长，约翰·麦科马克是多数党领袖，卡尔。艾伯特是副领袖或督导。雷伯恩在这届国会行将结束时去世。麦科马克和艾伯特相继升迁，黑尔·博格斯继艾伯特担任了督导。
他们每个人都变得忠于肯尼迪了。雷伯恩曾竭力反对过对肯尼迪的提名，汉弗莱曾在预选中同肯尼迪竞争过，斯马瑟斯经常投票反对肯尼迪，麦科马克则在马萨诸塞州的政治问题上同肯尼迪有分歧，而现在他们都转变了。在雷伯恩死后，他们每个人对自己的职位就同肯尼迪和约翰逊对他们的职位一样感到生疏，所以在他们熟悉工作的过程中都犯有错误。
萨姆·雷伯恩在生前最后几个月里脾气越来越坏，越来越不爱说话，可是没有一个人（包括亨利·克莱在内）曾经担任过这么多年的议长，或是工作得这么突出的。他懂得何时、如何以及向谁去拉选票、施恩惠，怎样去威吓新手和安抚老手。他不在后，较多的权力不可避免地落到了保守的委员会和小组委员会主席的手里。约翰·麦科马克习惯于担任多数党领袖这一党派性较强的角色，因此受到他的党左右两翼很不公正的抨击，说他未能接好“萨姆先生”的班。
事实上，有人曾经竭力敦促肯尼迪反对把麦科马克提升为多数党领袖。但是总统注意到敦促他的那些人自己并没有提出明确可选的候选人，而且也没有任何其他候选人比麦科马克更值得总统给予支持或对于这个职务更为相称。他不能冒险在高级职位上树立更多的仇敌，所以在一场他断定赢不了的斗争中就避不卷入。而且，自从1961年初最低限度工资法案因为六十四名民主党人缺席而以一票之差遭到否决后，众议院中党的组织工作已经逐步有了改善。
在参议院，有人也把多数党领袖迈克·曼斯菲尔德很不公平地拿来与他的前任，即现任的副总统相比较，致使他相形见细。温和谨慎的曼斯菲尔德面对着推行他本党总统的立法计划这个同过去大不相同的任务，可是他个人的禀赋却又与这个任务很不合拍。他是一个随和的、通常说话温文尔雅的蒙大拿人，比肯尼迪甚至显得更有节制，更为轻松自在。参议院的领导班子是经过同总统充分磋商后组成的，但总统有时感到泄气，因为他认为曼斯菲尔德过分悲观、谨慎和拖拉了。不过鉴于曼斯菲尔德在参议院取得了一系列的成绩，总统也深深赞赏他的忠诚和勤劳，私下对他怀有诚挚的好感，并认为这些年来没有一个参议院领袖能够在长时期内干得比他更为出色。
同参众两院领袖密切地合作，这是在拉里·奥布赖恩主持下白宫同立法机构之间进行的有史以来最有组织的联络工作。奥布赖恩的助手与白宫其他工作人员不同，是仔细地根据地理上的考虑挑选出来的。威尔逊是北卡罗来纳人，马纳托斯是怀俄明人，多纳休是马萨诸塞人，戴利是加利福尼亚人，德索托尔斯是马里兰人。尽管人家指责奥布赖恩的班子使用了高压手段和威胁，但他们同人握手的时候远比扭别人手臂的时候多，而他们挥舞大棒的时候也远比挥舞胡萝卜的时候少：例如，预先通报联邦政府的外包契约，给予参观白宫的特权，提供关于一项法案实施后果的详细资料，提供演说和新闻发布的资料，递送总统祝贺生日的信件，由全国委员会出面协助竞选，赠送总统签名的照片，以及在优惠待遇、公共工程和其他预算项目上提供种种的通融办法等等。
和蔼可亲、机智老练和孜孜不倦的奥布赖恩负责安排总统宴请宾客、约打棒球、演讲、接见以及通电话等种种活动的名单和日程。他意识到总统对国内立法的兴趣和研究立法项目的时间全很有限，于是设法使总统亲自接见议员的人次不致太多，从而增加了这种接见的价值，不过凡是坚持要见总统的人，他也从来不会置之不理。他是个地地道道的政治行家，白天和晚上都同议员们混在一起，做他们工作，听他们意见，和他们一起谈笑，而且他说的好话总比搞的交易为多。他从民主党控制的州里，从本乡的党领袖那里，从劳工和其他院外活动分子那里，从各个部门和机构那里，把压力调动起来。他对所有的参议员和众议员都保有一套卡片档案，档案里有关他们私人的和政治方面的资料，以及有关他们选区的情报资料都很完备。在决定性的投票临近时，他和他的助手分头驻守在有关的会议室门外，或者在议长或多数党领袖的办公室里设立临时的指挥部。在不唱名投票的表决中，奥布赖恩的一个助手有时候就坐在边座上，注视着每个议员怎样投票，尽管拉里本人觉得他在那里露面并不很合造。
教育和宗教
奥布赖恩原指望被提名为民主党全国委员会主席，尤其当他知道总统可能认为宗教争端虽未了结，暂时却不会爆发，因而并不理会有些人的意见。那些人坚持认为由天主教徒当全国主席的传统应当随着一位天主教徒进入白宫而被打破。但是在总统就职后几个月内，肯尼迪、奥布赖恩和我们其余的人又一次卷入了宗教争端，不过这一回，总统厌恶地说，“是与一些新的团体展开斗争”。
有些人写文章说，1960年的选举已经把宗教争端一劳永逸地排除掉了。事实上，肯尼迪始终不同意这种观点。一个非美国的传统已经打破了。天主教徒显然可以当选。竞选运动使许多偏狭和无知的人开通起来。然而，总统在他获胜后不久说道，真正的考验不在于他的当选而在于他的当政上。险些把他击败的顽固的宗教反对派依然存在，并且会兴旺起来。如果总统缩小了国家和教会之间的界线，屈服于天主教统治集团的压力，或者在别的方面使宗教反对派的怀疑得到证实，那么将来有人就会在民主党全国代表大会上利用这些来反对提名天主教徒当总统，认为这不是切实可行的。不过如果他执政时能信守竞选中许下的诺言和就职时的誓词，那么尽管总会存在不合理的偏执行为，而建立合理的政教关系问题也总会被提出来的，反对天主教徒当总统的不成文法律不仅暂时会被打破，而且永远将被废除。
争端迅速而强烈地在一个同约翰·肯尼迪关系最大的国内问题——教育问题上展开了。在整个竞选运动中以及在整个总统任期内，他在这一问题上所花的时间、所作的谈话比在任何其他国内问题上全多。他不用笔记本就举得出所有令人沮丧的统计数字：五年级学生每十个中只有六个读完中学，而中学毕业生中十六个人里只有九个去上大学；美国青年已经有一百万人失学失业；退学的学生失业率要高得多，而工资率则低得多。根据盖洛普民意测验调查，有百分之七十一的人期望他们的于女上大学，可是只有百分之五十一的人有积蓄能办到这一点。总统在俄亥俄州发表了一篇演说后，重新登上飞机时对我说：“有些州长不明白如何能从财产税中挤出更多的钱去建立足够的学校，我同他们谈了话，俄亥俄的州长已经是第五个了。”
作为参议员和作为总统，肯尼迪先后向无数大学听众发表过演说，恳求他们要向培育你们的世界贡献出这种教育所产生的尽可能广泛的好处。……我不会采纳1893年比利时宪法的那项条款，即给予大学毕业生不是一张而是三张选票——至少在没有更多的民主党人上大学之前我不会采纳。……可是我强烈敦促你们把你们的才智运用到当代的重大问题上来。
肯尼迪在白宫执政时，每年都向国会提出一份教育咨文，咨文的调子一年比一年强硬有力。他把教育与我国的军事、科学和经济力量联系在一起。他说：“只有教育迅速有所发展，全国的发展才能加快。人的才智是我们的基本资源。”
不论多少次挫折都没有使他打退堂鼓。当一项混合法案失败后，他就设法使每一部分分别通过。如果每一部分通不过，他就采用混合法案的形式。关于中小学的财政补助法案遭到否决后，他就在高等教育法案上下功夫。但是宗教和种族问题①所形成的气氛，公立学校院外活动集团的攻击和参众两院与个别议员之间的争吵，这一切加在一起，妨碍了他的高等教育法案在1962年获得通过，尽管参众两院已经以不同的形式分别通过了它。但由于总统的耐心，新的有才能的教育总署署长弗朗西斯·凯佩尔的坚持，以及全国教育协会的较为建设性的领导，1963年的高等教育法终于制订出来。它授权在五年期间内给予大学的补助比根据大学土地授予法在一个世纪内拨出的款项要多几倍，并且为几十万名学生提供了教室，每年还提供二十五到三十所新的地区性学院，十到二十所新的研究中心，几所新的技术学院和更完备的大学图书馆。同年实施的另一项法案向医科学校和牙科学校提供了类似的援助。
①总统，还有教育、卫生和福利部及司法部的一份简报得出结论说，宪法和传统使公立和私立大学有可能得到平等的待遇，因为在高等教育上，法律并不要求任何一个州向所有的人提供义务教育，不强迫学生上大学，也不要求规定任何课程标准和录取标准。
当国会把这些法案里有关奖学金的条款砍掉后，总统就根据现行法律扩大了学生的贷款和奖学金。当一般性的联邦教育援助法案遭到否决后，他就创设或者扩大各种新的特别援助办法；将职业教育经费增加三倍；拨出总统基金以制止退学现象；根据人力发展法案授权进行扫盲；为聋人，残废者、智力迟钝和智力优异儿童的教育提供经费；为学校午餐和图书馆增加经费；还和学校共同致力于少年犯罪问题——所有这些做法不仅是向严重的教育问题进攻，而且使地方经费能够用到一般建设和薪金上去。其他法令给予地区性的图书馆、大学宿舍和教育性的电视节目以经费补助。据估计，肯尼迪的全部主要计划中有