其次，在军事部署上进行压抑。咸丰帝不仅长期不授予曾国藩等人军政实权，还时刻提防他们居功傲上。历史学家范文澜指出：“咸丰帝的计划是湘军出力，江南、江北大营收功。”为此，朝廷把由绿营兵组成的江南、江北大营部署在攻占天京，获取扫灭太平天国首功的位置，而让湘军去打那些疲于奔命、劳而无功的外围战，致使曾国藩等人时而援浙，时而赴闽，时而入川，客寄虚悬，难以取得大的成功。
再次，限制湘军粮饷。湘军非国家经制之师，其粮饷基本靠自筹，很少靠朝廷接济。然而，就是自筹粮饷，也受到朝廷的多方阻挠。咸丰十年（1860年），曾国藩以军营急需，奏请拨江西漕折银每月5万两，咸丰帝却故意截留不解。由于朝廷的限制和其他原因，截至同治三年（1864年）六月，湘军历年欠饷高达4987500两。因为粮饷奇绌，湘军常常窘迫到数月发不出兵士饷银的境地。
此外，地方官吏还秉承朝廷的旨意，从各方面对曾国藩集团进行排挤和刁难，不少地方官甚至从粮饷上卡曾国藩的脖子。
对于来自朝廷的压抑，曾国藩集团成员皆怒形于色。曾国荃在给其兄的信中大发牢骚，表示不愿“仰鼻息于傀儡膻腥之辈”。彭玉麟则发誓坚决不受朝廷之官职。咸丰十年（1860年），绿营水师杀湘军杨在福部官兵，激起了曾国藩集团的切齿愤怒。曾国藩得报也批曰：“此仇不可不报，若辈欺善怕恶。”赵烈文大骂朝廷纵虎食人。他上书曾国藩说：“当今之世，王纲倾覆，民生几尽，忠臣腐心，义士切齿。”认为朝廷已不堪扶持，因恳请曾“雄略与时转移”，“稍以便宜割断”，乘时以出，自谋善策。那位博通经史、精于帝王之学的湘绮先生王辏г耍嵌啻我晕⒂锶霸被⒍希∏迨姨煜露⑸疲凹敖癫蝗。蟊厥善辍薄５笔本土茉跻灿腥∏迨叶囊馔肌Ｌ教旃炖钚愠梢苍八粤ⅲ猿扇愣α⒅啤�
面对皇帝的猜忌，朝廷的压抑，地方官吏的挟制，曾国藩自然极为不满，但他绝不赞同其下属提出的脱离清王朝以自立的主张。他所受的正统教育，他的入仕经历及其价值观念、人格理想，决定了他具有双重政治人格。曾国藩出生卑微，家世微薄，以耕读为生。道光十八年（1838年），他赴京参加会试，名录三甲，被赐同进士出身。此后即开始了官场生涯。他官运亨通，十年七升，连升十级。他“荷皇上破格之恩”，对清王室感恩戴德，急欲报效朝廷。在思想上他深受儒学的浸染，注重君臣名分；在治学上注重经世致用，反对空谈心性义理的宋学，研究现实社会问题，以图革新当时积弊丛生的政治，为国家效力。这是他政治人格的主导方面。但是从他创建湘军以后，他又成了拔地崛起的新兴利益集团的总代表。这一集团的出现，导致了清朝权力结构的变化，导致了清朝既有的从中央到地方一以贯之的权力体系的相对分裂，导致了清朝政治军事权力的再分配，这就使他与清廷之间始终存在着尖锐的利益冲突。作为集团的首脑，曾国藩在处理与清廷之间的关系时，就不能完全从个人恩怨出发，必须要考虑集团利益的得失。正是这种政治人格的双重性，使他在处理与清廷之间的矛盾时，既表现出谦卑恭顺的一面，同时又具有独立不羁的特点。他把这两个方面融合在一起，以政治权术与清廷周旋，可谓高超之至参见杨天宏《中国的近代转型与传统制约》第一章……他在《圣哲画像记》中写道：“陆敬舆事多疑之主，驭难驯之将，烛之以至明，将之以至诚，譬若御驽马登峻阪，纵横险阻而不失其驰，何其神也。”这段文字堪称曾国藩政治权术的状己之词。面对咸丰皇帝这位“多疑之主”，他“御驽马登峻阪，纵横险阻而不失其驰”，其政治权术确实达到了出神入化的境界。
从总体上而言，曾国藩对清廷采取的是以曲求伸、以退为进的自全之策。首先，他对咸丰帝的猜忌和朝廷的压抑表现出谦卑恭顺的态度。咸丰四年（1854年）四月，曾国藩兵败靖港，湖南藩司徐有壬会同陶恩培揭发其败状，请巡抚劾罢湘军。曾国藩惊恐万状，抢先奏请将自己交吏部治罪，他以为此举可获得朝廷的从宽发落，而咸丰帝却想借机打他一顿杀威棒，乃下旨“交部严加议处”。吏部遵旨议革曾国藩礼部侍郎衔，令其戴罪领兵作战。七月，曾国藩率师北征，连克岳州、武昌、汉阳、田家镇。九月初五，咸丰帝阅曾国藩奏报，心中高兴，即下令赏给二品顶戴，令其署理湖北巡抚。但仅过了七天，咸丰帝便改悔，收回成命，只赏给他兵部侍郎的虚衔，并催令他迅速东下，攻收赣、皖。咸丰帝对曾国藩论功行赏的翻然变计，充分表明了他对曾国藩集团的不信任。直到咸丰十年（1860年），侍郎的陈旧乌纱帽仍然戴在曾国藩头上。尽管他牢骚满腹，但在表面上却谦卑恭顺。曾国藩集团在军事、政治、财政上表现出的相对独立的意志，极大地触动了皇权的利益，因而清廷对曾国藩进行压抑、排挤和打击。曾国藩在屡遭挫折以后，也深刻认识到权力对维护其集团利益的重要性，对朝廷的压抑始终采取退让妥协的办法并非善策，因此他同清廷也展开了有利有节的斗争。其手法主要有以下三个方面。
一曰自固门户，以作争权夺利之本。曾国藩千方百计利用各种社会关系维系集团内部的团结。其主要头目几乎都是同乡、同窗、师生及亲朋故旧，兄弟戚族同任头目的现象也很普遍。而各姓之间又往往以联姻或其他方式建立起更为复杂的社会关系。这样一来，曾国藩集团各首脑头目之间彼此瓜连藤绕，沾亲带故，一人有急，往往倾巢出动，伸手相援，大有生死同之、荣辱与共的气概。集团门户的牢固，使朝廷不敢轻易对其下手，一场场政治风暴最终化险为夷。
二曰抑人扬己，大造收拾局面舍我其谁的舆论。清廷与一般官吏的腐朽无能，为人所共知。曾国藩等人不敢公开攻击朝廷，但对朝廷所重用的顽固派官僚，他们却肆无忌惮地予以贬抑，如曾国藩就说胜宝“捭阖疑忌，好凌同列，本难与共事”。胡林翼则公然骂胜宝“满胸忌刻，其志欲统天下之人，其才实不能统一人”，“胜宝当名败宝”。贬人的目的在于扬己。在自我吹嘘上，曾国藩集团更是不遗余力。如胡林翼吹嘘曾国藩“有武侯之勋名”，曾国藩则奏称：“胡林翼之才胜臣十倍。”《胡文忠公遗集·书牍》卷五。俞樾对曾国藩更是竭力吹捧，说他兼有诸葛亮、陆敬舆、范希文、司马光之长而无其短。舆论造开，自然上闻朝廷。朝中众臣惑于众议，以为曾国藩这帮人“偏裨皆可闻朝廷”，纷纷鼓噪于御前。天长日久，物望形成，遇有要缺，自然应选。即使遭到反对者的攻击，也可以“名满天下，谤亦随之”为借口，巧妙地搪塞过去。
三曰寸权必争，寸利必夺。曾国藩对“客寄虚悬”的处境极为不满，必欲揽到地方实权而后快。在这方面，曾国藩采取的是以曲求伸、以退为进的策略。咸丰七年（1857年）三月，曾国藩以父丧为名，委军奔丧，奏请守制终身。咸丰帝未解其意，不准其奏。曾国藩乃上奏直陈苦衷，声称自己“虽居兵部堂官之位，而事权反不如提镇”。明确提出，“细察今日局势，非位任巡抚，有察吏之权，决不能治军；纵能治军，决不能兼及筹饷”《曾文正公全集·奏稿》卷九……公开向清廷摊牌。咸丰帝这才弄清了他的用心。这时太平天国内讧刚过，力量削弱，咸丰帝认为暂时不要曾国藩亦不足为虑，乃顺水推舟，下谕“著照所请，准其先开兵部侍郎之缺，暂行在籍守制”。不但不给他督抚之位，还夺了他已有之权。曾国藩画虎不成反类犬，只好坐镇湘乡，遥控局面，并让其部众造言：“涤公未出，湘楚诸军如婴儿之离慈母。”绝不服从其他任何人的指挥调度。曾国藩居家守制一年零四个月，复出之后，吸取教训，自己处于后台，让胡林翼跳到台前为本集团谋取权位。在这方面，胡林翼确实技高一筹。咸丰十年（1860年）春，太平军攻破江南大营。胡林翼抓住这一时机，大造舆论：“朝廷能以江南事付曾公，天下事不足平也。”他又设法利用郭嵩焘等人打通肃顺的关节，终于达到目的。曾国藩掌握两江权柄后，胡林翼曾写信对他说：“大局安危，只看丈是否放手放胆而已……有此一副大本领，而还不肯放手，吾且怨丈矣……不包揽把持，任人作主，则兵不能择，饷不能节，却又必乏财矣。”《胡文忠公遗集》卷七三《致曾涤帅》。
曾国藩集团就是这样通过各种手段来攫取权力，发展实力，与清廷对抗。清廷虽视曾国藩等人为异己，对其保持着相当的警惕和防范，但是，当太平军再度对清廷构成威胁时，清廷不仅不敢对曾国藩集团贸然下手，反而不得不让出一部分重要权力，以此为代价，去换取曾国藩集团为镇压太平天国效力。
同治三年（1864年）六月，湘军攻陷天京，朝野上下弹冠相庆，而深于历练的曾国藩却在欣喜之余反增焦躁之心。因为这时清廷眼见曾国藩权力太重，恐有尾大不掉之势，加强了对曾国藩集团的防范措施。一方面，朝廷继续严格限制湘军的粮饷；另一方面，在曾国藩集团内部制造分裂，企图达到分而治之的目的。朝廷的所作所为，使双方的既有矛盾骤然升级，达到了破裂的边缘。正当曾国藩犹豫之时，清廷却抢先下手了。同治四年（1865年）春，起居注官蔡寿祺连上两道奏折，弹劾曾国藩等湘系人物以及恭亲王奕，蔡寿祺历数曾国藩等人“破坏纲纪”等八条“罪状”，要朝廷“择其极恶者立予逮问，置之于法”。慈禧太后因担心惩治手握重兵