热情的信，答谢他的献礼，对他的书大加赞扬，并称它是“第一流”的书。
一八四五年，达尔文修改后的《考察日记》第二版以穆瑞的普及本形式出版了。达尔文为他修改了《日记》，删掉了各种累赘的东西，把“关于气候，冰川等冗长的论述”压缩了一半。
另一方面，由于在这期间出版了他在“贝格尔”号旅行时写的生物著作和地质著作，因此很自然就对日记中相应地方作了一些增加，并使之更加准确。例如，在第二版中，增加了对珊瑚礁起源理论的阐述，奥温整理的关于南美古生哺｜乳动物形态资料更加准确了，巴塔哥尼亚高地的地质更加准确了，补充了关于火地岛人的某些内容，增补了关于按几何级数增长的论断，根据已经发现的绝灭的哺｜乳动物的尸体，对动物绝灭原因的论断也增补进去了。
他在这里反对用一种突然的灾祸来解释动物毁灭的“灾变说”。他认为，正象在人类消灭任何一种动物时，这种动物在没有完全消失前就愈来愈少一样，自然界中的一个物种逐渐地绝灭，可能也是由于它们的天敌在增加。一些物种经常见到，而另一些物种却很少见到，对此谁也不会惊奇。那么为什么不能设想，很少见到的某种动物就总是预示着这种动物要完全绝灭呢？达尔文的论述是用下面有代表性的话结束的：“假定说，一个物种的逐渐减少总是预示着它的绝灭，同时对于一个物种比其它物种很少见到也不感到惊奇，而仍然用某种超自然的东西来解释这一点，并在一个物种最终不再存生时才感到惊讶，在我看来，也就是这样一种假定：一个人的病预示着他的死亡，对病本身毫不感到惊奇，可是病人一死，才开始困惑不解，并且揣测，他是死于暴力。”
可是对加拉帕戈斯群岛的生物性质及其公布情况的结论却特别增加了篇幅——原因是使他在《航行日记》里作的必须承认物种变异的重要笔记是一些还不十分清楚的印象，而这些结论就是为了说明这些印象的。
在第一版《航行日记》里，达尔文只提出了少量的意见，说加拉帕戈斯群岛的生物几乎全是只有在这个群岛才有，而且同时还具有明显的美洲的性质，这“可以用创造力按同一个规律曾在广阔的空间里起作用的说法来解释”。
在第二版里，他首先利用了虎克整理的加拉帕戈斯群岛的植物标本集的成果，因为虎克详细证实了最初的结论。例如，在二十一种头状花序植物中，有二十种只有在这个群岛上才能见到；除此之外，加拉帕戈斯群岛上的植物区系，还明显地表现出美洲的性质。对软体动物门类和其他动物的准确研究也清楚地指出，虽然该群岛也位于太平洋中，但它是美洲的一部分。令人吃惊的是：“加拉帕戈斯群岛各个岛相距只有五十海里或六十海里，遥遥相望，由同样的岩石组成，处于同样的气候里，并达到同样的高度，但可能住有不同的生物”。例如，在不同岛上可以见到不同的乌龟，不同种的鶫——反舌鸟，花鸡中的Geospiza属的分布是不一样的。虎克也观察了植物的这种类似的情景。达尔文用大量例子说明了所有这些结论。在这方面值得指出的是，观察到的差异并不大：同一个属的不同物种有着同样的习惯，生活在同样的地方，并在该群岛的自然经济中占有同样的地位。
达尔文在结尾时写道：“在一一查阅了这里引证的事实后，使人感到非常吃惊的是，在这些光秃秃的、岩石累累的小岛上，表现出来的创造力的数量，·如·果·可·以·使·用·这·一·说·法·的·话（着重点是我加的——作者注），但是，更使人感到吃惊的是，这一力量的作用却是多种多样的，虽然这些作用是在完全相同的情况下，在彼此相距很近的地方表现出来的。我说过，加拉帕戈斯群岛堪称为美洲的卫星，更正确地说，可以叫作美洲的卫星群，在体形方面是一样的，而在器官方面却是不同的，但彼此之间以及同美洲大陆之间却有近缘关系，不过同美洲大陆的近缘关系要少得多罢了……”。
但是，如果不把很久以前该群岛的博物学的总导言中的暗示算在内，那么达尔文在这里没有提出当时（他在一八四四年已经写好了他的选择理论的扩充概要）已经准备好了的说明。他说：“这个群岛完全是一个与世隔绝的地方；确切些说，它是美洲的一个卫星，它从美洲偶然得到几个移民，它用的是自己有的最普通的物产。如果你注意到这些岛屿的不大的地面，你就会不由地对岛上有很多（但分布的地区却很小）土著人感到吃惊。如果看到每个高地都有一个喷火口，并且熔岩流的界限迄今为止还清晰可辨，那么我们应当认为，在距今不远的地质时期，这个地方还被大洋覆盖着。从这里，就时间和空间而论，我们正在接近秘密中的秘密——·地·球·上·第·一·次·出·现·新·的·生·物”（着重点是我加的——作者注）
显然，达尔文认为，为了不使自己的理论过早地受到影响，在任何程度上公布自己的理论的时刻还没有到来。因此，上述的所有修改，只是对过去被各种事实和论断驳倒了的观点表示怀疑而已，达尔文在第二版里还认为，甚至象“创造”和“创造力”的说法都是不能触动的。
达尔文把他的《一个博物学家的日记》第二版献给了赖尔，承认他的《航海日记》以及其他著作的主要科学成果的取得，应归功于对众所周知的惊人的《地质学原理》的研究①。但是，这并不妨碍达尔文在那封告诉赖尔关于这个献礼的信以后，立刻在后来的一封信里提到，赖尔在他刚出版的美国旅行记一书中，对奴隶制的论断使他万分愤慨，以致他在极不愉快的数小时内不能入眠。显然，赖尔当时就急忙向达尔文证明自己对奴隶制的看法是正确的，因为达尔文在后来的一封信中写道，他对赖尔的回信感到非常高兴，但是他又做了一些温和的补充，他希望，赖尔对奴隶制所表述的厌恶情感，也在上面我们提到的他出版的那部著作中表现出来。
①在出版他的《南美地质考察》时，他早就想这样做，但他确信，这些专著得不到大量发行，于是他只好把非常普及的第二版《航海日记》献给赖尔。
在英国同时出版了匿名作者标题为《创造的痕迹》一书，引起了达尔文极大的注意，这本书以新形式阐述了进化的思想。该书的第一卷在一八四三年出版，第二卷在一八四五年出版。作者在第一卷里综合了他按地质时期分别整理出来的古生物化石的大量资料，在第二卷里竭力提出有机界的自然发展，并根据《创造的痕迹》和古生物学、解剖学以及其他自然科学的事实的对比，来确定这一发展的规律。显然，作者感到，宗教界人士会多么仇视这本书，而他也不愿意让他们起来反对自己。他强调指出，他的书不反对上帝和上帝的意志，仅仅反对上帝“一切都是注定的”这一说法专门参与新物种的出现，“例如，在贝壳上多长了一个结节或一个沟的头足纲动物出现的情况下就是这样”。作者在承认上帝是第一个推动力时，捍卫了科学应把规律作为上帝提出来的主张而加以研究的权利。他说：“对我们来说，越来越清楚，有机界的发展（即在现有各纲中的各种变化和一些新的更高的纲的出现）……主要取决于时间”。
同拉马克一样，《创造的痕迹》的作者承认“事物普通的自然进程”。某一个动物区系越古老，它的各形态之间的差异就越显著。“现在的目在远古时代是科，更早是属和种”。可见，现在的分类法同从前的分类法是相联系的，两者都是“自然的”。作者反对那种旧的“用创造者的通盘计划”来解释过去形态的现在形态之间的相似。他试图提出自己的进化的解释。首先，他建立有机界和无机界的联系和相互依附关系。他还设想，这种联系是“按年代的”，即植物机体曾经是由无机物晶体演化而来的，因为晶体在电的帮助下，会成为象树一样的形状。正电所形成的图像象有枝叶的灌木一样，而负电形成的图像就象一束树根一样。如果地球充的是负电，而大气层充的是正电，那么“我们可以想象，植物就会是一种象电刷子一样的东西”。于是，作者认为，试验正在指出“万能者借以使各种形态的植物出现的那些手段的痕迹”。
作者的其他一些论断，同样也是不科学的和空想的。但是，为了证明动物界的发展，他也象现在任何一个进化论者一样，引证了胚胎学和古生物学的资料，引证了发育不全的器官；叙述了一种类似生物遗传学规律的东西：人经过了鞭毛虫、蠕虫、鱼、两栖动物、鸟（原文如此！）和低等哺｜乳动物等阶段。他认为，发展的情况是这样的：在蛋白质内借助于电就形成了（现在也可能形成）一个有核的小泡（小细胞），而这个小泡继续发展，产生许多动物的形态。这些形态是两种因素的结果：一、发展的愿望或动机，二、适应的动机。灵长目和人的始祖是……蛙，因为它的两只腿有小腿肚。
这就是对拉马克和他的理论采取鄙视态度的关于进化的新书，然而内容较肤浅（因为不是由博物学家写出的）。该书的作者詹博斯，是一个颇爱欢迎的苏格兰政论家。达尔文在地质学会会议上见过他，他在会上就达尔文研究的罗埃河谷的“平行阶地”发了言，这使他们建立了通信联系：《创造的痕迹》一书究竟出于谁手，这件事只是在四十年以后，达尔文的学说已经取得胜利时，才真相大白。但是达尔文当时已猜到该书的作者是谁。收到詹博斯寄来的一本新版《创造的痕迹》后，他给虎克写信道：“我确信詹博斯是作者”。这本书一方面引起了读者极大的兴趣（需要再版），另一方面又受到博物学家一�