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总之，低的预算限额仍然留有某些余地。艾森豪威尔总统给肯尼迪的第一个财政年度留下的极端不平衡的全年“平衡”预算，就是一个最好的例子。这个预算在衰退时期设想有繁荣时期的收入。它提出了一些没有落实经费的项目和方案。它大反常规地假定，增加邮资的提案将获得国会的批准，并在十周内生效。它大大地少算了对农产品价格补贴的拨款，对于一些尽人皆知国会将予以扩大的基本计划项目——如住房、机场和农村电气化管理等，它虚假地提出，国会将会停止或大大削减其拨款。该预算还略去了联邦政府完全承担下的某些财政义务。我可以老实说，肯尼迪的预算从没有采取过捏造财政上的偿付能力这种极端的手法。
但是使他任命的许多官员感到惊奇的是，肯尼迪总统不仅在口头上，而且在行动上都是一个真正的节约者。他就职后的两个主要任务是，恢复经济繁荣和维持国防开支。这两项任务都不能通过乱砍一个完全不充足的预算来完成。不过他认为，由于过多人失业而造成必要的赤字同无节制的花费所造成的赤字，这两者是完全不同的，他不想允许后一种情况存在下去。他说，“在华盛顿，具有献身精神的人比比皆是。他们感到，政府的经费应该用在这个或那个目标上。”他打算弄明白这些目标是否就是他自己的目标。他使大部分计划项目的经费基本上没有动用，他对所有有关人、事方面的要求全表示怀疑。他乐意首先从白宫做起，削减庭园和勤务人员的费用，使开支降低下去。（他读到托马斯·杰斐逊写的一封信，要求白宫的园丁兼任宴会的乐师，他对此感到很高兴。由此看来，他心里可能也有同样的打算。）
他亲自用冷静的目光仔细审查政府机构的各项要求，并且鼓励预算局长“不轻易批准”。总统和他的预算局长，在每项财政预算提交国会之前，总从各个机构的首长和各军种的首长所要求的总数中削减掉二百亿至二百五十亿美元之多（在削减各军种首长的要求方面，还由国防部长协助着）。实际上，对于增拨经费给真正的社会和经济福利项目的问题，他比他的前任更为坚定些，但是，通过增加邮资来降低邮政赤字，通过使剩余谷物和棉花不致付出较高的储存费用，通过把抵押契据和其他联邦财政资产出售给私人债权人，通过在邮局和其他机构增加自动化，通过卡车和汽油的增税把州际公路计划置于自筹资金的基础之上，通过要求各个机构紧缩其他费用，以承担相当于联邦政府增加工资所付出的将近一半的费用，通过控制人员数字，通过废除不必要的办事手续和机构，通过节余国会的拨款，以及通过把新的国内计划的费用控制在尽可能低的水平上等等，这样，到了1963年终于能够显示出，在他的三年任期内“国内民事开支”的累计增加数小于前三年艾森豪威尔的执政时期。在增加了新的计划和扩大了老的项目的同时，做到这一点确实是一大功绩。实际上，1963年1月提出的削减国内开支的建议，在过去十五年间只完成过四次。
可是，他再一次懂得了多数国会议员只在不侵犯他们本身利益时才赞成节约措施。在那些敦促他不断要求国会来提高人为的公债最高限额的人中，许多人更多地赞同增加军事或农业计划的不必要的经费，而不愿提高邮资，堵塞税收漏洞，征收大型游艇使用联邦政府拨款兴建的航道的费用，或者限制。剩余农产品的数量等。1962年和1963年的财政年度内都有赤字，而非原来估计的预算平衡，这主要是由于衰退时期的岁入停滞以及国防和空间开支的增加，但也由于国会反对肯尼迪的农业措施和岁入措施。
肯尼迪总统最大的、最有争议的节约问题是在支出增加得最多的领域里——国防开支。据预算局估计，1963年我们全部新的立法计划第一年所需的费用，比五角大楼已经取得的年度节余还少一些。这些节余是通过效率较高的后勤、组织和采购工作，通过把文职人员减少到朝鲜战争以前的最低水平，通过停止使用过时的或无用的武器体系和基地，而主要还是通过国防部长的管理才能以及支持他的这位总统的政治勇气，才取得的。
当罗伯特·麦克纳马拉进入五角大楼时，他发现国防预算处于混乱状态。事实上，每个军种都提出并获得了大多彼此无关的各自的预算，各军种对于实际需要多少人力并没有合理的分析。他发现缺乏内在的一致性——我们可供使用的武装部队的实力状况并未同国家安全委员会精心拟订的计划文件、同作战计划以及意外事变计划的要求互相配合，地面部队和空中支援之间或者使武器和人员之间缺乏相互联系。他立即开始提出问题，进行研究和制定计划，并同时着手进行军事建设和削减开支。
有时，肯尼迪的预算、科学顾问和白宫其他问题的顾问极力主张削减的武器体系经费，甚至比国防部长愿意支持的数额还要多。麦克纳马拉尽管承认在他的建议中毁灭能力和“核武器摧毁力”可能过大了，但他仍坦率地告诉总统，如果作出更多的削减的话，他们两人都不能指望各军种的领导会继续抱有信心。事实上，空军、空军承包商以及空军在国会中的朋友都对削减B－70型轰炸机的经费，逐步淘汰B－4了型轰炸机和斯纳克导弹，以及撤销更多的大力神导弹、闪电导弹和核动力飞机的计划感到不满；陆军和他们的朋友则对限制奈基式1型反弹道导弹感到不满；海军和他们的朋友则对国防部长反对建造更多的航空母舰感到不满。
艾森豪威尔作为总统的最大功绩之一是，他在告别咨文中警告过的那种“军界…工业界”集团。这是为了这些军事建设项目的利益而把强有力的经济和政治压力结合起来的一种集团。它通过工会、社团领袖、商人、科学家、政治家和杂志广告等经常对总统和国防部长施加压力。1962年12月。总统在电视讨论会中说，“我看这并没有什么不好，”
每当你取消一种武器体系时，就会影响到好几千人……它是与国会进行的一场很艰苦的斗争。国会已两次（为研制B－70型轰炸机）拨出（额外）费用，而我们两次都未动用这笔经费。
不过今天我必须说，我并不感到对我们的压力是过分的。
几个月以后，参议院进行了一次调查，试图迫使麦克纳马拉把新的TFX战斗机的订货合同另包给一家公司，但没有成功。这时，总统的感觉不同了。在政府内部的一份备忘录中，有着这样一段话，“在TFX战斗机问题的调查中，我们真正涉及到的情况是”，
一家大公司的触目惊心的景象，这个大公司由空军将领们支持着，利用国会的调查权力威胁文职官员，就因为该公司没有获得订货合同。如果……得逞的话，那末任何文职官员……（不）衡量一下大公司对国会的影响就再也不能行使他们的判断力，或者控制理论上属于他们指挥的军事人员。
但是，大公司的努力失败了，而且对于麦克纳马拉下列改革的其他所有抱怨也失败了。他的改革是。（1）订货价格的五年有效期计划；（2）根据每种主要任务而不是按照各个军种来编制预算；（3）在每一个军种内对照比较各个系统和后勤情况，以消除重叠现象；（4）使用计算机和文职知识分子去分析军事效果。更为重要的是，肯尼迪政府拒绝承诺：
·再花几十亿美元去研制一架已经研究了十五年、动用了十亿美元而仍然不能起飞的核动力飞机。
·再在B－70轰炸机上花一百三十亿到一百五十亿美元， 飞机的名称暂时改为RS…70，为的是白费心机地试图为它寻找出一项可行的、必需的和用肯尼迪的话来说，“值得我们为它花钱”的任务。
·再花几十亿美元在闪电空对地导弹上，这种导弹仍然兼有发射它的B－52轰炸机的全部缺点（在地面上较易受到袭击，并且击中目标的速度很缓慢）和最蹩脚的导弹的全部缺点（准确性和摧毁力都较差）。
·再花一百十亿到一百二十亿美元在二十六个奈基式Ⅱ型反弹道导弹的发射台上。这种导弹最多只能保护我们三分之一不到的公民而且仍然不能把射来的导弹和伴随它的那批假导弹区别开来。总统说，当然，完成导弹防御的第一个国家在心理上和军事上都会有巨大的优势。“但是，这将要花费数十亿美元。在导弹防御体系变得完美以前，设置它是毫无意义的。”
再者，这些计划的费用仅仅是估计。历史告诉我们，在现代，获得先进武器体系的最终费用平均是原来预算的三倍。约翰·肯尼迪认为这个国家或任何社会的经济健全与否不一定取决于过度的或不足的武器装备状况。麦克纳马拉削减下来的钱被用来强化我们的剑和盾。在肯尼迪执政时期，国防费用增加了大约八十亿美元，成为他的预算增加的主要部分，但是这是花费在比较可靠的威慑力量上的，否则上述的武器系统就会把经费挪用掉了。
麦克纳马拉和肯尼迪也要查明，国防费用确实不是花在“镀金的”不必要地花哨和昂贵的项目上，①不是花费在多余的设备上，或者花费在＃分依赖的“成本加固定费用”的合同上和无竞争性的投标上。他们成立了一个单一的国防情报署，每天写一份机密报告，而不是象过去那样每天写十一份。他们还成立了一个单一的国防供应署，收紧了从各种皮带的带扣直到导弹这种种物资的采购办法，通知陆军直升飞机可以使用空军储存的那多余的一百万枚小火箭（可以节约�