托中央博物院总干事曾昭燏致函夏，促其早返。傅在致叶企孙的信中说道：
一、夏鼐之学问前途甚大，本所早有意聘他。但博物院亦重视之（济之前云，既要我办博物院，我也要留个好的）。去年（三十年）1月，博物院闹穷，弟正在李庄（病前），对济之云“可拔一位过来，自郭子衡至王孤钾，随济之意，你我看夏鼐最好，不过仍由兄决定”。济之决定拔吴金鼎过来。
二、为考古组前途人才计，本所目下应该请他。
三、本所经费，用得超过。弟久怀疾戾，此时不敢提请大薪水之人（要来当为副研究员，其薪当在三百以上），而路费浩大，亦一问题也。
有此情形，故乞兄直接与济之商定，至感！＇38＇
这封信除说明无论是李济还是傅斯年，对夏鼐的才学和为人处事能力格外看重，同样透露出吴金鼎由中央博物院转到史语所，是李济的安排，并非傅斯年的本意。尽管吴与傅均是山东老乡，且吴氏在城子崖的发现、发掘中作出了重大贡献，但在傅的心中，吴的学问与处事能力依然没法与江南才子夏鼐相匹敌，多少有些轻视意味。李济的心思与傅斯年不同，尽管后来李曾不止一次地对人说过：“自己认为生平有两个在考古学方面最得意的学生，一个是夏鼐，一个是张光直（南按：张乃李济赴台后台湾大学的学生）。”＇39＇但此时李济还是一直把吴氏作为自己学术上的继承人来看待和栽培的，这从中央博物院在李庄期间共进行了彭山崖墓与后来成都琴台永陵两次大型田野考古发掘，全为吴金鼎一人所主持即可证明。那么，吴离开中央博物院筹备处又作何解释？据说，李济当时之所以推荐吴金鼎入主史语所，并不是对吴的看轻，相反则是寄予了一片希望的。
由于李济担任中央博物院筹备处主任兼史语所考古组主任职，身心俱疲，研究工作大受影响。自云南昆明时代起，李就把主要精力放到研究殷墟出土的陶片上，且有过多次实验并小有斩获。而吴金鼎正是研究陶片的专家，对城子崖与殷墟出土物非常熟悉，此去史语所考古组，正好接替李济难以顾及的一摊儿，把研究工作继续做下去。至于彭山发掘的器物，已有中央博物院的曾昭燏、赵青芳等青年才俊予以整理。而继彭山汉墓之后发掘的震动中外的中国首座帝王陵墓——成都琴台永陵之器物，则大部分留在了四川省博物馆，运到李庄的只是一小部分［南按：1943年春，中央研究院历史语言研究所吴金鼎、王文林，与中央博物院筹备处王天木（振铎）以及中国营造学社的莫宗江、卢绳等专家学者，与四川博物馆冯汉骥等人合作，对成都市内传说的“抚琴台”进行了第二期考古发掘，至9月方告结束。发掘出土的王建石像、谥宝、玉大带、玉册等稀世文物证明，“抚琴台”正是令历代古物学家与考古学家苦苦追寻而不得的五代前蜀皇帝王建的永陵］。＇40＇如此安排，吴金鼎虽以史语所人员的名义工作，但可兼顾两边，共同作为课题研究。可惜事情没有李济想的那么简单。
夏鼐接受召唤，匆匆结束了休假生活，自温州老家返回李庄，协助李济为即将开幕的中央博物院筹备处首次在重庆公开展览会撰写的《远古石器浅说》初稿做进一步的加工润色工作。其间，夏鼐“毫不客气地对原稿提出了近四十处大小修改意见。李济在该稿付印前曾参考夏的意见，并接受了其中多处意见对原稿作了修改。由此也可以看出他们师生之间的学术情谊是不一般的”。＇41＇从李济之子李光谟这段记述中可以看出，除了夏与李不一般的师生情谊外，亦可见夏“该出手时就出手”的老练、成熟、雷厉风行的工作作风和高超的处事能力。正是这种别人难以企及的特点，才得到了李济与傅斯年的共同赏识。而夏鼐本人也在1948年那个风雨飘摇的年代里，当傅斯年赴美治病时，以年轻的身躯挑起了代理史语所所长的重担。
1942年10月，夏鼐受傅斯年之聘由中央博物院转入史语所考古组工作，职衔为副研究员。1944年2月，夏鼐代表中央研究院史语所参加了与中央博物院筹备处、北大文科研究所等单位合组的西北科学考察团离开李庄，对河西走廊和敦煌附近进行将近两年的科学考察。吴金鼎因其间代表中央博物院筹备处主持发掘成都琴台永陵王建墓，一直延续到1944年年初才正式由中央博物院筹备处转入史语所考古组工作。非常不幸的是，由于傅斯年对其轻视，加之各方面复杂的人际关系，吴没能像他的学弟夏鼐一样被冠以副研究员的职位，只弄了一个“技正”的帽子戴在头上，而在科研机构，研究人员属于正牌，“技正”却是技术人员与管理人员同类，几近于最为低级的勤杂人员。1942年10月21日，傅斯年在向中央研究院提交的《工作报告》中就明确注明：“本所设所长一人，研究员、副研究员各若干人，研究员及副研究员分专任与兼任。另设通信研究员若干人……
此外，并设助理研究员及助理员各若干人，其不属于研究人员者，则有技正、技士、技佐、管理员、事务员及书记。”＇42＇当时整个史语所属于正式的研究人员总数达30人，除陈寅恪属于兼任外，其他29人全为专任。而堂堂的留英博士吴金鼎却不在此列，只能与戴着非研究人员所有的一顶号曰“技正”的白皮小帽，混迹于二、三流的勤杂人员行列。在一贯重视儒家所谓“劳心者治人，劳力者治于人”的传统中国知识分子看来，这个“技正”的头衔，无论怎样掩饰和打扮，内在的含金量与外部的光芒，都无法与研究员这一“顶戴”相提并论。
事实上，就当时的薪水论，史语所的研究员月薪500元，而“技正”是技术人员中最高的职衔，月薪只有400元，这就是说，吴金鼎的晋升之路已被堵死，一辈子不可能拿到与研究员同样的薪水了。于是，吴把这一待遇自然地看做傅斯年故意对自己的污辱与轻慢，从而对傅大为不满并滋生了怨恨之情。山东人固有的倔犟、偏执性格与心中的郁闷，使吴金鼎渐渐产生了抛下自己的研究事业，离开这块令人不快的是非之地，索性一走了之的念头。当时吴金鼎正整理编写成都琴台永陵发掘报告，经过反复思考，借政府决定招收知识青年入伍抗日的契机，终于作出了令傅斯年、李济以及所有相识者都始料不及的抉择，并不顾众人一再劝说挽留，怀着“此处不留爷，自有留爷处”的悲愤心情，于这年年底背着正在编写的半部成都琴台永陵王建墓发掘报告草稿，在黎明的苍茫夜色中，顶着漫天风雪孤独而凄凉地踏上了前途未卜的旅程。
1945年年初，按照蒋介石指令，号称由10万知识分子组成的青年军，在短暂集中后编成9个师，以原缅甸远征军总司令罗卓英担任训练总监，蒋经国为军政治部主任，负责行政上的实际领导职责。青年军的组建，为蒋经国步入军队高层系统并执掌军权打开了一条宽敞的通道。
按照国防委员会频布的命令，征召的青年军各师、团分别在四川、陕西、贵州、云南、江西、福建等6个不同地区整训。自1945年1月1日起，四川省从军的知识青年陆续集中，分批乘专车赴泸县军营整编。直到8月初，同济大学参军的300多人，才开赴泸县203师受训。
此时，中国军队的人格教育和兵制教育，依旧沿袭清末新军的老套路，即靠湘勇起家的曾国藩外加“军阀王国的始祖”、日本山县有朋的训导模式。而这个时候的中国文人教育，特别是高等教育，继五四运动之后已发生了巨大变革，民主、自由等思想已融入青年学生的血液之中，并成为学子们为之追求的理想和人生行动的目标。两种截然不同的思想文化和教育方式，在旧式军人与新生代学生军之间产生了剧烈碰撞与对立，这种隔膜与对立，就不可避免地为从军学生的个人悲剧埋下了伏笔。
早在1940年，一些满怀爱国热情投笔从戎的青年学生，加入了国民党在重庆綦江举办的战时干部训练团。其间，有学生兵开始公开传阅有共产倾向的另类书籍，鼓吹联合抗日，并与一些旧式军官在思想和行为方式上发生了冲突。面对这一情形，黄埔一期生、时任战干团教育长的桂永清大为震怒，强行下令逮捕了上百名“造反”与“滋事”的学生兵，除了拉到郊外枪杀外，对几名带头滋事的所谓头头，分别挖坑活埋，这一残酷的杀戮酿成了震惊全国的“綦江惨案”。虽然在全国民众一片愤怒声讨中，桂永清遭到了革职处分，但不久即转赴德国出任武官。再之后，又相继获得了国民党海军总司令、陆海空三军总参谋长、一级上将等高职显爵。
1944年夏秋征召的所谓10万青年军，同样免不了这一悲惨的厄运。同济出身的学生兵有一位名黄克鲁者，在泸州整训期间，亲眼目睹了通讯营营长贪污腐败的行径，大感不平，以傅斯年经常挂在嘴边的名言“读圣贤书，所学何事”，以及范仲淹老先生“先天下之忧而忧”的士大夫姿态出面制止，竟被对方当场扇了两个耳光，然后命人一顿拳脚打翻在地，拖进一间黑屋子关了禁闭。另一位同济出身的学生兵名蓝文正，在集训时不服从长官的口令，并以“位卑未敢忘忧国”之类的豪言壮语予以顶撞。长官怒不可遏，当场下令将其拉出训练场，就地枪决了事。同济医学院出身的学生兵许耀祖，因受不了法西斯式的军事专制和特务统治，几次逃跑未果，在一次次响亮的耳光与枪托敲打的哀号声中，最终导致精神失常，整日叫喊不止。有一天，许祖耀大脑突然清醒过来，回想往事使他备感苦痛，于是悄悄来到训练场，捡起一支步枪，口含枪筒，手扣扳机，饮弹自尽。至于那位在征召运动中名噪一时的“海龟”杨宝琳，因有西洋博士与名校教授的双簧重量级头衔，被长官破例任命为青年军203