四十八个辅音则用拉丁字母的草体和变形来表示。
因为汉语是典型的声调语言，而标准的南京话就有阴平、阳平、上声、去声、入声五个声调，而连在一起读又会产生变调，这些都必须要能完整的表现出来。于是学部的学者便确定了五个声调度数，分别用1，2，3，4，5来表示，再用这五个声调度数来表示五个声调高低，如阴平声调是高而平，叫高平调，发音时由5度到5度，简称55；最特殊的是入声，它是古代中原话遗留下来的，代表真古汉语完整的四声系统，没有它你根本体会不出什么是平仄。因此学部学者就用单个数字来表示入声，如3；1。
这一整套注音的好处是即方便大明百姓学习汉语，也方便学者们去研究其它语言，如拉丁语系和非洲语系，而其它国家的人，尤其是拉丁语系的人只要搞懂了这套注音方法和规则，则就可以很方便地学习汉语。
但是这套方案受到国史馆的反对，这些老夫子和儒生还是希望用反切来表示汉语语音，但是不可否认的是经过改良后的反切法大明学子学起来虽然容易许多，但是对于老外来说依然是“天书”。但是这些国史馆的院士们却认为，汉语我大明学子们学会就好了，外国蛮夷学不会是他们愚笨而已。
最后经过激烈的争辩，学部这套利于交流的注音方案受了刘浩然、太平学派、北方学派等势力的力挺，尤其是大明商人集团和海军部，他们深深地明白，海外贸易和探险，最大的问题就是语言的沟通，必须有一套既能让别人容易学习汉语，大明子民又能轻松学习他国语的方法规则来。所以学部这套方案被摆上了内阁会议。接受学士会议的最后确定。
很快，这套注音方案被冠以《大明注音标准》的名头被正式通过，将由学部和国史馆联合颂布，各学校将正式采用这套方案，学习汉语拼音和外国语。
接着学部尚书罗复仁提出了另外一个议程，对大明现行的诸多学科进行改名和分拆，以及对格物院、弘文院以及分支机构的职责明确。
随着大明科研技术的发展，过去笼统的命名已经不合适了。根据这个草案，格物院要分拆出物理、化学、生物，算学要改名为数学，农牧改名为农业，加上原本的天文学，地理学和医学，便组成了格物院的“八大金刚”；弘文院要分拆出哲学、社会学、教育学、传播学，商学要改名为经济学，加上法学，算是弘文院的“六大金刚”。刘浩然还准备根据最新传入的古希腊柏拉图的《理想国》、亚里士多德的《政治学》设立政治学，专门研究研究国家及其赖以发挥治理效能的各种机构和制度。只是这门学科在当时的大明“太超前”了，有点骇人听闻，所以就只好归在社会学里面。至于文学、语言学、史学则划归国史馆。
罗复仁还提出新设工程院，将此前大明非常先进的机械制造、冶炼、营造建设、地理勘探、船舶制造、交通运转、精密机械、测绘、化工、兵器工程、农业工程全部划在里面。
按照刘浩然的想法，中国古人太注重“学以致用”了，结果学文科的就变成了“学而优则仕”，少数学工科的文人就过于注重实用，经验中来再回到经验中去，虽然应用性强，但是对事物发展规律的探索不够，研究方法上主要采用传统的典籍整理与经验总结，缺少实验和分析。
刘浩然早就决心打破这一传统，大明的教育体制已经完全打破了“学而优则仕”的传统科举制度，学历考试和“公务员录取考试”完全分开，一来打破了知识掌握在少数人手里的局面，二来使得这些精英不再将出路局限于出仕之上，因为根据大明正在逐渐推行的改革，官员和司政虽然福利好，名声好，还有“权力”的诱惑，但是责任也越来越重。而且这个责任需要承担的后果也越来越大。任何想考司政、司法的精英们都需要掂量一下，自己是否有能力去担任这个职务，如果没有能力，很有可能会因为一次错误丧失一生的前途。这就迫使大批精英们转向其他行业，如地位越来越高的工商业和律师、医生业。
在刘浩然的设想中，格物院、弘文院和国史馆侧重理论研究，而工程院则侧重应用科学的研究，他们互相是可以“客串”的。如现在风头正盛的刘承志因为其在天文、地理和社会学的造诣，一人兼任了格物院和弘文院两院院士，工程院成立，也少不了他的一个院士身份。而三院一馆的院士人选则由各大学相应学科的教授、副教授推举产生，再由学部聘任，一般任期是终身制，满六十五岁便可“退休”或期间自己辞职。
罗复仁建议中还提出设立学会以及明确研究所和学会的职责。
研究所是负责具体学科的研究工作，它虽然也是三院一馆的下属机构，但一般都由相应部门赞助和监管，如机械研究所归工部赞助和监管，兵工研究所归陆军部赞助和监管，船舶研究所归海军部赞助和监管；学会也是三院一馆的下属机构，但是它主要职责是进行学术交流以及对新的科研成果、行业技术标准的认定，如早前成立的地理学会，它即可以对地理勘探的赞助，也被授权对新发现的岛屿、大陆、海洋进行确认和正式命名，同时也包括对动植物等生物研究、发明成果的认定。
学士会议很快通过了罗复仁的几项提议，各学科确定之后，各大学便根据这一原则重新划定和增设专业学科。同时学士会议也通过了罗复仁关于加快大明格物、弘文诸专业学科的建设，增设南京工学院、东京工学院、武昌工学院三所理工大学的建议。
接下来便是礼部尚书胡惟庸提出建议，一是在南京大学、江苏大学、浙江大学、安徽大学增设传播学专业，以应对大明越来越发达的传播业；二是申请开设南京戏剧学院，专门培养戏剧人才，申请开设南京音乐学院和南京美术学院，专门培养音乐、美术等艺术人才。
在得到学士会议通过之后，这揽子事情便要归学部接手了。
不过商部尚书杨元杲提出的建议草案却激起了与会人士的强烈反对。
杨元杲要求内阁制定律法，首先严禁大明各地百姓乞讨，违者监禁一年，重犯者劳役五年；二，各地城镇居民百姓必须从事一项职业，并在当地官府登记确认，一年无业者加以重惩，劳役三年；这两项说白了就是要在乡村城镇严禁“逸民”、“逸夫”、“游食”、“无籍之徒”；三，劳役者可发放至各地工厂做工等等十余项。
看到这里，刘浩然不由眉头紧皱，他没有想到这场冲突居然还是被摆到了大明最高国事会议上，而且是由杨元杲这位淮西派干将提出来的。
这场冲突早在数年前就开始产生，只是最近一段时间开始激化而已。冲突的起源非常简单，对劳动力的争夺。
大明的工商业迅速发展，尤其是工业的发展使得这一行业劳动需求日益增大。在开始的时候，各地的降军、俘虏，每年恩赦令“解放”出来的地主豪强家的农奴，数以十万计，总算是满足了大明工业启动的劳动力需求。可是随着工商业的发展，工厂需要更多的工人，商社需要更多的伙计，船队需要更多的水手，港口需要更多的码头工人，一切需求都在不停地增长。而大明建立之后施行的《土地法》是保证广大乡村农民耕者有其地，广大农民在经历长期战乱之后拥有了属于自己的田地，便一心开始耕种经营，一头扎进了土地之中。工商业只好从没有田地分配的城镇居民中招揽劳工，随着不断地发展，尤其是北伐和漠北战事对兵工工业、纺织工业、钢铁工业等诸多工商业的刺激，它们需要的劳动力达到了一个顶峰，而与之相反的是大批原本在战乱中逃入城镇的百姓被遣回原籍，重新分配田地，从事农业生产。到后来，工商业无计可施，只好仿效官府基础建设的做法，利用农闲招募当地的农民，使得劳动力需求得到了部分缓解。
可是这就有一个弊端，那就是农民出来打工是利用农闲挣点工钱，他们主要精力还是放在农业上，一到了农忙时分便纷纷还乡耕种和收获，结果使得相应的工商业被人为地制造出“淡季”和“旺季”。农闲时是旺季，农忙时是淡季，这一淡一旺就严重地影响了工商业的正常运转，减少了工厂主和商人们的收益。
当欧洲海路开通，来自欧洲、非洲的需求将给大明工商业带来一大批订单，可是这些工厂主和商人们却发现已经没有足够的人手去生产这些订单，“淡旺”季的影响将变得更加严重。这使得这些工厂主和商人们不可忍受了，于是便开始动起脑筋来。
他们把目光投向逃荒和行乞者，虽然大明的土地政策和社会福利制度还算完善，但是仍然有时不时出现的地方局部性自然灾难使得当地的农民走上传统之路，逃荒和行乞，加上官府赈灾的场所一般都在城镇，所以受灾的百姓们便纷纷涌向城镇。
此外还有大明各地关押的罪犯，由于新朝初定，这些年官府围剿了不少占地为王的盗匪，统统在各地监狱里进行劳役，他们也是“上等”的劳动力。
这些工厂主和商人依仗自己是皇帝陛下重点“扶植对象”，于是便要求国家制定相应的律法和政策，以解决他们的劳动力不足的要求。开始的时候他们将这个要求诉求到新任工部尚书胡琛，结果一向以民生为本的他给一口拒绝了。于是工厂主和商人只好又诉求到商部尚书杨元杲这边。
杨元杲虽然是江南文人出身，但是从龙已早，身上早就打上了淮西派的印记，后来又加入到太平学派当中。当太平学派一些文人带着工厂主和商人代表找到他，要求他为此出谋划策时，他的心思便活泛开了。在他想来，皇帝陛下对于工商业支持一向是不遗余力地支持，现在他们遇到大问题了，又关系到大明财政收入的增加，肯定是要想办法解决的。自己主动出击，应该算是政绩吧。
杨元杲的建议刚一提