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孔子去世以后约150年，性善说才首次被明确提出。孟子曾经斩钉截铁地说：“人之性善也，犹水之就下也。人无有不善，水无有不下。”孔孟之间的不同论调，反映了社会环境的变化。孔子的目标，在于期望由像他一样的哲学家和教育家来代替当时诸侯小国中世袭的卿大夫。孟子却生活在一个更加动荡的时代里，其时齐楚之间的王国，采取了全民动员的方式互相争战。这种情形不再允许哲学家以优闲的情调去研究个人生活的舒畅和美。孟子的迫切任务，在于找到一个强者，这个强者应当具有统一全国的条件，并且能接受儒家学说作为这一大业的基础。他企图以雄辩的言辞说服他的对象，引导他和他的延臣回到善良的天性之中，有如引导泛滥的洪水归于大海，以避免一场杀人盈野的浩劫。
孔孟之道战胜了诸子百家的理论，从汉朝开始，就成为统治全国的指导思想。时代愈是往前发展，统治者对它的依赖程度也愈大。到10世纪以后，也就是唐宋两代，中国经历了一次巨大的变化：经济的重心，由华北旱田地带移至华中和华南的水田地带。随之产生的显著后果，则是内部的复杂性相继增加。官僚阶层过去为豪门大族所垄断，至此改变而为与绅士阶层相表里。军队中的将领逐渐失去了左右政治的力量，文官政治确立为统治帝国的原则。这种多方的改变，使集权的中央政府不得不创立新的哲学理论，以维系社会上成千成万的优秀分子，即读书的士人。这些士人就是绅士阶层，和以前的门阀士族比较，人数多，流动性大，生活面和知识面也远为广阔。以此，儒家单独的伦理性格已经不能完全适应时代的需要，而必须掺和理智上的新因素，才能适应于新的环境。
针对这种需要，很多学者不断把孔孟的著述加以新的注释，而把这些注释综合调和以构成一种思想系统的，则是宋代的大儒朱熹。他是孔孟以后儒家学派中最有影响的思想家，死后被尊为贤人。他对儒家经典的论述具有权威性，他的《四书集注》，是明朝、清朝两代士人规定的教科书，也是科举考试的标准答案。
他的治学方法被称为“理智化”、“客观”、“归纳法”，有时甚至被认为有“科学”的根据。朱熹对过去的历史和哲学著作熟读深思，进行整理。他的结论是，历史上各个朝代的盛衰兴亡，以及宇宙中的各种自然现象，都有共通的原则，而且彼此印证。其学说的基础，乃是宇宙和人间的各种事物都由“气”构成，通过“理”的不同形式而成为不同的“物”。这所谓“物”，包括具体的事物如日月星辰，也包括抽象的伦理如孝悌忠信。这种把具体和抽象混为一谈的方法，是中国思想家的传统习惯，也合于他们一元论的宇宙观。因为他们认为，一个人看到一件事物，这种事物就不是孤立的，不可能与环境隔离。他们着重于事物的功能。一件事物具有特性，就是因为它和其他事物发生了关系。白色的东西有白色的特质，是因为有光线的反射，见于人眼。这也就是说，凡“物”皆有动作，光线的反射见于人眼是一种动作，为人忠孝也是一种动作。运用这样的观点，朱熹把雷霆和鞭炮看成相似之物，因为两者都是“郁积之气”企图发散。
孔子的仁，孟子的性善论，乃至中国社会传统的组织和习惯，都被朱熹视为“天理”。但是人可能违反天理，因为各人秉气不同，有清有浊。如果浊气抬头，天理就被“人欲”所取代。补救的办法是“格物”，也就是接受事物和观察、研究事物。他说：“所谓致知在格物者，言欲致吾之知，在即物而突其理也。盖人心之灵，莫不有知，而天下之物，莫不有理。”通过格物，可以使人发现天理。
事实上，朱熹所使用的方法并不是归纳法，也很难说得上科学性。用类比以说明主题，是战国时代的思想家和政治家常常使用的方法。孟子以水之就下比喻人之性善，其实人性与水性并没有联系，所谓相似，不过是存在于孟子的主观之中。朱熹的格物，在方法上也与之相同。在很多场合之下，他假借现实的形态以描写一种抽象的观念。他认为一草一木都包涵了“理”，因此他所格的“物”包括自然界。在他看来，传统的社会习惯，乃是人的天赋性格。但是他在作出结论时，却总是用自然界之“理”去支持孔孟伦理之“理”。这也就是以类似之处代替逻辑。
对朱熹的思想系统，可以从不同的角度批判。其中重要的一个方面是，假如人之愚顽不肖，如他所说在于气浊，则这种生理性的缺点就应当采取机械性的方式补救，例如着眼于遗传，或者如道家的注重吐纳。然而朱熹反对这样的办法。他认为这些气浊的人应该接受教育，经过不断的努力，才可能接近真理。这样一来，朱熹之一个全体的、有组织的宇宙，已成问题，即伦理之理有别于物理之理。
大凡高度的概括，总带有想象的成分。尤其是在现代科学尚未发达的时代，哲学家不可能说明宇宙就是这样，而只能假定宇宙就是这样。在这一点上，朱熹和其他哲学家并无区别。既然如此，他所使用的方法就是一种浪费。他的格物，要求别人接触植物、地质、历史和地理等各个学科，但目的不在这些学科的本身上追求真理。因为对任何问题，他的结论已作出于观察之先，而且作出这些结论的也不是他自己，而是孔子和孟子。既然如此，人们就不能不产生疑问：这种博学多闻是否有确切的需要，也就是说，朱熹的成就，是否能和他付出的精力相当？
朱熹治学的方法可谓“支离”。避免这样支离，另有捷径。此即以每一个人自己的心理，作为结构宇宙的工具，而所谓心理，即包括视觉和听觉，也包括直觉和灵感。宇宙的自然法则和社会的伦理道德合为一体，很难获得实证，但在心理上却可以不言自明。宇宙的伟大与完美，无须有赖分析，就可以在个人的心理上引起合群为善的精神，从而自然而然地领悟到社会道德的真谛。其最高境界，可以使人摆脱日常生活的忧虑，心灵上达到澄澈超然。持这种看法的人，常说“将发未发之际”也就是杂念冰消、情绪宁静之际，此时视觉、听觉、触觉还没有全部开动，而是凭个人的直觉可以领会到宇宙间一种无可形容的美感。
以这种方法治学是为“心学”，和朱熹的“理学”相对。心学派反对理学派累赘的格物致知，提倡直接追求心理的“自然自在”；理学派则认为心学派也大有可以非议之处：宇宙的真实性如果存在于人的心中，任何人都可以由于心的开闭而承认或者拒绝这一真实性。这样，世间的真理就失去了客观的价值，儒家所提倡的宇宙的一元化和道家的“道”、释家的“无”也很难再有区别。一个人可以用参禅的方式寻求顿悟，顿悟之后，所获得澄澈超然的乐趣仅止于一身，而对社会的道德伦理则不再负有责任。耿定理的终身不士就是一例。再则，儒家的经典一贯是士大夫行动的标准和议论的根据，而心学一经风行，各人以直觉为主宰，全部经典就可以弃置不顾。李贽全凭个人的直觉和见解解释经典又是一例。
如果知识分子放弃了正统的儒家观念，则王朝的安全会立即受到威胁。知识分子在政治上是政府中的各级官员，在经济上是中等以上的地主，因而也是这个社会的真正主人。而正统的儒家观念又是维系他们的纽带，除此而外，再无别的因素足以使他们相聚一堂，和衷共济。所以李贽在晚年被捕入狱，虽然也被指控为行为不检，但审判官在审讯的时候对此并不斤斤计较，所注意的乃是他“感世诬民”的著作。李贽本人也早就预感到了这一点。他把他的一部著作题为《焚书》，意思是早晚必将付之一炬；另一部著作题为《藏书》，意思是有干时议，必须藏之名山，等待适当的时机再行传播。
李贽与耿定向决裂以后，随即公布了他写给耿定向的函件，指斥他的虚伪。耿定向以眼还眼，如法炮制，也把他写给另一位朋友的信广为抄传，信上说：“昔颜山农（颜钧）于讲学会中忽起就地打滚，日：‘试看我良知！’士友至今传为笑柄。”在这一
似乎是漫不经意的开场之后，他跟着就指出，李贽的种种古怪行为，无非是就地打滚之意，目的在于不受拘检，参会禅机。但是耿定向又不无恶意地提到，李贽曾经强迫他的幼弟狎妓，还提到李贽有一次率领僧众，跑到一个寡妇的卧室里化缘。在耿定向看来，这些放荡的行为，也是李贽以良知为主宰，寻求顿悟的方法，与颜山农的就地打滚无异。
李贽在1587年对这种攻击作出答辩。除了关于寡妇的事件以外，他对自己的不拘形迹毫不掩饰。最值得注意的是他对“就地打滚”的评论。他说，他从来没有听到过这一故事，如果真有这件事，只能证明颜山农确实参透了“良知真趣”。他又说：“世间打滚人何限？日夜无休时。大庭广众之中，谄事权贵人以保一日之荣；暗室屋漏之内，为奴颜婢膝事以幸一时之宠。无人不滚，无时不然，无一刻不打赢”当一个人真能领悟到打滚的真趣，则另有境界，此即“当打滚时，内不见已，外不见人，无美于中，无丑于外，不背而身不获，行庭而人不见，内外两忘，身心如一。难矣，难矣！”他认为耿定向的耻笑无损于颜山农，“即千笑万笑、百年笑千年笑，山农不理也。何也？佛法原不为庸众说也，原不为不可语上者说也，原不以恐人笑不敢说而止也”。
以上一段公案，可以看作当时心学派反对理学派的一个事例。李贽与耿定向的个性不同，但是他们之间互相嘲讽侮弄，已经超出了个性的冲突。其中的微妙之处，乃是耿定向并不属于正统的理学派，而是和李贽同属心学派中的泰州学派。