代表周恩来正是这样做的，所以他的讲话总是那么深人人心，得到人民的拥护。
从1 月14日起，会议进入正题。大会的中心问题是政治民主化和军队国家化问题。其议题有五个：一是改组政府问题；二是施政纲领问题；三是军事问题；四是国民大会问题；五是宪法草案问题。会议由此分为相应的五个小组，各议题在全体大会提出后，再分别交由小组具体协商。周恩来除出席大会外，主要参加了军事组和宪法草案组的讨论。他对会议的每项议题都发表了重要意见。
关于改组政府和施政纲领问题，董必武代表中共系统地阐述了10项主张：（一）和平建国的基本方针；（二）人民自由权利问题；（三）结束训政，扩大政府的民主基础；（四）筹备国大制定宪法；（五）实行地方自治，废除保甲制度；（六）改组军事委员会，分期整编全国军队；（七）制定善后复员计划；（八）改革财政经济；（九）改革文化教育；（十）维持国际和平，保护华侨利益。周恩来侧重谈了人民基本自由权利的保障问题，他说：“蒋主席在本会宣布的四项主张，我们非常拥护，全国人民迫切希望全部实现。有些事情当然要有步骤，但放人这件事立即可做。”说到这里，周恩来“感到很沉痛并表示遗憾”，他特别提到了张学良和杨虎城的人身自由问题。他说：“不愿来说过去历史，但是在道义上不能不说。九年前挽救国家民族一大危机的张扬两先生，他们做法虽然鲁莽了一点，做了一件政府认为不对的事情，但此事结果，却为民族产生了惊天动地的团结抗战，若没有他两人的赞成，也不会有民族复兴节那天的欢欣。不念旧恶，是中国人民的美德，要是张杨两先生释放了，西北与东北父老乃至全国人民，谁不欢欣，何必不做！给人民自由只有对国家有好处，望政府当机立断。”同时，他还表示：“我们负有一部分地方政权责任的方面，政府党与全国人民也可以提出向我们要求，我可负责声明，只要各方面有真凭实据来批评，错了的，我们一定认错，应改的一定改。”
关于军事问题，周恩来代表中共提出了12项建议：（一）成立各方人士参加的委员会，公平合理地整编全国军队；（二）全国整编与大量裁兵的原则；（三）凡是抗日有功部队，应该一面承认，一面整编；（四）用文人主管军政，军政机关应隶属行政院；（五）改革军队制度与教育问题；（六）地方治安应由地方的保安队或自卫队负责维持；（七）军党分开；（八）现役军人不做行政官吏；（九）一般军费支出不能超过国家总预算的百分之二十五；（十）采取切实办法，彻底解散伪军；（十一）限期解除敌人武装，并遣送其回国；（十二）复员善后如需借外债，须经过改组后的政府批准，且外债支出应该用于建设和复员方面，绝不能用来养兵以进行内战。关于军队国家化与政治民主化的关系问题，周恩来强调，二者必须同时进行，不能认为先有军队国家化，然后才能政治民主化。至于军队国家化的标准，周恩来说，军队应不属于个人，不属于派系，不属于地方，而须属于整个国家，由代表国家的民主政权的机构来统率；而且，军队也应属于人民。军队是从人民来的，只有军队能真正保护人民利益，才能保护国家，才能保护民族。这种军队应该不是站在人民之上，而是人民的子弟兵，因为人民以其血汗所得来养兵，为的是保护自己，军队能够这样做，才真正是国家的军队，人民的军队。现在的军队，无论其为国民党所领导，或为共产党所领导，其根源都是从革命武力而来，要使军队成为人民的军队，就必须改革军队制度，加强军队教育。现在重庆街上有一句口号叫“军人第一”，这无论在平时或战时都不妥当。因为“军人第一”的口号，很容易使军人想到自己是超越人民的，很容易使军人滋长“老子天下第一”的气概，从而导致军民关系紧张。而军人是有枪的，横行霸道十分容易，老百姓决不敢和他冲突。因此，向军人进行“人民第一”的教育“非常重要”。
关于国民大会和宪法草案问题，邓颖超代表中共提出了两条意见：（一）改组后的国民政府应负责协同政治协商会议商定中国民主宪法草案及国民大会选举法、组织法，并立即根据新的选举法，进行选举；（二）确定在本年内召开有各党派参加的自由的普选的国民大会，制定宪法，并依据宪法成立正式的民主联合的国民政府。鉴于国民党坚持其旧国大代表依然有效，并引用毛泽东在重庆谈判中所说之“中共坚持旧代表无效，惟不会因得不到协议而不出席”的话来劝中共让步，周恩来解释说：“我们认为，承认不承认国大旧代表是一回事，是否因此而闹到分裂，这又是一回事。国大旧代表选在十年以前，那时一党统治，中共处在地下，许多党派也无选举权，选举方法根本不是直接、平等、普遍与自由无拘束的民主选举，这样选出的代表，我们当然不能承认他们为合法代表。但如果一切问题都已解决了，只剩下这个问题未得解决，是否为了这一个问题我们就要与政府党分裂呢？当然不能。那天毛先生与王雪艇先生谈话的意思，也就是这样。”“又不承认旧代表，又不要分裂，那末这不是很困难么？”周恩来接着说，‘当然是困难的。既是难题，就要找出路，就要在许多问题上找政治民主化的出路。如果关于政治民主化，在别的问题上都找不到出路，国大旧代表问题上，中共又作妥协，那么，我们将无以对人民。如果在若干别的问题上都有好的民主的出路，那末，对于这一件违背民主的事情、人民或者还能谅解。“
以上诸方面问题，各方意见很不一致。但经过十多天讨论、协商，总算不同程度地达成了协议。
1 月27日，周恩来飞抵延安，向中共中央作了汇报，陆定一也一同飞回。中共中央认为重庆“代表团取得的成绩很大”，肯定了其“方针都是正确的”，并同意在政协文件上签字。
1 月30日下