到了第二次忍界大战，二代被水之国忍者围困，最终在与金角银角的埋伏中身死，临危受命的猿飞出任第三代火影。回到木叶村，木叶高层怀疑二代遭到埋伏是因为有人与水之国沟通，出卖机密，导致二代身死，最后彻查，木叶高层将目标对准了宇智波一族，认为是宇智波一族和敌人勾结，出卖火影，背叛木叶村！
可是，这也仅仅是猜测，当时，并没有任何证据指向宇智波一族，所以，事情就此作罢，但是，木叶村对于宇智波一族的猜忌和怨恨却是更加深刻了，隐隐中，将宇智波一族看做了眼中钉，看做了背叛木叶的犹大之流。
宇智波一族中，木叶的不公平对待与敌视让宇智波族人很是不满，他们明明什么都没做，却还是让人猜忌，就算牺牲了那么多，木叶对待他们的态度仍然像是对待叛徒一般。
身为族长，镜极力调和着宇智波一族和木叶的关系，所幸的是，镜和猿飞也算同窗，而且，他们之间的关系还算不错，而且，三代为人正直，丝毫没有小心眼，到了他这里，总算没有对宇智波一族做出过分之事。
天有不测风云，宇智波镜却被人暗杀致死，这次事件，再次成为了宇智波一族和木叶村之间的导火线，宇智波一族怀疑镜是被木叶暗杀，所以便准备发动暴乱替镜报仇，并且，其他凭借此次的暴乱结束木叶对于宇智波的压制，推翻木叶政权，让宇智波成为木叶的职权者。
暴乱自然没有成功，三代雄才大略，武不用兵，凭借个人魅力化解了这次的暴乱，并且承诺，一定会揪出凶手，为镜报仇。起初，三代确实调查了一番，只是，最后遭到了木叶高层的强大阻挠，甚至，木叶的几个大名同时出面阻止三代的行动，甚至以木叶村来威胁三代，如果再调查下去，他们就不会再支持木叶。
至此，三代总算明白了事情的一切，知道了镜的身亡与木叶高层之间有很大联系，为了不引起木叶村的动荡，三代放弃了调查下去的心思，为了给宇智波一族交代，木叶高层捏造了一个假证据，随便找了个替罪羊交给了宇智波一族，宇智波一族尚且相信木叶，便不再追究，终于，此事作罢。
过了些年，九尾来袭，四代身死，木叶都将罪责算在了宇智波头上，对宇智波一族痛恨到了极点，但是碍于宇智波强大的实力，他们还是压下了毁灭宇智波的心思。
再后来，宇智波一族出了一个绝世天才，宇智波止水，宇智波一族都坚信着，有了止水，宇智波一族一定会再次走向昌盛，所以，当时宇智波族长富岳对于宇智波止水大力栽培，希望他尽快成长起来，所幸的是，止水并没有辜负宇智波一族人的期望，早年开启万花筒，并且拥有了不可思议的能力，别天神！
同时，宇智波一族诞生了另外一个绝世天才，宇智波鼬，作为宇智波一族族长的儿子，鼬被赋予的期望就更大了。和止水一起，他们并称宇智波双雄，在在宇智波一族人心中，两人便是宇智波一族的希望，明天的一切都要拜托在他们的身上。
宇智波出现绝世天才，而且还是两个！这样的事实让木叶高层震惊不已，此时，木叶村中几乎没有能和宇智波一族相抗衡的实力，就算是千手一族，也只剩下了纲手这一脉，根本就无人敢和宇智波一族相提并论。
看到两个新星冉冉升起，木叶高层已经预见了宇智波一族谋反推翻木叶政权的那一天，终究，木叶高层下了决定，彻底毁灭宇智波，绝对不能让对于他们政权有所威胁的一族存活在世上。
这时，团藏早已设立“根”部，作为类似于明代东厂一般的存在，它行使着督查和守护木叶的职责，当然，此时，宇智波一族警署的职权早已被架空，整个木叶的治安方面可以说都在“根”部的手中。
由于实力强大，毁灭宇智波一族的重任就交给了“根”部手中，团藏，一手策划了毁灭宇智波的计划，先是凭借职权强行夺取宇智波止水的万花筒，再是安排鼬，用佐助的性命做威胁，要求鼬一起参加宇智波的灭族计划。
鼬痛苦踟蹰，他从止水那里已经知道了团藏的一切，知道了宇智波一族无法摆脱被毁灭命运的事实，心神不安，“这就是命运啊”
鼬还记得止水将自己的眼睛交给他时面色上的欣慰，“鼬，宇智波一族就拜托你了，照顾好它”
只是真的能救得了宇智波吗？鼬清楚的知道，现在的宇智波，被木叶视作眼中钉的宇智波，无论如何都会被木叶毁灭，为了弟弟，他终于做出了决定，毁灭宇智波。
就算背上所有骂名，也要让佐助活下来。为了弟弟，鼬还是背叛了自己最好的兄弟，最好的朋友。同宇智波带土，团藏，以及“根”部精英，于月圆之夜，彻底杀死了宇智波的所有族人。
那夜，血色，曾经辉煌不可一世的宇智波终究被人毁灭，全族三百二十八人，除了佐助以外，无一幸免。
临死时，满脸的惊恐，双眼外凸，不可置信，腥红的写轮眼倒映出屠戮者的身影，厮杀，不停的厮杀，无论男女老少，统统化作刀下亡魂，血腥之气直冲天际，让那圆月变成了血色。
死亡，冰冷的死亡
“宇智波一族，命运多舛的一族”
佐助神色默然，腥红的写轮眼看不出任何的情绪波动，读完长长的秘辛，身心具疲，用手撑住了身子，靠在书架前，面容上流露出苍白之色。
“一族，何为一族？呵呵，不论对与错，杀人总是不能被原谅。我是宇智波一族少主，无论是谁，对不起宇智波一族，我都不会手下留情。看着吧，我会用我的方式来振兴宇智波。就算手上沾满鲜血，就算堕入无间炼狱，我也要让宇智波一族真正的复兴！”
第九章 跨越轮回的记忆
宽广的道场内，灯光遍洒，将周围的黑暗驱除，佐助盘膝而坐，身上光华涌动，黑色的查克拉凝而不散。
自从终结之谷一战之后，佐助体内的查克拉就发生了变化，原本的蓝色却是变成了黑色，气海之内，一片浓稠的墨色，那是丰沛的查克拉波动。
如此变化，佐助料想应该是炼妖壶在作怪。
上次被邪恶之力入侵，查克拉发生巨变，蓝色的查克拉被尽数黑化，邪恶诡异的煞气影响了查克拉的性质，虽然将那股邪恶之力从体内驱散，但是查克拉的颜色却是无法变回，这就是后遗症吧。
查克拉颜色改变，佐助并没有任何的反感，比起蓝色的查克拉，黑色查克拉蕴含的能量更加强大，这次查克拉的变化是质变，虽然量没有增加，但是，佐助感觉到自己的实力比以前更加强大了几分。
此时，佐助灵觉一动，睁开眼睛，下一刻，道场的木门咔咔打开，一个紫色的身影出现在门口，却是香磷。
香磷眉目含笑，手中端着托盘，上面是新沏的清茶，走到佐助跟前，跪坐下，将茶盘放在榻榻米上，“还在修炼啊。”
佐助打量着面前的香磷，却见她仍然穿着平时的衣服，紧俏的皮裤，红色的长发，黑色无框眼镜，此时，后者的那双丹凤眼也注视着他。佐助微微一笑，道：“嗯，修炼之事必须持之以恒，而且，为了尽快提升实力只能如此了。”
“佐助还真是刻苦呢，难怪实力那么强大。”香磷双眼眨巴着，里面闪露出艳羡的神光，“如果我也有佐助这样强大的实力就好了。”
“你也迫不及待的想提高实力吗？”
佐助倒是有些诧异，不知道香磷为什么会冒出这样的想法，原著中，香磷一直躲在别人的羽翼之下，实力卑微的她却是没有丝毫的进取之心，一直希望被人保护，而且，长时间以来，她也适应了被人保护的感觉。
香磷把玩着垂落在胸前的一缕发丝，神色中有一丝期待，“嗯其实我是想，和佐助一起战斗的话，会更有趣呢，而且，我也想尝试一下自己战斗的感觉。”
“这样啊，香磷是想证明自己的实力吗？”佐助微微一笑，“难道不想一直被我保护着吗？我可是很乐意呢，如果是香磷的话，就算一直保护着，那也没关系的。”
佐助的话让香磷心中浮现出无限的幸福感，只道在他身边就是如此安心，感觉就像是天塌了也不在乎，因为有他保护着。
香磷可爱的点了点头，似乎是在思索，“嗯，自己战斗虽然不错，但是，我更喜欢被佐助保护的感觉哟。”说着，香磷挨近了佐助，将自己的身子投进佐助怀中，顺势挽住了他的脖子，“在佐助身边的感觉真的很不错呢，真的一辈子都不想离开。”
香磷做出猫咪一般的亲密动作，在佐助身上蹭蹭，很是喜欢佐助身上查克拉的气味，“佐助，我会很乖哦，无论发生什么事情，都不要丢下我。”
看到香磷表现，佐助笑笑，轻轻拍了一下她的小脑袋，“当然不会了。”
香磷在佐助怀中换了个姿势，仰头看着佐助的面颊，眼中闪露出一抹迷茫，“嗯，佐助，不知为什么，这几天，我的梦里都会出现一个奇怪的场景，嗯真的很不可思议呢”
“嗯？是什么呢？”佐助起初并没有放在心上，只道是香磷在做噩梦罢了，握住她的纤手把玩着，“做恶梦的话就想着我，想象我陪在你的身边，那样就没有问题了。”
香磷做出可爱的姿势，摸摸佐助的头，像是对待什么最亲密的事物般，“有佐助保护我，什么也不怕。”
感受着香磷的亲昵动作，佐助苦笑一声，感觉有种像是被当做宠物般的感觉，“你当我是猫吗？”
“猫？”香磷眼中闪露着狡猾般的惊喜，“嗯嗯，如果佐助是猫的话，那我就更喜欢了，软绵绵的，毛茸茸的，真想咬一口。”
“”
佐助很是无语，“哎，只是开玩笑哦，真把我当猫的话，我会狠狠惩罚你的。”
“咯咯，佐助，我当然不会把你当猫了，不过，看到你的样子，我真的很想咬你一口呢�