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王大臣被押到东厂后并未受刑，却由辛儒陪着他饮酒。辛儒对王大臣说：“你惊了圣驾，一定要追究主使你的人。你要不讲，就得被活活打死。”
王大臣吓得魂不附体，哀求辛儒出面救他。
辛儒故作怜悯地说：“看在你上有老，下有小的份上，我就救你一次。这样吧，你只要说是高相国派你来行刺皇上的就没事了。”
“高相国是谁？我不认识他。”
“你就说是高相国的仆人来找你的就行了，他的仆人叫高旭。你只要这样说，不但自己可以免罪，还要赏你一千两银子，封个官职。”
王大臣终于答应了，并在冯保审问时按辛儒教的话重复了一遍。冯保拿到证言，立刻派人去新郑逮捕高拱的仆人高旭。消息传出，举朝大哗，大臣们怎么也不相信高拱会干这种蠢事，并断定是有人暗中搞鬼。于是一齐上表，要求皇帝慎重查处。不久，皇帝下诏让冯保和都御史葛守礼、都督朱希孝一同会审此案。
高拱的仆人高旭很快被解到京城，朱希孝找了一些校尉来，把高旭杂在当中，要王大臣辨认。王大臣自然认不出来。
会审那天，按照规定要先对被指控犯罪者打一顿板子，然后过堂，而当板子打到身上时，一直蒙在鼓里的王大臣大喊道：“不是说好了要给我银子、官职吗，怎么又来打我？”
冯保面带不悦，问道：“是谁指使你干的？”
“不就是跟你一样打扮的人教我的吗？怎么又反来问我？”
“胡说！”冯保勃然大怒，大声喝道：“那你上次怎说是高相国？”
“那是那个太监要我说高相国，我怎么认得什么高相国，矮相国？”
这时冯保面如紫茄，无言以对。朱希孝趁机问道：“那你这蟒裤、双剑，又是从哪里来的？”
“也是那个太监给我的。”王大臣指着冯保说。
朱希孝不再追问，吩咐退堂。冯保一见阴谋戳穿，便秘密派人给王大臣饮了哑药。王大臣无法说话，又不通文字，案子无法审下去了，最后刑部只好以王大臣是个傻子，犯了惊驾罪而将他斩首，草草了结了这个案子。
高拱一家险些被灭了九族，吓得赶紧关上大门，谁也不再接见。而他的党羽门生，路过中州的时候，怕受牵连，也都绕道避开新郑。至于朝中的大臣们，从这次事件中真正认识了张居正，并在他的威慑下不得不表示臣服了。
至此，在万历一朝的初年，朝中形成了两股强大的势力，其代表人物分别是张居正和冯保，而张、冯的短暂结合，对日后的政治将产生深远的影响。这一点，一个只有10岁的少年天子，自然是无法预料的。
在锁链的捆绑中成长
张居正担任内阁首辅以后，除了处理日常的军政要务以外，所做的第一件事，就是辅导他的学生——年轻的皇上。在这件事上，张居正昼思夜想，费尽心力，企图把这位新任皇帝引向他所认为的理想境地。为此，张居正以高度的热情和责任感，为万历精选了5位主讲经史、两位主讲书法的老师和一位侍读，所学内容也由他亲自编订。实际上，此时的张居正，已成为教育年幼的皇帝和处理军政要务，身兼内外双重职务的万历一朝最为瞩目的重臣。
明朝开国之初，朱元璋接二连三地砍了几位宰相的脑袋，并且严旨后代不复设立，以免大权旁落。但后来的君主并不像他们的先祖那样勤政，到他的儿子朱棣时，随着政务的繁多，便开始让殿阁大学士参预政务，并逐渐行使起宰相之权。开国皇帝朱元璋费尽心机避免发生的事情，到万历初年还是发生了。
由于张居正这种实际上的宰相兼太师的特殊地位，一方面决定了他的才能能够得以充分发挥，并在政治、经济、军事诸方面进行了一系列颇有成效的改革，另一方面，将自己的意志又强加于对万历的教育中，致使这位越来越不堪重负的少年天子，形成了一种被扭曲的特殊性格。其结局是，张居正在为行将垂死的大明帝国恢复元气的同时，也为它的彻底毁灭种下了难以治愈的毒菌。
这时的万历皇帝是一位公认的精明、早熟的君主。他五岁时就能读书识字，按中国旧时的计算方法，那时他的实际年龄还不足四岁。也就在差不多这个年龄的时候，有一天，他见父皇在宫中驰马，立即跑上前，说道：“陛下是天下之主，如此驰马急奔，倘马蹶失足，后果作何设想？”
穆宗皇帝听罢，立即跳下马来，把他拥在怀中，激动得热泪浸湿了眼眶，深为有这样的儿子而自豪。穆宗当场嘉奖了这位儿子，并在不久后将他立为太子。
如今成为皇帝的万历，在张居正的精心辅导下，学业日有进步。到万历二年三月，这位小皇帝将自己书写的“学二帝、三王、治天下大经之法”12个字的条幅，悬挂在文华殿的正中，接着又书写条幅，准备分赐给众官。张居正来文华殿见万历“纵笔如飞，顷刻毕就”，每个字足有一尺见方。12岁的孩子书写这么大的正楷字，这令张居正自然十分欣慰。为此，他特做《缉熙圣学》诗一首，颂扬其事。诗中写道：
冲龄已赋圣人资，典学尤勤恐后时。
努力寸阴常为惜，谈经终日竟忘疲。
闲观翰墨情偏惬，坐对缥缃手自披。
二帝三王心法在，文□高揭即著龟。
万历二年闰十二月十七日，小皇帝讲读完毕，遂将自己亲自书写的“弼予一人，永保天命”8个大字赐给张居正。这八个大字虽然反映了万历对张的无比信赖之情，但张居正出于政治和治国方针上的考虑，对万历此举进行了劝谏。他说道：“赐臣之大书，笔力遒劲，体格庄严，虽前代人主善书者，无以复逾矣。但以臣愚见，帝王之学，当务其大。自尧舜以至唐宋，所称英贤之主，皆以其修德行政，治世安民著称。不闻其有技艺之巧也。梁武帝、陈后主、隋炀帝、宋徽宗，皆能文章善绘画，然皆无救于乱亡。由此可见，君德之大，不在技艺之间也。今皇上圣聪日开，正宜及时讲求治理，留心政务，以古圣帝明主为法。书法一事，不过借以收心而已，即使殚精费神，直通钟王（钟繇、王羲之），亦有何益？”万历听罢，立即答应道：“先生说的是，朕知道了。”自此之后，在万历的功课之中，书法被取消，而只留下经史供这位小皇帝攻读了。
万历三年五月二十日，万历命中使捧出他母亲（李太后）所写的御书一帙，叫张居正看，并说自己的母亲不但每天在宫中看史书，还要坚持写字一幅。她不仅自己这样做，还令30岁以下的侍女都要读书写字。张居正听了之后，深以为然，并借此进行开导说：“圣母，母也，犹孜孜勤学如此。今皇上当英雄少年，将来有万几之重，何不锐精学问，讲究治理以副祖宗托付之重乎？伏望皇上仰体圣母爱育之心，及时典学无怠无荒。则睿智益升，聪明愈扩。”
万历当即答道：“先生言是也，朕当勉焉。”
万历三年十二月十一日，万历对张居正说：“朕于宫中默诵所讲书，多能记忆。间亦有遗忘者，温习未尝废也。”张居正听了自然大喜。
正当张居正为万历皇帝能按照自己设计的道路奋力前行而感到欣喜时，这位少年天子的幼小心灵因为受到刺痛而渐渐脱轨。书法课的取消以及经史的枯燥和讲读的紧张，使万历皇帝对所学功课日趋厌倦，便开始借故停辍。而张居正却一如既往地严格劝谏，毫不退让放松。
万历五年（公元1577年）闰八月初三，小皇帝借故暑雨太多太大，口渝令朝讲暂歇。张居正得知后，立即前来谏阻，并趁势讲了一番古今中外的大道理。在张居正严厉、恳切的劝谏下，万历不得不收回口谕，重新进入功课的忙碌中。
早在此前，张居正还仿照唐太宗、明成祖和明仁宗的做法，绘制天下疆域和职官书屏，悬挂在文华殿的后墙上，让万历朝夕观阅。这幅疆域职官书屏画得十分精详，全屏共分九扇，中间三扇绘天下疆域图，左右各三扇分别列文武职官的姓名、贯址、出身、资历等，而每个职官的情况，均用浮贴，如有升迁改调，可以随时更换。如此布局，按张居正的理想应成为“四方道里险易、百司职务繁局，某某官员贤否，莫逃于圣鉴之下。”对如此苦心，万历皇帝并不热情，他在览阅之后，只轻轻说了句：“先生费心，联知道了。”算是对张居正这番苦心孤诣的回报。
此时的张居正并未因万历对功课的厌倦而醒悟，也未对这位小皇帝精神上表现出来的痛苦而深究，他依然按照自己的人生哲学和一个臣僚对朝廷效忠的责任，来训导这个只有十几岁的孩子，有时表现得十分严厉和刻薄，甚至达到了令成年人都难以忍让的程度。
有一次，万历在朗诵《论语》时，把“色勃如也”，读成了“色bèi（背）如也”。张居正听罢，当即厉声纠正道：“应当读bó（勃）！”这一声严厉得近似指责的叫喊，使万历极为惊恐和愤慨，尽管他只是个十几岁的孩子，并称张居正为先生，但他又深知自己是当朝皇帝，是神圣不可侵犯的。所有的人都是他的臣民，都应该服从他的意志。张居正此时严厉而刻薄的责备，他认为这是对自己不尊不敬，有辱他作为一个皇帝的尊严和少年自负的自尊心。类似这些事情的不断出现，使少年万历在心灵深处渐渐生发起了反抗的欲望，同时也埋下了对张居正本人忌恨的祸端。多少年后，张居正举家获罪，其本人差点被开棺戮尸，与这时种下的恶果是分不开的。
张居正当然不会理会这些。他在将自己的意志和理想强加给万历的同时，也在企图让这位小皇帝相信这样一个道理：他之所以贵为天子乃是天意，