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没有一个刚上台的总统曾经对防御设施进行过比他更为彻底的重新审查。肯尼迪希望在一个月内便完成这一任务。“我们正尽力把一项耗费毕生精力的工作压缩到二十天之内完成，”麦克纳马拉说。不过他把这项工作比作一个建筑师未研究房屋建筑的基本概念，便设计新的房屋。
这个月还未过去，报告就送来了。总统在与他的白宫班子（邦迪、威斯纳、索伦森），国防部人员（麦克纳马拉、吉尔帕特里克和负责审计的助理国防部长查尔斯·希契）和预算局人员举行的一连串会议上，几乎对国防预算的每一部分都仔细斟酌，作出了一系列重大的修改。他增加了近三十亿美元的拨款，通过取消过时的或重叠的项目部分抵偿了增加的拨款。阐明这些修改情况的3月28日总统致国会的特别咨文，具有两个明显的特点。一个特点是它第一次全面阐述了敌我双方拥有核力量的时期所要采取的前后一贯的国防原则。
1。我们军备的首要目的是维持和平，而不是进行战争。……当今世界面临的基本问题不是能用军事手段解决的。无论是我们的战略，还是我们国民的心理，当然还有我们的经济，都决不能依靠永远维持一个庞大的军事体制。
2。我们的军备决不会在任何攻击中用来发出第一次打击。这样做并不是承认软弱而是力量的显示。我们必须抵消任何可能会让侵略者得到的好处，办法就是……增强经过敌人第一次打击后依然存在下来的那一部分部队的力量。
3。我们的军备必须是充足的……不受强行规定的预算最高限额的约束。
4。我们的军备在任何时候，在战争时期或和平时期，都必须受到文职官员的最终控制和指挥……其中包括有关使用核武器或使小规模战争升级为大战的所有决定。
5。我们的战略武器和防御力量必须足以阻止对美国或我们的盟国蓄意发动的任何核攻击。
6。我们的部队与盟国的部队联合起来的实力和部署，必须非常强大、非常有机动性，足以防止敌人通过有限战争不断侵蚀自由世界。这种作用应该成为我国海外武装部队的首要使命。
7。我们的防御姿态必须既是灵活的又是果断的……我们的反应……必须是适当的（和〕有选择的……。在确定时机、范围和目标时，可以进行周密的考虑并辨别各种不同的情况。……
8。我们的防御姿态，旨在减少发生不合理的或事先未加考虑的全面战争的危险。
文官的控制
总统的上述咨文和随后发表的有关军事政策的声明还具有另一个明显的特点，即它反映了文官对决策的控制。“我和国防部长，”总统在咨文中说，“听取了我们的高级军事顾问的热诚意见。……但是我没有把宪法赋予我的决策责任委托给任何别人。”在随后充满危机的岁月中，除了在“猪湾事件”这一章中已经提到的那一例外，他行使了他的总司令的全权。
防御政策与外交政策的结合比以往任何时候更为紧密。总统对空军学院说，在目前世界范围内的斗争中，没有一个问题是纯军事的或纯政治的。我们在防务、裁军、外交和对外援助方面也没有单独的政策——“它们全都结合在一起……成为一个全面的国家安全政策。”为了解决五角大楼一场由来已久的辩论，他向参谋长联席会议发布了一项史无前例的指示，要求他们提出意见不要光是立足于狭隘的军事考虑上面，还要以广泛的政治和经济因素作为根据。
在决定军事预算和战略时，肯尼迪和麦克纳马拉不再仅仅是相互对立的各军种所提要求的仲裁者。他们成了组织者、设计者和分析者，组织起专门小组来，分发出各种征询意见表，坚持取得各种抉择方案、确切的事实和精细的比较。虽然早经敦促，但由于受到激烈抵制，他们未曾把各军种统一为一个机构，只是把他们所作的努力统一起来。为了做到这一点，他们使三个军种的预算、兵力水平和战略第一次有了密切的配合，并打破各军种传统的界线，根据战略报复部队、大陆空军和导弹防御部队、一般部队、空运和海运部队以及预备队和国民警卫队的职能来分别制订预算。例如，新建立的联合进击司令部就是在一个陆军上将和一个空军中将的领导之下把战略陆军预备队、战术空军司令部以及支援的空运单位的作战部队合并起来的。我们北极星导弹力量的大小不冉取决于海军造船预算的规模，而是取决于我们全面的战略需要和其他武装部队所作出的贡献。例如，通过提供海军和空军都可以使用的新型的实验战术战斗机，我们便减少了重叠的武器系统的数目。当战略重心从轰炸机转向了导弹，易受攻击的海外导弹基地由北极星潜艇所取代，而部署在美国的喷气式飞机空运的部队也被视为适用于国外战线的武装力量的一部分时，其他一些一向占支配地位的军事装备终于向现代化的武器系统让路了。
有人抱怨说肯尼迪在作出这些重大的改革时绕过了他的军事顾问。事实恰恰相反，他即使不是经常地，却是定期地与参谋长联席会议会晤的。但是总统把军事决策集中在他的文职部长的办公室里。麦克纳马拉不仅依靠各参谋长，而且依靠一大批卓越的文职助手。这班年轻人摆脱了各军种之间的偏见，完全根据所需经费、可供选择的方案和便于管理等来考虑问题，这使军界的一些派系及其在报界和国会中专门为军方辩护的人感到失望。这些“神童”——人们给他们起了这么一个绰号——用经济、政治和其他分析来充实陆军将领和海军将领的军事经验。
在他留用的三军参谋长中，他最中意的人物是海军陆战队司令戴维·肖普。肖普虽然不常讲话，偶然发表的评论却总是干脆利落、深思熟虑和胸襟开阔的。总统在猪湾事件以后确信除了肖普外，邦迪的文官班子或留用的其他参谋长都谈不出他需要听的军事意见。
他在白宫的三位军事助理也起不到这种作用。他们主要是按照白宫的规矩和程序办事，小心翼翼地相互监视着，以确保其他部门没有特别得宠。切斯特，克利夫顿和泰兹米尔·谢泼德分别来自陆军和海军，他们是特别干练、有益而忠诚的助理。不过正如空军助理戈弗雷·麦克休在1962年下半年所表明的，门户之见自然而然地渗人了白宫军事助理人员的心坎中。总统在拿骚尽力使英国人对停止发展闪电导弹感到满意以后，正在棕榈滩度假。当时华盛顿一个空军发言人却随即公开宣布，闪电导弹试验据说取得了成功，这使两国政府全感到窘迫和恼怒。
为了填补明显的空白，总统在1961年年中劝说最能干的军人政治家马克斯韦尔·泰勒将军参加了白宫班子，充当“军事、情报顾问和代表”。泰勒的坦率而锋利的讲话，渊博的知识及其在各种军事能力方面的突出才干，完全符合肯尼迪与麦克纳马拉的想法。总统在1961年之前从未会见过泰勒，但是事实上他早就考虑过邀他到政府中来担任好几个职务了。
军界集团的某些成员及其在国会和新闻界的朋友对于把一个新人物安插到参谋长和总司令之间并不感到高兴。但任期结束，参谋长更迭了，泰勒本人终于担任了参谋长联席会议主席。参谋长联席会议中只有一个人是肯尼迪留用的上届政府内的军人，即戴维·肖普。
肯尼迪认为，正如任何文官部门的首脑一样，参谋长联席会议同总统的思想取得一致是至关重要的。他强烈反对一项法案，它把所有参谋长的任期固定为四年，这就减少了总统的任免自由权。“任何总统，”他说，“都应有权审慎地挑选他的军事顾问。”他私下对我说，如果这项法案获得通过，他将予以否决。为了显示他的信念和权力，他打破先例，没有再次任命海军上将乔治·安德森连任海军作战部长，并让空军参谋长李梅的任期仅仅延长一年。安德森在不止一个问题上同肯尼迪和麦克纳马拉意见不一，他离职的意义引起了他的高级军事同僚的注意，但是当肯尼迪为了使用他的相当大的才能，任命他当驻葡萄牙大使时，国会中许多支持安德森的人未能弄明白这对安德森实际上是一种牺牲。
肯尼迪和麦克纳马拉还决定，一旦发生紧急情况，必须坚持由文官予以控制。为了减少发生未经批准的或意外的战争的可能性，为了能够作出那种考虑周密和有选择的反应，以便结束或限制甚至是一场核战争，为了保持一种能够在混乱时期向我国的公民、军人和敌人下达公认的文告的明确权力，他们逐步改善了指挥和控制系统的可靠性和生存力。在他们考虑采取的其他步骤中，还包括：制订一个比较保险的导弹计划，改进了的警报系统，更为明显地把权力集中在总统手里的制度，在战时更好地保护总统及其可能的继任人的办法，为总统和其他人设置的新的空中和海上指挥部，可供挑选使用的通讯联络渠道，对核武器的电子遥控装置，以及从白宫到B－52驾驶员机器发生故障和人体发生疾病的一系列改进了的检验装置等。
总统在他的办公桌边，或者在他对全国各地军事设施的多次视察中，有时会检查一下通讯联络网的速度与可靠性。五角大楼作战办公室或某一遥远的战略空军司令部的官员们常会拿起难得使用的电话机，大吃一惊地听见总统说：“我是肯尼迪总统。我只是在检查一下通讯联络系统。你那边情况如何？”不过，他对所有这些专用电话的价值和用途依然有点怀�