会被轻贱到何等地步，江南吏治不知会腐败到何等程度？想到这里，张伯行心如火焚，他暗暗责备自己太看重了自己的前程，忘了朝廷命官的使命，他决心拼着发配充军，也要替江南百姓说几句话。于是又写了一道奏疏指出：“科场舞弊，名声狼藉，大江南北，众目交注。噶礼仗势受贿卖官，民愤极大，若不按律严惩，江南民心何托？今后秋闱信誉何在？江南吏治本已荒疏，封疆大吏舞弊居然逍遥法外，国家法度岂不是一纸空文？臣身为抚院，不敢不竭忠以尽言，万岁要三思三思三思。”奏章写罢，张伯行已老泪纵横，他用颤抖的手将奏折封严，命有司官员以八百里加急驰送京都。
康熙几乎同时接到了四道有关科场案的奏折，第一道是张鹏翮、赫寿的结案折，请将张伯行革职。第二道是安徽巡抚梁世勋，回复调查证人陈天立死因的结果，折中说江南刑狱官员，上自臬司，下至州县提点刑狱，几乎都是噶礼的亲信，消息封闭甚紧，难以确定究系自杀还是灭口。第三道是苏州织造李煦的密札，报说张鹏翮二人在拜本后已经起身往福建，但扬州民心未定，纷纷议论卖举人的情弊不曾全然明白。第四道就是张伯行措辞激烈的本章。四道奏章一对，泾渭已然分明，康熙对张伯行的情操是清楚的，曾多次当众称赞他是一个“一钱不要”的清官。康熙还清楚地记得，四年前自己巡视江南时，就有心提拔张伯行。但命令督、抚们举荐贤能时，被举荐的名单上却找不到张伯行的名字。最后还是自己点名召见了张伯行，当面提擢他为福建巡抚，并赐了“廉惠宣猷”的榜额。张伯行果然不负圣望，在福建政迹卓越，才改调江苏巡抚。如今张伯行不怕得罪权贵，又甘冒充军的危险，据理力陈，看得出是胸有成竹的。这样的清官，我若草率将他革职，岂不冷了天下忠臣的心？看来张鹏翮、赫寿有难言之隐，徇了私情。康熙心中燃起了一股怒火，他用力压制自己，定下心来思索再三，决定将张鹏翮的奏折留中，另外再派户部尚书穆和伦、工部尚书张廷枢为钦差，重新审理此案。
盛夏的扬州，树繁花艳，景致异常绚丽。但扬州市民今年却没有赏花的兴致，大家都怀着一颗忐忑不安的心，注视着新任钦差行辕，似乎这里的一点风吹草动，都可引来轩然大波。但是令人惊异的是，新任钦差大臣自从到了扬州后，就没有公开露面，十几天来，只听说今天传藩台，明天传臬司，后天在后衙传讯有关人证。但谈话内容和审理结果谁也不敢泄露。昨天晚上总督大人去行辕拜谒，遭了挡驾。今天上午，巡抚大人也吃了闭门羹。钦差葫芦里卖的什么药没人猜度得出来。越是封锁消息，街头巷议的小道传闻越多，有人说皇上有圣旨，要把张巡抚缉拿进京问罪，有人还说新钦差几次私访已把总督大人受贿情节查实，不久就要抄家追赃。其实，新任钦差穆和伦与张廷枢，到扬州后什么也没干，一头就扎进了案卷堆中。这两个人都是老于事故，八面玲珑的京官。当接到康熙的委派令时，就暗暗叫苦，知道摊上了一件费力不讨好的差事。他们很清楚，这件案子怎么断都会惹来麻烦。如果认真察理实情，不但要得罪一个噶礼。还要得罪两位前任钦差。如果草草了结此案，江南民怨不能平息，皇帝也不会答应。商量来商量去，觉得只有在案卷上下功夫，想法补上原卷的破绽，然后再摆出一副雷厉风行的样子，公开审讯一批人犯，才能维持住原判，实际上也就是保住了张鹏翮的面子。至于张伯行，五年前还只是安徽省的一个小小的臬台，不知怎么被皇上看中才青云直上连升三级，许多人对他心怀嫉妒，拿掉他并没有什么后患可虑，所以还没到扬州，两位钦差已经给官司的结局定了基调。到扬州后，一面故弄玄虚，制造迷阵，一面早偷偷与噶礼串了气，叫他尽量想办法把可能出毛病的关节都堵塞好，以遮耳目，等到一切都安排好后，他们决定公开升堂审案了。
行辕衙门前一连热闹了十天，一批批人犯，干证被分别审讯，每天都有审讯告白贴出，钦差审案可谓明察秋毫，执法如山。审案结果，主考左必藩纵容舞弊，被革职查办，副主考赵晋、阅卷官王曰俞、方名受贿出卖功名被判斩立决，程光奎、吴泌、席哥等生员贿买考官，骗取功名，分别拟绞或枷责。总督噶礼与舞弊案无关，但审理不力受到切责，巡抚张伯行无中生有诬劾朝廷重臣，以革职处分。
穆和伦、张廷枢这一招棋确实走得好。严惩了主考官和吴泌等，为江南土子出了一口气，自然平息了一些人心中的愤慨，对噶礼进行切责又堵住了一些人的嘴，这样张伯行革职的处分就不会有更多人反对了。但是，他们没有想到，天不怕地不怕的张伯行，死也不肯接受这个裁决，又给皇上写了一道奏疏，就是这道奏疏，竟彻底推翻了四位台阁重臣的原议。
康熙自派出穆和伦、张廷枢后，就密切地注视着江南的动态。偏偏这时自己安插在南京的重要耳目曹寅病故了，所以只好密旨李煦三五天汇报一次消息，李煦遵旨，时时通报。穆和伦的结案折还没送到，李煦已将审理结果报告了。康熙对这个结果仍不满意，不久又接到了张伯行的最后一道奏折，折中言道：“科场舞弊只惩从犯，不惩首恶，难抚江南人心。朝廷王法不治封疆大吏，此风若长，大清朝刑律将名存实亡。伯行革职事小，朝廷安危事大，不得不进最后一言，科场弊端必须究查，噶礼受贿必须严惩，望万岁再派贤臣维护纪纲。”读着张伯行的奏折，康熙心里不断揣摸，张伯行敢于否定四位钦差大臣的结论，胆子也实在太大了，没有充分的根据，谅他不敢这样。五十年来，自己处理的政事瀚如烟海，但像张伯行这样敢于直言进谏、强项不阿的人还是第一次见到，莫非其中真有隐情？莫非四位台阁重臣竟真有徇私的劣迹？康熙想来想去，实在找不出理由来为钦差的结论撑腰。看来这个案子还没搞明白，张伯行要求再派贤臣，我还能派谁去呢？也罢，钦差的话不可信，总督的话不可信，我只有亲自审理这个案子了。于是他把穆和伦的结案折也扣下不批，却亲自手书了一道文书，下令把此案的全部案卷、奏章调来，直送乾清宫，由自己御览后定夺。
乾清宫西暖阁的烛光又整整亮了三个通宵，康熙把所有人犯、佐证的口供详细看过后，很快发现了问题，泾县知县陈天立是在重镣监禁下自缢身死的，但既无仵作的验尸佐证，又没有狱吏的详细报告，死因显然不明。李奇是活着的唯一重要证人，却又于半年前充军新疆了。其余口供，虽然大体一致，但仔细分析却有若干不能自圆其说之处。而张伯行的几封奏折，却始终如一，理直气壮，言之有据。康熙庆幸自己没有盲从了钦差的意见，也为自己没有白白提升张伯行而自蔚。他亲自在案卷上批示道：“江南科场一案，督、抚互参、钦差寡断。然是非曲直自有公断，令九卿、詹事、科道共同会审，澄清其中不明之处。”六部、九卿会审，是清代最隆重的审案方式。自顺治朝以来，这样的大审仅有少数几次，因此消息传开，京师立刻轰动了。街头巷尾议论纷纷，猜测着审理的结果。而六部九卿官员却忙得团团转，皇上为一件科场案居然压下了四位钦差的结论，这在康熙朝五十年来还是第一次，因而会审大臣都有些提心吊胆，生怕自己哪句话说错了，惹皇上不高兴。在刑部的严加催促下，所有人犯早已递解进京，六部、九卿会阅了全部案卷，把皇上的朱批几乎背下来了，但是他们越看案卷，心里越发愁，每个人心里都明白，如果推翻原议，无异于开罪了三位尚书、两位总督，这个打击面可不小。如果维持原议，皇上的朱批等于白写，弄不好不是丢官就是掉脑袋，正如俗话说的“武大郎服毒——吃也是死，不吃也是死”，怎么断都不行。在准备开审的紧锣密鼓中，参审官员都各怀鬼胎，思索着两全其美的断法。
在科场舞弊案被揭发的一周年时，会审开始了。刑部大堂气势森严，六部、九卿大臣坐了一大溜儿，各科给事中，詹事府詹事齐齐地列了一堂。三班衙役、刑典、仵作站立两厢。大堂上主审大人惊堂木拍得山响，皂隶的堂威声震天动地。被审的人犯一个个魂不附体，在大堂上连句整话也说不全，哪里还敢翻供？会审进行得分外顺利，皇上朱批的几个破绽很快被“彻底”查清。陈天立的死是因为看押他的狱卒喝多了酒，昏睡不醒，使案犯解下腰带自缢。主审大人当堂判决，将误事狱卒斩立决。证人李奇在押解新疆途中，染病身死，有当地县衙的文书为证。这样一来噶礼的受贿就没有凭证了，依钦差原议不再追究。科场舞弊人员或斩或绞都依原审判决。至于江南督抚互相弹劾，扑风捉影，弄得民心不定，理应一齐革职。六部、九卿、詹事、科道联名将审理结果报呈给康熙。这真是一个八面玲珑的杰作，亏这些主审官员想得出来。
康熙接到呈折真差点把鼻子气歪了。他捧着这本“活宝”式的杰作，不觉仰天长啸，“荒唐，荒唐，作贼的和抓贼的一齐问罪，清廉的和贪赃的一齐革职，天理何在，国法何在？”他再也忍不住满腔怒火，把这封经过六部、九卿费尽心机炮制出来的奏折狠狠地摔到了地上。当值的太监、宫女从来没见皇帝发过这么大的脾气，一齐跪在地上，战战兢兢，不敢出声。康熙定了定神，吼道：“都给我滚出去！”宫女、内侍如同获了救生符一般，“喳”了一声全部退出了大殿。
康熙到底是位治国的明君，他知道案子审到这种程度，是非由他自己出面裁决不可了。于是传旨，在乾清门前以御门听政的方式，颁布审理结果。
满朝文武都被传到了乾清门前，站殿将军、铁甲卫士把乾