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台湾总统唐景崧当天向清廷电告此事，并称自己不情愿当这个总统的，是被台民强留下来的，等台湾事稍定，如果能够脱身，一定赴京请罪。
由台湾人自发组织的抵抗战争就此开始。
1895年5月10日，即烟台换约后的第二天，日本政府为以武力割占台湾，下了一道命令：“兹将海军军令部部长桦山资纪晋升为大将，任命其为台湾总督兼军务司令官，即日赴台。”
5月13日上午，日本政府从东京致电美国驻北京公使田贝并转给清政府，要求派员去台湾办理交割手续。其电文如下：“日本朝廷业已派水师提督子爵桦山资纪作为台湾、澎湖等岛巡抚，并授以钦差大臣之职，准其按照马关所立条约之第五款末节办理一切事宜。该抚约于两礼拜之内赴任。抵任时，即行办理特委事件。日本政府即希中国政府立派钦差大臣一员或数员进行交割。
给事中谢隽杭上奏，指名要李鸿章父子亲赴台湾交割。谢隽杭的奏折这样写道：“此事即系李鸿章、李经方主谋，岂有功届垂成，反自逍遥事外之理？且该大臣等即能定割地请和之策，自必具有用夷变夏之才。请旨饬派李鸿章、李经方等迅速亲赴台湾，依限交割。”军机处认为谢隽杭的奏折极有道理，反正你们父子惹下的麻烦，屁股还得你们自己擦，总不能让别人再背上“卖国”的骂名吧，反正你们父子怎么也洗不脱“卖国贼”的名声了。
5月18日朝廷将谕旨电寄李经方：“著派二品顶戴前出使大臣李经方前往台湾，与日本派出大臣商办事件。钦此。”李经方接到这个谕旨大吃一惊，心想如果此次去台湾，非但事情难办妥，而且恐怕连性命也会不保，还是装病不去为妙，便请父代奏请个病假。
李鸿章写了一个奏折，致电北京说：“李经方自马关随同回津后，因忧劳成疾，回南方就医。商交台湾事体繁重，似未便令对情形隔膜、资浅望轻之员搪塞外人，必至贻误。李经方实不胜任，请旨收回成命，另行简派。”
然而，李鸿章非但代奏无效，还吃到一番训斥。光绪帝下谕旨说道：“李鸿章身膺重任，当将此事妥筹结局，岂得置身事外？现倭使将次到台，仍著李经方迅速前往，毋得畏难退避。倘因迁延贻误，唯李经方是问！李鸿章也不能辞其咎！钦此。”
李鸿章读毕这个上谕，深知严旨不可违抗，便一面上奏朝廷，要求命科士达同往襄助；一面打电报给在上海的儿子说：“赴台交割之事万难辞退，俟各员到齐后刻日前往。”这两份电报发出后，想到如李经方如果登上台湾岛，非得给人活活打死不可，李鸿章为其子的安全计，想出一个在澎湖交割的办法。当天又给伊藤博文发了一份电报，全文如下：“台湾主权已经交给日本，日本自应派遣水陆各军以资弹压，保守平安。李经方拟即前往澎湖，与日本特派大员会晤。”
伊藤博文收到李鸿章的电报，读后知道中国大员是害怕去台湾有危险，便想出一个办法，让中国大员先来长崎，然后乘日本船一同到台湾。5月22日，伊藤的复电到天津，其中说：“如中国特派大员先来长崎，带同日本国家船只前往，以资护卫，更为稳妥。”
李鸿章认为这个办法虽能确保安全，但会招致议论，本来自己被看做倭党，如果这样做，更要被骂为卖国贼了。他想来想去，最后想出一个办法——在台湾海口会晤。23日李鸿章的办法得到朝廷的批准。
5月30日，李经方偕道员马建忠，顾问科士达，外文翻译伍光建，日文翻译卢永铭、陶大均，文官张柳、黄正，武官吕文经、高轩春等，还有警卫40名，登上德国商船“公义”号，从上海启航。6月1日凌晨“公义”号驶抵淡水海面，由日舰“千代田”号护送至基隆以东海面的三貂澳附近，在日本大员乘坐的“横滨丸”右舷抛锚。是日下午4时30分，李经方派陶大均前往“横滨丸”，告知中国特派大员到达，并商定会商时间。
6月2日上午，李经方带领日文翻译卢永铭、陶大均坐小船登上“横滨丸”。桦山资纪等人亲自在甲板上迎接，然后引其进入专门准备好的舱室内。
待双方落座，桦山资纪便开口说道：“我这次奉命来台，以为和约批准，交接十分容易，不料到淡水后派小兵轮进口，清兵开炮阻挡。因而转道基隆，又遭清兵炮击，不得已暂泊三貂澳。不得已只能采用武力，现在我国陆军1万多人已经开始登陆，数日内即可攻取基隆。”
李经方说道：“我奉命来此与阁下办理台湾交接事宜，究竟如何处置，还先听听贵方的要求。”
桦山资纪看了一眼李经方：“那等我军攻克基隆，大家再一起去台北办理交接事宜。”
李经方怎么也不肯亲自登岸，于是双方讨价半天，他在“横滨丸”上匆匆与桦山资纪办理了交割手续，当夜就乘“公义”号客船返回，宝岛台湾就这样被满清政府轻率地舍弃掉了。
5月29日，日本近卫师团避开台湾防守严密的基隆、淡水等地，并炮击金包里附近海岸，造成将要登陆的假象，突然袭击了位于基隆东北的偏僻渔村澳底。澳底附近只有清军两营人马，而且大多是唐景崧刚刚从广东招募不久的“广勇”，根本没有经过什么训练，双方刚一接触，清军立即溃散，日军在澳底顺利登陆。
随即日军即越过三貂岭，直扑基隆侧后。
经过日军海陆军数日围攻，6月3日，防卫严密的基隆要塞随即失陷，日军转而向台北北部的狮球岭进攻。
林朝栋闻听台北告急，立即率栋军五营前往增援。
6月4日，清军溃兵逃入台北，唐景崧等人逃往淡水，清军溃兵将藩库抢劫一空，随后在街头任意劫掠，并纵火烧毁藩库和总统府衙。
6日，唐景崧等人乘外轮逃往厦门，9日，丘逢甲下令解散台勇，匆忙内渡广东，刚刚成立的台湾民主国主要官员一逃而空。
台北数日内即告失守，形势急转直下。
林朝栋带兵行至新竹，即接到台北失守的消息，感到大势已去，不禁仰天长叹：“吾尽力守台，朝廷未必容我，若拼死奋勇杀敌，倭人必视我族人如仇寇，何必如此！”遂给属下支付了所带饷银，后连夜带着一营亲兵乘船返回厦门。
第一章清末 三、张謇
由于乙未战争的原因，作为世界樟脑主产地的台湾生产几乎停止，造成樟脑价格的暴涨，原本在台湾一担只卖十六两白银的樟脑在香港市场上涨到了一百四十多两，到了九月初，林铄将手中囤积的三万多担樟脑处理完之后，台湾的形势已经一发不可收拾。
虽然自己手中的资产暴增到了四百多万两白银，可是林铄并不觉得怎么开心，彰化沦陷的消息还是让他觉得十分失落。
此时正好原来台湾按察使陈仅如从台湾内渡时将隶属台湾商务局“驾时”、“斯美”等四艘轮船驶回厦门，林朝栋出面，从陈季同手上暂借了两艘客轮，其后又在厦门的德国宝记洋行雇了两艘轮船，这些商船挂着德国国旗赶到梧栖，从台湾陆续接回了大约7000多名愿随林家内渡的义勇。日本人也默许了林家的行动，对他们来说少一些乱民对他们维持台湾的统治很有好处，当然前提是得交出手上的武器。
但这些人的安置成了大问题，林朝栋找到了赋闲在家的刘铭传，重病之中的刘铭传写了封信请已经回任两江的刘坤一加以照顾。在刘坤一的支持下，栋军得以重建，编制为五营，其余数千被裁汰人员刘坤一特准林家在两江购置山林荒地进行垦植。
光绪二十三年二月，两江总督刘坤一在南京总督署衙西花厅内召见从台湾撤回的栋军统领林朝栋。
“请坐吧！”在林朝栋行过礼后，刘坤一说道，由于腿脚不好，他斜靠在一张长榻上面，其长子刘能纪则侍立在身后。
“是！”林朝栋后退一步，依旧恭敬地站在那，他也从来没见过大过巡抚的官儿，老头子很客气，这反而让他觉得有点手足无措。
“坐下来才好多说会儿话，你是省三临终前托付过来的，今后也算是老夫的人，不必这么拘束！”刘坤一拿着一根竹筒做的水烟杆咕噜噜地吸了两口，随后说道。
“是！”林朝栋这才小心地坐在一旁一张红木太师椅角上。
“什么时候来的？”刘坤一问道。
“下官正在合肥为壮肃公守制，接到大人的信就连夜赶来，上午刚到，直接就到院上来了。”林朝栋答道，在家养病的台湾首任巡抚刘铭传听到台湾被割让，气火攻心，不想竟然就此病故，刘氏对林家有大恩，林朝栋最近一直在合肥刘家帮忙料理后事。
“唉，省三一辈子心血一半用在了台湾建设，对于割台一事自是痛心疾首，不料就此仙去，却是死都不能瞑目。”刘坤一叹息道，“今后你若有什么难处，尽管来找老夫。”
“一切全凭大人吩咐！”林朝栋说道。
刘坤一点了点头，“我这次叫你来，是有件要紧的事想交给你去办。”脸色变得郑重起来，“甲午一役，朝廷花费巨资建立起来的北洋水师尽丧，加之辽东和胶东陆地上也接连吃了败仗，李合肥与日本人签订了《马关条约》，不光失去了朝鲜、辽东和台湾，还要赔偿给日本人二万万两白银。老夫是极力反对在这个和约上签字的，二万万两白银，嘿，都够买一百条定、镇那样的大舰了，有这些钱，不如跟日本人继续打下去。”刘坤一说到这里顿了一下，“如今各约都已经签啦，说这些都已经没什么用。朝廷把这些赔款分摊到两江头上最多，加上今年又增加了三千万两的‘赎辽费’，今年摊到两江的费用加起来足有一千三百万两白银。这些钱哪里来？只能想法整顿各地的厘金、盐课和捐税，不能象过去那样敷衍，才可能凑足这些摊派下来的款额。”
“下官有什么效劳的地方，大人尽管说。”林朝栋心里嘀咕，自己刚向朝廷捐了二十万两银子，这才保住了林家和栋军如今的地位，刘�