1898年9月24日，刚毅奉太后谕令开始搜捕四军机章京等变法份子。杨锐、林旭当日被捕。刘光第投案自首。杨深秀因诘问慈禧太后为何罢黜光绪帝，在闻喜会馆住处被捕。
1898年9月25日，谭嗣同在浏阳会馆被捕。
1898年9月28日，在北京菜市口将谭嗣同、杨锐、刘光第、林旭、杨深秀、康广仁六人杀害；徐致靖处以永远监禁；张荫桓被遣戍新疆。所有新政措施，除7月开办的京师大学堂（今北京大学）外，全部都被废止。
戊戌变法的内容包括，（1）开放言路。光绪皇帝下诏，允许报纸“指陈利弊”，“中外时事，均许据实昌言，不必意存忌讳”。又下诏，凡院、部司员欲条陈意见，可以上书，通过本衙门的“堂官”（首长）代传。普通百姓可以到都察院呈递；（2）精减机构。撤销詹事府（主管皇后、太子家事）、通政司（主管内外章奏）等六个衙门，各省也要做相应精减；（3）任用新人。维新派杨锐、刘光第、谭嗣同都被光绪任命为“军机衙门章京上行走”（秘书），参与新政。
（4）仿效康熙、乾隆时的旧制，在紫禁城内开“懋勤殿”，使之实际上成为皇帝与维新派讨论制度改革的机构（未能实行）。
经济建设
康有为强调清政府必须以工商立国，才能富国养民；另因为官办企业多弊病，故也着重鼓励民办企业、设铁铁路矿务总局
路矿务总局、农工商总局，并在各省设分局、广泛开设农会，刊印农报，购买农具，订立奖励学艺、农业程序，编译外国农学书籍，采用中西各法切实开垦、颁发制器及振兴工艺给奖章程、在各地设立工厂、在各省设商务局、商会，保护商务，推广口岸商埠、开放八旗经商的禁令，名其学习士农工商自谋生计、倡办实业，促进生产、鼓励私人开办工矿企业。
教育改革
举办京师大学堂所有书院、祠庙、义学、社学一律改为兼习中西学的学堂；各省会设高等学堂，郡城设中等学堂，州县设小学鼓励私人开办学堂设立翻译、医学、农务、商学、路、矿、茶务、蚕桑速成学堂；派皇族宗室出国游历，挑选学生到东洋游学废八股、乡会试及生童岁、科考试，改考历史、政治、时务及四书五经，以及定期举行经济特科设译书局颁发着书及发明给奖章程，保荐格致人才。主要措施为：废八股，兴西学；创办京师大学堂；设译书局，派留学生；奖励科学着作和发明。
军事方面
改用西洋军事训练；遣散老弱残兵，削减军饷须支，实行团练，裁减绿营，举办民兵；颁发兴造枪炮特赏章程；筹设武备大学堂；武科停试弓箭骑剑，改试枪炮。
目的
目的：学习西方文化、科学技术和经营管理制度，发展资本主义，建立君主立宪政体，使国家富强。
①两大政治目标：挽救民族危亡 ；发展资本主义②救国方案：主张采取不流血的和平手段，自上而下地改革，兴民权、设议院，走君主立宪道路，改革内政，抵御外侮，将古老清政府变成一个资本主义国家。
结果
1898年9月21日慈禧太后等发动戊戌政变，历时103天的变法失败。
失败原因
根本原因
资产阶级维新派力量过于弱小，即资产阶级的软弱性。
直接原因
其一，守旧派势力强大，当时国家的最高领导权不在光绪皇帝手中，而为以西太后为首的王公、大臣所掌握。维新派只有少数几个人，没有实权。西太后最初曾指示“今宜专讲西学”，慈禧太后
但是，当她感到变法触及到她自己的权力和清廷王公贵族的利益时，就动手遏制、镇压。
其二，维新派缺乏正确的理论指导。康有为的《新学伪经考》指责西汉的古文经书全系刘歆伪造，《孔子改制考》将孔子打扮为“改制立法”的祖师爷。两书都没有充分的、有说服力的证据，不用说守旧派反对，当时的一些开明人士也不赞成。此外，维新派某些激进的宣传也增加了社会阻力。
其三，维新派缺乏坚强的组织领导，脱离广大人民群众，只寄希望于没有实权的皇帝和极少数的官僚，甚至对帝国主义抱有不切实际的幻想。
其四，维新派及光绪皇帝在实施变法上的某些冒进措施。变法一开始，光绪皇帝就因不满自己的老师、军机重臣翁同龢的持重、顶撞，将其开缺回籍。大量裁减冗官，仅京师一地，涉及闲散衙门十多处，失去职务者近万人，但是又没有安排出路。因王照上书被阻而一下子罢免六个部长级大员，也操之过急，并且失之过重。
其五，变法手段单一：采取单纯的自上而下的“和平”“合法”方式。
影响
戊戌变法虽告失败，但戊戌政变后，光绪帝被慈禧幽禁在三面环水的南海瀛台。康有为逃至香港，后转至加拿大，在1899年7月20日组织保皇会，又名清政府维新会，颂扬光绪皇帝，鼓吹君主立宪，而梁启超则逃至东洋，创刊《清议报》，丑诋慈禧太后。
2张
光绪
在康梁两人出逃的时候，宫内传来康有为毒杀光绪皇帝的消息，后来又传光绪久病，由太后训政。民间议论纷纷，中外盛传光绪皇帝已不在人世。两江总督刘坤一警告道：“人情危惧，强邻环视，难免借起兵端。”时任英国驻华公使窦纳乐亦称假若光绪皇帝去世，将为各国所不谅。结果大内允许法国使馆医生入宫中诊治光绪，云无大碍。
守旧派大臣恐光绪怨于将来，纷纷怂恿慈禧太后废掉光绪，但议论未决。各国公使听闻消息后，于元旦入觐诘问理由。慈禧太后恐引起列强干涉，为测试列强态度，遂依荣禄建议，于1900年1月24日，以光绪帝名义颁诏，称其不能诞育子嗣，乃立端郡王载漪之子，15岁的溥俊为大阿哥，史称己亥建储。
不过该诏书一出，随即令天下哗然，1900年1月27日，上海电报局总办经元善领衔通电要求光绪皇帝“力疾临御，勿存退位之思”。签名者有叶瀚、马裕藻、章炳麟、汪贻年、丁惠康、沈荩，唐才常、经亨颐、蔡元培、黄炎培等1231人。同时发表《布告各省公启》，要求各省共同力争，“如朝廷不理，则请我诸工商通行罢市集议”。各国公使认为立储事件影响清政府形势稳定，随之提出警告，拒绝入贺。慈禧太后对列强怨恨甚深，在守旧派大臣怂恿下，对义和团采放任态度，终酿成八国联军入侵的大祸。
一开始维新党人在清朝体制内寻求政治革新的方法，戊戌政变后他们却成了被官府缉捕的罪犯。戊戌政变使得这批人与革命党人在东洋相会，当时宫崎滔天、犬养毅、以及其他热心支那问题的东洋浪人，皆努力撮合同在东洋的“兴中会”（孙文）与“维新派”（康有为），希望两党能携手一同造反。 戊戌政变直接导致1900年夏维新派与革命党尝试合作，趁义和团事件及八国联军时发动自立军起义。此维新起义失败后，代之而起的是主张推翻满清，激烈变革，推翻原有制度和政府的革命者，最后清朝亦画上句号。
评价
戊戌变法作为近代清政府的一次资产阶级性质的改良运动，具有进步意义。虽然被慈禧太后扼杀了，但也为13年之后爆发的辛亥革命打下了思想基础。
一、推动了清政府的自我改革。1900年八国联军入侵，慈禧太后带着光绪逃到西安，这给慈禧以惨痛教训。签订《辛丑和约》后，慈禧太后下令实行新政，其内容有编练新军；废科举，建学堂；奖励民办工厂；改革法制；派五大臣出洋考察，预备立宪；成立咨政院、咨议局等。其中有些改策已经超出了当年维新变法的内容。
二、激起了民众对满清政府的愤恨，推动知识分子由维新向革命转化。戊戌政变失败后，支持孙中山革命的人增多了，不少对清政府抱有幻想的知识分子转变为革命党人。（此条更准确的说应为戊戌政变的影响，而不是戊戌变法本身的影响。）
三、推动了清政府的思想解放运动。
（1）变法理论更加深入人心。人们普遍认为，不变没有出路，变是古今通理，清政府还应该大变、全变。
（2）民主思想进一步传播。维新派只敢讲“民权”，承认人民有参与管理政治的权利，但是不敢讲“民主”，不肯承认人民是国家和社会的主人。戊戌维新之后，民主思潮就充分发展起来了。
（3）激起了新一轮向西方寻求救国真理的热潮。戊戌维新失败后，更多的年轻人出国留学，更多的西方学说被译介到清政府，清政府的思想界更为活跃。
四、成为五四新文化运动的前奏。戊戌维新后，新式文化事业勃兴，国内出现办学热，创办新式报刊热，出版新书热。戊戌时期，维新派为了对人民进行“启蒙”，曾提倡白话文和“小说界革命”。维新运动失败后，白话报刊更多出现，白话文得到更多提倡。除“小说界革命”外，维新派继续倡导“诗界革命”、“曲界革命”、“思想革命”、“道德革命”、“宗教革命”以至“史学革命”。
戊戌变法与明治维新比较
戊戌变法和明治维新虽然都是具有反封建性质的运动，但是，它们各自所拥有的力量，和作为其对立面的力量，却有很大的不同。戊戌变法的思想旗手是康有为，他是这场变法的精神教主。而政治上的权威或旗帜，则是光绪皇帝。康有为、梁启超等人，应该说，在思想理论的准备和宣传上，都作出了艰苦卓绝的努力，为这个运动做出了重大的贡献。
然而，无论是公车上书也罢，建立学社也罢，以及后来的行走军机也罢，都主要是在发表言论、提供方案的范围内行动。这一切，在清政府思想史和政治史上，诚然发出过耀眼的光芒，在其时沉闷喑哑的思想、政治界中所发生的震撼，也类乎核的裂变。而光绪皇帝，在�