中途岛飞机的最后一次空袭也许没有击中过敌舰，但它们使南云的舰只不得不急于躲闪而乱作一团，同时，这位海军中将和他的参谋部正在为作出成败攸关的决定而苦苦思索。布罗克曼海军少校从“鹦鹉螺号”潜水艇的潜望镜进行观察，当他的报务员收到PBY“卡塔利娜式”水上飞机的第一次报告的时候，他正在进行水面巡逻，他成功地截住了日本人。他的潜望镜正在利用重新空袭的机会选择一个目标的时候被敌人发现。“四面八方的舰只正高速通过这个海区，但都绕过潜艇的位置。”尽管如此，他仍然成功地发射了一颗鱼雷，但没有击中它的战列舰目标，八时二十五分，潜艇潜入一百二十五英尺深的水中，以躲避护卫驱逐舰的深水炸弹的袭击。
八时三十分，袭击中途岛的一批飞机快要返回了，第二航空母舰战队的山口多闻海军少将对旗舰上的人的犹豫不决越来越不耐烦。“加贺号”和“赤城号”仍然在为准备进行第二次袭击的飞机装上穿甲炸弹和鱼雷，但“飞龙号”和“苍龙号”上已有三十六架载满炸弹的俯冲轰炸机准备起飞。替它们护航的战斗机已起飞迎击前来袭击的一批批美国飞机，但山口——一位被认为将来要当总司令的敢作敢为的聪明战术家——认为，如再迟迟不对敌人发起袭击，简直就是发疯。“立即出动进攻部队是可取的，”他从“飞龙号”上发出信号。突击舰队原来的方形编队已被空袭冲成菱形，山口的航空母舰被抛离很远，他的信号不得不由驱逐舰转发给“赤城号”。
南云的致命的决定
由于参谋们担保飞机降落行动可在半小时内完成，南云——又一次在源田海军中校的默默同意下——最后决定先让第一次袭击中途岛的飞机降落、加油和重新装弹，然后起飞执行袭击敌人的任务。这意味着要把已经拉上甲板的准备第二次袭击中途岛的飞机，再次放进甲板下面的机库内。“我们又要行动了，”“赤城号”上的增田空军中尉叫唤着。“这好象是一场迅速换装比赛。”升降机的警铃响起来了，把停在甲板上的飞机吊进机库，腾出飞行甲板供飞机降落。疲倦的甲板人员开始把更多的炸弹和鱼雷装进卡车拖到甲板上来。由于“换装”进行得仓促，没有人力也没有时间把准备进行第二次袭击的飞机上卸下的高爆炸弹安全地存进弹药库。它们只是堆放在飞机库里，许多还装着引信，而飞机开始在甲板上降落了。
“飞机降落完毕后，我们准备寻找并歼灭敌人，”南云给各航空母舰舰长发出信号，同时向山本报告发现了航空母舰舰队的惊人消息，告诉他：“我们将迎上去。”
降落行动按预定计划在九时后完成；飞机开始加油，日本航空毋舰的甲板上一片忙乱。油管弯弯扭扭地伸过甲板，弹药车被推了出来，给飞机重新装上炸弹。南云限定在十时半必须开始出动一百零二架飞机，这还不是他的全部实力，因为他仍然没有收到发现的美国航空母舰不止一艘的报告。同时，他派出一架快速水上飞机前去证实“利根号”的那架水上飞机的侦察结果，但它还未到达敌人所在的地方。几分钟后，当它到了那里，驾驶员又沮丧地发现他的无线电出了故障。
在那遭到美国飞机和潜艇袭击之后的忙乱的半小时里，南云忽视了二十分钟之前一架侦察海面的水上飞机发回的警报：“十架敌人的鱼雷飞机飞向你们。”九时十八分，攻击舰队正排成菱形向北行驶，“飞龙号”在前，“赤城号”在后，相距约八英里，左右是“加贺号”和“苍龙号”，这时，在右边外围护航的驱逐舰急忙发出发现飞机的警报，并施放烟幕。
旗舰上军号齐鸣，信号灯发出信号：“加速准备立即起飞，”飞行员踏着乱七八糟的油管奔向各自的飞机。“零式”战斗机开始呼啸地飞上天空，同已经在向敌人的鱼雷飞机俯冲过去的巡逻机队会合。“有飞机逃掉吗？”渊田表示怀疑，他靠着坐在“赤城号”飞行指挥台上。“当我们的截击机在观看的官兵的欢呼声中起飞时，整个舰队为之震惊。”美国海军鱼雷轰炸机袭击“大黄蜂号”一个中队的十五架鱼雷飞机起飞了，队长约翰·沃尔德伦海军上尉知道他的飞行员返回的可能性很小。他们的“蹂躏者式”飞机已经过时，飞得很慢，油箱盛的油仅够来回飞行三百英里——当他们起飞时，日本航空母舰离他们有一百七十五英里远。“即使只剩下一架飞机最后冲向敌舰，”印第安人混血儿沃尔德伦对他的飞行员们说，“我也希望那个人飞过去击中目标。”他同护卫战斗机失去联系后，向北方飞去，他是根据印第安人的直觉而不是根据飞行简令飞行的。这个行动在九时二十分得到了报偿：他发现了敌人的航空母舰舰队。由于没有护卫，现在他的飞行员中有些人担心自己容易受到攻击。然而，沃尔德伦却毫不犹豫地晃动着他的机翼，这是招呼他的队友跟他一起俯冲的信号。“他径直冲向日本舰队，好象有一根线将他和日本舰队系在一起，”乔治·盖伊海军少尉报告说。鱼雷轰炸机还未到达可以发射鱼雷的地方，就遭到四十架“零式”战斗机的袭击，盖伊是唯一的幸存者。沃尔德伦的飞机一开始就被击中，盖伊最后看见的，是他的队长想从着火的飞机跳伞出去。
“隐隐约约的机翼在阳光中闪亮，”渊田后来回忆说，当时他在观察着鱼雷飞机在“赤城号”的右舷方向被歼灭的情形。”不时有一个小点爆裂成一团火球，拖着一柱黑烟钻进海里。我们的战斗机忙着歼敌，敌人好象又一次失去战斗机的掩护。”
盖伊海军少尉在快要飞到敌人航空母舰上空前投下鱼雷，他遇到猛烈的高射炮火，飞机被炸破了好几块皮。“我瞧见日本舰长又跳又骂，我看见甲板上尽是油管和飞机。”由于方向舵被打掉，盖伊设法平降在海上。枪弹的伤口在流着血，他爬出浸满水的飞机座舱，在一副坐垫的掩蔽下观看第一轮战斗。日本人向北驶去之后，他将黄｜色救生筏充上气，然后坐在上面漂流着，直到第二天被一架PBY 飞机救起。
紧踉在沃尔德他的勇敢的空军中队后面而来的，是“企业号”上的十四架鱼雷飞机，由尤金E·林赛率领。在第一批起飞的飞机中，近三个小时的飞行使“蹂躏者式”轰炸机剩油不多，不能等候战斗机前来寻找它们。失去联系的“野猫式”战斗机，实际上在两万英尺的上空盘旋，等候林赛的无线电呼唤它们下来。它们始终没有反应，林赛于是将他的中队分成两架一组和三架一组袭击“加贺号”和“赤城号”。当他的一群飞机下滑俯冲的时候，敌人的航空母舰正以每小时三十海里的速度行驶，舰尾冲着他们，以便日本炮手和战斗机有更多时间驱散飞得比较慢的鱼雷轰炸机。林赛和另外九名队友的慢速“蹂躏者式”飞机被击落，没有一颗炸弹击中敌舰。
同样悲惨的命运落到了兰斯·梅西海军中校的身上，他率领“约克城号”的十二架鱼雷飞机于十时左右飞来。为他护航的六架“野猫式”战斗机被一群“零式”战斗机所制服，他的飞机共有七架被“零式”战斗机击落。五架几乎击中了“苍龙号”，这艘航空母舰的舵手躲过了跑得较慢的美国鱼雷。只有两架“蹂躏者式”返回“企业号”。
在“赤城号”上，南云和他的参谋们以快慰的心情观看着第一批进攻者被歼灭。他的部队赢得了一段喘息时间，而且没有损伤，他发出命令，催促航空母舰甲板人员加快完成加油行动。美国俯冲轰炸机随时可能出现。甲板人员拼命地赶在炸弹降落之前，帮助飞机飞上天空并把油管收藏起来，日本航空母舰的命运现在操在这些搬运者的手里。每一秒种都是极其宝贵的。
危险的局势也使弗莱彻和斯普鲁恩斯的神经紧张起来，两人分别坐在“约克城号”和“企业号”的舰桥上，收听着转播的无线电。在珍珠港的作战室里，太平洋舰队司令部也在收听他们的航空母舰飞行指挥培充满静电干扰的无线电报告。焦急的情绪越来越强烈，因为快有两个小时听不到好消息。九时二十六分中途岛转播的一架PBY 飞机的报告，虽然匠明敌人的入侵舰队在西南三百二十英里处，但没有说明特遣舰队的舰载机何时能够飞抵日本的航空母舰。通常冷静的尼米兹，此时却“异常暴躁”，十时之前不久，收音机劈啪作响，“企业号”的飞行指挥官大声叫喊：“进攻！进攻！”
“是，只要我发现那些杂种！”传来干脆的回答。布朗宁海军中校的愤怒的命令，不是从为他的航空毋舰的鱼雷轰炸机护航的战斗机里下达的，而是从他的一队俯冲轰炸机里下达的。在将近两个小时里，克拉伦斯·麦克拉斯基率领三十六架“无畏式”飞机寻找敌人舰队，却不知道日本舰队已调转过来，朝更加偏北的方向行驶。这使南云侥幸逃脱了“大黄蜂号”出动的三十五架俯冲轰炸机的袭击，这些飞机搜寻了一个多小时，没有发现目标，只得放弃搜索，回到中途岛加油。对他的祖国来说比较幸运的是，麦克拉斯基率领他的机队朝北搜索，发现留下来用深水炸弹袭击“鹦鹉螺号”潜艇的那艘日本驱逐舰，正在迅速向西北方向逃走，他猜测这就是日本舰队所在的方向。正当”约克城号”的两架幸存的“蹂躏者式”飞机袭击失败，被“零式”战斗机赶跑的时候，“企业号”的俯冲轰炸机呼啸地向日本航空母舰猛扑过去。
运气最初没有光顾美国的鱼雷轰炸机，现在它使它们不会自白牺牲。以四十一架飞机和八十名飞行员的生命为代价连续发动的三次袭击，还把护航的日本战斗机赶回甲板。没有一架“零式”战斗机有足够炔的速度，能够爬上去驱散从一万英尺高空向下猛扑的俯冲轰炸机的严密编队。麦克拉斯基的�